ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53194

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 3, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 1, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.016, 0.033, 0.051, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.033 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.001, 0.019, 0.037, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.019 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.019 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.001, 0.022, 0.043, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.022 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.017, 0.040, 0.064, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.040 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.004, 0.029, 0.053, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.029 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.027 std_dev=0.026
O6 A 0, 0.009, 0.040, 0.070, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.040 std_dev=0.031
N2 A 0, 0.004, 0.040, 0.075, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.040 std_dev=0.035
N1 B 0, 0.171, 0.383, 0.595, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.383 std_dev=0.212
C6 B 0, 0.131, 0.404, 0.678, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.404 std_dev=0.273
C2' B 0, 0.160, 0.442, 0.724, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.442 std_dev=0.282
C2 B 0, 0.140, 0.486, 0.832, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.486 std_dev=0.346
C5 B 0, 0.119, 0.478, 0.837, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.478 std_dev=0.359
C4 B 0, 0.087, 0.518, 0.949, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.518 std_dev=0.431
N3 B 0, 0.091, 0.543, 0.996, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.543 std_dev=0.453
C1' B 0, 0.129, 0.607, 1.085, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.607 std_dev=0.478
O2 B 0, 0.169, 0.717, 1.265, 1.727 max_d=1.727 avg_d=0.717 std_dev=0.548
O2' B 0, 0.199, 0.838, 1.477, 2.125 max_d=2.125 avg_d=0.838 std_dev=0.639
N4 B 0, 0.079, 0.741, 1.403, 1.970 max_d=1.970 avg_d=0.741 std_dev=0.662
O4' B 0, -0.039, 1.015, 2.069, 3.094 max_d=3.094 avg_d=1.015 std_dev=1.054
C3' B 0, 0.031, 1.088, 2.145, 3.319 max_d=3.319 avg_d=1.088 std_dev=1.057
C2' A 0, -0.001, 1.119, 2.240, 2.722 max_d=2.722 avg_d=1.119 std_dev=1.120
O4' A 0, -0.088, 1.064, 2.216, 2.659 max_d=2.659 avg_d=1.064 std_dev=1.152
O3' A 0, -0.192, 0.985, 2.161, 4.116 max_d=4.116 avg_d=0.985 std_dev=1.177
C3' A 0, -0.175, 1.077, 2.329, 3.682 max_d=3.682 avg_d=1.077 std_dev=1.252
C4' A 0, -0.165, 1.183, 2.531, 3.341 max_d=3.341 avg_d=1.183 std_dev=1.348
O3' B 0, 0.021, 1.401, 2.781, 4.234 max_d=4.234 avg_d=1.401 std_dev=1.380
C4' B 0, -0.137, 1.337, 2.810, 4.014 max_d=4.014 avg_d=1.337 std_dev=1.474
