ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53183

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 3, 4, 2, 1, 1, 2, 1, 0, 0, 3, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.025 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.012, 0.025, 0.037, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.013, 0.026, 0.039, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.012, 0.027, 0.041, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.025, 0.054, 0.084, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.054 std_dev=0.029
N4 A 0, 0.047, 0.087, 0.128, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.087 std_dev=0.040
N3 B 0, 0.057, 0.462, 0.867, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.462 std_dev=0.405
C4 B 0, 0.082, 0.502, 0.922, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.502 std_dev=0.420
O4' A 0, -0.221, 0.207, 0.634, 2.276 max_d=2.276 avg_d=0.207 std_dev=0.427
C2 B 0, 0.041, 0.481, 0.921, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.481 std_dev=0.440
C5 B 0, 0.095, 0.548, 1.000, 1.673 max_d=1.673 avg_d=0.548 std_dev=0.452
N9 B 0, 0.079, 0.549, 1.020, 1.700 max_d=1.700 avg_d=0.549 std_dev=0.470
C2' A 0, -0.234, 0.237, 0.708, 2.503 max_d=2.503 avg_d=0.237 std_dev=0.471
C6 B 0, 0.066, 0.561, 1.055, 1.759 max_d=1.759 avg_d=0.561 std_dev=0.494
N7 B 0, 0.108, 0.608, 1.108, 1.721 max_d=1.721 avg_d=0.608 std_dev=0.500
N1 B 0, 0.031, 0.531, 1.031, 1.685 max_d=1.685 avg_d=0.531 std_dev=0.500
C8 B 0, 0.105, 0.612, 1.120, 1.595 max_d=1.595 avg_d=0.612 std_dev=0.508
C1' B 0, 0.052, 0.579, 1.105, 2.293 max_d=2.293 avg_d=0.579 std_dev=0.526
O4' B 0, 0.069, 0.611, 1.153, 2.531 max_d=2.531 avg_d=0.611 std_dev=0.542
N6 B 0, 0.070, 0.639, 1.207, 1.921 max_d=1.921 avg_d=0.639 std_dev=0.569
C2' B 0, 0.095, 0.666, 1.237, 2.385 max_d=2.385 avg_d=0.666 std_dev=0.571
C4' A 0, -0.174, 0.401, 0.976, 3.043 max_d=3.043 avg_d=0.401 std_dev=0.575
C4' B 0, 0.014, 0.635, 1.256, 2.896 max_d=2.896 avg_d=0.635 std_dev=0.621
O2' A 0, -0.275, 0.387, 1.050, 3.484 max_d=3.484 avg_d=0.387 std_dev=0.662
C3' B 0, -0.031, 0.648, 1.326, 3.096 max_d=3.096 avg_d=0.648 std_dev=0.678
C3' A 0, -0.305, 0.401, 1.107, 3.759 max_d=3.759 avg_d=0.401 std_dev=0.706
C5' B 0, 0.120, 0.849, 1.579, 3.330 max_d=3.330 avg_d=0.849 std_dev=0.729
O3' B 0, -0.111, 0.704, 1.519, 3.886 max_d=3.886 avg_d=0.704 std_dev=0.815
O5' B 0, 0.136, 1.019, 1.901, 3.405 max_d=3.405 avg_d=1.019 std_dev=0.882
P B 0, 0.235, 1.151, 2.068, 3.776 max_d=3.776 avg_d=1.151 std_dev=0.916
O2' B 0, -0.004, 0.926, 1.856, 3.892 max_d=3.892 avg_d=0.926 std_dev=0.930
OP2 B 0, 0.212, 1.151, 2.090, 4.029 max_d=4.029 avg_d=1.151 std_dev=0.939
