Doublet Group distance statistics: 53172

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 3, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C4	A	0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N3	A	0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C5	A	0, 0.001, 0.013, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N1	A	0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C6	A	0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C2	A	0, 0.013, 0.028, 0.042, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.014
C1'	A	0, 0.012, 0.028, 0.043, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.028 std_dev=0.015
N4	A	0, 0.021, 0.057, 0.093, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.036
O2	A	0, 0.025, 0.078, 0.131, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.078 std_dev=0.053
O4'	A	0, 0.127, 0.223, 0.320, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.223 std_dev=0.096
C2'	A	0, 0.147, 0.256, 0.366, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.256 std_dev=0.109
C4'	A	0, 0.189, 0.309, 0.429, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.309 std_dev=0.120
C3'	A	0, 0.215, 0.370, 0.525, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.370 std_dev=0.155
O2'	A	0, 0.212, 0.369, 0.527, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.369 std_dev=0.158
O3'	A	0, 0.258, 0.479, 0.701, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.479 std_dev=0.222
O2	B	0, 0.295, 0.517, 0.740, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.517 std_dev=0.223
C5'	A	0, 0.443, 0.703, 0.964, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.703 std_dev=0.260
C2	B	0, 0.300, 0.572, 0.844, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.572 std_dev=0.272
N1	B	0, 0.356, 0.675, 0.995, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.675 std_dev=0.319
N3	B	0, 0.331, 0.655, 0.978, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.655 std_dev=0.324
O5'	A	0, 0.510, 0.837, 1.163, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.837 std_dev=0.327
C6	B	0, 0.401, 0.754, 1.106, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.754 std_dev=0.353
C1'	B	0, 0.484, 0.853, 1.222, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.853 std_dev=0.369
C5	B	0, 0.412, 0.806, 1.199, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.806 std_dev=0.394
C4	B	0, 0.397, 0.797, 1.196, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.797 std_dev=0.399
O4	B	0, 0.474, 0.975, 1.475, 1.787 max_d=1.787 avg_d=0.975 std_dev=0.501
