ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53192

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 3, 1, 3, 10, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.009, 0.024, 0.038, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.005, 0.024, 0.043, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.024 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.011, 0.030, 0.049, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.030 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.012, 0.033, 0.054, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.033 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.008, 0.029, 0.051, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.029 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.014, 0.037, 0.060, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.037 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.012, 0.035, 0.058, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.035 std_dev=0.023
O6 A 0, 0.015, 0.042, 0.068, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.042 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.009, 0.039, 0.070, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.039 std_dev=0.030
N2 A 0, 0.010, 0.050, 0.090, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.050 std_dev=0.040
O4' A 0, 0.059, 0.227, 0.395, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.227 std_dev=0.168
C2' A 0, 0.052, 0.268, 0.484, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.268 std_dev=0.216
N1 B 0, 0.286, 0.509, 0.731, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.509 std_dev=0.223
C1' B 0, 0.393, 0.631, 0.870, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.631 std_dev=0.238
C4 B 0, 0.327, 0.570, 0.812, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.570 std_dev=0.243
C6 B 0, 0.239, 0.501, 0.764, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.501 std_dev=0.262
C5 B 0, 0.300, 0.564, 0.827, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.564 std_dev=0.263
N4 B 0, 0.416, 0.692, 0.968, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.692 std_dev=0.276
C4' A 0, 0.108, 0.388, 0.668, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.388 std_dev=0.280
N3 B 0, 0.317, 0.597, 0.877, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.597 std_dev=0.280
C2 B 0, 0.291, 0.584, 0.877, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.584 std_dev=0.293
C5' A 0, 0.222, 0.530, 0.839, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.530 std_dev=0.308
O2 B 0, 0.382, 0.766, 1.150, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.766 std_dev=0.384
O2' A 0, 0.057, 0.467, 0.878, 1.876 max_d=1.876 avg_d=0.467 std_dev=0.410
C3' A 0, -0.018, 0.450, 0.918, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.450 std_dev=0.468
P A 0, 0.641, 1.341, 2.040, 2.268 max_d=2.268 avg_d=1.341 std_dev=0.699
OP1 A 0, 0.722, 1.462, 2.202, 2.878 max_d=2.878 avg_d=1.462 std_dev=0.740
