ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53196

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 7, 2, 0, 0, 1, 1, 3, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.013, 0.023, 0.033, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.011, 0.029, 0.046, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.029 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.010, 0.029, 0.048, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.029 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.039, 0.063, 0.086, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.063 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.017, 0.044, 0.070, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.044 std_dev=0.027
N3 A 0, 0.021, 0.050, 0.079, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.050 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.041, 0.072, 0.102, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.072 std_dev=0.030
N9 A 0, 0.004, 0.035, 0.066, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.035 std_dev=0.031
C2 A 0, 0.001, 0.033, 0.066, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.033 std_dev=0.032
C1' A 0, 0.004, 0.038, 0.072, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.038 std_dev=0.034
O6 A 0, 0.054, 0.106, 0.157, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.106 std_dev=0.052
N2 A 0, 0.028, 0.086, 0.145, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.086 std_dev=0.058
C6 B 0, 0.165, 0.410, 0.656, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.410 std_dev=0.246
C5 B 0, 0.157, 0.413, 0.670, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.413 std_dev=0.256
N1 B 0, 0.133, 0.424, 0.715, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.424 std_dev=0.291
O4' B 0, 0.133, 0.427, 0.722, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.427 std_dev=0.295
C4 B 0, 0.106, 0.450, 0.795, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.450 std_dev=0.345
O5' B 0, 0.146, 0.514, 0.883, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.514 std_dev=0.369
C2 B 0, 0.081, 0.475, 0.869, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.475 std_dev=0.394
C1' B 0, 0.101, 0.499, 0.897, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.499 std_dev=0.398
N3 B 0, 0.078, 0.488, 0.899, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.488 std_dev=0.410
N4 B 0, 0.133, 0.579, 1.025, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.579 std_dev=0.446
C5' B 0, 0.093, 0.548, 1.004, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.548 std_dev=0.455
C4' B 0, 0.042, 0.513, 0.983, 1.720 max_d=1.720 avg_d=0.513 std_dev=0.471
O2 B 0, 0.065, 0.605, 1.144, 1.882 max_d=1.882 avg_d=0.605 std_dev=0.539
P B 0, -0.015, 0.583, 1.181, 2.877 max_d=2.877 avg_d=0.583 std_dev=0.598
C3' B 0, -0.004, 0.624, 1.253, 2.033 max_d=2.033 avg_d=0.624 std_dev=0.628
C2' B 0, -0.037, 0.628, 1.293, 2.249 max_d=2.249 avg_d=0.628 std_dev=0.665
O4' A 0, -0.291, 0.428, 1.146, 2.486 max_d=2.486 avg_d=0.428 std_dev=0.719
O3' B 0, -0.007, 0.727, 1.460, 2.342 max_d=2.342 avg_d=0.727 std_dev=0.733
OP1 B 0, 0.253, 1.005, 1.756, 2.653 max_d=2.653 avg_d=1.005 std_dev=0.751
C2' A 0, -0.287, 0.515, 1.316, 2.697 max_d=2.697 avg_d=0.515 std_dev=0.802
O2' B 0, -0.031, 0.808, 1.646, 2.866 max_d=2.866 avg_d=0.808 std_dev=0.838
C4' A 0, -0.314, 0.589, 1.492, 3.380 max_d=3.380 avg_d=0.589 std_dev=0.903
O2' A 0, -0.382, 0.721, 1.825, 3.435 max_d=3.435 avg_d=0.721 std_dev=1.104