P	A	0, 0.873, 1.454, 2.034, 2.037 max_d=2.037 avg_d=1.454 std_dev=0.581
O3'	B	0, 0.834, 1.500, 2.165, 2.345 max_d=2.345 avg_d=1.500 std_dev=0.666
O4'	B	0, 1.083, 1.781, 2.479, 2.404 max_d=2.404 avg_d=1.781 std_dev=0.698
OP2	A	0, 1.021, 1.722, 2.424, 2.424 max_d=2.424 avg_d=1.722 std_dev=0.701
C2'	B	0, 1.160, 1.873, 2.586, 2.404 max_d=2.404 avg_d=1.873 std_dev=0.713
OP1	A	0, 1.057, 1.773, 2.488, 2.551 max_d=2.551 avg_d=1.773 std_dev=0.716
O2'	B	0, 1.485, 2.310, 3.136, 2.772 max_d=2.772 avg_d=2.310 std_dev=0.826
C3'	B	0, 1.285, 2.143, 3.001, 2.798 max_d=2.798 avg_d=2.143 std_dev=0.858
C4'	B	0, 1.501, 2.443, 3.384, 3.225 max_d=3.225 avg_d=2.443 std_dev=0.942
C5'	B	0, 2.200, 3.578, 4.955, 4.719 max_d=4.719 avg_d=3.578 std_dev=1.378
O5'	B	0, 3.246, 5.064, 6.882, 6.198 max_d=6.198 avg_d=5.064 std_dev=1.818
P	B	0, 4.432, 6.942, 9.452, 8.495 max_d=8.495 avg_d=6.942 std_dev=2.510
OP2	B	0, 4.409, 6.957, 9.505, 8.563 max_d=8.563 avg_d=6.957 std_dev=2.548
OP1	B	0, 5.837, 9.081, 12.325, 10.869 max_d=10.869 avg_d=9.081 std_dev=3.244

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.02	0.01	0.03	0.02	0.10	0.02	0.03	0.00	0.09	0.08	0.17	0.10
C2	0.04	0.00	0.05	0.05	0.01	0.04	0.01	0.08	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.05	0.04	0.04	0.16	0.17	0.31	0.19
C2'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.04	0.01	0.03	0.01	0.03	0.01	0.04	0.04	0.11	0.01	0.04	0.01	0.05	0.11	0.15	0.08
C3'	0.01	0.05	0.00	0.00	0.04	0.00	0.05	0.01	0.05	0.03	0.04	0.05	0.11	0.02	0.01	0.02	0.07	0.13	0.13	0.09
C4	0.01	0.01	0.04	0.04	0.00	0.05	0.00	0.12	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.03	0.02	0.20	0.25	0.37	0.26
C4'	0.01	0.04	0.01	0.00	0.05	0.00	0.06	0.01	0.06	0.03	0.04	0.05	0.10	0.03	0.01	0.00	0.02	0.07	0.06	0.02
C5	0.01	0.01	0.03	0.05	0.00	0.06	0.00	0.13	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.03	0.05	0.04	0.21	0.25	0.36	0.26
C5'	0.03	0.08	0.01	0.01	0.12	0.01	0.13	0.00	0.12	0.08	0.10	0.13	0.11	0.03	0.03	0.01	0.01	0.07	0.03	0.01
C6	0.02	0.01	0.03	0.05	0.01	0.06	0.00	0.12	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.02	0.05	0.04	0.19	0.20	0.30	0.21
N1	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.03	0.00	0.08	0.00	0.00	0.01	0.01	0.04	0.02	0.02	0.01	0.16	0.16	0.27	0.17
N3	0.03	0.00	0.04	0.04	0.01	0.04	0.01	0.10	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.05	0.03	0.02	0.18	0.21	0.35	0.23
N4	0.02	0.01	0.04	0.05	0.00	0.05	0.01	0.13	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.05	0.04	0.02	0.21	0.28	0.40	0.28
