ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53189

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 8, 11, 12, 4, 7, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N2 A 0, 0.009, 0.016, 0.023, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.001, 0.010, 0.020, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N9 A 0, -0.001, 0.011, 0.023, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.011 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N7 A 0, -0.001, 0.021, 0.044, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.021 std_dev=0.023
C8 A 0, -0.003, 0.022, 0.046, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.022 std_dev=0.024
C2' A 0, -0.028, 0.106, 0.241, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.106 std_dev=0.135
O2' A 0, 0.011, 0.151, 0.290, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.151 std_dev=0.140
O4' A 0, -0.045, 0.106, 0.257, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.106 std_dev=0.151
N1 B 0, 0.137, 0.336, 0.535, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.336 std_dev=0.199
C6 B 0, 0.132, 0.338, 0.544, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.338 std_dev=0.206
C2 B 0, 0.178, 0.393, 0.608, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.393 std_dev=0.215
C5 B 0, 0.154, 0.384, 0.615, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.384 std_dev=0.230
N3 B 0, 0.196, 0.429, 0.662, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.429 std_dev=0.233
C4 B 0, 0.185, 0.423, 0.660, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.423 std_dev=0.238
C3' A 0, -0.051, 0.191, 0.433, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.191 std_dev=0.242
C1' B 0, 0.068, 0.310, 0.552, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.310 std_dev=0.242
C4' A 0, -0.054, 0.192, 0.437, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.192 std_dev=0.245
O2 B 0, 0.182, 0.436, 0.691, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.436 std_dev=0.255
O4' B 0, 0.009, 0.280, 0.551, 1.765 max_d=1.765 avg_d=0.280 std_dev=0.271
C2' B 0, 0.071, 0.348, 0.625, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.348 std_dev=0.277
N4 B 0, 0.192, 0.480, 0.768, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.480 std_dev=0.288
O2' B 0, 0.112, 0.406, 0.699, 1.651 max_d=1.651 avg_d=0.406 std_dev=0.293
O3' A 0, -0.042, 0.293, 0.629, 1.779 max_d=1.779 avg_d=0.293 std_dev=0.336
C4' B 0, -0.039, 0.310, 0.660, 2.391 max_d=2.391 avg_d=0.310 std_dev=0.349
O5' B 0, -0.059, 0.299, 0.657, 2.325 max_d=2.325 avg_d=0.299 std_dev=0.358
C3' B 0, -0.009, 0.362, 0.733, 2.245 max_d=2.245 avg_d=0.362 std_dev=0.371
OP2 B 0, -0.033, 0.349, 0.731, 2.734 max_d=2.734 avg_d=0.349 std_dev=0.382
P B 0, -0.081, 0.306, 0.693, 2.786 max_d=2.786 avg_d=0.306 std_dev=0.387
C5' B 0, -0.066, 0.324, 0.713, 2.721 max_d=2.721 avg_d=0.324 std_dev=0.389
C5' A 0, -0.089, 0.321, 0.732, 2.152 max_d=2.152 avg_d=0.321 std_dev=0.410
O3' B 0, -0.082, 0.403, 0.888, 2.689 max_d=2.689 avg_d=0.403 std_dev=0.485
OP1 B 0, -0.179, 0.401, 0.981, 3.642 max_d=3.642 avg_d=0.401 std_dev=0.580
O5' A 0, -0.353, 0.439, 1.230, 4.363 max_d=4.363 avg_d=0.439 std_dev=0.792
P A 0, -0.514, 0.553, 1.621, 5.854 max_d=5.854 avg_d=0.553 std_dev=1.068
OP2 A 0, -0.481, 0.609, 1.699, 6.001 max_d=6.001 avg_d=0.609 std_dev=1.090
OP1 A 0, -0.650, 0.678, 2.005, 7.899 max_d=7.899 avg_d=0.678 std_dev=1.328

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.01 0.11 0.15 0.09
C2 0.01 0.00 0.11 0.10 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.13 0.07 0.21 0.00 0.17 0.35 0.19
