ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53175

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.001, 0.001, 0.001 max_d=0.001 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N4 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C3' B 0, 0.000, 0.097, 0.195, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.097 std_dev=0.097
O4' A 0, 0.000, 0.181, 0.363, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.181 std_dev=0.181
C2' A 0, 0.000, 0.188, 0.376, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.188 std_dev=0.188
O2' A 0, 0.000, 0.225, 0.451, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.225 std_dev=0.225
C4' A 0, 0.000, 0.283, 0.567, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.283 std_dev=0.283
C3' A 0, 0.000, 0.295, 0.591, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.295 std_dev=0.295
N9 B 0, 0.000, 0.322, 0.644, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.322 std_dev=0.322
P A 0, 0.000, 0.323, 0.647, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.323 std_dev=0.323
O5' A 0, 0.000, 0.331, 0.661, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.331 std_dev=0.331
N3 B 0, 0.000, 0.348, 0.695, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.348 std_dev=0.348
O3' A 0, 0.000, 0.448, 0.897, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.448 std_dev=0.448
C5' A 0, 0.000, 0.452, 0.904, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.452 std_dev=0.452
C4 B 0, 0.000, 0.468, 0.936, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.468 std_dev=0.468
C8 B 0, 0.000, 0.511, 1.023, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.511 std_dev=0.511
N2 B 0, 0.000, 0.542, 1.083, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.542 std_dev=0.542
C2 B 0, 0.000, 0.638, 1.275, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.638 std_dev=0.638
O3' B 0, 0.000, 0.642, 1.284, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.642 std_dev=0.642
C1' B 0, 0.000, 0.644, 1.288, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.644 std_dev=0.644
C4' B 0, 0.000, 0.861, 1.723, 1.723 max_d=1.723 avg_d=0.861 std_dev=0.861
C5 B 0, 0.000, 0.923, 1.847, 1.847 max_d=1.847 avg_d=0.923 std_dev=0.923
N7 B 0, 0.000, 0.945, 1.889, 1.889 max_d=1.889 avg_d=0.945 std_dev=0.945
C2' B 0, 0.000, 0.974, 1.948, 1.948 max_d=1.948 avg_d=0.974 std_dev=0.974
OP1 A 0, 0.000, 0.997, 1.994, 1.994 max_d=1.994 avg_d=0.997 std_dev=0.997
OP2 A 0, 0.000, 1.002, 2.003, 2.003 max_d=2.003 avg_d=1.002 std_dev=1.002
N1 B 0, 0.000, 1.133, 2.266, 2.266 max_d=2.266 avg_d=1.133 std_dev=1.133
O4' B 0, 0.000, 1.158, 2.315, 2.315 max_d=2.315 avg_d=1.158 std_dev=1.158
C6 B 0, 0.000, 1.321, 2.641, 2.641 max_d=2.641 avg_d=1.321 std_dev=1.321
C5' B 0, 0.000, 1.506, 3.012, 3.012 max_d=3.012 avg_d=1.506 std_dev=1.506
O6 B 0, 0.000, 1.794, 3.588, 3.588 max_d=3.588 avg_d=1.794 std_dev=1.794
O2' B 0, 0.000, 2.221, 4.442, 4.442 max_d=4.442 avg_d=2.221 std_dev=2.221
O5' B 0, 0.000, 2.261, 4.523, 4.523 max_d=4.523 avg_d=2.261 std_dev=2.261
P B 0, 0.000, 3.591, 7.182, 7.182 max_d=7.182 avg_d=3.591 std_dev=3.591
OP1 B 0, 0.000, 4.026, 8.052, 8.052 max_d=8.052 avg_d=4.026 std_dev=4.026
OP2 B 0, 0.000, 4.297, 8.594, 8.594 max_d=8.594 avg_d=4.297 std_dev=4.297

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.02 0.23 0.11
C2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.09 0.00 0.40 0.13
