ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53171

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 2, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.009, 0.028, 0.048, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.028 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.004, 0.026, 0.048, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.026 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.009, 0.033, 0.056, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.033 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.010, 0.038, 0.067, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.038 std_dev=0.029
N1 A 0, 0.005, 0.038, 0.072, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.038 std_dev=0.034
O2 A 0, 0.013, 0.065, 0.118, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.065 std_dev=0.053
N4 A 0, 0.016, 0.070, 0.123, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.070 std_dev=0.053
O4' A 0, 0.139, 0.240, 0.342, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.240 std_dev=0.101
C4' A 0, 0.163, 0.310, 0.458, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.310 std_dev=0.147
C2' A 0, 0.129, 0.279, 0.429, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.279 std_dev=0.150
C3' A 0, 0.202, 0.401, 0.601, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.401 std_dev=0.200
C2 B 0, 0.259, 0.487, 0.715, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.487 std_dev=0.228
O2 B 0, 0.246, 0.483, 0.720, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.483 std_dev=0.237
N3 B 0, 0.222, 0.464, 0.705, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.464 std_dev=0.241
O2' A 0, 0.144, 0.385, 0.626, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.385 std_dev=0.241
C5' A 0, 0.361, 0.632, 0.902, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.632 std_dev=0.271
N1 B 0, 0.397, 0.672, 0.946, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.672 std_dev=0.275
C4 B 0, 0.304, 0.586, 0.867, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.586 std_dev=0.281
C5 B 0, 0.400, 0.697, 0.994, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.697 std_dev=0.297
O3' A 0, 0.316, 0.648, 0.979, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.648 std_dev=0.331
C6 B 0, 0.407, 0.740, 1.074, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.740 std_dev=0.333
C1' B 0, 0.516, 0.883, 1.250, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.883 std_dev=0.367
O4' B 0, 0.567, 0.952, 1.336, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.952 std_dev=0.385
O4 B 0, 0.250, 0.660, 1.069, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.660 std_dev=0.409
O5' A 0, 0.644, 1.088, 1.531, 1.552 max_d=1.552 avg_d=1.088 std_dev=0.443
C4' B 0, 0.580, 1.055, 1.530, 1.551 max_d=1.551 avg_d=1.055 std_dev=0.475
C2' B 0, 0.430, 0.906, 1.381, 2.034 max_d=2.034 avg_d=0.906 std_dev=0.476
C5' B 0, 0.642, 1.151, 1.661, 1.693 max_d=1.693 avg_d=1.151 std_dev=0.509
C3' B 0, 0.565, 1.197, 1.828, 1.836 max_d=1.836 avg_d=1.197 std_dev=0.631
O5' B 0, 0.700, 1.403, 2.106, 2.104 max_d=2.104 avg_d=1.403 std_dev=0.703
P B 0, 0.770, 1.558, 2.347, 2.454 max_d=2.454 avg_d=1.558 std_dev=0.789
OP1 A 0, 0.817, 1.655, 2.493, 2.631 max_d=2.631 avg_d=1.655 std_dev=0.838
O2' B 0, 1.122, 2.075, 3.028, 3.918 max_d=3.918 avg_d=2.075 std_dev=0.953
P A 0, 0.595, 1.600, 2.605, 2.714 max_d=2.714 avg_d=1.600 std_dev=1.005
O3' B 0, 1.015, 2.038, 3.060, 2.893 max_d=2.893 avg_d=2.038 std_dev=1.022
