ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53180

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.008, 0.021, 0.033, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.011, 0.023, 0.036, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.011, 0.028, 0.046, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.028 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.028, 0.059, 0.090, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.059 std_dev=0.031
N4 A 0, 0.032, 0.066, 0.100, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.066 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.046, 0.122, 0.198, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.122 std_dev=0.076
C2' A 0, -0.002, 0.096, 0.194, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.096 std_dev=0.098
O4' B 0, 0.276, 0.556, 0.837, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.556 std_dev=0.281
C1' B 0, 0.271, 0.558, 0.846, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.558 std_dev=0.287
C4' B 0, 0.280, 0.575, 0.869, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.575 std_dev=0.295
N1 B 0, 0.292, 0.663, 1.034, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.663 std_dev=0.371
C6 B 0, 0.258, 0.639, 1.020, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.639 std_dev=0.381
C4' A 0, 0.073, 0.473, 0.874, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.473 std_dev=0.400
C5' B 0, 0.438, 0.912, 1.387, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.912 std_dev=0.475
C3' B 0, 0.324, 0.803, 1.282, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.803 std_dev=0.479
C5' A 0, 0.166, 0.654, 1.142, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.654 std_dev=0.488
C5 B 0, 0.252, 0.790, 1.328, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.790 std_dev=0.538
C2 B 0, 0.340, 0.888, 1.435, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.888 std_dev=0.548
O2 B 0, 0.388, 0.942, 1.495, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.942 std_dev=0.554
C2' B 0, 0.322, 0.878, 1.434, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.878 std_dev=0.556
O3' B 0, 0.249, 0.892, 1.536, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.892 std_dev=0.643
O2' A 0, 0.119, 0.777, 1.435, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.777 std_dev=0.658
C4 B 0, 0.281, 1.035, 1.790, 1.947 max_d=1.947 avg_d=1.035 std_dev=0.755
N3 B 0, 0.330, 1.088, 1.847, 1.979 max_d=1.979 avg_d=1.088 std_dev=0.759
C3' A 0, 0.009, 0.769, 1.529, 1.700 max_d=1.700 avg_d=0.769 std_dev=0.760
P A 0, 0.246, 1.045, 1.843, 1.988 max_d=1.988 avg_d=1.045 std_dev=0.799
O2' B 0, 0.380, 1.195, 2.010, 2.140 max_d=2.140 avg_d=1.195 std_dev=0.815
N4 B 0, 0.264, 1.249, 2.235, 2.452 max_d=2.452 avg_d=1.249 std_dev=0.985
O5' A 0, 0.203, 1.212, 2.220, 2.440 max_d=2.440 avg_d=1.212 std_dev=1.008
OP1 A 0, 0.329, 1.388, 2.447, 2.665 max_d=2.665 avg_d=1.388 std_dev=1.059
O5' B 0, 0.424, 1.598, 2.772, 3.024 max_d=3.024 avg_d=1.598 std_dev=1.174
OP1 B 0, 0.417, 1.778, 3.139, 3.448 max_d=3.448 avg_d=1.778 std_dev=1.361
P B 0, 0.348, 1.742, 3.135, 3.463 max_d=3.463 avg_d=1.742 std_dev=1.394
OP2 A 0, 0.104, 1.621, 3.138, 3.473 max_d=3.473 avg_d=1.621 std_dev=1.517
O3' A 0, -0.183, 1.383, 2.949, 3.309 max_d=3.309 avg_d=1.383 std_dev=1.566
OP2 B 0, 0.258, 1.873, 3.489, 3.876 max_d=3.876 avg_d=1.873 std_dev=1.616