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.05 0.09 0.13 0.10 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.14 0.06 0.21 0.13 0.11
C3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.09 0.08 0.10 0.11 0.09 0.08 0.05 0.01 0.00 0.02 0.16 0.10 0.28 0.12 0.15
C4 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.04 0.26 0.01 0.22 0.33 0.20
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.08 0.03 0.02 0.01 0.09 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.10 0.08 0.04
C5 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.02 0.36 0.01 0.33 0.44 0.29
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.10 0.00 0.14 0.00 0.15 0.16 0.12 0.06 0.06 0.18 0.09 0.01 0.02 0.01 0.00 0.18 0.14 0.13 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.06 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.10 0.04 0.36 0.00 0.33 0.48 0.31
C8 0.00 0.00 0.05 0.08 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.05 0.41 0.01 0.38 0.36 0.30
N1 0.01 0.00 0.09 0.10 0.00 0.03 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.12 0.06 0.29 0.00 0.25 0.43 0.25
N2 0.01 0.00 0.13 0.11 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.15 0.08 0.17 0.01 0.14 0.32 0.17
N3 0.01 0.00 0.10 0.09 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.11 0.07 0.18 0.00 0.14 0.29 0.16
N7 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.09 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.44 0.01 0.43 0.47 0.36
N9 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.27 0.01 0.23 0.27 0.18
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.07 0.02 0.05 0.01 0.08 0.03 0.11 0.15 0.11 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.05 0.07 0.14 0.09 0.06
O3' 0.01 0.13 0.02 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.10 0.08 0.12 0.15 0.11 0.08 0.03 0.03 0.00 0.01 0.11 0.10 0.31 0.17 0.17
O4' 0.00 0.07 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.06 0.08 0.07 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.17 0.14
O5' 0.12 0.21 0.14 0.16 0.26 0.00 0.36 0.00 0.36 0.41 0.29 0.17 0.18 0.44 0.27 0.05 0.11 0.03 0.00 0.40 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.06 0.10 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.03 0.40 0.00 0.40 0.54 0.36
OP1 0.11 0.17 0.21 0.28 0.22 0.10 0.33 0.14 0.33 0.38 0.25 0.14 0.14 0.43 0.23 0.14 0.31 0.06 0.01 0.40 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 0.35 0.13 0.12 0.33 0.08 0.44 0.13 0.48 0.36 0.43 0.32 0.29 0.47 0.27 0.09 0.17 0.17 0.00 0.54 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.19 0.11 0.15 0.20 0.04 0.29 0.01 0.31 0.30 0.25 0.17 0.16 0.36 0.18 0.06 0.17 0.14 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.21 0.17 0.21 0.21 0.14 0.21 0.12 0.17 0.16 0.21 0.22 0.25 0.23 0.35 0.12 0.12 0.14 0.10 0.11
C2 0.18 0.16 0.17 0.18 0.19 0.17 0.19 0.20 0.14 0.13 0.17 0.24 0.22 0.21 0.21 0.17 0.22 0.16 0.21 0.16
C2' 0.16 0.19 0.18 0.24 0.23 0.18 0.24 0.13 0.19 0.16 0.21 0.26 0.23 0.23 0.41 0.13 0.13 0.15 0.10 0.10
C3' 0.19 0.20 0.23 0.35 0.20 0.25 0.20 0.15 0.15 0.16 0.20 0.22 0.25 0.25 0.54 0.16 0.10 0.18 0.10 0.14
C4 0.12 0.16 0.14 0.14 0.23 0.14 0.23 0.16 0.18 0.11 0.21 0.26 0.20 0.20 0.24 0.13 0.16 0.11 0.13 0.10
C4' 0.26 0.25 0.30 0.43 0.20 0.32 0.18 0.21 0.17 0.22 0.23 0.21 0.30 0.29 0.58 0.22 0.17 0.22 0.18 0.20
C5 0.14 0.17 0.17 0.16 0.26 0.16 0.25 0.18 0.20 0.14 0.24 0.30 0.19 0.22 0.25 0.16 0.16 0.15 0.14 0.11
C5' 0.29 0.27 0.36 0.52 0.22 0.37 0.19 0.28 0.19 0.24 0.25 0.22 0.31 0.32 0.70 0.24 0.26 0.26 0.26 0.27
C6 0.18 0.13 0.21 0.20 0.25 0.19 0.23 0.18 0.18 0.14 0.21 0.31 0.18 0.24 0.25 0.18 0.17 0.15 0.17 0.11