C2' B 0, 0.424, 1.199, 1.974, 3.031 max_d=3.031 avg_d=1.199 std_dev=0.775
O5' A 0, 0.550, 1.359, 2.168, 2.425 max_d=2.425 avg_d=1.359 std_dev=0.809
OP2 A 0, 0.776, 1.646, 2.516, 3.249 max_d=3.249 avg_d=1.646 std_dev=0.870
O2' B 0, 0.600, 1.485, 2.370, 3.250 max_d=3.250 avg_d=1.485 std_dev=0.885
O3' A 0, -0.137, 0.781, 1.700, 3.074 max_d=3.074 avg_d=0.781 std_dev=0.919
O4' B 0, -0.080, 0.927, 1.934, 3.398 max_d=3.398 avg_d=0.927 std_dev=1.007
C4' B 0, -0.090, 1.276, 2.641, 4.461 max_d=4.461 avg_d=1.276 std_dev=1.365
C3' B 0, 0.075, 1.485, 2.895, 4.820 max_d=4.820 avg_d=1.485 std_dev=1.410
O3' B 0, 0.095, 2.066, 4.037, 6.622 max_d=6.622 avg_d=2.066 std_dev=1.971
C5' B 0, -0.443, 1.931, 4.304, 7.408 max_d=7.408 avg_d=1.931 std_dev=2.374
O5' B 0, -0.769, 2.124, 5.016, 8.861 max_d=8.861 avg_d=2.124 std_dev=2.893
OP1 B 0, -0.182, 3.364, 6.910, 11.178 max_d=11.178 avg_d=3.364 std_dev=3.546
P B 0, -0.678, 2.910, 6.497, 11.194 max_d=11.194 avg_d=2.910 std_dev=3.587
OP2 B 0, -0.442, 3.406, 7.254, 12.343 max_d=12.343 avg_d=3.406 std_dev=3.848

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.11 0.03 0.02 0.05 0.08 0.06 0.02 0.01 0.02 0.24 0.01 0.43 0.03 0.43 0.36 0.32
C2 0.06 0.00 0.18 0.17 0.02 0.08 0.02 0.18 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.19 0.28 0.11 0.60 0.02 0.61 0.53 0.49
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.10 0.02 0.08 0.19 0.10 0.11 0.15 0.22 0.18 0.09 0.04 0.01 0.07 0.02 0.47 0.10 0.71 0.50 0.52
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.19 0.01 0.26 0.02 0.27 0.28 0.22 0.16 0.15 0.31 0.18 0.03 0.02 0.02 0.19 0.30 0.46 0.39 0.23
C4 0.03 0.02 0.10 0.19 0.00 0.06 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.18 0.07 0.64 0.02 0.59 0.54 0.49
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.08 0.14 0.07 0.10 0.08 0.14 0.07 0.25 0.04 0.01 0.04 0.10 0.33 0.29 0.06
C5 0.02 0.02 0.08 0.26 0.01 0.09 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.24 0.17 0.06 0.74 0.02 0.71 0.68 0.59
C5' 0.11 0.18 0.19 0.02 0.19 0.01 0.24 0.00 0.24 0.26 0.21 0.17 0.16 0.28 0.19 0.10 0.21 0.02 0.01 0.26 0.37 0.37 0.03
C6 0.03 0.01 0.10 0.27 0.01 0.08 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.24 0.19 0.07 0.75 0.01 0.77 0.73 0.62
C8 0.02 0.02 0.11 0.28 0.01 0.14 0.01 0.26 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.24 0.21 0.08 0.76 0.04 0.63 0.63 0.55
N1 0.05 0.01 0.15 0.22 0.01 0.07 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.21 0.21 0.10 0.68 0.01 0.71 0.64 0.56
N2 0.08 0.01 0.22 0.16 0.02 0.10 0.02 0.17 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.21 0.35 0.14 0.55 0.03 0.59 0.49 0.46
N3 0.06 0.01 0.18 0.15 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.29 0.11 0.55 0.02 0.55 0.47 0.43
N7 0.02 0.02 0.09 0.31 0.01 0.14 0.01 0.28 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.27 0.24 0.07 0.80 0.04 0.75 0.76 0.63