O5' B 0, -0.017, 1.582, 3.181, 4.189 max_d=4.189 avg_d=1.582 std_dev=1.599
O2' A 0, 0.096, 1.826, 3.557, 4.327 max_d=4.327 avg_d=1.826 std_dev=1.731
OP2 B 0, -0.056, 1.942, 3.939, 6.052 max_d=6.052 avg_d=1.942 std_dev=1.998
P B 0, -0.140, 1.883, 3.906, 5.279 max_d=5.279 avg_d=1.883 std_dev=2.023
OP1 B 0, -0.062, 2.081, 4.225, 5.990 max_d=5.990 avg_d=2.081 std_dev=2.144
C5' B 0, -0.311, 1.886, 4.084, 5.637 max_d=5.637 avg_d=1.886 std_dev=2.198
C5' A 0, -0.286, 2.366, 5.018, 6.284 max_d=6.284 avg_d=2.366 std_dev=2.652
O5' A 0, -0.436, 2.958, 6.352, 8.054 max_d=8.054 avg_d=2.958 std_dev=3.394
P A 0, -0.645, 3.826, 8.298, 10.474 max_d=10.474 avg_d=3.826 std_dev=4.471
OP2 A 0, -0.589, 4.026, 8.640, 10.914 max_d=10.914 avg_d=4.026 std_dev=4.615
OP1 A 0, -0.842, 4.443, 9.727, 12.381 max_d=12.381 avg_d=4.443 std_dev=5.285

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.08 0.05 0.02 0.05 0.06 0.06 0.01 0.01 0.01 0.25 0.01 0.28 0.06 0.37 0.38 0.23
C2 0.05 0.00 0.29 0.44 0.01 0.67 0.01 1.18 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.44 0.45 0.60 1.73 0.04 2.10 1.20 1.56
C2' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.15 0.04 0.09 0.20 0.13 0.16 0.22 0.37 0.29 0.11 0.05 0.01 0.08 0.03 0.20 0.11 0.39 0.32 0.25
C3' 0.04 0.44 0.01 0.00 0.20 0.01 0.19 0.04 0.21 0.37 0.32 0.59 0.42 0.33 0.14 0.03 0.02 0.02 0.29 0.21 0.54 0.31 0.24
C4 0.03 0.01 0.15 0.20 0.00 0.27 0.01 0.43 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.30 0.30 0.91 0.04 1.13 0.67 0.74
C4' 0.03 0.67 0.04 0.01 0.27 0.00 0.11 0.01 0.23 0.40 0.48 0.87 0.63 0.29 0.07 0.14 0.06 0.01 0.02 0.16 0.19 0.41 0.14
C5 0.03 0.01 0.09 0.19 0.01 0.11 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.24 0.24 0.12 0.76 0.03 1.03 0.82 0.68
C5' 0.08 1.18 0.20 0.04 0.43 0.01 0.26 0.00 0.41 0.79 0.84 1.60 1.06 0.64 0.23 0.14 0.14 0.04 0.01 0.33 0.21 0.19 0.02
C6 0.05 0.03 0.13 0.21 0.03 0.23 0.01 0.41 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.30 0.31 0.25 1.01 0.01 1.40 0.85 0.88
C8 0.02 0.02 0.16 0.37 0.01 0.40 0.01 0.79 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.30 0.11 0.30 0.74 0.04 0.75 1.10 0.89
N1 0.05 0.01 0.22 0.32 0.02 0.48 0.01 0.84 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.38 0.39 0.45 1.46 0.03 1.89 0.97 1.29
N2 0.06 0.01 0.37 0.59 0.02 0.87 0.02 1.60 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.54 0.52 0.72 2.18 0.05 2.64 1.61 2.07
N3 0.06 0.01 0.29 0.42 0.01 0.63 0.02 1.06 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.41 0.44 0.59 1.53 0.05 1.74 1.07 1.33
N7 0.01 0.01 0.11 0.33 0.01 0.29 0.01 0.64 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.26 0.16 0.17 0.70 0.04 0.82 1.20 0.87
N9 0.01 0.02 0.05 0.14 0.01 0.07 0.02 0.23 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.13 0.18 0.03 0.47 0.05 0.62 0.56 0.43
