ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53195

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 2, 2, 1, 6, 1, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.015, 0.021, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.013, 0.024, 0.035, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.024 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.014, 0.027, 0.040, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.027 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.009, 0.025, 0.041, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.025 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.011, 0.029, 0.047, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.020, 0.041, 0.062, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.041 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.013, 0.035, 0.058, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.035 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.020, 0.042, 0.065, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.042 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.012, 0.037, 0.062, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.037 std_dev=0.025
N2 A 0, 0.023, 0.062, 0.100, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.062 std_dev=0.039
N1 B 0, 0.210, 0.342, 0.475, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.342 std_dev=0.133
C1' B 0, 0.273, 0.478, 0.684, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.478 std_dev=0.205
C2 B 0, 0.158, 0.366, 0.574, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.366 std_dev=0.208
O2 B 0, 0.260, 0.471, 0.682, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.471 std_dev=0.211
C6 B 0, 0.277, 0.533, 0.788, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.533 std_dev=0.255
C2' B 0, 0.230, 0.516, 0.802, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.516 std_dev=0.286
N3 B 0, 0.291, 0.604, 0.918, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.604 std_dev=0.313
C5 B 0, 0.299, 0.669, 1.039, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.669 std_dev=0.370
C4 B 0, 0.312, 0.701, 1.090, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.701 std_dev=0.389
O4' B 0, 0.414, 0.947, 1.480, 1.868 max_d=1.868 avg_d=0.947 std_dev=0.533
N4 B 0, 0.453, 1.004, 1.555, 1.668 max_d=1.668 avg_d=1.004 std_dev=0.551
O2' B 0, 0.342, 0.931, 1.520, 1.969 max_d=1.969 avg_d=0.931 std_dev=0.589
OP2 B 0, 0.329, 0.942, 1.554, 2.164 max_d=2.164 avg_d=0.942 std_dev=0.612
C3' B 0, 0.229, 1.034, 1.839, 2.513 max_d=2.513 avg_d=1.034 std_dev=0.805
C4' B 0, 0.288, 1.111, 1.934, 2.539 max_d=2.539 avg_d=1.111 std_dev=0.823
O5' B 0, 0.101, 1.023, 1.945, 3.022 max_d=3.022 avg_d=1.023 std_dev=0.922
O4' A 0, -0.300, 0.664, 1.628, 2.624 max_d=2.624 avg_d=0.664 std_dev=0.964
C2' A 0, -0.280, 0.718, 1.716, 2.808 max_d=2.808 avg_d=0.718 std_dev=0.998