O3' A 0, -0.352, 0.630, 1.613, 5.215 max_d=5.215 avg_d=0.630 std_dev=0.982
O5' A 0, -0.181, 0.853, 1.887, 5.408 max_d=5.408 avg_d=0.853 std_dev=1.034
OP1 B 0, 0.296, 1.349, 2.401, 4.181 max_d=4.181 avg_d=1.349 std_dev=1.053
C5' A 0, -0.344, 0.730, 1.804, 5.570 max_d=5.570 avg_d=0.730 std_dev=1.074
P A 0, -0.255, 1.112, 2.479, 6.836 max_d=6.836 avg_d=1.112 std_dev=1.367
OP2 A 0, -0.107, 1.560, 3.227, 7.448 max_d=7.448 avg_d=1.560 std_dev=1.667
OP1 A 0, -0.070, 1.609, 3.289, 7.499 max_d=7.499 avg_d=1.609 std_dev=1.679

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.00 0.32 0.49 0.27 0.17
C2 0.02 0.00 0.08 0.09 0.00 0.12 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.07 0.14 0.40 0.48 0.39 0.18
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.08 0.02 0.09 0.03 0.09 0.05 0.07 0.08 0.13 0.00 0.03 0.02 0.18 0.24 0.42 0.13
C3' 0.03 0.09 0.00 0.00 0.22 0.01 0.31 0.02 0.31 0.14 0.11 0.23 0.24 0.02 0.01 0.02 0.21 0.21 0.48 0.28
C4 0.02 0.00 0.08 0.22 0.00 0.18 0.00 0.45 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.15 0.22 0.04 0.53 0.56 0.55 0.36
C4' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.18 0.00 0.29 0.01 0.30 0.11 0.11 0.20 0.26 0.10 0.04 0.00 0.03 0.21 0.24 0.06
C5 0.02 0.01 0.09 0.31 0.00 0.29 0.00 0.61 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.30 0.09 0.66 0.71 0.67 0.56
C5' 0.09 0.25 0.03 0.02 0.45 0.01 0.61 0.00 0.58 0.28 0.31 0.48 0.36 0.09 0.10 0.03 0.01 0.24 0.35 0.05
C6 0.02 0.01 0.09 0.31 0.01 0.30 0.00 0.58 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.26 0.13 0.63 0.68 0.58 0.50
N1 0.01 0.01 0.05 0.14 0.01 0.11 0.01 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.10 0.02 0.43 0.52 0.36 0.21
N3 0.02 0.00 0.07 0.11 0.00 0.11 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.12 0.11 0.43 0.48 0.45 0.19
N4 0.02 0.01 0.08 0.23 0.00 0.20 0.01 0.48 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.15 0.26 0.04 0.55 0.58 0.61 0.41
O2 0.04 0.01 0.13 0.24 0.01 0.26 0.01 0.36 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.21 0.20 0.24 0.44 0.54 0.52 0.36
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.15 0.10 0.14 0.09 0.12 0.09 0.16 0.15 0.21 0.00 0.08 0.12 0.12 0.19 0.44 0.18
O3' 0.04 0.07 0.03 0.01 0.22 0.04 0.30 0.10 0.26 0.10 0.12 0.26 0.20 0.08 0.00 0.03 0.43 0.43 0.76 0.54
O4' 0.00 0.14 0.02 0.02 0.04 0.00 0.09 0.03 0.13 0.02 0.11 0.04 0.24 0.12 0.03 0.00 0.37 0.60 0.34 0.32