O2	0.10	0.01	0.11	0.11	0.01	0.10	0.02	0.11	0.03	0.04	0.02	0.02	0.00	0.11	0.10	0.10	0.16	0.16	0.29	0.19
O2'	0.02	0.05	0.01	0.02	0.04	0.03	0.03	0.03	0.02	0.02	0.05	0.05	0.11	0.00	0.07	0.04	0.05	0.08	0.12	0.05
O3'	0.03	0.04	0.04	0.01	0.03	0.01	0.05	0.03	0.05	0.02	0.03	0.04	0.10	0.07	0.00	0.02	0.14	0.20	0.16	0.15
O4'	0.00	0.04	0.01	0.02	0.02	0.00	0.04	0.01	0.04	0.01	0.02	0.02	0.10	0.04	0.02	0.00	0.11	0.09	0.13	0.10
O5'	0.09	0.16	0.05	0.07	0.20	0.02	0.21	0.01	0.19	0.16	0.18	0.21	0.16	0.05	0.14	0.11	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.08	0.17	0.11	0.13	0.25	0.07	0.25	0.07	0.20	0.16	0.21	0.28	0.16	0.08	0.20	0.09	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.17	0.31	0.15	0.13	0.37	0.06	0.36	0.03	0.30	0.27	0.35	0.40	0.29	0.12	0.16	0.13	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.10	0.19	0.08	0.09	0.26	0.02	0.26	0.01	0.21	0.17	0.23	0.28	0.19	0.05	0.15	0.10	0.01	0.00	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.08	0.07	0.41	0.07	0.07	0.25	0.09	0.30	0.10	0.09	0.07	0.07	0.83	0.33	0.06	0.37	0.22	0.45	0.31	0.22
C2	0.06	0.06	0.42	0.08	0.05	0.26	0.07	0.31	0.08	0.08	0.05	0.07	0.79	0.32	0.05	0.37	0.23	0.35	0.22	0.16
C2'	0.10	0.09	0.39	0.04	0.08	0.24	0.10	0.26	0.11	0.11	0.08	0.08	0.75	0.29	0.07	0.36	0.22	0.42	0.29	0.20
C3'	0.09	0.07	0.40	0.04	0.06	0.23	0.08	0.25	0.09	0.09	0.06	0.06	0.75	0.24	0.07	0.32	0.23	0.41	0.31	0.20
C4	0.06	0.06	0.43	0.12	0.05	0.22	0.07	0.24	0.07	0.07	0.06	0.06	0.76	0.28	0.05	0.33	0.21	0.28	0.17	0.13
C4'	0.08	0.07	0.41	0.05	0.06	0.24	0.08	0.28	0.08	0.08	0.07	0.06	0.84	0.26	0.07	0.32	0.26	0.46	0.35	0.25
C5	0.09	0.09	0.41	0.08	0.08	0.23	0.10	0.24	0.11	0.10	0.08	0.08	0.81	0.30	0.07	0.34	0.21	0.34	0.21	0.15
C5'	0.08	0.09	0.44	0.07	0.09	0.25	0.08	0.32	0.07	0.08	0.09	0.10	0.87	0.19	0.10	0.26	0.30	0.43	0.35	0.25
C6	0.10	0.09	0.40	0.07	0.08	0.25	0.10	0.27	0.11	0.11	0.08	0.08	0.82	0.32	0.07	0.36	0.22	0.40	0.28	0.20
N1	0.08	0.07	0.41	0.07	0.07	0.26	0.09	0.30	0.10	0.09	0.07	0.07	0.82	0.33	0.06	0.37	0.23	0.40	0.27	0.19
N3	0.05	0.05	0.42	0.11	0.04	0.24	0.06	0.28	0.07	0.06	0.05	0.06	0.75	0.29	0.04	0.35	0.21	0.29	0.18	0.13
N4	0.07	0.05	0.44	0.17	0.05	0.20	0.06	0.21	0.07	0.06	0.05	0.06	0.68	0.25	0.05	0.29	0.22	0.25	0.19	0.17
O2	0.05	0.06	0.42	0.08	0.05	0.27	0.06	0.33	0.07	0.06	0.05	0.07	0.78	0.32	0.06	0.38	0.23	0.37	0.24	0.17
O2'	0.09	0.09	0.39	0.05	0.08	0.25	0.10	0.28	0.11	0.11	0.08	0.09	0.77	0.29	0.07	0.37	0.23	0.44	0.31	0.22
O3'	0.10	0.07	0.38	0.04	0.07	0.24	0.09	0.26	0.10	0.09	0.07	0.06	0.69	0.21	0.07	0.33	0.26	0.41	0.33	0.22
O4'	0.11	0.09	0.41	0.11	0.08	0.24	0.10	0.28	0.11	0.10	0.08	0.09	0.88	0.37	0.07	0.35	0.22	0.50	0.37	0.27
