ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53177

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 8, 5, 12, 5, 6, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.005, 0.008, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.006, 0.011, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.014, 0.030, 0.046, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.030 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.014, 0.033, 0.051, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.033 std_dev=0.018
C2' A 0, 0.064, 0.141, 0.217, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.141 std_dev=0.077
O4' A 0, 0.067, 0.144, 0.222, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.144 std_dev=0.078
O2' A 0, 0.070, 0.159, 0.248, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.159 std_dev=0.089
C4' A 0, 0.121, 0.237, 0.353, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.237 std_dev=0.116
C3' A 0, 0.111, 0.238, 0.365, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.238 std_dev=0.127
O2' B 0, 0.167, 0.327, 0.486, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.327 std_dev=0.160
O3' B 0, 0.358, 0.529, 0.701, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.529 std_dev=0.172
C2' B 0, 0.253, 0.430, 0.607, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.430 std_dev=0.177
O2 B 0, 0.333, 0.513, 0.692, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.513 std_dev=0.180
C1' B 0, 0.343, 0.531, 0.718, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.531 std_dev=0.187
C5' A 0, 0.190, 0.380, 0.571, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.380 std_dev=0.190
O3' A 0, 0.143, 0.333, 0.524, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.333 std_dev=0.191
N3 B 0, 0.257, 0.450, 0.642, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.450 std_dev=0.192
C2 B 0, 0.275, 0.469, 0.663, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.469 std_dev=0.194
N1 B 0, 0.290, 0.487, 0.685, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.487 std_dev=0.198
C3' B 0, 0.338, 0.538, 0.739, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.538 std_dev=0.200
N4 B 0, 0.237, 0.440, 0.643, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.440 std_dev=0.203
C4 B 0, 0.223, 0.433, 0.643, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.433 std_dev=0.210
C6 B 0, 0.279, 0.494, 0.708, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.494 std_dev=0.214
C5 B 0, 0.249, 0.466, 0.684, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.466 std_dev=0.218
O5' A 0, 0.249, 0.473, 0.697, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.473 std_dev=0.224
C4' B 0, 0.421, 0.677, 0.933, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.677 std_dev=0.256
O4' B 0, 0.424, 0.681, 0.937, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.681 std_dev=0.256
P A 0, 0.356, 0.647, 0.938, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.647 std_dev=0.291
OP2 A 0, 0.310, 0.601, 0.892, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.601 std_dev=0.291
C5' B 0, 0.461, 0.799, 1.137, 1.720 max_d=1.720 avg_d=0.799 std_dev=0.338
O5' B 0, 0.427, 0.772, 1.118, 1.695 max_d=1.695 avg_d=0.772 std_dev=0.345
OP1 A 0, 0.474, 0.820, 1.165, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.820 std_dev=0.345
OP1 B 0, 0.278, 0.638, 0.997, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.638 std_dev=0.360
P B 0, 0.332, 0.696, 1.060, 1.669 max_d=1.669 avg_d=0.696 std_dev=0.364
OP2 B 0, 0.492, 0.868, 1.245, 1.891 max_d=1.891 avg_d=0.868 std_dev=0.376

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.07 0.08 0.09 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.05 0.03
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.04 0.07 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.10 0.11 0.13 0.11
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.11 0.12 0.13 0.11
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.05 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.10 0.10 0.10 0.08
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.07 0.07 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.09 0.10 0.11 0.09
N4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.11 0.13 0.15 0.12
O2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.09 0.02 0.06 0.07 0.08 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.07 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.04 0.02
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.06 0.05 0.09 0.02 0.00 0.01 0.05 0.09 0.08 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03
