ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53179

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 2, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.005, 0.008, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.006, 0.022, 0.039, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.005, 0.022, 0.039, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.005, 0.024, 0.043, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.001, 0.021, 0.042, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.021 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.011, 0.053, 0.095, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.053 std_dev=0.042
N4 A 0, 0.012, 0.065, 0.119, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.065 std_dev=0.053
O2 B 0, 0.256, 0.539, 0.821, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.539 std_dev=0.283
C2 B 0, 0.277, 0.663, 1.049, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.663 std_dev=0.386
O4' A 0, 0.180, 0.630, 1.080, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.630 std_dev=0.450
C2' A 0, 0.182, 0.633, 1.084, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.633 std_dev=0.451
N3 B 0, 0.242, 0.826, 1.410, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.826 std_dev=0.584
O2' A 0, 0.253, 0.847, 1.442, 1.695 max_d=1.695 avg_d=0.847 std_dev=0.594
N1 B 0, 0.417, 1.045, 1.674, 1.856 max_d=1.856 avg_d=1.045 std_dev=0.629
C1' B 0, 0.200, 0.846, 1.492, 2.192 max_d=2.192 avg_d=0.846 std_dev=0.646
C4' A 0, 0.282, 0.986, 1.691, 1.807 max_d=1.807 avg_d=0.986 std_dev=0.705
C3' A 0, 0.292, 1.048, 1.805, 1.964 max_d=1.964 avg_d=1.048 std_dev=0.757
C4 B 0, 0.485, 1.339, 2.193, 2.405 max_d=2.405 avg_d=1.339 std_dev=0.854
C6 B 0, 0.694, 1.690, 2.685, 2.712 max_d=2.712 avg_d=1.690 std_dev=0.995
N4 B 0, 0.429, 1.473, 2.517, 2.790 max_d=2.790 avg_d=1.473 std_dev=1.044
C5 B 0, 0.798, 1.855, 2.912, 2.817 max_d=2.817 avg_d=1.855 std_dev=1.057
O3' A 0, 0.418, 1.544, 2.670, 2.782 max_d=2.782 avg_d=1.544 std_dev=1.126
C5' A 0, 0.436, 1.564, 2.692, 3.189 max_d=3.189 avg_d=1.564 std_dev=1.128
C2' B 0, 0.529, 1.674, 2.819, 3.422 max_d=3.422 avg_d=1.674 std_dev=1.145
O4' B 0, 0.560, 1.765, 2.969, 3.696 max_d=3.696 avg_d=1.765 std_dev=1.205
O5' A 0, 0.532, 1.833, 3.134, 3.772 max_d=3.772 avg_d=1.833 std_dev=1.301
O3' B 0, 0.248, 1.685, 3.122, 4.483 max_d=4.483 avg_d=1.685 std_dev=1.437
O2' B 0, 0.794, 2.232, 3.670, 3.481 max_d=3.481 avg_d=2.232 std_dev=1.438
C3' B 0, 0.353, 1.837, 3.320, 4.454 max_d=4.454 avg_d=1.837 std_dev=1.483
C4' B 0, 0.463, 2.027, 3.592, 4.763 max_d=4.763 avg_d=2.027 std_dev=1.565
OP2 B 0, 0.799, 2.499, 4.198, 4.412 max_d=4.412 avg_d=2.499 std_dev=1.700
OP1 B 0, 0.769, 2.481, 4.192, 4.672 max_d=4.672 avg_d=2.481 std_dev=1.712
P B 0, 0.764, 2.488, 4.212, 4.609 max_d=4.609 avg_d=2.488 std_dev=1.724
P A 0, 0.262, 2.048, 3.835, 5.753 max_d=5.753 avg_d=2.048 std_dev=1.786
O5' B 0, 0.920, 2.833, 4.746, 4.999 max_d=4.999 avg_d=2.833 std_dev=1.913
OP2 A 0, 0.255, 2.364, 4.472, 6.902 max_d=6.902 avg_d=2.364 std_dev=2.109
C5' B 0, 0.895, 3.091, 5.288, 6.254 max_d=6.254 avg_d=3.091 std_dev=2.196
OP1 A 0, 0.036, 2.515, 4.995, 7.862 max_d=7.862 avg_d=2.515 std_dev=2.480

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.25 0.01 0.09 0.40 0.49 0.23
