ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53188

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 13, 23, 14, 6, 2, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.010, 0.020, 0.031, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.002, 0.014, 0.025, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.011, 0.026, 0.040, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C2 A 0, -0.001, 0.016, 0.033, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.016 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.026 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.011, 0.031, 0.052, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.031 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.004, 0.025, 0.046, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.025 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.008, 0.033, 0.059, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.033 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.014, 0.044, 0.073, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.044 std_dev=0.029
O6 A 0, 0.002, 0.037, 0.071, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.037 std_dev=0.035
N2 A 0, 0.003, 0.038, 0.074, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.038 std_dev=0.035
N1 B 0, 0.108, 0.258, 0.409, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.258 std_dev=0.151
C1' B 0, 0.209, 0.382, 0.556, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.382 std_dev=0.173
C2 B 0, 0.126, 0.305, 0.484, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.305 std_dev=0.179
C6 B 0, 0.158, 0.337, 0.517, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.337 std_dev=0.180
C5 B 0, 0.224, 0.428, 0.632, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.428 std_dev=0.204
N3 B 0, 0.202, 0.410, 0.618, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.410 std_dev=0.208
C4 B 0, 0.241, 0.452, 0.662, 1.413 max_d=1.413 avg_d=0.452 std_dev=0.211
O2 B 0, 0.209, 0.431, 0.653, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.431 std_dev=0.222
O4' B 0, 0.217, 0.441, 0.665, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.441 std_dev=0.224
C2' B 0, 0.355, 0.613, 0.871, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.613 std_dev=0.258
C3' B 0, 0.313, 0.589, 0.864, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.589 std_dev=0.275
N4 B 0, 0.339, 0.636, 0.933, 2.067 max_d=2.067 avg_d=0.636 std_dev=0.297
C4' B 0, 0.205, 0.554, 0.902, 2.289 max_d=2.289 avg_d=0.554 std_dev=0.348
O3' B 0, 0.305, 0.712, 1.118, 1.924 max_d=1.924 avg_d=0.712 std_dev=0.407
O4' A 0, -0.190, 0.248, 0.686, 2.614 max_d=2.614 avg_d=0.248 std_dev=0.438
O2' B 0, 0.398, 0.839, 1.280, 2.360 max_d=2.360 avg_d=0.839 std_dev=0.441
C2' A 0, -0.203, 0.243, 0.689, 2.654 max_d=2.654 avg_d=0.243 std_dev=0.446
C3' A 0, 0.007, 0.525, 1.043, 3.351 max_d=3.351 avg_d=0.525 std_dev=0.518
