ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53184

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 5, 2, 5, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.007, 0.013, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.007, 0.016, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.010, 0.022, 0.035, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.014, 0.032, 0.049, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.019, 0.039, 0.059, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.039 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.049, 0.125, 0.200, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.125 std_dev=0.076
C2' A 0, 0.032, 0.109, 0.186, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.109 std_dev=0.077
O2' A 0, 0.045, 0.134, 0.223, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.134 std_dev=0.089
C4' A 0, 0.075, 0.184, 0.293, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.184 std_dev=0.109
C3' A 0, 0.072, 0.190, 0.309, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.190 std_dev=0.119
N1 B 0, 0.133, 0.293, 0.453, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.293 std_dev=0.160
C2 B 0, 0.126, 0.288, 0.450, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.288 std_dev=0.162
C6 B 0, 0.150, 0.322, 0.494, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.322 std_dev=0.172
O3' A 0, 0.146, 0.320, 0.494, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.320 std_dev=0.174
N6 B 0, 0.172, 0.347, 0.522, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.347 std_dev=0.175
O5' A 0, 0.078, 0.258, 0.439, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.258 std_dev=0.181
C5' A 0, 0.111, 0.292, 0.473, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.292 std_dev=0.181
N3 B 0, 0.123, 0.305, 0.487, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.305 std_dev=0.182
C5 B 0, 0.139, 0.340, 0.541, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.340 std_dev=0.201
C4 B 0, 0.113, 0.324, 0.534, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.324 std_dev=0.210
C1' B 0, 0.085, 0.310, 0.535, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.310 std_dev=0.225
O4' B 0, 0.092, 0.318, 0.545, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.318 std_dev=0.227
N7 B 0, 0.148, 0.394, 0.640, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.394 std_dev=0.246
N9 B 0, 0.100, 0.347, 0.594, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.347 std_dev=0.247
C8 B 0, 0.124, 0.402, 0.679, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.402 std_dev=0.278
P A 0, 0.152, 0.438, 0.724, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.438 std_dev=0.286
C4' B 0, 0.112, 0.399, 0.686, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.399 std_dev=0.287
O3' B 0, 0.147, 0.435, 0.724, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.435 std_dev=0.288
C3' B 0, 0.085, 0.421, 0.757, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.421 std_dev=0.336
C2' B 0, 0.073, 0.415, 0.757, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.415 std_dev=0.342
O2' B 0, 0.133, 0.488, 0.842, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.488 std_dev=0.355
OP2 A 0, 0.240, 0.598, 0.957, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.598 std_dev=0.359
OP1 A 0, 0.229, 0.606, 0.984, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.606 std_dev=0.377
C5' B 0, 0.150, 0.560, 0.971, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.560 std_dev=0.411
O5' B 0, 0.140, 0.663, 1.186, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.663 std_dev=0.523
OP2 B 0, 0.303, 0.865, 1.426, 1.842 max_d=1.842 avg_d=0.865 std_dev=0.561
P B 0, 0.213, 0.803, 1.394, 1.898 max_d=1.898 avg_d=0.803 std_dev=0.590
OP1 B 0, 0.198, 0.865, 1.531, 2.076 max_d=2.076 avg_d=0.865 std_dev=0.666

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.00 0.03 0.05 0.18 0.06
C2 0.03 0.00 0.05 0.07 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.09 0.05 0.07 0.07 0.23 0.11
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.08 0.01 0.02 0.02 0.05 0.07 0.24 0.10
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.06 0.04 0.08 0.07 0.10 0.02 0.01 0.02 0.07 0.11 0.24 0.13
C4 0.03 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.05 0.10 0.10 0.22 0.13
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.05 0.13 0.05
C5 0.02 0.00 0.04 0.06 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.05 0.11 0.10 0.20 0.11
C5' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.09 0.00 0.11 0.00 0.10 0.06 0.07 0.10 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.05 0.09 0.08 0.19 0.09
N1 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.06 0.06 0.20 0.09
N3 0.03 0.00 0.04 0.08 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.11 0.05 0.09 0.09 0.24 0.13
N4 0.03 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.05 0.11 0.12 0.23 0.14
O2 0.05 0.00 0.08 0.10 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.08 0.12 0.06 0.07 0.07 0.24 0.12
O2' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03 0.02 0.04 0.03 0.08 0.00 0.05 0.03 0.04 0.07 0.24 0.10
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.08 0.02 0.07 0.03 0.06 0.04 0.11 0.10 0.12 0.05 0.00 0.02 0.09 0.17 0.26 0.15
O4' 0.00 0.05 0.02 0.02 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.05 0.06 0.03 0.02 0.00 0.08 0.10 0.13 0.09
