ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53187

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 2, 2, 9, 14, 12, 17, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.010, 0.015, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.015, 0.022, 0.029, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.022 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.019, 0.027, 0.036, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.028, 0.037, 0.046, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.037 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.027, 0.037, 0.046, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.037 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.028, 0.040, 0.051, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.040 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.028, 0.039, 0.051, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.039 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.017, 0.029, 0.040, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.022, 0.035, 0.048, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.035 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.024, 0.038, 0.051, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.038 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.029, 0.044, 0.059, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.044 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.041, 0.062, 0.084, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.062 std_dev=0.022
C5 B 0, 0.336, 0.526, 0.717, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.526 std_dev=0.190
N1 B 0, 0.380, 0.581, 0.782, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.581 std_dev=0.201
C4 B 0, 0.446, 0.649, 0.852, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.649 std_dev=0.203
C6 B 0, 0.413, 0.628, 0.844, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.628 std_dev=0.216
C2' B 0, 0.470, 0.693, 0.916, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.693 std_dev=0.223
C1' B 0, 0.490, 0.729, 0.969, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.729 std_dev=0.239
N4 B 0, 0.623, 0.863, 1.103, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.863 std_dev=0.240
C2 B 0, 0.465, 0.716, 0.968, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.716 std_dev=0.252
N3 B 0, 0.573, 0.835, 1.097, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.835 std_dev=0.262
C3' B 0, 0.834, 1.135, 1.436, 1.765 max_d=1.765 avg_d=1.135 std_dev=0.301
O2 B 0, 0.625, 0.943, 1.260, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.943 std_dev=0.318
O2' B 0, 0.414, 0.733, 1.052, 2.448 max_d=2.448 avg_d=0.733 std_dev=0.319
O4' B 0, 0.802, 1.178, 1.554, 1.612 max_d=1.612 avg_d=1.178 std_dev=0.376
O3' B 0, 0.992, 1.372, 1.752, 2.271 max_d=2.271 avg_d=1.372 std_dev=0.380
C4' B 0, 0.927, 1.312, 1.696, 1.942 max_d=1.942 avg_d=1.312 std_dev=0.385