O5' 0.32 0.40 0.18 0.21 0.53 0.03 0.66 0.01 0.63 0.43 0.43 0.55 0.44 0.12 0.43 0.37 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.49 0.48 0.24 0.21 0.56 0.21 0.71 0.24 0.68 0.52 0.48 0.58 0.54 0.19 0.43 0.60 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.27 0.39 0.42 0.48 0.55 0.24 0.67 0.35 0.58 0.36 0.45 0.61 0.52 0.44 0.76 0.34 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.18 0.13 0.28 0.36 0.06 0.56 0.05 0.50 0.21 0.19 0.41 0.36 0.18 0.54 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.19 0.33 0.30 0.10 0.34 0.10 0.40 0.14 0.11 0.18 0.14 0.14 0.10 0.10 0.79 0.56 0.29 0.37 0.50 0.35 0.39
C2 0.13 0.20 0.35 0.22 0.11 0.27 0.12 0.30 0.16 0.09 0.21 0.15 0.17 0.09 0.09 0.76 0.54 0.27 0.27 0.34 0.29 0.28
C2' 0.31 0.18 0.48 0.51 0.19 0.44 0.17 0.45 0.15 0.24 0.17 0.18 0.15 0.20 0.24 0.84 0.77 0.40 0.42 0.49 0.41 0.42
C3' 0.66 0.42 0.77 0.86 0.52 0.73 0.50 0.69 0.45 0.60 0.41 0.47 0.44 0.55 0.59 0.97 1.06 0.70 0.69 0.67 0.68 0.65
C4 0.15 0.20 0.37 0.16 0.11 0.23 0.12 0.26 0.16 0.10 0.20 0.14 0.17 0.10 0.10 0.71 0.46 0.27 0.23 0.26 0.31 0.26
C4' 0.55 0.35 0.63 0.77 0.44 0.71 0.43 0.70 0.39 0.53 0.35 0.39 0.39 0.49 0.50 0.82 0.91 0.65 0.69 0.71 0.68 0.67
C5 0.16 0.19 0.39 0.20 0.10 0.27 0.11 0.30 0.15 0.10 0.18 0.15 0.15 0.09 0.10 0.80 0.47 0.30 0.27 0.31 0.31 0.29
C5' 0.94 0.65 0.97 1.14 0.81 1.11 0.82 1.10 0.75 0.94 0.68 0.71 0.76 0.90 0.90 0.99 1.18 1.06 1.10 1.07 1.10 1.08
C6 0.15 0.19 0.37 0.25 0.11 0.32 0.11 0.35 0.14 0.11 0.18 0.15 0.14 0.10 0.10 0.84 0.53 0.31 0.32 0.40 0.33 0.34
N1 0.14 0.19 0.35 0.25 0.11 0.31 0.11 0.35 0.15 0.10 0.19 0.15 0.15 0.09 0.10 0.80 0.55 0.29 0.32 0.41 0.31 0.33
N3 0.14 0.21 0.36 0.17 0.12 0.24 0.13 0.27 0.17 0.10 0.21 0.15 0.19 0.11 0.10 0.72 0.50 0.27 0.23 0.27 0.30 0.25
N4 0.18 0.20 0.36 0.14 0.12 0.20 0.13 0.24 0.17 0.12 0.21 0.14 0.19 0.12 0.12 0.61 0.40 0.25 0.22 0.23 0.35 0.26
O2 0.13 0.21 0.35 0.23 0.11 0.27 0.12 0.30 0.17 0.09 0.22 0.15 0.19 0.10 0.09 0.74 0.56 0.26 0.27 0.35 0.27 0.27
O2' 0.22 0.19 0.37 0.46 0.16 0.43 0.17 0.49 0.20 0.19 0.21 0.15 0.22 0.18 0.17 0.76 0.74 0.37 0.45 0.61 0.44 0.50
O3' 0.77 0.51 0.88 1.01 0.62 0.80 0.60 0.75 0.54 0.71 0.50 0.57 0.53 0.66 0.70 1.05 1.20 0.77 0.78 0.75 0.75 0.73
O4' 0.24 0.17 0.38 0.37 0.16 0.42 0.16 0.48 0.15 0.23 0.17 0.16 0.15 0.20 0.20 0.80 0.54 0.36 0.46 0.57 0.45 0.46
O5' 0.86 0.63 0.97 1.01 0.76 0.95 0.78 0.96 0.73 0.89 0.66 0.68 0.75 0.85 0.84 1.10 1.05 0.89 0.98 0.98 1.02 0.96
OP1 1.03 0.71 1.09 1.23 0.91 1.29 0.98 1.44 0.90 1.14 0.78 0.76 0.94 1.10 1.03 1.00 1.00 1.19 1.43 1.49 1.48 1.45
OP2 1.16 0.94 1.33 1.26 1.08 1.11 1.12 1.20 1.06 1.24 0.97 0.98 1.08 1.21 1.16 1.42 1.19 1.06 1.25 1.33 1.35 1.27
P 1.03 0.70 1.16 1.24 0.90 1.15 0.94 1.20 0.87 1.10 0.75 0.76 0.90 1.06 1.01 1.13 1.20 1.06 1.23 1.26 1.31 1.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.21 0.01 0.17 0.13 0.24 0.15