OP2 B 0, 0.935, 2.022, 3.109, 3.204 max_d=3.204 avg_d=2.022 std_dev=1.087
OP1 B 0, 0.793, 1.925, 3.057, 4.147 max_d=4.147 avg_d=1.925 std_dev=1.132
OP2 A 0, 1.439, 3.398, 5.357, 5.396 max_d=5.396 avg_d=3.398 std_dev=1.959

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.05 0.03 0.09 0.01 0.02 0.01 0.08 0.29 0.21 0.13
C2 0.05 0.00 0.07 0.10 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.10 0.04 0.14 0.50 0.33 0.15
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.07 0.01 0.10 0.03 0.10 0.03 0.07 0.08 0.13 0.00 0.01 0.01 0.10 0.25 0.28 0.07
C3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.07 0.01 0.11 0.03 0.12 0.06 0.09 0.08 0.15 0.02 0.01 0.02 0.17 0.19 0.35 0.06
C4 0.03 0.02 0.07 0.07 0.00 0.06 0.01 0.15 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.09 0.10 0.04 0.23 0.68 0.44 0.21
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.02 0.06 0.03 0.05 0.08 0.08 0.06 0.02 0.00 0.03 0.18 0.19 0.06
C5 0.02 0.02 0.10 0.11 0.01 0.07 0.00 0.15 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.08 0.14 0.06 0.22 0.72 0.37 0.22
C5' 0.03 0.08 0.03 0.03 0.15 0.02 0.15 0.00 0.11 0.07 0.11 0.18 0.08 0.07 0.03 0.02 0.01 0.34 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.12 0.02 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.06 0.14 0.06 0.17 0.62 0.29 0.20
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.03 0.02 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.06 0.01 0.12 0.48 0.26 0.16
N3 0.05 0.01 0.07 0.09 0.01 0.05 0.01 0.11 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.10 0.10 0.03 0.20 0.58 0.41 0.18
N4 0.03 0.03 0.08 0.08 0.01 0.08 0.03 0.18 0.03 0.02 0.03 0.00 0.04 0.11 0.11 0.05 0.28 0.72 0.51 0.25
O2 0.09 0.01 0.13 0.15 0.02 0.08 0.02 0.08 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.13 0.17 0.10 0.12 0.42 0.32 0.14
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.09 0.06 0.08 0.07 0.06 0.02 0.10 0.11 0.13 0.00 0.03 0.05 0.09 0.17 0.27 0.07
O3' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.10 0.02 0.14 0.03 0.14 0.06 0.10 0.11 0.17 0.03 0.00 0.02 0.21 0.21 0.49 0.08
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.02 0.06 0.01 0.03 0.05 0.10 0.05 0.02 0.00 0.16 0.23 0.27 0.17
O5' 0.08 0.14 0.10 0.17 0.23 0.03 0.22 0.01 0.17 0.12 0.20 0.28 0.12 0.09 0.21 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.29 0.50 0.25 0.19 0.68 0.18 0.72 0.34 0.62 0.48 0.58 0.72 0.42 0.17 0.21 0.23 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.33 0.28 0.35 0.44 0.19 0.37 0.21 0.29 0.26 0.41 0.51 0.32 0.27 0.49 0.27 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.15 0.07 0.06 0.21 0.06 0.22 0.02 0.20 0.16 0.18 0.25 0.14 0.07 0.08 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.17 0.48 0.63 0.18 0.54 0.21 0.58 0.23 0.22 0.17 0.14 0.69 1.00 0.18 0.38 0.57 0.49 0.64 0.60
C2 0.21 0.13 0.42 0.49 0.13 0.42 0.15 0.43 0.16 0.16 0.13 0.11 0.59 0.87 0.14 0.32 0.41 0.48 0.42 0.45
C2' 0.22 0.14 0.42 0.44 0.17 0.37 0.18 0.42 0.19 0.17 0.15 0.14 0.64 0.76 0.18 0.29 0.43 0.33 0.42 0.43
C3' 0.24 0.15 0.37 0.48 0.19 0.38 0.21 0.43 0.21 0.19 0.16 0.15 0.59 0.77 0.20 0.30 0.48 0.34 0.47 0.48
C4 0.18 0.12 0.37 0.37 0.12 0.35 0.13 0.33 0.15 0.15 0.12 0.11 0.50 0.73 0.12 0.29 0.30 0.48 0.33 0.38
C4' 0.32 0.24 0.47 0.78 0.29 0.62 0.33 0.71 0.33 0.30 0.26 0.19 0.59 1.12 0.28 0.43 0.74 0.53 0.83 0.75
C5 0.20 0.15 0.43 0.42 0.15 0.38 0.16 0.37 0.17 0.17 0.16 0.14 0.60 0.78 0.15 0.31 0.36 0.46 0.42 0.43
C5' 0.39 0.34 0.53 0.94 0.41 0.72 0.45 0.82 0.45 0.40 0.37 0.28 0.48 1.27 0.41 0.48 0.90 0.61 1.01 0.90