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.06 0.02
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.00 0.05 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.07 0.05 0.55 0.14
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.07 0.55 0.13
C5' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.11 0.05 0.04 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.10 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.07 0.04 0.47 0.13
N1 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.09 0.00 0.38 0.13
N3 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.09 0.03 0.48 0.14
N4 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.07 0.07 0.60 0.14
O2 0.01 0.00 0.10 0.11 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.13 0.00 0.10 0.02 0.33 0.13
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.07 0.00
O3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.02 0.13 0.01 0.00 0.01 0.08 0.08 0.25 0.14
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.02 0.24 0.13
O5' 0.08 0.09 0.03 0.01 0.07 0.01 0.06 0.00 0.07 0.09 0.09 0.07 0.10 0.02 0.08 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.00 0.05 0.07 0.05 0.05 0.07 0.09 0.04 0.00 0.03 0.07 0.02 0.06 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.23 0.40 0.06 0.02 0.55 0.02 0.55 0.10 0.47 0.38 0.48 0.60 0.33 0.07 0.25 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.13 0.02 0.04 0.14 0.00 0.13 0.01 0.13 0.13 0.14 0.14 0.13 0.00 0.14 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.03 0.01 0.67 0.06 0.03 0.58 0.04 0.78 0.04 0.06 0.01 0.04 0.00 0.06 0.04 1.33 0.06 0.71 1.23 0.04 1.85 2.01 1.92
C2 0.05 0.12 0.65 0.05 0.13 0.61 0.17 0.87 0.20 0.14 0.17 0.09 0.09 0.18 0.11 1.27 0.02 0.77 1.38 0.22 1.93 2.21 1.97
C2' 0.18 0.00 0.54 0.04 0.07 0.65 0.05 0.76 0.00 0.11 0.02 0.03 0.05 0.07 0.12 1.07 0.10 0.81 1.19 0.02 1.76 1.87 1.83
C3' 0.33 0.05 0.39 0.14 0.08 0.72 0.01 0.73 0.08 0.15 0.10 0.09 0.07 0.06 0.18 0.76 0.25 0.88 1.09 0.12 1.52 1.52 1.62
C4 0.08 0.20 0.55 0.03 0.19 0.58 0.24 0.84 0.27 0.20 0.25 0.15 0.15 0.24 0.16 1.03 0.10 0.77 1.31 0.29 1.63 1.86 1.66
C4' 0.26 0.08 0.43 0.10 0.03 0.68 0.01 0.71 0.08 0.10 0.11 0.11 0.01 0.03 0.13 0.88 0.12 0.80 1.04 0.12 1.51 1.46 1.60
C5 0.09 0.08 0.56 0.03 0.13 0.58 0.16 0.80 0.15 0.16 0.12 0.01 0.09 0.17 0.13 1.03 0.11 0.79 1.23 0.16 1.46 1.62 1.52
C5' 0.42 0.08 0.23 0.21 0.07 0.75 0.01 0.66 0.11 0.15 0.14 0.12 0.04 0.04 0.20 0.51 0.29 0.87 0.93 0.16 1.20 1.05 1.31
C6 0.07 0.01 0.64 0.05 0.06 0.60 0.08 0.79 0.07 0.10 0.04 0.04 0.02 0.10 0.08 1.22 0.05 0.79 1.23 0.08 1.57 1.73 1.65
N1 0.05 0.04 0.66 0.06 0.07 0.60 0.10 0.83 0.10 0.10 0.08 0.01 0.04 0.12 0.08 1.30 0.00 0.77 1.30 0.12 1.81 2.03 1.88
N3 0.06 0.19 0.60 0.04 0.18 0.60 0.24 0.88 0.27 0.19 0.25 0.16 0.14 0.23 0.14 1.16 0.06 0.77 1.38 0.30 1.84 2.12 1.87
N4 0.09 0.30 0.47 0.02 0.24 0.54 0.32 0.82 0.38 0.24 0.37 0.27 0.21 0.31 0.19 0.87 0.14 0.72 1.27 0.41 1.52 1.70 1.51
O2 0.04 0.13 0.66 0.06 0.12 0.60 0.18 0.88 0.20 0.14 0.18 0.10 0.09 0.18 0.10 1.31 0.01 0.76 1.40 0.23 2.07 2.35 2.09
O2' 0.13 0.00 0.56 0.02 0.05 0.60 0.03 0.73 0.00 0.08 0.02 0.03 0.03 0.05 0.09 1.13 0.02 0.73 1.15 0.01 1.84 1.94 1.89
O3' 0.41 0.06 0.27 0.21 0.09 0.73 0.00 0.69 0.12 0.17 0.14 0.10 0.08 0.05 0.22 0.56 0.34 0.89 1.03 0.18 1.44 1.40 1.55
O4' 0.03 0.09 0.66 0.06 0.04 0.58 0.03 0.74 0.05 0.02 0.08 0.12 0.07 0.00 0.00 1.31 0.11 0.68 1.14 0.05 1.73 1.77 1.80