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.35 0.00 0.06 0.38 0.41 0.10
C2 0.03 0.00 0.02 0.11 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.32 0.33 0.05 0.20 0.52 0.88 0.33
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.21 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.46 0.44 0.02 0.11
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.37 0.00 0.47 0.00 0.44 0.22 0.22 0.40 0.08 0.02 0.01 0.02 0.09 0.89 0.45 0.40
C4 0.02 0.01 0.01 0.37 0.00 0.15 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.43 0.07 0.01 0.44 0.66 1.25 0.55
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.00 0.23 0.00 0.22 0.09 0.07 0.17 0.11 0.31 0.02 0.00 0.01 0.37 0.28 0.16
C5 0.01 0.00 0.02 0.47 0.00 0.23 0.00 0.25 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.37 0.30 0.03 0.48 0.66 1.26 0.57
C5' 0.06 0.04 0.21 0.00 0.19 0.00 0.25 0.00 0.19 0.07 0.11 0.23 0.07 0.09 0.21 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.44 0.00 0.22 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.28 0.26 0.04 0.36 0.59 0.99 0.43
N1 0.01 0.01 0.01 0.22 0.01 0.09 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.11 0.01 0.18 0.50 0.77 0.29
N3 0.03 0.00 0.02 0.22 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.40 0.19 0.03 0.33 0.60 1.10 0.45
N4 0.02 0.01 0.01 0.40 0.00 0.17 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.46 0.13 0.01 0.50 0.69 1.35 0.62
O2 0.05 0.00 0.03 0.08 0.01 0.11 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.25 0.64 0.09 0.09 0.45 0.74 0.23
O2' 0.02 0.32 0.00 0.02 0.43 0.31 0.37 0.09 0.28 0.23 0.40 0.46 0.25 0.00 0.02 0.23 0.35 0.57 0.14 0.09
O3' 0.35 0.33 0.03 0.01 0.07 0.02 0.30 0.21 0.26 0.11 0.19 0.13 0.64 0.02 0.00 0.23 0.11 1.39 0.69 0.72
O4' 0.00 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.09 0.23 0.23 0.00 0.12 0.18 0.39 0.09
O5' 0.06 0.20 0.46 0.09 0.44 0.01 0.48 0.00 0.36 0.18 0.33 0.50 0.09 0.35 0.11 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.38 0.52 0.44 0.89 0.66 0.37 0.66 0.03 0.59 0.50 0.60 0.69 0.45 0.57 1.39 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.41 0.88 0.02 0.45 1.25 0.28 1.26 0.03 0.99 0.77 1.10 1.35 0.74 0.14 0.69 0.39 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.33 0.11 0.40 0.55 0.16 0.57 0.01 0.43 0.29 0.45 0.62 0.23 0.09 0.72 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.18 0.29 0.35 0.20 0.04 0.12 0.09 0.08 0.09 0.24 0.25 0.22 0.47 0.63 0.15 0.39 0.09 0.46 0.31
C2 0.09 0.24 0.24 0.32 0.28 0.08 0.17 0.12 0.08 0.09 0.33 0.35 0.28 0.42 0.62 0.13 0.54 0.30 0.74 0.53
C2' 0.18 0.09 0.42 0.47 0.09 0.11 0.09 0.03 0.13 0.10 0.12 0.12 0.13 0.61 0.71 0.08 0.16 0.18 0.22 0.07
C3' 0.46 0.62 0.24 0.14 0.59 0.38 0.50 0.33 0.46 0.52 0.64 0.61 0.67 0.17 0.04 0.60 0.47 0.08 0.53 0.34
C4 0.06 0.23 0.17 0.23 0.27 0.08 0.17 0.14 0.09 0.09 0.31 0.32 0.28 0.32 0.49 0.13 0.53 0.39 0.85 0.59
C4' 0.23 0.39 0.07 0.05 0.37 0.21 0.28 0.20 0.24 0.29 0.42 0.39 0.44 0.11 0.20 0.38 0.34 0.08 0.35 0.19
C5 0.08 0.16 0.22 0.25 0.17 0.07 0.11 0.11 0.06 0.06 0.20 0.20 0.21 0.36 0.49 0.14 0.40 0.27 0.69 0.45
C5' 0.32 0.43 0.13 0.07 0.41 0.35 0.35 0.31 0.32 0.36 0.45 0.43 0.46 0.06 0.07 0.49 0.33 0.08 0.32 0.18
C6 0.11 0.15 0.28 0.32 0.16 0.05 0.10 0.08 0.07 0.07 0.19 0.19 0.20 0.44 0.59 0.14 0.35 0.16 0.55 0.34
N1 0.11 0.18 0.28 0.34 0.21 0.07 0.12 0.09 0.07 0.07 0.25 0.26 0.23 0.45 0.63 0.13 0.43 0.18 0.58 0.39