OP2 B 0, 0.882, 1.313, 1.743, 2.784 max_d=2.784 avg_d=1.313 std_dev=0.430
C5' B 0, 1.406, 1.994, 2.583, 2.483 max_d=2.483 avg_d=1.994 std_dev=0.589
O5' B 0, 1.540, 2.273, 3.007, 2.835 max_d=2.835 avg_d=2.273 std_dev=0.734
O4' A 0, 1.530, 2.312, 3.094, 2.704 max_d=2.704 avg_d=2.312 std_dev=0.782
C2' A 0, 1.518, 2.302, 3.086, 2.716 max_d=2.716 avg_d=2.302 std_dev=0.784
P B 0, 1.255, 2.054, 2.853, 2.778 max_d=2.778 avg_d=2.054 std_dev=0.799
C3' A 0, 1.949, 2.832, 3.715, 3.457 max_d=3.457 avg_d=2.832 std_dev=0.883
C4' A 0, 2.028, 2.948, 3.868, 3.482 max_d=3.482 avg_d=2.948 std_dev=0.920
O3' A 0, 1.699, 2.630, 3.561, 4.583 max_d=4.583 avg_d=2.630 std_dev=0.931
OP1 B 0, 1.918, 2.885, 3.852, 5.230 max_d=5.230 avg_d=2.885 std_dev=0.967
O2' A 0, 2.081, 3.345, 4.608, 4.081 max_d=4.081 avg_d=3.345 std_dev=1.263
C5' A 0, 3.740, 5.457, 7.174, 6.395 max_d=6.395 avg_d=5.457 std_dev=1.717
O5' A 0, 4.359, 6.743, 9.128, 7.993 max_d=7.993 avg_d=6.743 std_dev=2.384
P A 0, 5.463, 8.646, 11.830, 10.312 max_d=10.312 avg_d=8.646 std_dev=3.183
OP1 A 0, 6.096, 9.636, 13.176, 11.691 max_d=11.691 avg_d=9.636 std_dev=3.540
OP2 A 0, 6.340, 10.209, 14.077, 12.299 max_d=12.299 avg_d=10.209 std_dev=3.868

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.32 0.00 0.21 0.02 0.28 0.26 0.12
C2 0.04 0.00 0.48 0.79 0.01 0.48 0.01 0.88 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.26 0.46 0.25 1.04 0.01 0.73 1.84 1.23
C2' 0.00 0.48 0.00 0.00 0.25 0.02 0.12 0.21 0.21 0.23 0.37 0.58 0.48 0.12 0.02 0.00 0.05 0.02 0.24 0.16 0.61 0.33 0.50
C3' 0.02 0.79 0.00 0.00 0.48 0.00 0.39 0.02 0.52 0.12 0.69 0.91 0.73 0.17 0.18 0.02 0.01 0.01 0.22 0.48 0.42 0.32 0.42
C4 0.02 0.01 0.25 0.48 0.00 0.26 0.00 0.39 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.18 0.13 0.60 0.01 0.26 1.05 0.61
C4' 0.01 0.48 0.02 0.00 0.26 0.00 0.18 0.00 0.27 0.09 0.39 0.57 0.45 0.04 0.07 0.25 0.03 0.00 0.01 0.23 0.13 0.16 0.07
C5 0.02 0.01 0.12 0.39 0.00 0.18 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.13 0.05 0.54 0.01 0.36 1.00 0.54
C5' 0.08 0.88 0.21 0.02 0.39 0.00 0.26 0.00 0.44 0.29 0.71 1.12 0.78 0.16 0.08 0.05 0.19 0.01 0.01 0.37 0.31 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.21 0.52 0.01 0.27 0.01 0.44 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.23 0.10 0.70 0.00 0.34 1.35 0.77
C8 0.01 0.01 0.23 0.12 0.01 0.09 0.01 0.29 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.37 0.24 0.11 0.35 0.02 0.78 0.38 0.44
N1 0.04 0.00 0.37 0.69 0.01 0.39 0.01 0.71 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.38 0.18 0.93 0.01 0.54 1.72 1.08
N2 0.05 0.01 0.58 0.91 0.01 0.57 0.01 1.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.36 0.62 0.30 1.27 0.01 1.10 2.25 1.57
N3 0.04 0.00 0.48 0.73 0.00 0.45 0.00 0.78 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.39 0.26 0.90 0.01 0.58 1.52 1.01
N7 0.01 0.01 0.12 0.17 0.01 0.04 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.35 0.15 0.07 0.37 0.02 0.70 0.59 0.42
