ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53186

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.004, 0.015, 0.027, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.025 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.015, 0.051, 0.087, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.051 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.108, 0.369, 0.629, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.369 std_dev=0.261
C2' A 0, 0.121, 0.414, 0.707, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.414 std_dev=0.293
O2' A 0, 0.174, 0.594, 1.015, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.594 std_dev=0.420
C3' A 0, 0.184, 0.627, 1.071, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.627 std_dev=0.444
C4' A 0, 0.191, 0.651, 1.112, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.651 std_dev=0.461
N1 B 0, 0.258, 0.882, 1.506, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.882 std_dev=0.624
C2 B 0, 0.263, 0.897, 1.532, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.897 std_dev=0.635
O3' B 0, 0.269, 0.918, 1.567, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.918 std_dev=0.649
O5' A 0, 0.274, 0.936, 1.597, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.936 std_dev=0.662
C6 B 0, 0.293, 0.999, 1.706, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.999 std_dev=0.707
N6 B 0, 0.296, 1.010, 1.725, 1.534 max_d=1.534 avg_d=1.010 std_dev=0.715
N3 B 0, 0.297, 1.014, 1.732, 1.536 max_d=1.536 avg_d=1.014 std_dev=0.717
O3' A 0, 0.298, 1.019, 1.739, 1.542 max_d=1.542 avg_d=1.019 std_dev=0.721
P A 0, 0.327, 1.116, 1.905, 1.698 max_d=1.698 avg_d=1.116 std_dev=0.789
C4 B 0, 0.327, 1.117, 1.907, 1.692 max_d=1.692 avg_d=1.117 std_dev=0.790
C5' A 0, 0.327, 1.118, 1.908, 1.688 max_d=1.688 avg_d=1.118 std_dev=0.790
C5 B 0, 0.328, 1.120, 1.912, 1.700 max_d=1.700 avg_d=1.120 std_dev=0.792
C3' B 0, 0.355, 1.212, 2.068, 1.836 max_d=1.836 avg_d=1.212 std_dev=0.857
OP1 A 0, 0.362, 1.237, 2.112, 1.877 max_d=1.877 avg_d=1.237 std_dev=0.875
N9 B 0, 0.364, 1.243, 2.122, 1.880 max_d=1.880 avg_d=1.243 std_dev=0.879
N7 B 0, 0.364, 1.244, 2.123, 1.894 max_d=1.894 avg_d=1.244 std_dev=0.880
C2' B 0, 0.368, 1.256, 2.145, 1.888 max_d=1.888 avg_d=1.256 std_dev=0.888
C1' B 0, 0.372, 1.271, 2.170, 1.913 max_d=1.913 avg_d=1.271 std_dev=0.899
C8 B 0, 0.384, 1.310, 2.237, 1.988 max_d=1.988 avg_d=1.310 std_dev=0.927
OP2 A 0, 0.385, 1.314, 2.243, 1.987 max_d=1.987 avg_d=1.314 std_dev=0.929
C4' B 0, 0.389, 1.329, 2.268, 2.007 max_d=2.007 avg_d=1.329 std_dev=0.940
O4' B 0, 0.397, 1.357, 2.316, 2.037 max_d=2.037 avg_d=1.357 std_dev=0.959
O2' B 0, 0.412, 1.406, 2.400, 2.112 max_d=2.112 avg_d=1.406 std_dev=0.994
C5' B 0, 0.461, 1.575, 2.688, 2.377 max_d=2.377 avg_d=1.575 std_dev=1.113
O5' B 0, 0.515, 1.758, 3.001, 2.654 max_d=2.654 avg_d=1.758 std_dev=1.243
P B 0, 0.604, 2.061, 3.519, 3.101 max_d=3.101 avg_d=2.061 std_dev=1.457
OP2 B 0, 0.614, 2.098, 3.582, 3.148 max_d=3.148 avg_d=2.098 std_dev=1.484
OP1 B 0, 0.648, 2.213, 3.777, 3.324 max_d=3.324 avg_d=2.213 std_dev=1.565

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.13 0.29 0.17
C2 0.01 0.00 0.07 0.05 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.08 0.01 0.01 0.15 0.26 0.15
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.03 0.12 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.26 0.13
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.12 0.03 0.03 0.04 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.22 0.10
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.09 0.00 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.09 0.10 0.13 0.06
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.00 0.14 0.00 0.14 0.05 0.03 0.09 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.16 0.07
C5 0.00 0.01 0.02 0.11 0.00 0.14 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.03 0.14 0.07 0.08 0.02
C5' 0.03 0.08 0.01 0.01 0.23 0.00 0.30 0.00 0.27 0.13 0.14 0.24 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01
C6 0.00 0.01 0.03 0.12 0.01 0.14 0.00 0.27 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.03 0.11 0.08 0.16 0.06
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.13 0.25 0.13
N3 0.01 0.01 0.07 0.03 0.00 0.03 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.00 0.03 0.13 0.21 0.11
N4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.09 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.02 0.12 0.08 0.08 0.03
O2 0.01 0.00 0.12 0.12 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.17 0.02 0.06 0.17 0.30 0.18
O2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.08 0.05 0.13 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.23 0.09
O3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 0.02 0.10 0.02 0.11 0.02 0.06 0.02 0.17 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.16 0.03
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.06 0.13 0.29 0.17
