ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53170

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 2, 3, 2, 5, 3, 3, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.016, 0.024, 0.033, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.015, 0.024, 0.032, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.024 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.016, 0.028, 0.040, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.028 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.014, 0.028, 0.041, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.028 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.008, 0.025, 0.041, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.025 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.038, 0.057, 0.076, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.057 std_dev=0.019
N4 A 0, 0.040, 0.073, 0.106, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.073 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.082, 0.200, 0.318, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.200 std_dev=0.118
C2' A 0, 0.119, 0.257, 0.395, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.257 std_dev=0.138
C4' A 0, 0.148, 0.318, 0.487, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.318 std_dev=0.170
C3' A 0, 0.193, 0.396, 0.599, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.396 std_dev=0.203
O2' A 0, 0.185, 0.397, 0.610, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.397 std_dev=0.212
C2 B 0, 0.400, 0.680, 0.959, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.680 std_dev=0.279
N3 B 0, 0.458, 0.741, 1.024, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.741 std_dev=0.283
O2 B 0, 0.258, 0.551, 0.845, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.551 std_dev=0.293
O3' A 0, 0.350, 0.661, 0.971, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.661 std_dev=0.311
C4 B 0, 0.651, 0.966, 1.281, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.966 std_dev=0.315
O4 B 0, 0.706, 1.025, 1.345, 1.610 max_d=1.610 avg_d=1.025 std_dev=0.319
C5' A 0, 0.239, 0.572, 0.906, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.572 std_dev=0.334
O5' A 0, 0.528, 0.899, 1.269, 2.075 max_d=2.075 avg_d=0.899 std_dev=0.370
N1 B 0, 0.537, 0.911, 1.286, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.911 std_dev=0.375
P A 0, 0.408, 0.814, 1.220, 2.186 max_d=2.186 avg_d=0.814 std_dev=0.406
C5 B 0, 0.778, 1.200, 1.622, 1.815 max_d=1.815 avg_d=1.200 std_dev=0.422
C1' B 0, 0.495, 0.943, 1.391, 1.609 max_d=1.609 avg_d=0.943 std_dev=0.448
C6 B 0, 0.714, 1.177, 1.640, 1.854 max_d=1.854 avg_d=1.177 std_dev=0.463
O2' B 0, 0.663, 1.161, 1.659, 2.262 max_d=2.262 avg_d=1.161 std_dev=0.498
OP1 A 0, 1.044, 1.547, 2.049, 2.633 max_d=2.633 avg_d=1.547 std_dev=0.502
C2' B 0, 0.568, 1.088, 1.609, 1.794 max_d=1.794 avg_d=1.088 std_dev=0.521
O4' B 0, 0.637, 1.182, 1.727, 1.874 max_d=1.874 avg_d=1.182 std_dev=0.545
C3' B 0, 0.672, 1.247, 1.822, 2.040 max_d=2.040 avg_d=1.247 std_dev=0.575
C4' B 0, 0.749, 1.354, 1.958, 2.103 max_d=2.103 avg_d=1.354 std_dev=0.605
O3' B 0, 0.955, 1.591, 2.228, 2.519 max_d=2.519 avg_d=1.591 std_dev=0.637
C5' B 0, 0.847, 1.580, 2.314, 2.585 max_d=2.585 avg_d=1.580 std_dev=0.733
O5' B 0, 0.773, 1.559, 2.345, 2.719 max_d=2.719 avg_d=1.559 std_dev=0.786
OP2 B 0, 0.882, 1.680, 2.478, 3.268 max_d=3.268 avg_d=1.680 std_dev=0.798