N9 0.01 0.02 0.02 0.18 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.17 0.15 0.02 0.33 0.02 0.39 0.53 0.27
O2' 0.02 0.26 0.00 0.02 0.15 0.25 0.22 0.05 0.20 0.37 0.20 0.36 0.25 0.35 0.17 0.00 0.07 0.18 0.08 0.24 0.35 0.26 0.35
O3' 0.32 0.46 0.05 0.01 0.18 0.03 0.13 0.19 0.23 0.24 0.38 0.62 0.39 0.15 0.15 0.07 0.00 0.23 0.23 0.21 0.33 0.29 0.30
O4' 0.00 0.25 0.02 0.01 0.13 0.00 0.05 0.01 0.10 0.11 0.18 0.30 0.26 0.07 0.02 0.18 0.23 0.00 0.32 0.07 0.25 0.49 0.32
O5' 0.21 1.04 0.24 0.22 0.60 0.01 0.54 0.01 0.70 0.35 0.93 1.27 0.90 0.37 0.33 0.08 0.23 0.32 0.00 0.67 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.16 0.48 0.01 0.23 0.01 0.37 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.24 0.21 0.07 0.67 0.00 0.38 1.32 0.74
OP1 0.28 0.73 0.61 0.42 0.26 0.13 0.36 0.31 0.34 0.78 0.54 1.10 0.58 0.70 0.39 0.35 0.33 0.25 0.02 0.38 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 1.84 0.33 0.32 1.05 0.16 1.00 0.30 1.35 0.38 1.72 2.25 1.52 0.59 0.53 0.26 0.29 0.49 0.02 1.32 0.01 0.00 0.01
P 0.12 1.23 0.50 0.42 0.61 0.07 0.54 0.02 0.77 0.44 1.08 1.57 1.01 0.42 0.27 0.35 0.30 0.32 0.01 0.74 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.24 0.22 0.30 0.23 0.36 0.24 0.58 0.25 0.20 0.26 0.25 0.29 0.25 0.33 0.24 0.74 0.59 0.68 0.75
C2 0.23 0.15 0.23 0.31 0.12 0.34 0.25 0.43 0.29 0.21 0.12 0.15 0.17 0.22 0.32 0.31 0.48 0.64 0.75 0.37
C2' 0.19 0.20 0.26 0.47 0.43 0.49 0.61 0.85 0.54 0.29 0.26 0.47 0.20 0.19 0.42 0.36 1.34 1.30 1.16 1.46
C3' 0.41 0.45 0.44 0.50 0.63 0.49 0.70 0.65 0.59 0.46 0.51 0.70 0.42 0.44 0.46 0.46 1.20 1.06 1.21 1.38
C4 0.21 0.17 0.21 0.30 0.18 0.38 0.22 0.51 0.27 0.17 0.21 0.23 0.23 0.23 0.32 0.34 0.57 0.49 0.70 0.49
C4' 0.67 0.50 0.65 0.58 0.36 0.63 0.35 0.45 0.44 0.53 0.42 0.35 0.56 0.75 0.62 0.67 0.45 0.33 1.00 0.70
C5 0.25 0.17 0.23 0.29 0.19 0.40 0.19 0.48 0.25 0.17 0.24 0.26 0.24 0.26 0.32 0.40 0.48 0.50 0.65 0.39
C5' 1.24 0.82 1.32 1.38 0.64 1.49 0.67 1.35 0.81 0.94 0.67 0.66 0.91 1.46 1.48 1.38 1.02 0.74 1.58 1.08
C6 0.29 0.13 0.24 0.29 0.13 0.38 0.17 0.43 0.26 0.21 0.17 0.24 0.19 0.26 0.31 0.40 0.41 0.61 0.65 0.29
C8 0.23 0.28 0.26 0.31 0.24 0.43 0.22 0.56 0.24 0.20 0.30 0.27 0.35 0.33 0.36 0.38 0.59 0.43 0.60 0.55
N1 0.27 0.16 0.24 0.30 0.08 0.35 0.22 0.41 0.28 0.24 0.11 0.17 0.18 0.24 0.31 0.36 0.43 0.68 0.70 0.29
N2 0.23 0.18 0.24 0.33 0.17 0.32 0.27 0.40 0.28 0.23 0.16 0.15 0.18 0.23 0.34 0.28 0.47 0.70 0.77 0.35
N3 0.20 0.14 0.21 0.30 0.14 0.35 0.24 0.47 0.28 0.17 0.15 0.18 0.17 0.20 0.32 0.29 0.56 0.55 0.76 0.48
N7 0.24 0.25 0.26 0.30 0.23 0.42 0.19 0.51 0.23 0.17 0.30 0.28 0.34 0.32 0.35 0.42 0.49 0.42 0.59 0.43
N9 0.20 0.24 0.22 0.30 0.22 0.39 0.22 0.56 0.26 0.19 0.26 0.25 0.29 0.26 0.33 0.32 0.64 0.47 0.67 0.61
O2' 0.32 0.19 0.47 0.85 0.43 0.91 0.67 1.42 0.67 0.38 0.24 0.44 0.16 0.22 0.85 0.62 1.88 2.04 1.74 2.09
O3' 0.56 0.46 0.67 0.85 0.55 0.85 0.66 1.11 0.63 0.53 0.45 0.59 0.45 0.62 0.87 0.67 1.69 1.63 1.57 1.94
