ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53168

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2' B 0, 0.000, 0.075, 0.151, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.075 std_dev=0.075
C3' B 0, 0.000, 0.104, 0.209, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.104 std_dev=0.104
O3' A 0, 0.000, 0.149, 0.297, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.149 std_dev=0.149
O3' B 0, 0.000, 0.213, 0.426, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.213 std_dev=0.213
C3' A 0, 0.000, 0.264, 0.527, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.264 std_dev=0.264
O2' B 0, 0.000, 0.290, 0.581, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.290 std_dev=0.290
C4' B 0, 0.000, 0.293, 0.586, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.293 std_dev=0.293
C2' A 0, 0.000, 0.351, 0.702, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.351 std_dev=0.351
O4' A 0, 0.000, 0.359, 0.717, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.359 std_dev=0.359
O2 B 0, 0.000, 0.362, 0.724, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.362 std_dev=0.362
C5' B 0, 0.000, 0.371, 0.743, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.371 std_dev=0.371
C1' B 0, 0.000, 0.388, 0.775, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.388 std_dev=0.388
C4' A 0, 0.000, 0.395, 0.791, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.395 std_dev=0.395
OP1 B 0, 0.000, 0.417, 0.833, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.417 std_dev=0.417
O5' B 0, 0.000, 0.511, 1.022, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.511 std_dev=0.511
O4' B 0, 0.000, 0.521, 1.043, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.521 std_dev=0.521
O2' A 0, 0.000, 0.622, 1.245, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.622 std_dev=0.622
P B 0, 0.000, 0.662, 1.323, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.662 std_dev=0.662
C2 B 0, 0.000, 0.675, 1.349, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.675 std_dev=0.675
N1 B 0, 0.000, 0.688, 1.376, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.688 std_dev=0.688
C5' A 0, 0.000, 0.762, 1.523, 1.523 max_d=1.523 avg_d=0.762 std_dev=0.762
OP2 B 0, 0.000, 0.948, 1.897, 1.897 max_d=1.897 avg_d=0.948 std_dev=0.948
C6 B 0, 0.000, 1.060, 2.119, 2.119 max_d=2.119 avg_d=1.060 std_dev=1.060
N3 B 0, 0.000, 1.072, 2.143, 2.143 max_d=2.143 avg_d=1.072 std_dev=1.072
C5 B 0, 0.000, 1.421, 2.841, 2.841 max_d=2.841 avg_d=1.421 std_dev=1.421
C4 B 0, 0.000, 1.447, 2.894, 2.894 max_d=2.894 avg_d=1.447 std_dev=1.447
O4 B 0, 0.000, 1.806, 3.612, 3.612 max_d=3.612 avg_d=1.806 std_dev=1.806
O5' A 0, 0.000, 2.125, 4.249, 4.249 max_d=4.249 avg_d=2.125 std_dev=2.125
OP1 A 0, 0.000, 3.087, 6.174, 6.174 max_d=6.174 avg_d=3.087 std_dev=3.087
P A 0, 0.000, 3.117, 6.234, 6.234 max_d=6.234 avg_d=3.117 std_dev=3.117
OP2 A 0, 0.000, 3.674, 7.348, 7.348 max_d=7.348 avg_d=3.674 std_dev=3.674

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.32 0.45 0.34 0.34
C2 0.01 0.00 0.10 0.02 0.00 0.10 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.25 0.02 0.15 0.09 0.61 0.17 0.25
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.07 0.09 0.09 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.56 0.29 0.51 0.48
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.36 0.33 0.15 0.02
C4 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.00 0.08 0.26 0.87 0.46 0.52
C4' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.07 0.09 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.25 0.05 0.20
C5 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.35 1.21 0.70 0.79
C5' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.05 0.07 0.09 0.11 0.04 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.16 0.00
C6 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.01 0.07 0.28 1.17 0.62 0.71
C8 0.00 0.01 0.07 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.04 0.09 0.56 1.44 0.98 1.07
N1 0.00 0.00 0.09 0.02 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.20 0.02 0.11 0.17 0.89 0.37 0.47
N3 0.02 0.00 0.09 0.02 0.00 0.09 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.23 0.01 0.15 0.11 0.52 0.16 0.22
N6 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.02 0.05 0.32 1.36 0.77 0.86
N7 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.08 0.03 0.05 0.50 1.53 1.00 1.09
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.38 0.93 0.59 0.65
O2' 0.00 0.25 0.00 0.01 0.11 0.00 0.05 0.00 0.11 0.13 0.20 0.23 0.06 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.59 0.20 0.53 0.49