O5' 0.03 0.07 0.02 0.03 0.10 0.01 0.11 0.00 0.10 0.07 0.09 0.11 0.06 0.02 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.08 0.06 0.07 0.11 0.04 0.12 0.03 0.10 0.07 0.10 0.13 0.07 0.05 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.09 0.05 0.05 0.13 0.02 0.13 0.01 0.10 0.07 0.11 0.15 0.08 0.04 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.03 0.04 0.11 0.01 0.11 0.01 0.08 0.06 0.09 0.12 0.06 0.02 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.06 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.06 0.08 0.09 0.06 0.10 0.08 0.08 0.07 0.14 0.10 0.08
C2 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.10 0.07 0.09 0.08 0.09 0.07 0.15 0.08 0.08
C2' 0.07 0.07 0.08 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08 0.09 0.07 0.09 0.12 0.07 0.09 0.08 0.08 0.07 0.14 0.10 0.07
C3' 0.07 0.06 0.08 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08 0.10 0.07 0.08 0.11 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.13 0.10 0.07
C4 0.06 0.05 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.15 0.08 0.07
C4' 0.06 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.06 0.07 0.10 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.14 0.10 0.07
C5 0.08 0.07 0.09 0.10 0.08 0.11 0.09 0.10 0.09 0.07 0.08 0.09 0.09 0.10 0.11 0.10 0.08 0.15 0.11 0.08
C5' 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09 0.07 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08 0.13 0.10 0.07
C6 0.08 0.06 0.09 0.10 0.07 0.10 0.08 0.10 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.11 0.10 0.10 0.09 0.14 0.12 0.09
N1 0.06 0.05 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.06 0.07 0.09 0.06 0.10 0.08 0.08 0.07 0.14 0.09 0.07
N3 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.10 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.16 0.08 0.08
N4 0.07 0.05 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.06 0.07 0.08 0.09 0.10 0.08 0.08 0.08 0.16 0.08 0.08
O2 0.09 0.09 0.08 0.08 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.08 0.10 0.12 0.09 0.10 0.09 0.11 0.08 0.16 0.10 0.09
O2' 0.07 0.07 0.08 0.09 0.10 0.08 0.10 0.08 0.08 0.07 0.10 0.12 0.07 0.10 0.09 0.08 0.07 0.14 0.10 0.07
O3' 0.07 0.07 0.08 0.08 0.10 0.08 0.11 0.09 0.10 0.07 0.09 0.12 0.07 0.08 0.09 0.08 0.07 0.13 0.10 0.07
O4' 0.06 0.06 0.09 0.09 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.06 0.07 0.09 0.06 0.10 0.09 0.08 0.08 0.14 0.11 0.08
O5' 0.10 0.08 0.08 0.10 0.10 0.11 0.11 0.11 0.11 0.09 0.09 0.10 0.09 0.07 0.12 0.11 0.09 0.13 0.11 0.08
OP1 0.10 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09 0.13 0.09 0.13 0.10 0.09 0.11 0.09 0.08 0.11 0.10 0.08 0.12 0.12 0.07
OP2 0.12 0.09 0.10 0.12 0.11 0.12 0.15 0.12 0.15 0.12 0.09 0.11 0.09 0.11 0.14 0.13 0.10 0.14 0.13 0.10
P 0.09 0.08 0.07 0.09 0.09 0.10 0.12 0.09 0.12 0.09 0.08 0.10 0.09 0.07 0.11 0.10 0.08 0.12 0.11 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.15 0.05 0.06
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.05 0.04 0.09 0.18 0.09 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.01 0.01 0.04 0.14 0.04 0.05
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.11 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.12 0.21 0.15 0.14
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.04 0.03
C5 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.03 0.03 0.13 0.22 0.16 0.15
C5' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.07 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.04 0.12 0.21 0.13 0.13
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.09 0.18 0.09 0.09
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.03 0.10 0.19 0.12 0.12
N4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.13 0.22 0.17 0.16
O2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.07 0.07 0.07 0.16 0.07 0.07
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.06 0.04 0.13 0.00 0.03 0.01 0.05 0.14 0.05 0.06
O3' 0.03 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.07 0.03 0.00 0.02 0.04 0.12 0.05 0.04
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.02 0.00 0.04 0.14 0.06 0.06
O5' 0.05 0.09 0.04 0.03 0.12 0.01 0.13 0.00 0.12 0.09 0.10 0.13 0.07 0.05 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.15 0.18 0.14 0.11 0.21 0.10 0.22 0.05 0.21 0.18 0.19 0.22 0.16 0.14 0.12 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.09 0.04 0.05 0.15 0.04 0.16 0.04 0.13 0.09 0.12 0.17 0.07 0.05 0.05 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.09 0.05 0.04 0.14 0.03 0.15 0.01 0.13 0.09 0.12 0.16 0.07 0.06 0.04 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00