ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53173

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, -0.001, 0.004, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.004 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.001, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C4 A 0, -0.002, 0.008, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.009
N1 A 0, -0.001, 0.010, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.011
C5 A 0, -0.002, 0.009, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.011
C1' A 0, -0.002, 0.010, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.012
C6 A 0, -0.002, 0.011, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.012
N4 A 0, -0.004, 0.031, 0.066, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.031 std_dev=0.035
O4' A 0, -0.027, 0.076, 0.179, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.076 std_dev=0.103
C2' A 0, -0.044, 0.126, 0.297, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.126 std_dev=0.170
C4' A 0, -0.066, 0.172, 0.410, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.172 std_dev=0.238
C3' A 0, -0.093, 0.241, 0.574, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.241 std_dev=0.333
O2 B 0, -0.083, 0.273, 0.629, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.273 std_dev=0.356
O2' A 0, -0.103, 0.273, 0.650, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.273 std_dev=0.377
C5' A 0, -0.119, 0.308, 0.735, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.308 std_dev=0.427
C2 B 0, -0.148, 0.437, 1.023, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.437 std_dev=0.585
O3' A 0, -0.180, 0.447, 1.073, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.447 std_dev=0.627
C1' B 0, -0.175, 0.481, 1.137, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.481 std_dev=0.656
N1 B 0, -0.180, 0.511, 1.203, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.511 std_dev=0.692
N3 B 0, -0.211, 0.609, 1.430, 1.770 max_d=1.770 avg_d=0.609 std_dev=0.821
C6 B 0, -0.246, 0.688, 1.622, 2.008 max_d=2.008 avg_d=0.688 std_dev=0.934
C4 B 0, -0.277, 0.784, 1.846, 2.285 max_d=2.285 avg_d=0.784 std_dev=1.061
C5 B 0, -0.289, 0.810, 1.908, 2.362 max_d=2.362 avg_d=0.810 std_dev=1.098
C2' B 0, -0.312, 0.807, 1.926, 2.389 max_d=2.389 avg_d=0.807 std_dev=1.119
O5' A 0, -0.322, 0.799, 1.920, 2.384 max_d=2.384 avg_d=0.799 std_dev=1.121
O4' B 0, -0.341, 0.863, 2.067, 2.565 max_d=2.565 avg_d=0.863 std_dev=1.204
O4 B 0, -0.329, 0.924, 2.176, 2.695 max_d=2.695 avg_d=0.924 std_dev=1.253
O2' B 0, -0.362, 0.929, 2.221, 2.756 max_d=2.756 avg_d=0.929 std_dev=1.292
O3' B 0, -0.450, 1.127, 2.703, 3.356 max_d=3.356 avg_d=1.127 std_dev=1.576
C4' B 0, -0.449, 1.128, 2.706, 3.359 max_d=3.359 avg_d=1.128 std_dev=1.578
C3' B 0, -0.450, 1.139, 2.728, 3.386 max_d=3.386 avg_d=1.139 std_dev=1.589
P A 0, -0.627, 1.547, 3.722, 4.623 max_d=4.623 avg_d=1.547 std_dev=2.175
C5' B 0, -0.685, 1.694, 4.073, 5.059 max_d=5.059 avg_d=1.694 std_dev=2.379
OP2 B 0, -0.720, 1.857, 4.434, 5.501 max_d=5.501 avg_d=1.857 std_dev=2.577
O5' B 0, -0.823, 2.060, 4.943, 6.137 max_d=6.137 avg_d=2.060 std_dev=2.883
OP1 A 0, -0.876, 2.138, 5.152, 6.400 max_d=6.400 avg_d=2.138 std_dev=3.014
OP2 A 0, -0.875, 2.140, 5.154, 6.403 max_d=6.403 avg_d=2.140 std_dev=3.015
P B 0, -0.922, 2.332, 5.586, 6.934 max_d=6.934 avg_d=2.332 std_dev=3.254