O3' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.19 0.66 0.14 0.29
O4' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.00 0.03 0.01 0.07 0.09 0.11 0.15 0.05 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.35 0.15 0.11
O5' 0.32 0.09 0.56 0.36 0.26 0.02 0.35 0.00 0.28 0.56 0.17 0.11 0.32 0.50 0.38 0.59 0.19 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.45 0.61 0.29 0.33 0.87 0.25 1.21 0.05 1.17 1.44 0.89 0.52 1.36 1.53 0.93 0.20 0.66 0.35 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.34 0.17 0.51 0.15 0.46 0.05 0.70 0.16 0.62 0.98 0.37 0.16 0.77 1.00 0.59 0.53 0.14 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.34 0.25 0.48 0.02 0.52 0.20 0.79 0.00 0.71 1.07 0.47 0.22 0.86 1.09 0.65 0.49 0.29 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.03 0.03 0.16 0.01 0.11 0.01 0.05 0.04 0.16 0.09 0.03 0.00 0.21 0.02 0.00 0.05 0.05 0.02
C2 0.05 0.06 0.01 0.01 0.06 0.02 0.09 0.03 0.10 0.09 0.05 0.02 0.03 0.00 0.05 0.05 0.06 0.09 0.05 0.04
C2' 0.12 0.04 0.11 0.10 0.07 0.13 0.01 0.13 0.05 0.08 0.04 0.06 0.16 0.13 0.13 0.13 0.12 0.18 0.07 0.10
C3' 0.03 0.03 0.04 0.03 0.10 0.05 0.06 0.05 0.01 0.01 0.09 0.01 0.08 0.07 0.16 0.04 0.06 0.11 0.01 0.03
C4 0.03 0.06 0.03 0.03 0.11 0.04 0.06 0.03 0.01 0.00 0.11 0.07 0.03 0.01 0.15 0.06 0.02 0.07 0.02 0.01
C4' 0.06 0.12 0.07 0.07 0.17 0.05 0.12 0.05 0.08 0.08 0.16 0.12 0.03 0.02 0.21 0.05 0.04 0.01 0.08 0.06
C5 0.05 0.08 0.04 0.04 0.15 0.06 0.09 0.05 0.03 0.01 0.15 0.08 0.05 0.03 0.20 0.09 0.01 0.08 0.03 0.01
C5' 0.05 0.10 0.05 0.05 0.15 0.03 0.11 0.03 0.07 0.06 0.15 0.10 0.02 0.00 0.19 0.04 0.02 0.03 0.06 0.04
C6 0.08 0.05 0.04 0.04 0.10 0.07 0.04 0.07 0.01 0.03 0.10 0.05 0.03 0.04 0.13 0.11 0.03 0.09 0.00 0.03
C8 0.02 0.13 0.05 0.05 0.24 0.05 0.16 0.04 0.08 0.05 0.23 0.11 0.06 0.03 0.31 0.06 0.01 0.06 0.08 0.02
N1 0.08 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.06 0.05 0.08 0.08 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.09 0.06 0.09 0.04 0.05
N3 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.05 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.04 0.05 0.08 0.02 0.03
N6 0.10 0.05 0.03 0.04 0.12 0.11 0.05 0.10 0.01 0.03 0.12 0.05 0.06 0.06 0.16 0.16 0.03 0.11 0.00 0.04
N7 0.04 0.13 0.05 0.06 0.23 0.06 0.16 0.05 0.07 0.04 0.22 0.11 0.06 0.04 0.30 0.08 0.01 0.07 0.07 0.01
N9 0.02 0.09 0.03 0.04 0.17 0.03 0.11 0.03 0.05 0.03 0.17 0.09 0.04 0.01 0.23 0.05 0.01 0.06 0.05 0.01
O2' 0.23 0.15 0.22 0.20 0.02 0.23 0.07 0.23 0.14 0.19 0.06 0.19 0.28 0.22 0.07 0.23 0.22 0.27 0.17 0.20
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.13 0.00 0.09 0.00 0.04 0.03 0.11 0.05 0.04 0.02 0.18 0.01 0.02 0.05 0.04 0.02
O4' 0.10 0.17 0.13 0.12 0.21 0.09 0.16 0.08 0.12 0.12 0.21 0.18 0.08 0.08 0.25 0.09 0.08 0.04 0.12 0.11
O5' 0.22 0.21 0.31 0.34 0.16 0.27 0.19 0.27 0.22 0.23 0.17 0.21 0.32 0.44 0.12 0.20 0.32 0.40 0.30 0.29
OP1 0.75 0.42 0.93 1.01 0.16 0.99 0.32 0.99 0.51 0.57 0.20 0.47 1.09 1.22 0.02 0.81 0.92 1.06 0.74 0.86
OP2 0.34 0.21 0.54 0.61 0.08 0.50 0.15 0.50 0.24 0.27 0.11 0.24 0.60 0.81 0.01 0.33 0.53 0.64 0.44 0.47
P 0.42 0.25 0.61 0.68 0.10 0.58 0.18 0.59 0.29 0.33 0.13 0.28 0.69 0.88 0.01 0.42 0.60 0.71 0.49 0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.05 0.00 0.00
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.06 0.02 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.03 0.09 0.02 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.01 0.10 0.01 0.02
C4 0.02 0.02 0.05 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.10 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00
C5 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.11 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01
C5' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03
N1 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01
N3 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.06 0.06 0.03 0.03
O2 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.08 0.03 0.03
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00
O3' 0.02 0.03 0.02 0.00 0.10 0.03 0.11 0.02 0.08 0.03 0.06 0.02 0.05 0.00 0.11 0.03 0.03 0.09 0.02 0.00
O4 0.02 0.02 0.06 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.11 0.00 0.02 0.05 0.04 0.02 0.03
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01
O5' 0.04 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.06 0.01 0.03 0.05 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.05 0.06 0.09 0.10 0.03 0.05 0.00 0.04 0.01 0.03 0.06 0.08 0.07 0.09 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00