OP2 A 0, 1.024, 1.915, 2.806, 3.731 max_d=3.731 avg_d=1.915 std_dev=0.891
P B 0, 0.847, 1.905, 2.963, 3.933 max_d=3.933 avg_d=1.905 std_dev=1.058
OP1 B 0, 1.549, 3.015, 4.481, 5.389 max_d=5.389 avg_d=3.015 std_dev=1.466

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.15 0.20 0.40 0.14
C2 0.03 0.00 0.10 0.11 0.01 0.05 0.02 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.13 0.04 0.17 0.21 0.45 0.17
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.02 0.06 0.03 0.07 0.03 0.09 0.07 0.16 0.00 0.03 0.02 0.06 0.11 0.50 0.17
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.12 0.06 0.11 0.11 0.15 0.03 0.01 0.01 0.10 0.08 0.49 0.16
C4 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.06 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.15 0.04 0.23 0.26 0.43 0.20
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.03 0.05 0.07 0.08 0.06 0.03 0.00 0.01 0.17 0.33 0.07
C5 0.02 0.02 0.06 0.12 0.00 0.08 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.16 0.05 0.27 0.27 0.40 0.20
C5' 0.06 0.13 0.03 0.01 0.19 0.00 0.21 0.00 0.18 0.12 0.16 0.20 0.11 0.06 0.06 0.02 0.01 0.23 0.22 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.08 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.14 0.04 0.27 0.23 0.37 0.17
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.19 0.20 0.40 0.15
N3 0.03 0.01 0.09 0.11 0.01 0.05 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.15 0.04 0.19 0.23 0.46 0.19
N4 0.02 0.02 0.07 0.11 0.00 0.07 0.01 0.20 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.17 0.05 0.24 0.30 0.45 0.22
O2 0.05 0.00 0.16 0.15 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.16 0.18 0.05 0.15 0.20 0.48 0.18
O2' 0.02 0.09 0.00 0.03 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.03 0.09 0.07 0.16 0.00 0.08 0.07 0.06 0.14 0.46 0.14
O3' 0.02 0.13 0.03 0.01 0.15 0.03 0.16 0.06 0.14 0.07 0.15 0.17 0.18 0.08 0.00 0.03 0.22 0.13 0.47 0.17
O4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.07 0.03 0.00 0.19 0.27 0.32 0.12
O5' 0.15 0.17 0.06 0.10 0.23 0.01 0.27 0.01 0.27 0.19 0.19 0.24 0.15 0.06 0.22 0.19 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.20 0.21 0.11 0.08 0.26 0.17 0.27 0.23 0.23 0.20 0.23 0.30 0.20 0.14 0.13 0.27 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 0.45 0.50 0.49 0.43 0.33 0.40 0.22 0.37 0.40 0.46 0.45 0.48 0.46 0.47 0.32 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.17 0.17 0.16 0.20 0.07 0.20 0.01 0.17 0.15 0.19 0.22 0.18 0.14 0.17 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.17 0.18 0.31 0.17 0.52 0.18 0.61 0.19 0.17 0.18 0.20 0.45 0.50 0.18 0.44 0.48 0.56 0.44 0.53
C2 0.24 0.15 0.24 0.32 0.15 0.53 0.16 0.58 0.19 0.18 0.15 0.15 0.46 0.50 0.16 0.49 0.44 0.48 0.37 0.48
C2' 0.19 0.17 0.24 0.28 0.17 0.46 0.17 0.53 0.18 0.16 0.19 0.20 0.47 0.43 0.19 0.40 0.40 0.43 0.30 0.42
C3' 0.16 0.16 0.20 0.26 0.15 0.41 0.13 0.47 0.14 0.13 0.18 0.21 0.44 0.40 0.16 0.34 0.35 0.42 0.29 0.37
C4 0.26 0.14 0.24 0.30 0.14 0.52 0.16 0.54 0.19 0.19 0.15 0.15 0.44 0.44 0.15 0.51 0.39 0.44 0.33 0.44
C4' 0.16 0.14 0.12 0.33 0.13 0.46 0.15 0.57 0.17 0.14 0.15 0.18 0.39 0.49 0.14 0.37 0.48 0.62 0.46 0.52
C5 0.22 0.15 0.20 0.30 0.16 0.53 0.16 0.56 0.18 0.17 0.17 0.19 0.45 0.46 0.17 0.51 0.42 0.45 0.36 0.46
C5' 0.22 0.18 0.17 0.41 0.19 0.48 0.22 0.59 0.24 0.20 0.18 0.20 0.34 0.54 0.19 0.38 0.53 0.68 0.54 0.57
C6 0.20 0.17 0.18 0.30 0.17 0.54 0.18 0.59 0.19 0.17 0.18 0.21 0.47 0.49 0.18 0.48 0.45 0.49 0.40 0.50