C2 0.02 0.00 0.16 0.22 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.30 0.30 0.04 0.25 0.46 0.85 0.30
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.14 0.13 0.01 0.14 0.05 0.28 0.00 0.03 0.02 0.30 0.63 0.57 0.40
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.29 0.01 0.34 0.01 0.32 0.17 0.26 0.32 0.27 0.02 0.01 0.02 0.06 0.84 0.43 0.40
C4 0.02 0.01 0.04 0.29 0.00 0.16 0.00 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.33 0.12 0.03 0.46 0.50 1.12 0.44
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.16 0.00 0.20 0.01 0.18 0.09 0.11 0.18 0.08 0.21 0.01 0.00 0.01 0.36 0.19 0.16
C5 0.01 0.00 0.09 0.34 0.00 0.20 0.00 0.31 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.20 0.06 0.51 0.52 1.09 0.47
C5' 0.04 0.12 0.14 0.01 0.27 0.01 0.31 0.00 0.26 0.13 0.19 0.30 0.07 0.07 0.16 0.01 0.01 0.06 0.15 0.02
C6 0.00 0.00 0.13 0.32 0.01 0.18 0.00 0.26 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.19 0.08 0.43 0.52 0.89 0.42
N1 0.01 0.00 0.01 0.17 0.01 0.09 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.10 0.01 0.24 0.46 0.75 0.31
N3 0.02 0.00 0.14 0.26 0.00 0.11 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.35 0.24 0.03 0.36 0.49 1.02 0.37
N4 0.02 0.01 0.05 0.32 0.00 0.18 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.36 0.16 0.03 0.51 0.51 1.21 0.48
O2 0.03 0.00 0.28 0.27 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.32 0.51 0.08 0.18 0.43 0.76 0.24
O2' 0.02 0.30 0.00 0.02 0.33 0.21 0.27 0.07 0.21 0.18 0.35 0.36 0.32 0.00 0.03 0.15 0.23 0.65 0.53 0.35
O3' 0.25 0.30 0.03 0.01 0.12 0.01 0.20 0.16 0.19 0.10 0.24 0.16 0.51 0.03 0.00 0.16 0.19 1.24 0.53 0.59
O4' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.03 0.03 0.08 0.15 0.16 0.00 0.08 0.31 0.24 0.12
O5' 0.09 0.25 0.30 0.06 0.46 0.01 0.51 0.01 0.43 0.24 0.36 0.51 0.18 0.23 0.19 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.40 0.46 0.63 0.84 0.50 0.36 0.52 0.06 0.52 0.46 0.49 0.51 0.43 0.65 1.24 0.31 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.49 0.85 0.57 0.43 1.12 0.19 1.09 0.15 0.89 0.75 1.02 1.21 0.76 0.53 0.53 0.24 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.30 0.40 0.40 0.44 0.16 0.47 0.02 0.42 0.31 0.37 0.48 0.24 0.35 0.59 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.14 0.61 0.34 0.21 0.47 0.27 0.60 0.29 0.23 0.15 0.20 0.09 1.17 0.55 0.58 0.57 0.57 0.66 0.57
C2 0.20 0.19 0.62 0.27 0.23 0.38 0.25 0.54 0.25 0.20 0.22 0.25 0.19 1.09 0.55 0.55 0.65 0.53 0.65 0.53
C2' 0.27 0.11 0.50 0.39 0.14 0.55 0.21 0.62 0.25 0.21 0.09 0.12 0.06 0.93 0.56 0.64 0.54 0.61 0.51 0.48
C3' 0.36 0.37 0.45 0.13 0.36 0.53 0.34 0.55 0.34 0.35 0.38 0.37 0.40 0.84 0.14 0.70 0.48 0.58 0.51 0.43
C4 0.15 0.22 0.54 0.18 0.24 0.30 0.23 0.48 0.22 0.19 0.24 0.25 0.24 0.87 0.48 0.51 0.71 0.51 0.68 0.54
C4' 0.31 0.27 0.51 0.23 0.30 0.58 0.34 0.67 0.35 0.31 0.27 0.30 0.26 1.01 0.18 0.69 0.58 0.68 0.65 0.59
C5 0.20 0.17 0.53 0.19 0.21 0.33 0.25 0.48 0.25 0.21 0.17 0.21 0.14 0.91 0.49 0.54 0.66 0.50 0.69 0.54
C5' 0.46 0.42 0.51 0.32 0.47 0.69 0.51 0.72 0.51 0.47 0.43 0.47 0.37 0.90 0.18 0.79 0.62 0.74 0.67 0.62
C6 0.25 0.14 0.59 0.27 0.20 0.42 0.26 0.53 0.28 0.23 0.15 0.20 0.09 1.10 0.55 0.59 0.61 0.52 0.69 0.56
N1 0.23 0.15 0.61 0.30 0.21 0.42 0.26 0.55 0.27 0.22 0.17 0.21 0.12 1.14 0.56 0.57 0.60 0.53 0.66 0.54
N3 0.16 0.22 0.58 0.22 0.25 0.34 0.24 0.52 0.22 0.19 0.25 0.27 0.24 0.97 0.51 0.53 0.71 0.53 0.66 0.54