N3 0.06 0.26 0.19 0.27 0.31 0.08 0.20 0.15 0.10 0.10 0.36 0.39 0.30 0.35 0.55 0.13 0.59 0.40 0.87 0.62
N4 0.04 0.24 0.11 0.18 0.29 0.09 0.19 0.16 0.11 0.11 0.33 0.35 0.28 0.24 0.41 0.13 0.55 0.48 0.96 0.66
O2 0.10 0.25 0.26 0.34 0.32 0.09 0.18 0.12 0.09 0.09 0.36 0.40 0.29 0.43 0.65 0.11 0.57 0.29 0.74 0.54
O2' 0.29 0.23 0.47 0.40 0.20 0.02 0.21 0.16 0.23 0.24 0.20 0.18 0.24 0.75 0.65 0.07 0.30 0.10 0.32 0.24
O3' 0.54 0.59 0.47 0.39 0.57 0.46 0.53 0.38 0.52 0.55 0.59 0.57 0.62 0.47 0.36 0.58 0.49 0.11 0.58 0.35
O4' 0.09 0.23 0.21 0.28 0.23 0.02 0.14 0.11 0.10 0.12 0.27 0.27 0.27 0.35 0.52 0.18 0.38 0.06 0.40 0.26
O5' 0.68 0.76 0.37 0.32 0.76 0.80 0.72 0.74 0.70 0.73 0.77 0.78 0.74 0.11 0.00 0.98 0.73 0.38 0.75 0.62
OP1 0.14 0.31 0.23 0.47 0.09 0.29 0.10 0.67 0.11 0.11 0.26 0.08 0.51 0.05 0.01 0.09 0.84 1.33 0.81 1.02
OP2 1.08 1.22 0.41 0.16 1.07 0.68 0.94 0.47 0.91 1.09 1.18 1.06 1.32 0.14 0.00 1.18 0.42 0.04 0.53 0.34
P 0.52 0.59 0.14 0.02 0.49 0.32 0.41 0.11 0.40 0.51 0.56 0.49 0.65 0.06 0.00 0.62 0.01 0.31 0.13 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.00 0.05 0.23 0.53 0.24
C2 0.01 0.00 0.08 0.03 0.00 0.08 0.01 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.20 0.14 0.11 0.37 0.55 0.89 0.61
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.06 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.21 0.12 0.32 0.07
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.07 0.00 0.01 0.00 0.22 0.03 0.17 0.04
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.01 0.30 0.66 0.98 0.66
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.08 0.05 0.12 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.24 0.04
C5 0.00 0.01 0.07 0.06 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.08 0.10 0.56 0.86 0.49
C5' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.14 0.00 0.04 0.00 0.01 0.08 0.20 0.16 0.22 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.12 0.01
C6 0.00 0.00 0.10 0.06 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.01 0.12 0.00 0.43 0.74 0.36
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.18 0.42 0.75 0.43
N3 0.01 0.00 0.06 0.02 0.00 0.08 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.18 0.12 0.09 0.41 0.66 0.99 0.70
N4 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.01 0.33 0.73 0.99 0.70
O2 0.02 0.00 0.14 0.07 0.01 0.12 0.01 0.22 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.32 0.21 0.20 0.44 0.52 0.87 0.61
O2' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.13 0.03 0.18 0.06 0.32 0.00 0.02 0.01 0.24 0.10 0.29 0.05
O3' 0.07 0.14 0.02 0.01 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.07 0.12 0.06 0.21 0.02 0.00 0.03 0.18 0.08 0.16 0.06
O4' 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.01 0.12 0.00 0.09 0.01 0.20 0.01 0.03 0.00 0.16 0.17 0.43 0.21
O5' 0.05 0.37 0.21 0.22 0.30 0.01 0.10 0.00 0.00 0.18 0.41 0.33 0.44 0.24 0.18 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.23 0.55 0.12 0.03 0.66 0.03 0.56 0.04 0.43 0.42 0.66 0.73 0.52 0.10 0.08 0.17 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.53 0.89 0.32 0.17 0.98 0.24 0.86 0.12 0.74 0.75 0.99 0.99 0.87 0.29 0.16 0.43 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.24 0.61 0.07 0.04 0.66 0.04 0.49 0.01 0.36 0.43 0.70 0.70 0.61 0.05 0.06 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00