C8 0.14 0.25 0.16 0.13 0.27 0.15 0.26 0.19 0.23 0.19 0.28 0.29 0.27 0.25 0.29 0.16 0.17 0.21 0.15 0.16
N1 0.19 0.16 0.20 0.20 0.21 0.18 0.21 0.19 0.16 0.14 0.17 0.28 0.23 0.23 0.22 0.18 0.20 0.15 0.21 0.15
N2 0.19 0.20 0.18 0.20 0.18 0.19 0.17 0.23 0.14 0.16 0.20 0.23 0.25 0.21 0.19 0.18 0.26 0.22 0.26 0.22
N3 0.15 0.15 0.15 0.16 0.19 0.16 0.20 0.19 0.14 0.10 0.17 0.23 0.20 0.19 0.22 0.15 0.20 0.13 0.16 0.13
N7 0.15 0.23 0.18 0.15 0.29 0.19 0.26 0.20 0.23 0.18 0.29 0.32 0.24 0.25 0.27 0.19 0.17 0.20 0.15 0.14
N9 0.12 0.21 0.14 0.14 0.24 0.11 0.24 0.14 0.20 0.16 0.23 0.26 0.24 0.22 0.29 0.10 0.14 0.14 0.12 0.11
O2' 0.18 0.21 0.18 0.23 0.24 0.20 0.25 0.16 0.21 0.18 0.22 0.27 0.24 0.22 0.36 0.16 0.17 0.17 0.13 0.12
O3' 0.21 0.20 0.26 0.39 0.20 0.29 0.20 0.19 0.16 0.17 0.20 0.23 0.25 0.26 0.57 0.19 0.12 0.22 0.11 0.16
O4' 0.25 0.27 0.26 0.34 0.21 0.24 0.17 0.14 0.16 0.22 0.25 0.21 0.31 0.28 0.48 0.18 0.11 0.19 0.15 0.17
O5' 0.31 0.24 0.45 0.70 0.24 0.55 0.24 0.53 0.25 0.26 0.23 0.23 0.24 0.33 0.83 0.32 0.50 0.49 0.48 0.50
O6 0.20 0.14 0.24 0.23 0.26 0.22 0.23 0.20 0.18 0.15 0.22 0.34 0.18 0.26 0.28 0.20 0.17 0.17 0.18 0.12
OP1 0.51 0.41 0.78 1.01 0.39 0.73 0.42 0.79 0.45 0.45 0.39 0.38 0.40 0.70 1.02 0.47 0.85 0.74 0.83 0.79
OP2 0.54 0.53 0.72 0.93 0.47 0.65 0.43 0.60 0.44 0.50 0.51 0.46 0.57 0.65 1.13 0.46 0.63 0.55 0.63 0.59
P 0.54 0.46 0.75 1.00 0.42 0.73 0.42 0.71 0.45 0.48 0.43 0.40 0.47 0.65 1.15 0.50 0.74 0.65 0.73 0.70

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.00 0.06 0.08 0.13 0.11
C2 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.07 0.01 0.11 0.17 0.21 0.15
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.06 0.04 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.02 0.01 0.12 0.09 0.14 0.10
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.13 0.00 0.15 0.01 0.13 0.08 0.10 0.14 0.06 0.01 0.00 0.00 0.04 0.24 0.11 0.11
C4 0.01 0.00 0.02 0.13 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.07 0.01 0.20 0.24 0.30 0.22
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.08 0.04 0.05 0.08 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.10 0.04 0.03
C5 0.00 0.00 0.03 0.15 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.08 0.02 0.22 0.24 0.31 0.23
C5' 0.02 0.06 0.06 0.01 0.13 0.00 0.15 0.00 0.13 0.07 0.09 0.14 0.03 0.03 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.13 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.02 0.19 0.19 0.25 0.19
N1 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.01 0.11 0.14 0.19 0.15
N3 0.01 0.00 0.03 0.10 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.06 0.02 0.15 0.21 0.26 0.19
N4 0.01 0.00 0.02 0.14 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.08 0.02 0.21 0.26 0.33 0.24
O2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.16 0.13 0.02 0.08 0.16 0.18 0.13
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.12 0.09 0.09 0.03 0.06 0.07 0.14 0.13 0.16 0.00 0.03 0.07 0.09 0.14 0.17 0.09
O3' 0.10 0.07 0.02 0.00 0.07 0.01 0.08 0.06 0.06 0.04 0.06 0.08 0.13 0.03 0.00 0.07 0.07 0.39 0.18 0.19
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.07 0.07 0.00 0.03 0.08 0.10 0.11
O5' 0.06 0.11 0.12 0.04 0.20 0.01 0.22 0.00 0.19 0.11 0.15 0.21 0.08 0.09 0.07 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.17 0.09 0.24 0.24 0.10 0.24 0.04 0.19 0.14 0.21 0.26 0.16 0.14 0.39 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.13 0.21 0.14 0.11 0.30 0.04 0.31 0.01 0.25 0.19 0.26 0.33 0.18 0.17 0.18 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.15 0.10 0.11 0.22 0.03 0.23 0.01 0.19 0.15 0.19 0.24 0.13 0.09 0.19 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00