N9 0.01 0.03 0.04 0.18 0.01 0.07 0.01 0.19 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.16 0.13 0.03 0.62 0.03 0.53 0.48 0.44
O2' 0.02 0.19 0.01 0.03 0.18 0.25 0.24 0.10 0.24 0.24 0.21 0.21 0.16 0.27 0.16 0.00 0.10 0.17 0.34 0.27 0.67 0.45 0.46
O3' 0.24 0.28 0.07 0.02 0.18 0.04 0.17 0.21 0.19 0.21 0.21 0.35 0.29 0.24 0.13 0.10 0.00 0.18 0.22 0.21 0.61 0.40 0.27
O4' 0.01 0.11 0.02 0.02 0.07 0.01 0.06 0.02 0.07 0.08 0.10 0.14 0.11 0.07 0.03 0.17 0.18 0.00 0.33 0.08 0.20 0.32 0.21
O5' 0.43 0.60 0.47 0.19 0.64 0.04 0.74 0.01 0.75 0.76 0.68 0.55 0.55 0.80 0.62 0.34 0.22 0.33 0.00 0.80 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.10 0.30 0.02 0.10 0.02 0.26 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.27 0.21 0.08 0.80 0.00 0.85 0.83 0.68
OP1 0.43 0.61 0.71 0.46 0.59 0.33 0.71 0.37 0.77 0.63 0.71 0.59 0.55 0.75 0.53 0.67 0.61 0.20 0.02 0.85 0.00 0.03 0.01
OP2 0.36 0.53 0.50 0.39 0.54 0.29 0.68 0.37 0.73 0.63 0.64 0.49 0.47 0.76 0.48 0.45 0.40 0.32 0.02 0.83 0.03 0.00 0.01
P 0.32 0.49 0.52 0.23 0.49 0.06 0.59 0.03 0.62 0.55 0.56 0.46 0.43 0.63 0.44 0.46 0.27 0.21 0.01 0.68 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.34 0.39 0.84 0.61 0.25 0.24 0.30 0.63 0.26 0.27 0.36 0.27 0.52 0.97 0.91 0.59 0.65 0.79 0.59 0.62
C2 0.26 0.41 0.54 0.42 0.21 0.12 0.16 0.37 0.16 0.22 0.44 0.25 0.53 0.61 0.58 0.24 0.41 0.43 0.68 0.41
C2' 0.35 0.36 0.80 0.64 0.22 0.33 0.31 0.74 0.30 0.26 0.32 0.23 0.52 0.93 1.01 0.72 0.78 1.09 0.67 0.81
C3' 0.37 0.35 0.86 0.73 0.26 0.36 0.37 0.79 0.37 0.28 0.32 0.27 0.49 0.99 1.17 0.79 0.92 1.34 0.77 0.99
C4 0.30 0.43 0.70 0.63 0.15 0.15 0.25 0.27 0.19 0.24 0.40 0.19 0.58 0.73 0.83 0.25 0.41 0.50 0.58 0.43
C4' 0.45 0.40 0.76 0.54 0.37 0.51 0.47 0.95 0.48 0.40 0.37 0.36 0.48 0.96 0.97 0.95 1.08 1.46 0.89 1.14
C5 0.31 0.41 0.67 0.77 0.11 0.38 0.34 0.44 0.24 0.23 0.36 0.22 0.61 0.65 0.93 0.17 0.76 1.02 0.96 0.95
C5' 0.48 0.51 0.79 0.74 0.49 0.36 0.53 0.68 0.53 0.48 0.50 0.49 0.57 0.97 1.27 0.85 0.75 1.37 0.68 0.90
C6 0.28 0.39 0.55 0.67 0.15 0.40 0.34 0.48 0.24 0.22 0.35 0.25 0.57 0.54 0.80 0.20 0.87 1.25 1.09 1.13
C8 0.37 0.40 0.89 1.02 0.17 0.44 0.34 0.48 0.28 0.25 0.28 0.24 0.62 0.85 1.25 0.21 0.69 0.85 0.90 0.82
N1 0.26 0.39 0.50 0.51 0.15 0.22 0.25 0.28 0.20 0.22 0.40 0.16 0.54 0.53 0.63 0.17 0.58 0.88 0.82 0.75
N2 0.24 0.39 0.49 0.33 0.26 0.19 0.12 0.53 0.14 0.22 0.44 0.33 0.50 0.60 0.47 0.29 0.49 0.33 0.82 0.45
N3 0.27 0.42 0.62 0.46 0.23 0.13 0.16 0.46 0.14 0.23 0.44 0.28 0.54 0.71 0.64 0.33 0.45 0.34 0.65 0.37
N7 0.34 0.39 0.77 1.00 0.20 0.58 0.38 0.71 0.28 0.23 0.27 0.32 0.65 0.73 1.18 0.23 1.05 1.28 1.27 1.27
N9 0.34 0.42 0.83 0.75 0.18 0.17 0.28 0.30 0.23 0.26 0.36 0.21 0.58 0.86 0.99 0.34 0.36 0.48 0.48 0.34
O2' 0.32 0.36 0.94 0.77 0.23 0.41 0.30 0.87 0.28 0.25 0.33 0.26 0.50 1.12 1.14 0.64 0.87 1.23 0.87 1.00
O3' 0.43 0.35 0.74 0.58 0.39 0.57 0.58 1.08 0.57 0.39 0.33 0.40 0.44 0.95 1.08 0.98 1.31 1.72 1.16 1.42
O4' 0.36 0.37 0.83 0.53 0.34 0.34 0.43 0.74 0.39 0.32 0.35 0.36 0.45 0.99 0.86 0.74 0.80 0.98 0.68 0.79