O2' 0.01 0.44 0.01 0.03 0.25 0.14 0.24 0.14 0.30 0.30 0.38 0.54 0.41 0.26 0.13 0.00 0.15 0.10 0.21 0.30 0.42 0.33 0.21
O3' 0.25 0.45 0.08 0.02 0.30 0.06 0.24 0.14 0.31 0.11 0.39 0.52 0.44 0.16 0.18 0.15 0.00 0.17 0.35 0.29 0.69 0.55 0.24
O4' 0.01 0.60 0.03 0.02 0.30 0.01 0.12 0.04 0.25 0.30 0.45 0.72 0.59 0.17 0.03 0.10 0.17 0.00 0.39 0.18 0.43 0.40 0.25
O5' 0.28 1.73 0.20 0.29 0.91 0.02 0.76 0.01 1.01 0.74 1.46 2.18 1.53 0.70 0.47 0.21 0.35 0.39 0.00 0.93 0.01 0.03 0.01
O6 0.06 0.04 0.11 0.21 0.04 0.16 0.03 0.33 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.05 0.30 0.29 0.18 0.93 0.00 1.34 0.96 0.85
OP1 0.37 2.10 0.39 0.54 1.13 0.19 1.03 0.21 1.40 0.75 1.89 2.64 1.74 0.82 0.62 0.42 0.69 0.43 0.01 1.34 0.00 0.01 0.01
OP2 0.38 1.20 0.32 0.31 0.67 0.41 0.82 0.19 0.85 1.10 0.97 1.61 1.07 1.20 0.56 0.33 0.55 0.40 0.03 0.96 0.01 0.00 0.01
P 0.23 1.56 0.25 0.24 0.74 0.14 0.68 0.02 0.88 0.89 1.29 2.07 1.33 0.87 0.43 0.21 0.24 0.25 0.01 0.85 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.39 0.21 0.08 0.23 0.37 0.60 0.23 0.76 0.24 0.19 0.35 0.56 0.26 0.23 0.28 0.66 0.62 0.99 0.74 0.33
C2 0.12 0.29 0.13 0.19 0.14 0.17 0.37 0.26 0.33 0.12 0.36 0.20 0.46 0.18 0.16 0.14 0.21 0.33 0.92 0.38
C2' 0.90 0.51 0.67 0.92 0.42 1.14 0.75 1.33 0.96 0.77 0.37 0.29 0.47 0.79 0.96 1.11 1.07 1.07 0.87 0.65
C3' 0.53 0.31 0.24 0.47 0.31 0.80 0.55 1.07 0.60 0.43 0.23 0.29 0.36 0.34 0.51 0.80 0.77 0.83 1.06 0.44
C4 0.20 0.23 0.11 0.15 0.23 0.14 0.25 0.22 0.29 0.12 0.33 0.34 0.34 0.18 0.13 0.17 0.26 0.46 0.94 0.36
C4' 0.27 0.32 0.71 0.51 0.41 0.34 0.45 0.45 0.34 0.27 0.36 0.48 0.37 0.60 0.52 0.37 0.17 0.37 1.44 0.33
C5 0.13 0.23 0.17 0.29 0.20 0.34 0.27 0.55 0.27 0.12 0.26 0.23 0.35 0.22 0.30 0.21 0.58 0.42 1.06 0.71
C5' 0.76 0.48 1.36 1.27 0.43 0.88 0.53 0.67 0.56 0.58 0.37 0.54 0.58 1.32 1.37 0.64 0.87 0.79 2.39 1.25
C6 0.16 0.26 0.20 0.35 0.24 0.56 0.34 0.77 0.27 0.16 0.23 0.27 0.44 0.23 0.38 0.49 0.70 0.45 1.05 0.82
C8 0.31 0.18 0.16 0.28 0.26 0.11 0.24 0.24 0.20 0.14 0.24 0.35 0.28 0.30 0.25 0.31 0.49 0.60 1.14 0.62
N1 0.14 0.29 0.17 0.23 0.22 0.39 0.39 0.51 0.30 0.14 0.27 0.28 0.49 0.21 0.24 0.36 0.47 0.29 0.98 0.62
N2 0.12 0.31 0.13 0.24 0.13 0.17 0.40 0.28 0.34 0.12 0.37 0.18 0.50 0.20 0.21 0.14 0.15 0.37 0.91 0.33
N3 0.18 0.27 0.10 0.20 0.22 0.21 0.29 0.31 0.33 0.13 0.39 0.36 0.39 0.15 0.18 0.19 0.20 0.50 0.87 0.24
N7 0.19 0.20 0.22 0.45 0.22 0.41 0.25 0.74 0.23 0.14 0.22 0.25 0.30 0.30 0.43 0.18 0.81 0.59 1.18 0.91
N9 0.32 0.20 0.09 0.13 0.29 0.29 0.21 0.31 0.24 0.15 0.31 0.43 0.28 0.22 0.13 0.42 0.32 0.66 0.93 0.28
O2' 1.48 0.73 1.39 1.75 0.45 1.99 0.87 2.26 1.29 1.15 0.43 0.32 0.69 1.56 1.89 1.77 2.05 2.00 0.82 1.58
O3' 0.75 0.31 0.50 0.87 0.43 1.26 0.59 1.66 0.70 0.55 0.30 0.56 0.32 0.62 0.99 1.13 1.46 1.70 0.65 1.21
O4' 0.42 0.51 0.83 0.67 0.63 0.42 0.64 0.39 0.53 0.47 0.57 0.68 0.50 0.69 0.67 0.41 0.19 0.40 1.40 0.45