O5' 0.15 0.26 0.36 0.06 0.14 0.50 0.19 0.45 0.27 0.05 0.30 0.28 0.17 0.14 0.03 0.66 0.00 0.52 0.64 0.30 0.99 0.72 1.05
OP1 0.31 0.19 0.14 0.30 0.05 0.45 0.12 0.34 0.22 0.08 0.25 0.22 0.08 0.05 0.10 0.07 0.00 0.43 0.40 0.26 0.61 0.16 0.63
OP2 0.33 1.01 0.60 0.36 0.90 0.14 1.03 0.32 1.15 0.76 1.14 0.97 0.88 0.95 0.70 0.31 0.00 0.17 0.23 1.22 0.09 0.60 0.09
P 0.07 0.40 0.23 0.00 0.30 0.22 0.38 0.07 0.46 0.20 0.47 0.40 0.31 0.32 0.16 0.23 0.00 0.23 0.17 0.51 0.36 0.03 0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.23 0.00 0.05 0.00 0.03 0.37 0.10
C2 0.00 0.00 0.40 0.25 0.00 0.19 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.37 0.00 0.39 0.66 0.00 0.52 0.37 0.49
C2' 0.00 0.40 0.00 0.00 0.19 0.00 0.06 0.18 0.14 0.25 0.29 0.49 0.40 0.15 0.02 0.00 0.00 0.01 0.15 0.09 0.14 0.35 0.04
C3' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.21 0.00 0.22 0.01 0.25 0.13 0.26 0.24 0.21 0.18 0.14 0.00 0.00 0.01 0.02 0.26 0.04 0.43 0.01
C4 0.00 0.00 0.19 0.21 0.00 0.07 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.20 0.37 0.00 0.13 0.22 0.05
C4' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.05 0.16 0.14 0.26 0.18 0.11 0.03 0.21 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.16 0.10
C5 0.00 0.00 0.06 0.22 0.00 0.00 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.03 0.08 0.28 0.00 0.07 0.53 0.19
C5' 0.07 0.34 0.18 0.01 0.19 0.01 0.12 0.00 0.18 0.10 0.28 0.41 0.31 0.04 0.06 0.03 0.20 0.00 0.00 0.15 0.03 0.29 0.00
C6 0.00 0.00 0.14 0.25 0.00 0.05 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.17 0.41 0.00 0.08 0.30 0.02
C8 0.00 0.00 0.25 0.13 0.00 0.16 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.47 0.03 0.22 0.15 0.01 0.51 1.16 0.70
N1 0.00 0.00 0.29 0.26 0.00 0.14 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.04 0.30 0.59 0.00 0.36 0.12 0.30
N2 0.00 0.00 0.49 0.24 0.00 0.26 0.00 0.41 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.55 0.01 0.47 0.78 0.00 0.74 0.70 0.73
N3 0.00 0.00 0.40 0.21 0.00 0.18 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.38 0.04 0.38 0.58 0.00 0.44 0.27 0.42
N7 0.00 0.00 0.15 0.18 0.00 0.11 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.40 0.03 0.12 0.01 0.01 0.45 1.07 0.62
N9 0.00 0.00 0.02 0.14 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.08 0.00 0.11 0.00 0.12 0.57 0.23
O2' 0.00 0.37 0.00 0.00 0.06 0.21 0.14 0.03 0.04 0.47 0.19 0.55 0.38 0.40 0.16 0.00 0.01 0.14 0.10 0.13 0.04 0.43 0.12
O3' 0.23 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.20 0.05 0.03 0.04 0.01 0.04 0.03 0.08 0.01 0.00 0.17 0.12 0.08 0.04 0.29 0.03
O4' 0.00 0.39 0.01 0.01 0.20 0.00 0.08 0.00 0.17 0.22 0.30 0.47 0.38 0.12 0.00 0.14 0.17 0.00 0.02 0.12 0.04 0.24 0.07
O5' 0.05 0.66 0.15 0.02 0.37 0.01 0.28 0.00 0.41 0.15 0.59 0.78 0.58 0.01 0.11 0.10 0.12 0.02 0.00 0.36 0.01 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.09 0.26 0.00 0.02 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.13 0.08 0.12 0.36 0.00 0.03 0.45 0.15
OP1 0.03 0.52 0.14 0.04 0.13 0.10 0.07 0.03 0.08 0.51 0.36 0.74 0.44 0.45 0.12 0.04 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.37 0.37 0.35 0.43 0.22 0.16 0.53 0.29 0.30 1.16 0.12 0.70 0.27 1.07 0.57 0.43 0.29 0.24 0.00 0.45 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.49 0.04 0.01 0.05 0.10 0.19 0.00 0.02 0.70 0.30 0.73 0.42 0.62 0.23 0.12 0.03 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00