O3' A 0, 1.303, 1.840, 2.377, 4.110 max_d=4.110 avg_d=1.840 std_dev=0.537
C4' A 0, -0.109, 0.450, 1.008, 3.613 max_d=3.613 avg_d=0.450 std_dev=0.559
OP2 B 0, -0.016, 0.558, 1.131, 3.624 max_d=3.624 avg_d=0.558 std_dev=0.574
C5' B 0, 0.024, 0.625, 1.227, 3.858 max_d=3.858 avg_d=0.625 std_dev=0.601
O2' A 0, 0.002, 0.605, 1.208, 3.823 max_d=3.823 avg_d=0.605 std_dev=0.603
O5' B 0, -0.061, 0.571, 1.203, 3.999 max_d=3.999 avg_d=0.571 std_dev=0.632
P B 0, -0.250, 0.632, 1.513, 5.466 max_d=5.466 avg_d=0.632 std_dev=0.882
C5' A 0, -0.399, 0.633, 1.666, 6.328 max_d=6.328 avg_d=0.633 std_dev=1.033
O5' A 0, -0.407, 0.783, 1.974, 7.619 max_d=7.619 avg_d=0.783 std_dev=1.191
OP1 B 0, -0.426, 0.818, 2.062, 7.633 max_d=7.633 avg_d=0.818 std_dev=1.244
OP1 A 0, -0.664, 0.908, 2.479, 9.646 max_d=9.646 avg_d=0.908 std_dev=1.572
P A 0, -0.718, 0.877, 2.472, 9.908 max_d=9.908 avg_d=0.877 std_dev=1.595
OP2 A 0, -0.860, 0.965, 2.791, 11.423 max_d=11.423 avg_d=0.965 std_dev=1.825

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.20 0.01 0.08 0.04 0.20 0.13 0.06
C2 0.05 0.00 0.20 0.37 0.01 0.26 0.01 0.46 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.19 0.29 0.09 0.51 0.03 0.56 0.45 0.50
C2' 0.00 0.20 0.00 0.01 0.11 0.02 0.06 0.11 0.10 0.10 0.16 0.24 0.20 0.07 0.02 0.00 0.04 0.02 0.15 0.09 0.12 0.17 0.12
C3' 0.02 0.37 0.01 0.00 0.22 0.01 0.17 0.01 0.24 0.06 0.32 0.42 0.35 0.07 0.08 0.02 0.01 0.02 0.15 0.23 0.18 0.11 0.12
C4 0.03 0.01 0.11 0.22 0.00 0.15 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.19 0.05 0.31 0.02 0.42 0.22 0.28
C4' 0.01 0.26 0.02 0.01 0.15 0.00 0.11 0.01 0.16 0.06 0.22 0.30 0.24 0.05 0.05 0.11 0.03 0.01 0.01 0.15 0.14 0.12 0.04
C5 0.02 0.01 0.06 0.17 0.01 0.11 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.16 0.16 0.04 0.28 0.02 0.43 0.17 0.26
C5' 0.04 0.46 0.11 0.01 0.25 0.01 0.20 0.00 0.29 0.13 0.40 0.55 0.40 0.10 0.08 0.05 0.10 0.01 0.01 0.27 0.16 0.13 0.02
C6 0.03 0.02 0.10 0.24 0.01 0.16 0.01 0.29 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.17 0.19 0.06 0.38 0.01 0.52 0.25 0.36
C8 0.02 0.02 0.10 0.06 0.01 0.06 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.17 0.13 0.05 0.13 0.04 0.24 0.23 0.09
N1 0.03 0.01 0.16 0.32 0.01 0.22 0.01 0.40 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.18 0.25 0.08 0.48 0.02 0.58 0.38 0.47
N2 0.06 0.01 0.24 0.42 0.01 0.30 0.02 0.55 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.23 0.34 0.11 0.60 0.04 0.61 0.59 0.59
N3 0.05 0.01 0.20 0.35 0.00 0.24 0.01 0.40 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.27 0.09 0.44 0.02 0.48 0.38 0.41
N7 0.02 0.02 0.07 0.07 0.01 0.05 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.18 0.12 0.04 0.16 0.04 0.33 0.19 0.13
N9 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.15 0.01 0.15 0.03 0.28 0.14 0.12
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.13 0.11 0.16 0.05 0.17 0.17 0.18 0.23 0.18 0.18 0.10 0.00 0.05 0.08 0.09 0.18 0.16 0.17 0.07