C2 0.03 0.00 0.14 0.07 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.27 0.14 0.22 0.23 0.39 0.26
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.07 0.02 0.04 0.18 0.06 0.11 0.11 0.14 0.05 0.07 0.02 0.00 0.03 0.02 0.42 0.37 0.33 0.36
C3' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.11 0.00 0.18 0.01 0.16 0.23 0.11 0.05 0.20 0.24 0.13 0.02 0.01 0.01 0.16 0.14 0.20 0.06
C4 0.02 0.01 0.07 0.11 0.00 0.05 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.14 0.15 0.08 0.22 0.21 0.35 0.24
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.13 0.07 0.08 0.08 0.12 0.05 0.19 0.03 0.01 0.03 0.11 0.21 0.04
C5 0.02 0.01 0.04 0.18 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.08 0.05 0.25 0.29 0.41 0.28
C5' 0.07 0.17 0.18 0.01 0.14 0.01 0.16 0.00 0.17 0.15 0.17 0.16 0.18 0.17 0.11 0.06 0.13 0.02 0.01 0.13 0.16 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.16 0.01 0.07 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.10 0.07 0.25 0.31 0.44 0.30
C8 0.01 0.01 0.11 0.23 0.01 0.13 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.28 0.14 0.10 0.25 0.25 0.35 0.25
N1 0.03 0.00 0.11 0.11 0.01 0.07 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.19 0.11 0.24 0.28 0.42 0.29
N3 0.02 0.00 0.14 0.05 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.28 0.14 0.21 0.19 0.34 0.23
N6 0.03 0.01 0.05 0.20 0.01 0.08 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.23 0.08 0.07 0.26 0.37 0.46 0.33
N7 0.01 0.01 0.07 0.24 0.01 0.12 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.28 0.14 0.07 0.26 0.32 0.41 0.29
N9 0.01 0.01 0.02 0.13 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.15 0.09 0.03 0.21 0.18 0.31 0.20
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.14 0.19 0.21 0.06 0.20 0.28 0.17 0.17 0.23 0.28 0.15 0.00 0.09 0.13 0.33 0.34 0.39 0.33
O3' 0.21 0.27 0.03 0.01 0.15 0.03 0.08 0.13 0.10 0.14 0.19 0.28 0.08 0.14 0.09 0.09 0.00 0.18 0.13 0.26 0.25 0.15
O4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.08 0.01 0.05 0.02 0.07 0.10 0.11 0.14 0.07 0.07 0.03 0.13 0.18 0.00 0.12 0.14 0.28 0.13
O5' 0.17 0.22 0.42 0.16 0.22 0.03 0.25 0.01 0.25 0.25 0.24 0.21 0.26 0.26 0.21 0.33 0.13 0.12 0.00 0.03 0.03 0.00
OP1 0.13 0.23 0.37 0.14 0.21 0.11 0.29 0.13 0.31 0.25 0.28 0.19 0.37 0.32 0.18 0.34 0.26 0.14 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.24 0.39 0.33 0.20 0.35 0.21 0.41 0.16 0.44 0.35 0.42 0.34 0.46 0.41 0.31 0.39 0.25 0.28 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.26 0.36 0.06 0.24 0.04 0.28 0.02 0.30 0.25 0.29 0.23 0.33 0.29 0.20 0.33 0.15 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00