C5' B 0, 0.156, 1.202, 2.248, 3.178 max_d=3.178 avg_d=1.202 std_dev=1.046
P B 0, 0.096, 1.207, 2.318, 3.549 max_d=3.549 avg_d=1.207 std_dev=1.111
O3' B 0, 0.279, 1.525, 2.771, 4.118 max_d=4.118 avg_d=1.525 std_dev=1.246
O2' A 0, -0.285, 0.965, 2.215, 3.363 max_d=3.363 avg_d=0.965 std_dev=1.250
C4' A 0, -0.393, 0.997, 2.387, 3.677 max_d=3.677 avg_d=0.997 std_dev=1.390
C3' A 0, -0.394, 1.045, 2.484, 4.234 max_d=4.234 avg_d=1.045 std_dev=1.439
OP1 B 0, -0.025, 1.720, 3.466, 5.539 max_d=5.539 avg_d=1.720 std_dev=1.745
O3' A 0, -0.454, 1.368, 3.190, 5.854 max_d=5.854 avg_d=1.368 std_dev=1.822
C5' A 0, -0.688, 1.642, 3.971, 6.623 max_d=6.623 avg_d=1.642 std_dev=2.329
O5' A 0, -0.888, 2.002, 4.893, 8.055 max_d=8.055 avg_d=2.002 std_dev=2.890
P A 0, -1.130, 2.541, 6.211, 10.635 max_d=10.635 avg_d=2.541 std_dev=3.671
OP1 A 0, -1.106, 2.921, 6.948, 11.440 max_d=11.440 avg_d=2.921 std_dev=4.027
OP2 A 0, -0.934, 3.398, 7.730, 12.359 max_d=12.359 avg_d=3.398 std_dev=4.332

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.26 0.01 0.40 0.03 0.26 0.55 0.24
C2 0.05 0.00 0.46 0.31 0.01 0.47 0.01 0.79 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.50 0.15 0.59 0.49 0.02 0.30 1.00 0.54
C2' 0.00 0.46 0.00 0.01 0.25 0.01 0.14 0.18 0.23 0.19 0.37 0.54 0.44 0.09 0.03 0.01 0.02 0.02 0.12 0.18 0.33 0.35 0.33
C3' 0.01 0.31 0.01 0.00 0.27 0.00 0.34 0.02 0.36 0.32 0.34 0.32 0.27 0.36 0.21 0.02 0.01 0.01 0.10 0.39 0.32 0.35 0.28
C4 0.03 0.01 0.25 0.27 0.00 0.17 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.12 0.30 0.63 0.01 0.51 1.13 0.60
C4' 0.01 0.47 0.01 0.00 0.17 0.00 0.10 0.01 0.13 0.41 0.31 0.64 0.47 0.33 0.10 0.23 0.03 0.00 0.02 0.12 0.21 0.19 0.12
C5 0.02 0.01 0.14 0.34 0.00 0.10 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.18 0.11 1.02 0.01 0.96 1.72 1.08
C5' 0.06 0.79 0.18 0.02 0.26 0.01 0.15 0.00 0.21 0.63 0.53 1.09 0.74 0.53 0.15 0.07 0.16 0.01 0.01 0.18 0.29 0.20 0.01
C6 0.03 0.01 0.23 0.36 0.01 0.13 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.20 0.23 0.92 0.00 0.90 1.72 1.02
C8 0.01 0.01 0.19 0.32 0.01 0.41 0.01 0.63 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.47 0.18 0.35 1.47 0.02 1.28 2.00 1.45
N1 0.04 0.01 0.37 0.34 0.01 0.31 0.01 0.53 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.16 0.44 0.60 0.01 0.50 1.30 0.67
N2 0.06 0.00 0.54 0.32 0.01 0.64 0.01 1.09 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.68 0.18 0.72 0.67 0.02 0.53 1.12 0.79
N3 0.04 0.01 0.44 0.27 0.00 0.47 0.01 0.74 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.48 0.16 0.60 0.42 0.02 0.24 0.83 0.44
N7 0.01 0.01 0.09 0.36 0.01 0.33 0.00 0.53 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.40 0.22 0.20 1.49 0.02 1.42 2.28 1.59
N9 0.01 0.02 0.03 0.21 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.16 0.12 0.02 0.83 0.02 0.66 1.18 0.73