O4' 0.73 0.68 0.68 0.59 0.62 0.57 0.63 0.40 0.69 0.71 0.64 0.58 0.68 0.71 0.58 0.65 0.24 0.49 0.74 0.42
O5' 1.01 0.54 1.16 1.30 0.53 1.43 0.57 1.39 0.61 0.68 0.45 0.66 0.61 1.32 1.47 1.17 1.07 0.87 1.83 1.26
O6 0.31 0.13 0.25 0.28 0.14 0.37 0.15 0.40 0.23 0.22 0.18 0.26 0.20 0.28 0.31 0.41 0.36 0.65 0.60 0.23
OP1 2.02 1.31 2.37 2.52 0.76 2.59 0.84 2.39 1.19 1.48 0.95 0.62 1.53 2.67 2.85 2.13 1.85 1.23 2.28 1.72
OP2 0.89 0.37 1.18 1.43 0.94 1.60 0.82 1.61 0.49 0.44 0.67 1.31 0.36 1.49 1.80 1.13 1.12 0.79 1.94 1.22
P 1.29 0.59 1.55 1.72 0.49 1.85 0.53 1.75 0.62 0.79 0.38 0.72 0.76 1.83 2.01 1.46 1.28 0.93 1.96 1.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.10 0.00 0.13 0.54 0.26 0.11
C2 0.01 0.00 0.06 0.09 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.09 0.02 0.29 0.87 0.34 0.25
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.06 0.07 0.02 0.05 0.05 0.12 0.00 0.02 0.01 0.25 0.44 0.27 0.22
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.13 0.00 0.16 0.02 0.15 0.08 0.10 0.14 0.12 0.02 0.01 0.01 0.28 0.31 0.24 0.21
C4 0.01 0.01 0.04 0.13 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.11 0.02 0.39 1.11 0.44 0.38
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.05 0.07 0.05 0.10 0.02 0.01 0.02 0.18 0.10 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.16 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.16 0.04 0.38 1.12 0.47 0.37
C5' 0.03 0.05 0.06 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.08 0.03 0.06 0.09 0.06 0.05 0.07 0.02 0.01 0.15 0.09 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.15 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.15 0.04 0.32 0.95 0.42 0.28
N1 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.01 0.25 0.80 0.34 0.21
N3 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.09 0.01 0.35 1.02 0.39 0.32
N4 0.02 0.01 0.05 0.14 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.13 0.03 0.42 1.18 0.47 0.42
O2 0.03 0.00 0.12 0.12 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.18 0.04 0.25 0.77 0.31 0.22
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.12 0.10 0.10 0.05 0.08 0.07 0.13 0.13 0.15 0.00 0.05 0.08 0.12 0.27 0.28 0.17
O3' 0.10 0.09 0.02 0.01 0.11 0.02 0.16 0.07 0.15 0.06 0.09 0.13 0.18 0.05 0.00 0.07 0.25 0.18 0.34 0.22
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.04 0.08 0.07 0.00 0.07 0.41 0.28 0.14
O5' 0.13 0.29 0.25 0.28 0.39 0.02 0.38 0.01 0.32 0.25 0.35 0.42 0.25 0.12 0.25 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.54 0.87 0.44 0.31 1.11 0.18 1.12 0.15 0.95 0.80 1.02 1.18 0.77 0.27 0.18 0.41 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.26 0.34 0.27 0.24 0.44 0.10 0.47 0.09 0.42 0.34 0.39 0.47 0.31 0.28 0.34 0.28 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.25 0.22 0.21 0.38 0.03 0.37 0.01 0.28 0.21 0.32 0.42 0.22 0.17 0.22 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00