O5' 0.84 0.51 1.36 1.38 0.30 1.10 0.23 0.92 0.34 0.52 0.38 0.54 0.70 1.37 1.59 0.89 0.89 0.84 2.46 1.30
O6 0.27 0.25 0.26 0.52 0.32 0.87 0.34 1.15 0.26 0.20 0.25 0.39 0.45 0.27 0.59 0.78 0.97 0.69 1.12 1.07
OP1 0.93 0.47 1.68 1.77 0.31 1.28 0.31 1.08 0.48 0.55 0.37 0.64 0.70 1.75 2.12 0.91 1.09 1.14 2.67 1.52
OP2 1.78 1.30 2.60 2.56 0.75 1.86 0.96 1.42 1.30 1.44 0.96 0.43 1.51 2.68 2.87 1.48 1.46 1.31 2.74 1.67
P 1.27 0.76 2.01 2.00 0.31 1.48 0.57 1.17 0.84 0.92 0.44 0.31 0.96 2.08 2.29 1.13 1.19 1.10 2.64 1.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.05 0.05 0.05 0.01 0.02 0.02 0.06 0.02 0.08 0.01 0.18 0.22 0.38 0.22
C2 0.03 0.00 0.22 0.24 0.01 0.12 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.16 0.19 0.25 0.31 0.23 0.50 0.39
C2' 0.00 0.22 0.00 0.01 0.08 0.03 0.17 0.06 0.22 0.03 0.18 0.09 0.36 0.01 0.04 0.01 0.34 0.42 0.33 0.25
C3' 0.03 0.24 0.01 0.00 0.32 0.01 0.30 0.03 0.23 0.19 0.30 0.35 0.19 0.02 0.01 0.03 0.38 0.69 0.29 0.28
C4 0.03 0.01 0.08 0.32 0.00 0.16 0.01 0.30 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.19 0.29 0.07 0.31 0.39 0.90 0.55
C4' 0.02 0.12 0.03 0.01 0.16 0.00 0.30 0.01 0.31 0.08 0.09 0.16 0.28 0.20 0.05 0.01 0.04 0.20 0.67 0.19
C5 0.05 0.01 0.17 0.30 0.01 0.30 0.00 0.53 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.33 0.28 0.20 0.34 0.49 0.93 0.59
C5' 0.05 0.15 0.06 0.03 0.30 0.01 0.53 0.00 0.52 0.17 0.16 0.32 0.37 0.18 0.13 0.04 0.01 0.37 0.45 0.03
C6 0.05 0.01 0.22 0.23 0.01 0.31 0.01 0.52 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.20 0.27 0.36 0.44 0.73 0.52
N1 0.01 0.01 0.03 0.19 0.02 0.08 0.02 0.17 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.12 0.13 0.03 0.25 0.27 0.49 0.35
N3 0.02 0.00 0.18 0.30 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.14 0.26 0.19 0.33 0.29 0.72 0.49
N4 0.02 0.02 0.09 0.35 0.01 0.16 0.01 0.32 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.21 0.34 0.07 0.32 0.43 1.03 0.61
O2 0.06 0.01 0.36 0.19 0.01 0.28 0.01 0.37 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.37 0.16 0.43 0.38 0.23 0.34 0.36
O2' 0.02 0.16 0.01 0.02 0.19 0.20 0.33 0.18 0.35 0.12 0.14 0.21 0.37 0.00 0.09 0.16 0.13 0.27 0.86 0.34
O3' 0.08 0.19 0.04 0.01 0.29 0.05 0.28 0.13 0.20 0.13 0.26 0.34 0.16 0.09 0.00 0.04 0.24 0.77 0.76 0.25
O4' 0.01 0.25 0.01 0.03 0.07 0.01 0.20 0.04 0.27 0.03 0.19 0.07 0.43 0.16 0.04 0.00 0.19 0.29 0.43 0.24
O5' 0.18 0.31 0.34 0.38 0.31 0.04 0.34 0.01 0.36 0.25 0.33 0.32 0.38 0.13 0.24 0.19 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.22 0.23 0.42 0.69 0.39 0.20 0.49 0.37 0.44 0.27 0.29 0.43 0.23 0.27 0.77 0.29 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.38 0.50 0.33 0.29 0.90 0.67 0.93 0.45 0.73 0.49 0.72 1.03 0.34 0.86 0.76 0.43 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.39 0.25 0.28 0.55 0.19 0.59 0.03 0.52 0.35 0.49 0.61 0.36 0.34 0.25 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00