C6 0.23 0.17 0.47 0.53 0.18 0.45 0.19 0.46 0.20 0.20 0.18 0.15 0.70 0.89 0.17 0.34 0.45 0.45 0.53 0.49
N1 0.23 0.15 0.46 0.55 0.16 0.47 0.18 0.48 0.19 0.19 0.15 0.13 0.66 0.92 0.16 0.34 0.47 0.46 0.52 0.50
N3 0.19 0.12 0.39 0.41 0.12 0.37 0.13 0.37 0.15 0.15 0.13 0.11 0.53 0.79 0.13 0.30 0.34 0.49 0.34 0.40
N4 0.19 0.16 0.31 0.29 0.13 0.31 0.15 0.29 0.17 0.17 0.14 0.15 0.41 0.64 0.13 0.29 0.25 0.50 0.29 0.35
O2 0.21 0.12 0.42 0.50 0.14 0.44 0.15 0.45 0.16 0.16 0.13 0.11 0.57 0.88 0.15 0.32 0.43 0.48 0.42 0.47
O2' 0.21 0.14 0.41 0.48 0.17 0.42 0.18 0.49 0.19 0.17 0.15 0.14 0.63 0.80 0.18 0.30 0.48 0.36 0.49 0.49
O3' 0.25 0.16 0.34 0.38 0.19 0.33 0.21 0.37 0.22 0.19 0.16 0.18 0.57 0.61 0.20 0.29 0.43 0.30 0.40 0.44
O4' 0.35 0.25 0.55 0.81 0.28 0.68 0.32 0.74 0.34 0.32 0.25 0.20 0.72 1.19 0.26 0.47 0.74 0.60 0.86 0.76
O5' 0.42 0.41 0.64 1.06 0.49 0.70 0.52 0.76 0.50 0.45 0.45 0.36 0.45 1.46 0.50 0.44 0.89 0.65 0.97 0.88
OP1 0.70 0.63 0.45 0.32 0.49 0.51 0.44 0.58 0.48 0.59 0.57 0.72 1.06 0.60 0.48 0.68 0.52 0.42 0.71 0.60
OP2 0.44 0.68 0.81 1.26 0.86 0.55 0.84 0.69 0.74 0.65 0.80 0.60 0.22 1.48 0.91 0.27 1.05 0.85 1.11 1.02
P 0.31 0.34 0.51 1.07 0.45 0.62 0.49 0.74 0.45 0.37 0.40 0.29 0.19 1.42 0.47 0.33 0.94 0.66 1.01 0.92

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.22 0.04 0.01 0.11 0.23 0.25 0.20
C2 0.03 0.00 0.08 0.13 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.20 0.03 0.06 0.11 0.43 0.18 0.15
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.07 0.02 0.11 0.13 0.12 0.04 0.07 0.15 0.01 0.02 0.09 0.02 0.25 0.22 0.31 0.28
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.30 0.01 0.35 0.02 0.31 0.17 0.20 0.10 0.03 0.01 0.33 0.03 0.07 0.20 0.14 0.10
C4 0.04 0.02 0.07 0.30 0.00 0.16 0.01 0.21 0.02 0.03 0.01 0.02 0.27 0.21 0.01 0.06 0.27 0.60 0.41 0.19
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.16 0.00 0.21 0.01 0.20 0.08 0.08 0.08 0.24 0.04 0.18 0.00 0.02 0.19 0.24 0.05
C5 0.03 0.02 0.11 0.35 0.01 0.21 0.00 0.25 0.01 0.03 0.01 0.02 0.28 0.29 0.03 0.08 0.30 0.60 0.39 0.19
C5' 0.04 0.07 0.13 0.02 0.21 0.01 0.25 0.00 0.21 0.09 0.12 0.08 0.13 0.15 0.24 0.02 0.01 0.33 0.31 0.02
C6 0.03 0.01 0.12 0.31 0.02 0.20 0.01 0.21 0.00 0.01 0.02 0.02 0.23 0.25 0.04 0.09 0.22 0.47 0.22 0.14
N1 0.01 0.01 0.04 0.17 0.03 0.08 0.03 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.13 0.04 0.02 0.11 0.38 0.17 0.15
N3 0.03 0.01 0.07 0.20 0.01 0.08 0.01 0.12 0.02 0.01 0.00 0.02 0.24 0.15 0.03 0.04 0.18 0.53 0.28 0.15
O2 0.04 0.01 0.15 0.10 0.02 0.08 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.00 0.17 0.36 0.04 0.10 0.10 0.39 0.17 0.18
O2' 0.03 0.18 0.01 0.03 0.27 0.24 0.28 0.13 0.23 0.15 0.24 0.17 0.00 0.05 0.29 0.18 0.16 0.14 0.33 0.20
O3' 0.22 0.20 0.02 0.01 0.21 0.04 0.29 0.15 0.25 0.13 0.15 0.36 0.05 0.00 0.24 0.13 0.21 0.58 0.36 0.32
O4 0.04 0.03 0.09 0.33 0.01 0.18 0.03 0.24 0.04 0.04 0.03 0.04 0.29 0.24 0.00 0.07 0.31 0.65 0.52 0.24
O4' 0.01 0.06 0.02 0.03 0.06 0.00 0.08 0.02 0.09 0.02 0.04 0.10 0.18 0.13 0.07 0.00 0.08 0.16 0.38 0.20
O5' 0.11 0.11 0.25 0.07 0.27 0.02 0.30 0.01 0.22 0.11 0.18 0.10 0.16 0.21 0.31 0.08 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.23 0.43 0.22 0.20 0.60 0.19 0.60 0.33 0.47 0.38 0.53 0.39 0.14 0.58 0.65 0.16 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.18 0.31 0.14 0.41 0.24 0.39 0.31 0.22 0.17 0.28 0.17 0.33 0.36 0.52 0.38 0.02 0.02 0.00 0.02
P 0.20 0.15 0.28 0.10 0.19 0.05 0.19 0.02 0.14 0.15 0.15 0.18 0.20 0.32 0.24 0.20 0.01 0.01 0.02 0.00