N1 0.21 0.16 0.20 0.31 0.17 0.53 0.17 0.60 0.19 0.18 0.17 0.18 0.46 0.50 0.17 0.47 0.46 0.50 0.40 0.50
N3 0.25 0.15 0.25 0.31 0.14 0.52 0.16 0.56 0.19 0.19 0.15 0.15 0.46 0.47 0.15 0.50 0.41 0.45 0.34 0.45
N4 0.29 0.17 0.25 0.29 0.15 0.49 0.17 0.50 0.21 0.22 0.15 0.16 0.42 0.40 0.15 0.51 0.36 0.44 0.31 0.41
O2 0.24 0.15 0.25 0.33 0.15 0.53 0.16 0.59 0.19 0.19 0.15 0.15 0.47 0.51 0.16 0.48 0.44 0.49 0.37 0.49
O2' 0.19 0.17 0.22 0.27 0.17 0.47 0.17 0.56 0.18 0.16 0.19 0.20 0.46 0.42 0.19 0.41 0.42 0.51 0.34 0.46
O3' 0.15 0.21 0.24 0.21 0.20 0.34 0.15 0.39 0.15 0.16 0.23 0.26 0.46 0.31 0.22 0.29 0.29 0.41 0.27 0.31
O4' 0.18 0.19 0.12 0.34 0.18 0.51 0.19 0.63 0.20 0.17 0.20 0.23 0.42 0.54 0.19 0.41 0.52 0.65 0.52 0.58
O5' 0.16 0.21 0.11 0.34 0.17 0.42 0.14 0.51 0.15 0.16 0.21 0.29 0.39 0.51 0.17 0.32 0.43 0.54 0.45 0.47
OP1 0.31 0.33 0.24 0.23 0.32 0.32 0.33 0.41 0.32 0.31 0.33 0.36 0.48 0.26 0.33 0.37 0.46 0.53 0.57 0.50
OP2 0.25 0.33 0.43 0.58 0.34 0.28 0.32 0.34 0.30 0.30 0.35 0.34 0.39 0.63 0.35 0.16 0.46 0.76 0.68 0.56
P 0.12 0.14 0.17 0.42 0.13 0.26 0.14 0.29 0.14 0.13 0.14 0.18 0.21 0.56 0.13 0.17 0.35 0.48 0.41 0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.14 0.02 0.01 0.11 0.16 0.16 0.11
C2 0.02 0.00 0.11 0.10 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.11 0.01 0.11 0.16 0.33 0.27 0.18
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.10 0.12 0.02 0.09 0.19 0.00 0.04 0.04 0.01 0.20 0.26 0.36 0.23
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.15 0.00 0.16 0.02 0.13 0.09 0.13 0.09 0.02 0.01 0.17 0.01 0.07 0.19 0.11 0.09
C4 0.02 0.01 0.04 0.15 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.02 0.16 0.09 0.00 0.06 0.22 0.51 0.40 0.24
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.12 0.05 0.06 0.11 0.12 0.02 0.09 0.00 0.01 0.19 0.18 0.02
C5 0.02 0.01 0.09 0.16 0.01 0.12 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.11 0.01 0.11 0.22 0.53 0.39 0.23
C5' 0.05 0.11 0.10 0.02 0.16 0.01 0.19 0.00 0.17 0.09 0.13 0.13 0.05 0.08 0.17 0.02 0.01 0.30 0.29 0.01
C6 0.02 0.01 0.12 0.13 0.01 0.12 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.08 0.01 0.13 0.19 0.42 0.31 0.18
N1 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.07 0.02 0.03 0.15 0.31 0.24 0.15
N3 0.02 0.01 0.09 0.13 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.09 0.01 0.08 0.19 0.43 0.34 0.21
O2 0.04 0.01 0.19 0.09 0.02 0.11 0.02 0.13 0.02 0.02 0.01 0.00 0.32 0.18 0.02 0.19 0.15 0.27 0.24 0.17
O2' 0.01 0.20 0.00 0.02 0.16 0.12 0.21 0.05 0.20 0.09 0.18 0.32 0.00 0.06 0.17 0.08 0.16 0.26 0.47 0.23
O3' 0.14 0.11 0.04 0.01 0.09 0.02 0.11 0.08 0.08 0.07 0.09 0.18 0.06 0.00 0.11 0.11 0.10 0.28 0.15 0.14
O4 0.02 0.01 0.04 0.17 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.02 0.17 0.11 0.00 0.06 0.23 0.56 0.44 0.26
O4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.06 0.00 0.11 0.02 0.13 0.03 0.08 0.19 0.08 0.11 0.06 0.00 0.06 0.05 0.20 0.09
O5' 0.11 0.16 0.20 0.07 0.22 0.01 0.22 0.01 0.19 0.15 0.19 0.15 0.16 0.10 0.23 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.16 0.33 0.26 0.19 0.51 0.19 0.53 0.30 0.42 0.31 0.43 0.27 0.26 0.28 0.56 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.27 0.36 0.11 0.40 0.18 0.39 0.29 0.31 0.24 0.34 0.24 0.47 0.15 0.44 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.18 0.23 0.09 0.24 0.02 0.23 0.01 0.18 0.15 0.21 0.17 0.23 0.14 0.26 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00