OP1 B 0, -1.040, 2.610, 6.261, 7.772 max_d=7.772 avg_d=2.610 std_dev=3.650

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.12 0.39 0.20 0.22
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.13 0.05 0.00 0.19 0.78 0.06 0.26
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.10 0.00 0.02 0.02 0.12 0.16 0.26 0.17
C3' 0.02 0.06 0.00 0.00 0.18 0.00 0.23 0.01 0.21 0.11 0.11 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.54 0.47 0.40
C4 0.01 0.01 0.02 0.18 0.00 0.11 0.00 0.22 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.24 0.01 0.23 0.92 0.30 0.23
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.11 0.00 0.13 0.00 0.12 0.06 0.06 0.13 0.02 0.09 0.01 0.01 0.00 0.22 0.29 0.05
C5 0.02 0.01 0.05 0.23 0.00 0.13 0.00 0.24 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.32 0.03 0.22 0.80 0.31 0.19
C5' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.22 0.00 0.24 0.00 0.19 0.12 0.16 0.25 0.06 0.08 0.01 0.01 0.01 0.42 0.35 0.02
C6 0.02 0.00 0.06 0.21 0.02 0.12 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.27 0.04 0.20 0.64 0.15 0.19
N1 0.01 0.00 0.01 0.11 0.01 0.06 0.02 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.01 0.18 0.64 0.01 0.24
N3 0.02 0.00 0.03 0.11 0.00 0.06 0.00 0.16 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.13 0.00 0.22 0.91 0.20 0.26
N4 0.01 0.01 0.02 0.20 0.00 0.13 0.02 0.25 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.28 0.00 0.25 1.01 0.39 0.24
O2 0.01 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.21 0.07 0.02 0.18 0.74 0.03 0.28
O2' 0.02 0.13 0.00 0.01 0.05 0.09 0.03 0.08 0.05 0.02 0.12 0.05 0.21 0.00 0.08 0.11 0.00 0.12 0.08 0.00
O3' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.24 0.01 0.32 0.01 0.27 0.11 0.13 0.28 0.07 0.08 0.00 0.01 0.33 0.96 0.65 0.59
O4' 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.11 0.01 0.00 0.23 0.43 0.58 0.40
O5' 0.12 0.19 0.12 0.26 0.23 0.00 0.22 0.01 0.20 0.18 0.22 0.25 0.18 0.00 0.33 0.23 0.00 0.00 0.00 0.01
OP1 0.39 0.78 0.16 0.54 0.92 0.22 0.80 0.42 0.64 0.64 0.91 1.01 0.74 0.12 0.96 0.43 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.20 0.06 0.26 0.47 0.30 0.29 0.31 0.35 0.15 0.01 0.20 0.39 0.03 0.08 0.65 0.58 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.26 0.17 0.40 0.23 0.05 0.19 0.02 0.19 0.24 0.26 0.24 0.28 0.00 0.59 0.40 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.09 0.52 0.06 0.08 0.52 0.16 0.56 0.22 0.21 0.04 0.01 0.93 0.04 0.05 0.82 0.94 0.08 0.69 0.67
C2 0.11 0.09 0.67 0.09 0.17 0.62 0.10 0.83 0.02 0.01 0.17 0.11 1.15 0.02 0.21 0.85 1.26 0.18 0.94 0.94
C2' 0.40 0.19 0.48 0.20 0.19 0.39 0.28 0.35 0.34 0.32 0.15 0.10 0.68 0.12 0.18 0.78 0.71 0.20 0.56 0.42
C3' 0.62 0.46 0.27 0.16 0.49 0.36 0.56 0.24 0.59 0.57 0.45 0.36 0.35 0.17 0.49 0.84 0.54 0.31 0.50 0.28
C4 0.05 0.17 0.70 0.12 0.25 0.58 0.20 0.91 0.14 0.11 0.24 0.16 1.18 0.03 0.26 0.76 1.23 0.07 0.93 0.86
C4' 0.63 0.42 0.13 0.07 0.47 0.46 0.56 0.34 0.60 0.56 0.40 0.29 0.36 0.09 0.46 0.85 0.62 0.06 0.53 0.40
C5 0.04 0.01 0.67 0.13 0.03 0.52 0.01 0.77 0.01 0.03 0.03 0.03 1.18 0.05 0.03 0.79 1.02 0.28 0.75 0.62
C5' 0.79 0.60 0.14 0.20 0.65 0.46 0.72 0.27 0.76 0.72 0.60 0.46 0.05 0.15 0.65 0.86 0.48 0.10 0.48 0.30
C6 0.20 0.09 0.63 0.11 0.07 0.51 0.12 0.65 0.15 0.16 0.05 0.02 1.16 0.04 0.06 0.82 0.93 0.19 0.68 0.58
N1 0.21 0.02 0.62 0.09 0.02 0.56 0.05 0.70 0.11 0.12 0.04 0.04 1.10 0.01 0.04 0.84 1.06 0.04 0.78 0.74