O5' 0.03 0.07 0.05 0.07 0.10 0.02 0.11 0.01 0.09 0.06 0.09 0.11 0.07 0.04 0.09 0.08 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.05 0.07 0.07 0.11 0.10 0.05 0.10 0.06 0.08 0.06 0.09 0.12 0.07 0.07 0.17 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.23 0.24 0.24 0.22 0.13 0.20 0.06 0.19 0.20 0.24 0.23 0.24 0.24 0.26 0.13 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.11 0.10 0.13 0.13 0.05 0.11 0.02 0.09 0.09 0.13 0.14 0.12 0.10 0.15 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.10 0.06 0.04 0.08 0.08 0.08 0.13 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.07 0.08 0.16 0.10 0.08 0.09 0.17 0.20 0.13
C2 0.06 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.11 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.07 0.20 0.14 0.07 0.08 0.13 0.18 0.10
C2' 0.07 0.10 0.10 0.08 0.08 0.11 0.08 0.14 0.09 0.08 0.10 0.09 0.08 0.08 0.08 0.20 0.09 0.08 0.10 0.19 0.21 0.14
C3' 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.13 0.09 0.16 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.17 0.09 0.10 0.14 0.22 0.22 0.17
C4 0.08 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.19 0.16 0.10 0.09 0.12 0.19 0.11
C4' 0.06 0.10 0.05 0.04 0.08 0.12 0.08 0.17 0.09 0.07 0.10 0.09 0.09 0.07 0.07 0.12 0.06 0.09 0.14 0.22 0.23 0.17
C5 0.07 0.10 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.07 0.08 0.16 0.15 0.08 0.08 0.13 0.19 0.11
C5' 0.08 0.13 0.04 0.05 0.11 0.17 0.12 0.23 0.13 0.10 0.14 0.12 0.14 0.11 0.09 0.09 0.04 0.14 0.19 0.25 0.26 0.22
C6 0.07 0.10 0.07 0.06 0.09 0.08 0.08 0.11 0.08 0.08 0.10 0.10 0.08 0.07 0.08 0.16 0.13 0.07 0.08 0.14 0.19 0.11
N1 0.06 0.10 0.06 0.06 0.08 0.08 0.08 0.12 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08 0.07 0.08 0.17 0.12 0.07 0.08 0.15 0.19 0.11
N3 0.08 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.11 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.20 0.16 0.09 0.09 0.12 0.18 0.11
N4 0.11 0.10 0.12 0.12 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.11 0.19 0.17 0.12 0.12 0.13 0.20 0.14
O2 0.06 0.10 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.12 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.08 0.08 0.21 0.14 0.07 0.08 0.14 0.17 0.10
O2' 0.07 0.10 0.09 0.07 0.08 0.09 0.08 0.13 0.09 0.07 0.10 0.09 0.08 0.07 0.07 0.20 0.08 0.07 0.09 0.18 0.20 0.13
O3' 0.11 0.12 0.12 0.12 0.11 0.15 0.11 0.19 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.11 0.11 0.18 0.12 0.12 0.17 0.25 0.23 0.20
O4' 0.09 0.11 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.14 0.10 0.08 0.11 0.10 0.10 0.08 0.09 0.12 0.16 0.08 0.10 0.19 0.20 0.14
O5' 0.09 0.11 0.07 0.06 0.09 0.14 0.10 0.16 0.10 0.09 0.11 0.10 0.11 0.09 0.09 0.12 0.03 0.11 0.15 0.21 0.24 0.17
OP1 0.06 0.08 0.05 0.05 0.07 0.12 0.08 0.18 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.09 0.07 0.07 0.03 0.09 0.17 0.25 0.25 0.22
OP2 0.11 0.15 0.10 0.05 0.12 0.04 0.11 0.09 0.12 0.09 0.14 0.15 0.11 0.09 0.10 0.15 0.02 0.07 0.12 0.23 0.25 0.17
P 0.03 0.08 0.02 0.02 0.05 0.07 0.04 0.12 0.05 0.03 0.07 0.08 0.05 0.03 0.03 0.06 0.01 0.04 0.13 0.21 0.24 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.07 0.06 0.16 0.06
C2 0.04 0.00 0.05 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.12 0.07 0.09 0.10 0.15 0.12
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.10 0.07 0.20 0.07
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.10 0.22 0.10
C4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.04 0.07 0.09 0.15 0.10
C4' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.04 0.03 0.03 0.04 0.01 0.02 0.06 0.14 0.04
C5 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.03 0.09 0.12 0.17 0.13
C5' 0.04 0.08 0.05 0.03 0.06 0.01 0.07 0.00 0.08 0.10 0.08 0.07 0.08 0.09 0.06 0.05 0.03 0.04 0.01 0.06 0.04 0.01
C6 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.09 0.05 0.09 0.13 0.18 0.14
C8 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.10 0.05 0.03 0.12 0.12 0.15 0.11
N1 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.11 0.06 0.09 0.12 0.17 0.13
N3 0.04 0.00 0.05 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.12 0.07 0.08 0.08 0.14 0.10
N6 0.03 0.01 0.05 0.03 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.08 0.05 0.10 0.15 0.21 0.16
N7 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.10 0.06 0.03 0.11 0.14 0.18 0.14
N9 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.07 0.02 0.07 0.08 0.14 0.08
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.08 0.03 0.07 0.05 0.08 0.10 0.10 0.13 0.09 0.10 0.04 0.00 0.07 0.03 0.12 0.11 0.22 0.10
O3' 0.08 0.12 0.02 0.01 0.09 0.04 0.08 0.03 0.09 0.05 0.11 0.12 0.08 0.06 0.07 0.07 0.00 0.11 0.09 0.16 0.23 0.12
O4' 0.00 0.07 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.05 0.03 0.06 0.07 0.05 0.03 0.02 0.03 0.11 0.00 0.04 0.06 0.14 0.06
O5' 0.07 0.09 0.10 0.10 0.07 0.02 0.09 0.01 0.09 0.12 0.09 0.08 0.10 0.11 0.07 0.12 0.09 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.10 0.07 0.10 0.09 0.06 0.12 0.06 0.13 0.12 0.12 0.08 0.15 0.14 0.08 0.11 0.16 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.15 0.20 0.22 0.15 0.14 0.17 0.04 0.18 0.15 0.17 0.14 0.21 0.18 0.14 0.22 0.23 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.12 0.07 0.10 0.10 0.04 0.13 0.01 0.14 0.11 0.13 0.10 0.16 0.14 0.08 0.10 0.12 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00