N4 0.13 0.26 0.48 0.15 0.26 0.28 0.22 0.46 0.20 0.19 0.29 0.28 0.32 0.70 0.43 0.47 0.77 0.53 0.71 0.56
O2 0.20 0.19 0.63 0.29 0.24 0.39 0.26 0.56 0.25 0.20 0.22 0.26 0.19 1.12 0.56 0.54 0.64 0.54 0.63 0.53
O2' 0.34 0.29 0.54 0.37 0.30 0.55 0.33 0.63 0.34 0.32 0.29 0.29 0.29 0.98 0.50 0.65 0.54 0.60 0.57 0.54
O3' 0.43 0.38 0.50 0.31 0.36 0.58 0.36 0.56 0.38 0.39 0.38 0.37 0.40 0.79 0.29 0.72 0.47 0.61 0.50 0.42
O4' 0.30 0.21 0.64 0.34 0.28 0.49 0.34 0.62 0.35 0.28 0.22 0.29 0.17 1.26 0.49 0.58 0.59 0.62 0.71 0.62
O5' 0.63 0.58 0.49 0.26 0.62 0.78 0.64 0.71 0.64 0.62 0.59 0.62 0.52 0.75 0.02 0.99 0.68 0.73 0.64 0.60
OP1 0.35 0.22 0.14 0.35 0.13 0.45 0.14 0.65 0.18 0.22 0.17 0.11 0.28 0.28 0.01 0.43 0.71 1.12 0.61 0.79
OP2 0.96 1.00 0.47 0.13 0.89 0.45 0.80 0.29 0.79 0.92 0.97 0.88 1.06 0.46 0.03 0.94 0.44 0.69 0.29 0.32
P 0.49 0.41 0.24 0.03 0.38 0.29 0.37 0.13 0.38 0.42 0.40 0.38 0.41 0.29 0.01 0.58 0.25 0.58 0.19 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.23 0.00 0.32 0.20 0.51 0.22
C2 0.02 0.00 0.18 0.16 0.00 0.09 0.00 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.29 0.26 0.17 0.64 0.41 0.55 0.41
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.08 0.01 0.23 0.16 0.27 0.04 0.11 0.09 0.37 0.00 0.07 0.02 0.57 0.56 0.05 0.28
C3' 0.03 0.16 0.00 0.00 0.12 0.00 0.13 0.02 0.12 0.09 0.15 0.13 0.23 0.03 0.02 0.01 0.31 0.48 0.28 0.16
C4 0.01 0.00 0.08 0.12 0.00 0.09 0.00 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.30 0.15 0.02 0.70 0.52 0.63 0.52
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.10 0.05 0.10 0.10 0.12 0.25 0.04 0.00 0.02 0.15 0.54 0.21
C5 0.01 0.00 0.23 0.13 0.00 0.10 0.00 0.23 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.39 0.09 0.13 0.59 0.45 0.55 0.40
C5' 0.07 0.25 0.16 0.02 0.27 0.01 0.23 0.00 0.19 0.16 0.29 0.29 0.26 0.08 0.16 0.01 0.01 0.28 0.39 0.02
C6 0.01 0.01 0.27 0.12 0.01 0.10 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.37 0.10 0.18 0.50 0.33 0.49 0.24
N1 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.05 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.17 0.02 0.52 0.31 0.51 0.27
N3 0.01 0.00 0.11 0.15 0.00 0.10 0.01 0.29 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.29 0.23 0.13 0.72 0.51 0.61 0.52
N4 0.01 0.00 0.09 0.13 0.00 0.10 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.33 0.14 0.03 0.72 0.59 0.68 0.59
O2 0.03 0.00 0.37 0.23 0.01 0.12 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.48 0.37 0.28 0.61 0.39 0.54 0.39
O2' 0.04 0.29 0.00 0.03 0.30 0.25 0.39 0.08 0.37 0.17 0.29 0.33 0.48 0.00 0.10 0.17 0.39 0.41 0.15 0.25
O3' 0.23 0.26 0.07 0.02 0.15 0.04 0.09 0.16 0.10 0.17 0.23 0.14 0.37 0.10 0.00 0.15 0.17 0.32 0.36 0.16
O4' 0.00 0.17 0.02 0.01 0.02 0.00 0.13 0.01 0.18 0.02 0.13 0.03 0.28 0.17 0.15 0.00 0.09 0.25 0.77 0.43
O5' 0.32 0.64 0.57 0.31 0.70 0.02 0.59 0.01 0.50 0.52 0.72 0.72 0.61 0.39 0.17 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.20 0.41 0.56 0.48 0.52 0.15 0.45 0.28 0.33 0.31 0.51 0.59 0.39 0.41 0.32 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.51 0.55 0.05 0.28 0.63 0.54 0.55 0.39 0.49 0.51 0.61 0.68 0.54 0.15 0.36 0.77 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.41 0.28 0.16 0.52 0.21 0.40 0.02 0.24 0.27 0.52 0.59 0.39 0.25 0.16 0.43 0.01 0.01 0.00 0.00