N3 0.01 0.18 0.70 0.10 0.28 0.63 0.21 0.93 0.13 0.09 0.27 0.17 1.19 0.00 0.32 0.81 1.33 0.14 1.01 0.99
N4 0.16 0.28 0.66 0.11 0.37 0.57 0.33 0.98 0.26 0.22 0.36 0.23 1.11 0.02 0.39 0.67 1.28 0.12 1.00 0.91
O2 0.13 0.10 0.66 0.07 0.20 0.64 0.11 0.85 0.02 0.02 0.20 0.12 1.12 0.04 0.25 0.86 1.31 0.32 1.00 1.03
O2' 0.49 0.21 0.34 0.05 0.22 0.48 0.35 0.42 0.42 0.38 0.16 0.09 0.49 0.05 0.19 0.85 0.79 0.03 0.63 0.53
O3' 0.83 0.69 0.03 0.11 0.79 0.35 0.87 0.16 0.89 0.81 0.71 0.54 0.08 0.16 0.80 0.89 0.43 0.39 0.48 0.19
O4' 0.37 0.15 0.37 0.06 0.17 0.52 0.26 0.51 0.31 0.29 0.12 0.05 0.83 0.15 0.15 0.80 0.85 0.14 0.62 0.61
O5' 0.52 0.33 0.22 0.02 0.21 0.49 0.20 0.34 0.25 0.36 0.27 0.34 0.50 0.00 0.20 0.79 0.63 0.02 0.60 0.41
OP1 0.66 0.71 0.08 0.29 0.35 0.92 0.13 0.73 0.17 0.50 0.59 0.94 0.22 0.03 0.34 1.03 1.26 1.12 1.30 1.21
OP2 0.27 0.61 0.68 0.44 0.99 0.02 1.06 0.24 0.92 0.65 0.80 0.43 0.40 0.01 1.05 0.02 0.18 0.29 0.21 0.05
P 0.27 0.12 0.24 0.05 0.14 0.40 0.24 0.18 0.18 0.05 0.01 0.25 0.32 0.01 0.16 0.52 0.55 0.14 0.61 0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.05 0.09 0.03 0.13 0.03 0.00 0.13 1.56 0.19 0.63
C2 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.26 0.00 0.57 0.00 0.01 0.00 0.00 0.20 0.06 0.01 0.29 0.39 1.38 0.33 0.17
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.06 0.02 0.17 0.13 0.18 0.02 0.05 0.26 0.00 0.01 0.07 0.00 0.00 1.07 0.23 0.31
C3' 0.02 0.01 0.01 0.00 0.14 0.00 0.24 0.01 0.26 0.11 0.05 0.07 0.03 0.01 0.14 0.03 0.02 0.69 0.29 0.20
C4 0.03 0.01 0.06 0.14 0.00 0.01 0.01 0.16 0.00 0.02 0.00 0.00 0.27 0.05 0.00 0.04 0.10 1.96 0.06 0.74
C4' 0.02 0.26 0.02 0.00 0.01 0.00 0.23 0.00 0.29 0.01 0.19 0.48 0.28 0.05 0.00 0.00 0.02 0.72 0.08 0.25
C5 0.00 0.00 0.17 0.24 0.01 0.23 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.00 0.55 0.10 0.01 0.25 0.51 2.31 0.43 1.18
C5' 0.06 0.57 0.13 0.01 0.16 0.00 0.22 0.00 0.31 0.13 0.49 0.89 0.14 0.23 0.19 0.01 0.00 0.28 0.42 0.01
C6 0.01 0.00 0.18 0.26 0.00 0.29 0.00 0.31 0.00 0.00 0.01 0.01 0.56 0.09 0.01 0.30 0.57 2.28 0.48 1.20
N1 0.01 0.01 0.02 0.11 0.02 0.01 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.02 0.12 0.02 0.01 0.00 0.10 1.81 0.11 0.69
N3 0.05 0.00 0.05 0.05 0.00 0.19 0.01 0.49 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.17 0.29 1.54 0.29 0.29
O2 0.09 0.00 0.26 0.07 0.00 0.48 0.00 0.89 0.01 0.02 0.01 0.00 0.58 0.09 0.01 0.53 0.83 0.83 0.69 0.35
O2' 0.03 0.20 0.00 0.03 0.27 0.28 0.55 0.14 0.56 0.12 0.04 0.58 0.00 0.02 0.29 0.17 0.31 1.24 0.11 0.56
O3' 0.13 0.06 0.01 0.01 0.05 0.05 0.10 0.23 0.09 0.02 0.02 0.09 0.02 0.00 0.05 0.09 0.07 0.46 0.16 0.18
O4 0.03 0.01 0.07 0.14 0.00 0.00 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.05 0.00 0.04 0.09 1.95 0.04 0.72
O4' 0.00 0.29 0.00 0.03 0.04 0.00 0.25 0.01 0.30 0.00 0.17 0.53 0.17 0.09 0.04 0.00 0.17 1.50 0.31 0.67
O5' 0.13 0.39 0.00 0.02 0.10 0.02 0.51 0.00 0.57 0.10 0.29 0.83 0.31 0.07 0.09 0.17 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 1.56 1.38 1.07 0.69 1.96 0.72 2.31 0.28 2.28 1.81 1.54 0.83 1.24 0.46 1.95 1.50 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.19 0.33 0.23 0.29 0.06 0.08 0.43 0.42 0.48 0.11 0.29 0.69 0.11 0.16 0.04 0.31 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.63 0.17 0.31 0.20 0.74 0.25 1.18 0.01 1.20 0.69 0.29 0.35 0.56 0.18 0.72 0.67 0.00 0.00 0.00 0.00