O3' 0.20 0.29 0.04 0.01 0.19 0.03 0.16 0.10 0.19 0.13 0.25 0.34 0.27 0.12 0.15 0.05 0.00 0.13 0.15 0.18 0.26 0.22 0.12
O4' 0.01 0.09 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.05 0.08 0.11 0.09 0.04 0.01 0.08 0.13 0.00 0.16 0.06 0.27 0.16 0.12
O5' 0.08 0.51 0.15 0.15 0.31 0.01 0.28 0.01 0.38 0.13 0.48 0.60 0.44 0.16 0.15 0.09 0.15 0.16 0.00 0.37 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.03 0.09 0.23 0.02 0.15 0.02 0.27 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.18 0.18 0.06 0.37 0.00 0.54 0.23 0.36
OP1 0.20 0.56 0.12 0.18 0.42 0.14 0.43 0.16 0.52 0.24 0.58 0.61 0.48 0.33 0.28 0.16 0.26 0.27 0.02 0.54 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.45 0.17 0.11 0.22 0.12 0.17 0.13 0.25 0.23 0.38 0.59 0.38 0.19 0.14 0.17 0.22 0.16 0.02 0.23 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.50 0.12 0.12 0.28 0.04 0.26 0.02 0.36 0.09 0.47 0.59 0.41 0.13 0.12 0.07 0.12 0.12 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.11 0.23 0.23 0.16 0.21 0.12 0.25 0.14 0.12 0.15 0.24 0.13 0.24 0.24 0.19 0.19 0.53 0.31 0.31
C2 0.16 0.17 0.18 0.19 0.17 0.15 0.21 0.18 0.20 0.16 0.17 0.17 0.19 0.17 0.17 0.14 0.18 0.55 0.22 0.24
C2' 0.17 0.17 0.21 0.21 0.21 0.19 0.23 0.21 0.22 0.18 0.19 0.24 0.17 0.24 0.23 0.19 0.18 0.57 0.23 0.28
C3' 0.12 0.15 0.25 0.22 0.17 0.14 0.14 0.13 0.13 0.12 0.17 0.22 0.16 0.27 0.24 0.15 0.12 0.41 0.18 0.16
C4 0.14 0.13 0.17 0.19 0.10 0.14 0.14 0.17 0.16 0.13 0.13 0.13 0.16 0.17 0.17 0.12 0.17 0.44 0.19 0.19
C4' 0.22 0.20 0.45 0.40 0.27 0.22 0.30 0.17 0.28 0.23 0.22 0.32 0.18 0.44 0.41 0.20 0.23 0.25 0.17 0.13
C5 0.13 0.12 0.15 0.15 0.08 0.14 0.12 0.21 0.14 0.12 0.11 0.10 0.16 0.17 0.14 0.12 0.20 0.30 0.15 0.14
C5' 0.41 0.29 0.68 0.67 0.34 0.48 0.43 0.45 0.45 0.38 0.28 0.34 0.26 0.65 0.70 0.40 0.56 0.29 0.48 0.44
C6 0.14 0.14 0.16 0.15 0.12 0.17 0.15 0.25 0.15 0.13 0.13 0.14 0.19 0.18 0.14 0.16 0.21 0.32 0.16 0.16
C8 0.14 0.11 0.17 0.18 0.12 0.14 0.10 0.18 0.10 0.10 0.12 0.16 0.14 0.20 0.18 0.12 0.22 0.18 0.14 0.13
N1 0.15 0.15 0.16 0.17 0.15 0.16 0.18 0.21 0.17 0.15 0.15 0.16 0.19 0.17 0.14 0.15 0.18 0.44 0.18 0.18
N2 0.17 0.18 0.19 0.20 0.20 0.15 0.24 0.18 0.22 0.18 0.20 0.22 0.21 0.18 0.18 0.14 0.19 0.63 0.25 0.28
N3 0.16 0.16 0.19 0.20 0.15 0.15 0.20 0.18 0.20 0.16 0.17 0.17 0.17 0.18 0.19 0.13 0.18 0.57 0.24 0.26
N7 0.14 0.13 0.15 0.15 0.10 0.15 0.10 0.24 0.12 0.11 0.12 0.12 0.16 0.20 0.14 0.10 0.27 0.17 0.15 0.19
N9 0.15 0.11 0.20 0.20 0.12 0.16 0.10 0.18 0.13 0.11 0.13 0.17 0.13 0.20 0.20 0.14 0.16 0.39 0.19 0.18
O2' 0.24 0.17 0.25 0.31 0.22 0.32 0.29 0.39 0.31 0.23 0.19 0.25 0.17 0.28 0.35 0.27 0.36 0.84 0.46 0.54
O3' 0.19 0.19 0.30 0.25 0.21 0.18 0.22 0.18 0.21 0.19 0.20 0.25 0.19 0.33 0.27 0.17 0.15 0.60 0.21 0.28
O4' 0.24 0.27 0.43 0.37 0.40 0.22 0.41 0.18 0.34 0.28 0.33 0.45 0.24 0.40 0.38 0.19 0.21 0.30 0.19 0.16