O2' 0.01 0.50 0.01 0.02 0.18 0.23 0.17 0.07 0.17 0.47 0.32 0.68 0.48 0.40 0.16 0.00 0.05 0.18 0.09 0.19 0.37 0.32 0.35
O3' 0.26 0.15 0.02 0.01 0.12 0.03 0.18 0.16 0.20 0.18 0.16 0.18 0.16 0.22 0.12 0.05 0.00 0.17 0.32 0.25 0.60 0.46 0.37
O4' 0.01 0.59 0.02 0.01 0.30 0.00 0.11 0.01 0.23 0.35 0.44 0.72 0.60 0.20 0.02 0.18 0.17 0.00 0.40 0.15 0.22 0.54 0.28
O5' 0.40 0.49 0.12 0.10 0.63 0.02 1.02 0.01 0.92 1.47 0.60 0.67 0.42 1.49 0.83 0.09 0.32 0.40 0.00 1.11 0.01 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.18 0.39 0.01 0.12 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.19 0.25 0.15 1.11 0.00 1.17 2.06 1.29
OP1 0.26 0.30 0.33 0.32 0.51 0.21 0.96 0.29 0.90 1.28 0.50 0.53 0.24 1.42 0.66 0.37 0.60 0.22 0.01 1.17 0.00 0.01 0.00
OP2 0.55 1.00 0.35 0.35 1.13 0.19 1.72 0.20 1.72 2.00 1.30 1.12 0.83 2.28 1.18 0.32 0.46 0.54 0.02 2.06 0.01 0.00 0.00
P 0.24 0.54 0.33 0.28 0.60 0.12 1.08 0.01 1.02 1.45 0.67 0.79 0.44 1.59 0.73 0.35 0.37 0.28 0.01 1.29 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.19 0.35 0.52 0.29 0.64 0.25 0.66 0.22 0.20 0.26 0.35 0.19 0.26 0.85 0.49 0.55 0.36 0.63 0.57
C2 0.24 0.23 0.21 0.19 0.16 0.28 0.14 0.22 0.21 0.19 0.28 0.26 0.30 0.33 0.49 0.32 0.19 1.13 0.58 0.40
C2' 0.51 0.36 0.48 0.55 0.44 0.54 0.40 0.62 0.39 0.40 0.40 0.53 0.36 0.76 0.53 0.52 1.07 0.96 1.20 1.15
C3' 0.51 0.50 0.52 0.60 0.68 0.53 0.76 0.71 0.73 0.57 0.58 0.72 0.41 0.71 0.58 0.50 1.25 1.31 1.81 1.53
C4 0.26 0.19 0.24 0.30 0.19 0.43 0.08 0.38 0.14 0.16 0.24 0.26 0.23 0.27 0.74 0.40 0.23 0.71 0.56 0.30
C4' 0.38 0.31 0.34 0.38 0.64 0.43 0.72 0.21 0.59 0.37 0.46 0.76 0.19 0.55 0.71 0.34 0.49 0.80 1.34 0.88
C5 0.24 0.16 0.22 0.31 0.15 0.43 0.10 0.37 0.12 0.14 0.19 0.21 0.24 0.31 0.84 0.40 0.19 0.69 0.48 0.23
C5' 0.71 0.53 0.70 0.64 0.99 0.74 1.12 0.60 0.95 0.67 0.70 1.16 0.38 0.96 0.88 0.76 0.75 1.01 1.83 1.16
C6 0.23 0.18 0.20 0.21 0.17 0.33 0.18 0.26 0.17 0.15 0.18 0.25 0.29 0.33 0.73 0.34 0.15 0.91 0.45 0.26
C8 0.26 0.16 0.27 0.56 0.19 0.66 0.15 0.64 0.14 0.15 0.20 0.23 0.18 0.33 1.10 0.52 0.44 0.25 0.50 0.41
N1 0.23 0.21 0.19 0.17 0.13 0.27 0.20 0.20 0.20 0.18 0.21 0.22 0.31 0.35 0.56 0.31 0.19 1.11 0.50 0.37
N2 0.24 0.25 0.20 0.21 0.18 0.25 0.17 0.22 0.23 0.19 0.31 0.29 0.31 0.36 0.37 0.30 0.26 1.31 0.63 0.50
N3 0.26 0.22 0.23 0.23 0.22 0.35 0.09 0.29 0.18 0.18 0.29 0.32 0.26 0.28 0.57 0.36 0.20 0.95 0.62 0.36
N7 0.24 0.15 0.23 0.47 0.17 0.56 0.11 0.52 0.10 0.12 0.19 0.21 0.20 0.34 1.07 0.47 0.31 0.42 0.45 0.27
N9 0.27 0.18 0.28 0.45 0.23 0.58 0.17 0.55 0.16 0.16 0.24 0.29 0.20 0.27 0.89 0.47 0.41 0.40 0.57 0.41
O2' 0.46 0.28 0.43 0.60 0.48 0.69 0.53 0.87 0.41 0.32 0.34 0.62 0.32 0.70 0.66 0.59 1.25 1.08 1.13 1.32
O3' 0.72 0.57 0.77 0.91 0.69 0.87 0.82 1.12 0.86 0.71 0.59 0.69 0.48 0.94 0.88 0.76 1.73 1.93 2.24 2.11
O4' 0.51 0.23 0.59 0.73 0.49 0.87 0.52 0.74 0.42 0.32 0.35 0.62 0.21 0.57 1.10 0.64 0.24 0.46 0.61 0.26