O5' 0.04 0.01 0.02 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.11 0.02 0.03 0.12 0.06 0.01 0.06 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.13 0.15 0.08 0.05 0.10 0.02 0.07 0.03 0.08 0.13 0.13 0.08 0.17 0.02 0.04 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.29 0.26 0.26 0.22 0.13 0.16 0.08 0.02 0.16 0.25 0.21 0.08 0.30 0.23 0.16 0.29 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.15 0.13 0.10 0.06 0.07 0.02 0.01 0.06 0.13 0.11 0.03 0.18 0.09 0.03 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.01 0.09 0.04 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.06 0.05 0.21 0.10 0.02 0.04 0.03 0.03 0.05
C2 0.09 0.03 0.14 0.01 0.08 0.02 0.08 0.01 0.05 0.10 0.04 0.06 0.05 0.09 0.09 0.27 0.11 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01
C2' 0.02 0.05 0.08 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.03 0.02 0.19 0.11 0.01 0.04 0.06 0.04 0.06
C3' 0.05 0.05 0.12 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.04 0.03 0.01 0.06 0.05 0.21 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02
C4 0.04 0.02 0.13 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03 0.08 0.01 0.01 0.03 0.07 0.06 0.29 0.14 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01
C4' 0.11 0.01 0.17 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.04 0.13 0.01 0.03 0.04 0.12 0.11 0.25 0.05 0.09 0.05 0.04 0.07 0.03
C5 0.04 0.07 0.06 0.09 0.03 0.11 0.01 0.10 0.02 0.02 0.05 0.07 0.02 0.02 0.02 0.22 0.18 0.09 0.08 0.11 0.08 0.10
C5' 0.23 0.10 0.29 0.21 0.19 0.22 0.20 0.21 0.16 0.26 0.11 0.14 0.16 0.24 0.23 0.35 0.21 0.22 0.18 0.15 0.20 0.16
C6 0.02 0.05 0.05 0.09 0.01 0.09 0.01 0.09 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.20 0.16 0.06 0.09 0.10 0.08 0.10
N1 0.04 0.01 0.10 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.03 0.06 0.05 0.23 0.12 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04
N3 0.10 0.04 0.16 0.02 0.09 0.02 0.09 0.02 0.06 0.11 0.04 0.07 0.06 0.11 0.11 0.29 0.11 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04
N4 0.05 0.05 0.16 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.03 0.09 0.02 0.03 0.03 0.09 0.07 0.32 0.13 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02
O2 0.12 0.06 0.15 0.03 0.10 0.05 0.09 0.05 0.07 0.12 0.06 0.09 0.06 0.11 0.12 0.27 0.09 0.08 0.06 0.06 0.05 0.05
O2' 0.03 0.05 0.08 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.03 0.03 0.20 0.10 0.02 0.04 0.05 0.04 0.06
O3' 0.03 0.10 0.11 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.05 0.09 0.06 0.06 0.03 0.03 0.19 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02
O4' 0.05 0.03 0.09 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.06 0.03 0.01 0.02 0.05 0.05 0.19 0.05 0.04 0.03 0.03 0.01 0.04
O5' 0.10 0.02 0.15 0.08 0.06 0.09 0.07 0.08 0.04 0.13 0.01 0.02 0.04 0.12 0.10 0.21 0.11 0.10 0.04 0.03 0.08 0.03
OP1 0.15 0.26 0.11 0.13 0.20 0.11 0.18 0.12 0.22 0.12 0.25 0.24 0.21 0.13 0.16 0.11 0.05 0.13 0.18 0.23 0.13 0.20
OP2 0.03 0.23 0.06 0.03 0.11 0.03 0.08 0.05 0.13 0.03 0.20 0.19 0.12 0.01 0.04 0.07 0.06 0.01 0.03 0.05 0.08 0.02
P 0.03 0.17 0.03 0.01 0.08 0.01 0.07 0.02 0.11 0.01 0.15 0.14 0.10 0.01 0.03 0.06 0.04 0.02 0.05 0.08 0.01 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.09 0.00 0.00 0.07 0.04 0.05
C2 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.15 0.09 0.12
C3' 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.07 0.02 0.04 0.02 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03
C4 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.11 0.01 0.06 0.03 0.00 0.02
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02
C5 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.10 0.02 0.03 0.05
C5' 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.02 0.10 0.02 0.03 0.06
C8 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.11 0.06 0.02 0.04
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.02 0.07 0.01 0.02 0.04
N3 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.17 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00
N6 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.10 0.02 0.11 0.02 0.05 0.08
N7 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.13 0.03 0.04 0.07
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.06 0.06 0.01 0.01
O2' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.06 0.03 0.10 0.19 0.12 0.17
O3' 0.09 0.18 0.01 0.00 0.11 0.04 0.08 0.01 0.11 0.01 0.15 0.17 0.10 0.02 0.07 0.06 0.00 0.08 0.01 0.06 0.04 0.02
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01
O5' 0.00 0.05 0.07 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.10 0.11 0.07 0.03 0.11 0.13 0.06 0.10 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.07 0.01 0.15 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.19 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.12 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.02 0.12 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.04 0.04 0.00 0.08 0.07 0.01 0.17 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00