O5' 0.33 0.21 0.62 0.64 0.27 0.41 0.36 0.39 0.38 0.30 0.21 0.29 0.18 0.59 0.69 0.31 0.52 0.35 0.50 0.45
O6 0.15 0.15 0.18 0.16 0.16 0.22 0.16 0.32 0.15 0.14 0.16 0.18 0.20 0.24 0.16 0.21 0.26 0.27 0.16 0.20
OP1 0.21 0.14 0.55 0.56 0.26 0.27 0.33 0.25 0.30 0.20 0.18 0.31 0.13 0.55 0.65 0.17 0.40 0.36 0.35 0.36
OP2 0.72 0.50 1.10 1.11 0.45 0.80 0.59 0.74 0.68 0.63 0.42 0.39 0.48 1.10 1.20 0.64 0.84 0.69 0.70 0.72
P 0.43 0.29 0.79 0.80 0.34 0.50 0.47 0.47 0.50 0.40 0.26 0.34 0.24 0.77 0.87 0.37 0.60 0.46 0.52 0.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.08 0.01 0.07 0.15 0.16 0.11
C2 0.03 0.00 0.10 0.12 0.02 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.11 0.09 0.14 0.39 0.20 0.20
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.08 0.05 0.10 0.03 0.09 0.06 0.18 0.01 0.03 0.02 0.12 0.18 0.16 0.14
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.15 0.00 0.13 0.02 0.11 0.10 0.14 0.16 0.12 0.02 0.01 0.02 0.05 0.19 0.11 0.10
C4 0.02 0.02 0.05 0.15 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.15 0.13 0.03 0.25 0.66 0.30 0.37
C4' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.11 0.04 0.05 0.08 0.10 0.12 0.02 0.01 0.02 0.13 0.12 0.03
C5 0.01 0.01 0.08 0.13 0.01 0.11 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.12 0.06 0.31 0.72 0.35 0.45
C5' 0.02 0.09 0.05 0.02 0.16 0.01 0.22 0.00 0.21 0.10 0.11 0.17 0.13 0.09 0.07 0.01 0.01 0.15 0.14 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.11 0.01 0.11 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.09 0.09 0.29 0.57 0.32 0.39
N1 0.01 0.01 0.03 0.10 0.02 0.04 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.08 0.01 0.17 0.38 0.23 0.24
N3 0.03 0.01 0.09 0.14 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.13 0.07 0.18 0.52 0.25 0.28
N4 0.03 0.02 0.06 0.16 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.16 0.15 0.04 0.26 0.74 0.32 0.40
O2 0.05 0.01 0.18 0.12 0.02 0.10 0.02 0.13 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.17 0.13 0.15 0.11 0.28 0.16 0.14
O2' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.15 0.12 0.21 0.09 0.21 0.09 0.10 0.16 0.17 0.00 0.06 0.09 0.11 0.21 0.18 0.14
O3' 0.08 0.11 0.03 0.01 0.13 0.02 0.12 0.07 0.09 0.08 0.13 0.15 0.13 0.06 0.00 0.04 0.10 0.32 0.20 0.19
O4' 0.01 0.09 0.02 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.07 0.04 0.15 0.09 0.04 0.00 0.09 0.09 0.21 0.11
O5' 0.07 0.14 0.12 0.05 0.25 0.02 0.31 0.01 0.29 0.17 0.18 0.26 0.11 0.11 0.10 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.39 0.18 0.19 0.66 0.13 0.72 0.15 0.57 0.38 0.52 0.74 0.28 0.21 0.32 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.16 0.20 0.16 0.11 0.30 0.12 0.35 0.14 0.32 0.23 0.25 0.32 0.16 0.18 0.20 0.21 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.20 0.14 0.10 0.37 0.03 0.45 0.02 0.39 0.24 0.28 0.40 0.14 0.14 0.19 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00