O5' 0.64 0.44 0.65 0.66 0.46 0.70 0.62 0.45 0.41 0.31 0.34 0.66 0.77 0.81 1.12 0.64 0.64 1.20 2.03 1.32
O6 0.22 0.17 0.22 0.22 0.25 0.33 0.23 0.26 0.18 0.15 0.20 0.33 0.28 0.35 0.77 0.35 0.18 0.91 0.40 0.26
OP1 1.06 0.62 1.22 1.15 0.54 1.24 0.84 1.30 0.85 0.75 0.40 0.62 0.88 1.58 1.34 1.10 1.39 1.80 2.65 1.92
OP2 1.34 1.24 1.41 1.46 0.70 1.28 0.49 0.71 0.35 0.93 1.01 0.85 1.74 1.58 2.09 1.14 0.42 0.97 1.79 1.02
P 0.87 0.57 0.95 0.98 0.31 0.96 0.51 0.66 0.33 0.44 0.32 0.57 0.99 1.20 1.48 0.83 0.62 1.18 2.02 1.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.33 0.01 0.19 0.45 0.20 0.14
C2 0.02 0.00 0.15 0.24 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.31 0.20 0.06 0.29 0.88 0.28 0.30
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.03 0.01 0.12 0.19 0.15 0.02 0.11 0.04 0.28 0.00 0.03 0.02 0.52 0.48 0.57 0.50
C3' 0.02 0.24 0.00 0.00 0.37 0.01 0.39 0.03 0.33 0.22 0.32 0.40 0.21 0.02 0.01 0.02 0.27 0.31 0.11 0.19
C4 0.02 0.01 0.03 0.37 0.00 0.16 0.00 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.38 0.13 0.02 0.37 1.24 0.41 0.45
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.16 0.00 0.19 0.01 0.18 0.09 0.12 0.18 0.07 0.27 0.01 0.00 0.02 0.14 0.28 0.03
C5 0.02 0.01 0.12 0.39 0.00 0.19 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.22 0.06 0.34 1.24 0.47 0.43
C5' 0.06 0.13 0.19 0.03 0.24 0.01 0.27 0.00 0.22 0.12 0.19 0.28 0.10 0.11 0.22 0.01 0.01 0.26 0.42 0.01
C6 0.02 0.01 0.15 0.33 0.01 0.18 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.18 0.08 0.27 0.99 0.41 0.32
N1 0.01 0.01 0.02 0.22 0.01 0.09 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.12 0.01 0.24 0.78 0.29 0.24
N3 0.01 0.00 0.11 0.32 0.00 0.12 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.37 0.12 0.04 0.35 1.09 0.33 0.40
N4 0.02 0.02 0.04 0.40 0.00 0.18 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.41 0.17 0.02 0.40 1.36 0.44 0.52
O2 0.04 0.00 0.28 0.21 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.35 0.40 0.12 0.26 0.74 0.23 0.25
O2' 0.01 0.31 0.00 0.02 0.38 0.27 0.35 0.11 0.29 0.22 0.37 0.41 0.35 0.00 0.06 0.19 0.36 0.35 0.57 0.41
O3' 0.33 0.20 0.03 0.01 0.13 0.01 0.22 0.22 0.18 0.12 0.12 0.17 0.40 0.06 0.00 0.21 0.23 0.12 0.36 0.22
O4' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.04 0.02 0.12 0.19 0.21 0.00 0.08 0.38 0.27 0.12
O5' 0.19 0.29 0.52 0.27 0.37 0.02 0.34 0.01 0.27 0.24 0.35 0.40 0.26 0.36 0.23 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.45 0.88 0.48 0.31 1.24 0.14 1.24 0.26 0.99 0.78 1.09 1.36 0.74 0.35 0.12 0.38 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.20 0.28 0.57 0.11 0.41 0.28 0.47 0.42 0.41 0.29 0.33 0.44 0.23 0.57 0.36 0.27 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.30 0.50 0.19 0.45 0.03 0.43 0.01 0.32 0.24 0.40 0.52 0.25 0.41 0.22 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00