O5' 0.39 0.57 1.07 1.28 0.39 0.57 0.31 0.77 0.30 0.37 0.54 0.40 0.75 1.04 1.78 0.49 0.74 1.53 1.02 1.05
O6 0.28 0.35 0.51 0.73 0.24 0.55 0.38 0.73 0.26 0.22 0.30 0.39 0.55 0.50 0.83 0.31 1.19 1.70 1.45 1.55
OP1 0.36 0.62 0.97 1.40 0.59 0.80 0.51 1.02 0.42 0.41 0.66 0.65 0.80 1.10 2.19 0.37 0.95 1.49 1.52 1.23
OP2 0.63 0.65 0.78 1.35 0.59 0.90 0.59 1.24 0.62 0.60 0.65 0.60 0.75 0.67 1.74 0.70 1.25 1.77 1.88 1.58
P 0.28 0.41 1.07 1.61 0.27 0.94 0.24 1.19 0.24 0.24 0.39 0.29 0.61 0.96 2.26 0.41 1.10 1.68 1.59 1.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.04 0.03 0.09 0.03 0.03 0.01 0.16 0.54 0.25 0.17
C2 0.05 0.00 0.15 0.20 0.03 0.33 0.03 0.53 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.26 0.15 0.33 0.87 1.06 0.81 0.93
C2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.07 0.02 0.09 0.04 0.11 0.03 0.12 0.08 0.26 0.01 0.02 0.01 0.24 0.63 0.34 0.27
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.09 0.01 0.25 0.03 0.28 0.06 0.15 0.10 0.43 0.02 0.01 0.03 0.37 0.53 0.43 0.33
C4 0.03 0.03 0.07 0.09 0.00 0.11 0.01 0.34 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.10 0.11 0.03 0.44 0.66 0.73 0.59
C4' 0.01 0.33 0.02 0.01 0.11 0.00 0.34 0.01 0.40 0.06 0.25 0.12 0.68 0.10 0.03 0.01 0.02 0.48 0.39 0.25
C5 0.02 0.03 0.09 0.25 0.01 0.34 0.00 0.65 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.19 0.22 0.26 0.51 0.38 0.92 0.58
C5' 0.07 0.53 0.04 0.03 0.34 0.01 0.65 0.00 0.69 0.21 0.47 0.38 1.06 0.08 0.06 0.02 0.01 0.21 0.29 0.02
C6 0.02 0.02 0.11 0.28 0.01 0.40 0.00 0.69 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.23 0.23 0.35 0.56 0.42 0.84 0.58
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.06 0.01 0.21 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.06 0.02 0.29 0.41 0.39 0.26
N3 0.04 0.01 0.12 0.15 0.01 0.25 0.01 0.47 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.22 0.12 0.24 0.83 1.13 0.88 0.98
N4 0.03 0.04 0.08 0.10 0.01 0.12 0.02 0.38 0.02 0.02 0.03 0.00 0.06 0.12 0.12 0.04 0.49 0.82 0.85 0.71
O2 0.09 0.01 0.26 0.43 0.04 0.68 0.04 1.06 0.03 0.03 0.03 0.06 0.00 0.49 0.33 0.62 1.46 1.64 1.34 1.54
O2' 0.03 0.26 0.01 0.02 0.10 0.10 0.19 0.08 0.23 0.04 0.22 0.12 0.49 0.00 0.06 0.06 0.17 0.97 0.56 0.46
O3' 0.03 0.15 0.02 0.01 0.11 0.03 0.22 0.06 0.23 0.06 0.12 0.12 0.33 0.06 0.00 0.04 0.40 0.78 0.73 0.49
O4' 0.01 0.33 0.01 0.03 0.03 0.01 0.26 0.02 0.35 0.02 0.24 0.04 0.62 0.06 0.04 0.00 0.18 0.50 0.31 0.23
O5' 0.16 0.87 0.24 0.37 0.44 0.02 0.51 0.01 0.56 0.29 0.83 0.49 1.46 0.17 0.40 0.18 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.54 1.06 0.63 0.53 0.66 0.48 0.38 0.21 0.42 0.41 1.13 0.82 1.64 0.97 0.78 0.50 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.25 0.81 0.34 0.43 0.73 0.39 0.92 0.29 0.84 0.39 0.88 0.85 1.34 0.56 0.73 0.31 0.01 0.03 0.00 0.01
P 0.17 0.93 0.27 0.33 0.59 0.25 0.58 0.02 0.58 0.26 0.98 0.71 1.54 0.46 0.49 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00