O5'	0.14	0.17	0.50	0.14	0.16	0.19	0.14	0.26	0.13	0.14	0.17	0.18	0.89	0.18	0.17	0.18	0.22	0.36	0.29	0.16
OP1	0.19	0.24	0.53	0.22	0.23	0.24	0.20	0.38	0.19	0.21	0.25	0.26	0.85	0.13	0.24	0.12	0.24	0.36	0.34	0.18
OP2	0.19	0.30	0.52	0.20	0.28	0.23	0.23	0.31	0.20	0.23	0.31	0.34	0.80	0.09	0.29	0.15	0.18	0.36	0.33	0.18
P	0.17	0.23	0.52	0.18	0.21	0.21	0.18	0.32	0.17	0.19	0.23	0.25	0.88	0.10	0.22	0.11	0.22	0.36	0.31	0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.03	0.01	0.02	0.08	0.02	0.02	0.03	0.04	0.03	0.23	0.04	0.01	0.12	0.22	0.19	0.20
C2	0.03	0.00	0.17	0.16	0.00	0.05	0.01	0.13	0.01	0.01	0.00	0.01	0.10	0.11	0.01	0.12	0.18	0.25	0.32	0.27
C2'	0.00	0.17	0.00	0.01	0.06	0.01	0.19	0.17	0.22	0.03	0.11	0.34	0.00	0.04	0.08	0.02	0.28	0.31	0.25	0.20
C3'	0.01	0.16	0.01	0.00	0.11	0.01	0.06	0.02	0.04	0.08	0.16	0.21	0.01	0.01	0.12	0.03	0.27	0.38	0.20	0.17
C4	0.03	0.00	0.06	0.11	0.00	0.03	0.01	0.21	0.01	0.01	0.00	0.01	0.23	0.08	0.00	0.03	0.19	0.33	0.44	0.34
C4'	0.01	0.05	0.01	0.01	0.03	0.00	0.06	0.01	0.06	0.01	0.03	0.09	0.19	0.03	0.03	0.01	0.02	0.33	0.12	0.12
C5	0.02	0.01	0.19	0.06	0.01	0.06	0.00	0.25	0.00	0.01	0.01	0.02	0.34	0.09	0.01	0.06	0.17	0.32	0.44	0.33
C5'	0.08	0.13	0.17	0.02	0.21	0.01	0.25	0.00	0.22	0.14	0.17	0.11	0.06	0.21	0.23	0.01	0.01	0.26	0.20	0.03
C6	0.02	0.01	0.22	0.04	0.01	0.06	0.00	0.22	0.00	0.01	0.02	0.02	0.32	0.11	0.02	0.09	0.14	0.28	0.38	0.31
N1	0.02	0.01	0.03	0.08	0.01	0.01	0.01	0.14	0.01	0.00	0.01	0.01	0.11	0.13	0.02	0.02	0.15	0.23	0.31	0.27
N3	0.03	0.00	0.11	0.16	0.00	0.03	0.01	0.17	0.02	0.01	0.00	0.01	0.09	0.09	0.01	0.09	0.19	0.29	0.38	0.31
O2	0.04	0.01	0.34	0.21	0.01	0.09	0.02	0.11	0.02	0.01	0.01	0.00	0.32	0.12	0.02	0.19	0.19	0.24	0.27	0.24
O2'	0.03	0.10	0.00	0.01	0.23	0.19	0.34	0.06	0.32	0.11	0.09	0.32	0.00	0.07	0.26	0.12	0.11	0.21	0.17	0.11
O3'	0.23	0.11	0.04	0.01	0.08	0.03	0.09	0.21	0.11	0.13	0.09	0.12	0.07	0.00	0.08	0.16	0.10	0.45	0.15	0.15
O4	0.04	0.01	0.08	0.12	0.00	0.03	0.01	0.23	0.02	0.02	0.01	0.02	0.26	0.08	0.00	0.04	0.20	0.36	0.47	0.35
O4'	0.01	0.12	0.02	0.03	0.03	0.01	0.06	0.01	0.09	0.02	0.09	0.19	0.12	0.16	0.04	0.00	0.25	0.27	0.34	0.34
O5'	0.12	0.18	0.28	0.27	0.19	0.02	0.17	0.01	0.14	0.15	0.19	0.19	0.11	0.10	0.20	0.25	0.00	0.03	0.02	0.01
OP1	0.22	0.25	0.31	0.38	0.33	0.33	0.32	0.26	0.28	0.23	0.29	0.24	0.21	0.45	0.36	0.27	0.03	0.00	0.04	0.00
OP2	0.19	0.32	0.25	0.20	0.44	0.12	0.44	0.20	0.38	0.31	0.38	0.27	0.17	0.15	0.47	0.34	0.02	0.04	0.00	0.01
P	0.20	0.27	0.20	0.17	0.34	0.12	0.33	0.03	0.31	0.27	0.31	0.24	0.11	0.15	0.35	0.34	0.01	0.00	0.01	0.00