OP2 B 0, -0.238, 0.913, 2.064, 4.575 max_d=4.575 avg_d=0.913 std_dev=1.151
C3' A 0, -0.431, 0.748, 1.926, 4.010 max_d=4.010 avg_d=0.748 std_dev=1.178
O3' A 0, -0.617, 1.049, 2.715, 5.480 max_d=5.480 avg_d=1.049 std_dev=1.666
C5' A 0, -0.608, 1.114, 2.837, 6.206 max_d=6.206 avg_d=1.114 std_dev=1.723
O5' A 0, -0.807, 1.296, 3.400, 6.914 max_d=6.914 avg_d=1.296 std_dev=2.103
OP1 A 0, -1.178, 1.521, 4.220, 9.250 max_d=9.250 avg_d=1.521 std_dev=2.699
P A 0, -1.291, 1.676, 4.643, 9.610 max_d=9.610 avg_d=1.676 std_dev=2.967
OP2 A 0, -1.500, 2.092, 5.683, 11.280 max_d=11.280 avg_d=2.092 std_dev=3.592

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.09 0.07 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.08 0.03 0.11 0.23 0.08
C2 0.07 0.00 0.13 0.26 0.02 0.40 0.01 0.68 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.25 0.19 0.36 0.66 0.02 0.86 0.48 0.86
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.08 0.02 0.08 0.02 0.10 0.08 0.11 0.16 0.13 0.09 0.03 0.01 0.02 0.01 0.15 0.11 0.36 0.19 0.15
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.06 0.01 0.21 0.02 0.16 0.44 0.11 0.41 0.28 0.41 0.17 0.02 0.01 0.01 0.21 0.24 0.55 0.20 0.23
C4 0.03 0.02 0.08 0.06 0.00 0.14 0.00 0.22 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.08 0.19 0.14 0.02 0.27 0.33 0.19
C4' 0.02 0.40 0.02 0.01 0.14 0.00 0.07 0.01 0.09 0.37 0.26 0.54 0.40 0.29 0.09 0.12 0.02 0.01 0.02 0.08 0.22 0.17 0.02
C5 0.01 0.01 0.08 0.21 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.24 0.09 0.27 0.02 0.19 0.85 0.28
C5' 0.03 0.68 0.02 0.02 0.22 0.01 0.16 0.00 0.18 0.61 0.45 0.95 0.64 0.52 0.16 0.11 0.04 0.01 0.01 0.17 0.24 0.29 0.02
C6 0.03 0.01 0.10 0.16 0.01 0.09 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.10 0.22 0.16 0.14 0.01 0.26 0.69 0.16
C8 0.04 0.02 0.08 0.44 0.01 0.37 0.01 0.61 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.19 0.37 0.20 0.86 0.03 0.67 1.40 0.92
N1 0.05 0.01 0.11 0.11 0.02 0.26 0.01 0.45 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.12 0.28 0.38 0.02 0.63 0.22 0.54
N2 0.09 0.01 0.16 0.41 0.02 0.54 0.02 0.95 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.33 0.33 0.43 0.97 0.03 1.20 0.97 1.27
N3 0.07 0.01 0.13 0.28 0.01 0.40 0.01 0.64 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.23 0.21 0.36 0.61 0.02 0.72 0.43 0.75
N7 0.03 0.02 0.09 0.41 0.01 0.29 0.00 0.52 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.15 0.39 0.11 0.77 0.04 0.60 1.52 0.87
N9 0.01 0.02 0.03 0.17 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.07 0.13 0.01 0.28 0.02 0.19 0.62 0.27
O2' 0.02 0.25 0.01 0.02 0.10 0.12 0.08 0.11 0.10 0.19 0.18 0.33 0.23 0.15 0.07 0.00 0.06 0.11 0.13 0.09 0.42 0.12 0.15
O3' 0.04 0.19 0.02 0.01 0.08 0.02 0.24 0.04 0.22 0.37 0.12 0.33 0.21 0.39 0.13 0.06 0.00 0.03 0.22 0.31 0.77 0.26 0.29
O4' 0.01 0.36 0.01 0.01 0.19 0.01 0.09 0.01 0.16 0.20 0.28 0.43 0.36 0.11 0.01 0.11 0.03 0.00 0.13 0.12 0.19 0.16 0.14
O5' 0.08 0.66 0.15 0.21 0.14 0.02 0.27 0.01 0.14 0.86 0.38 0.97 0.61 0.77 0.28 0.13 0.22 0.13 0.00 0.26 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.11 0.24 0.02 0.08 0.02 0.17 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.09 0.31 0.12 0.26 0.00 0.23 0.99 0.28
OP1 0.11 0.86 0.36 0.55 0.27 0.22 0.19 0.24 0.26 0.67 0.63 1.20 0.72 0.60 0.19 0.42 0.77 0.19 0.02 0.23 0.00 0.02 0.01
OP2 0.23 0.48 0.19 0.20 0.33 0.17 0.85 0.29 0.69 1.40 0.22 0.97 0.43 1.52 0.62 0.12 0.26 0.16 0.02 0.99 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.86 0.15 0.23 0.19 0.02 0.28 0.02 0.16 0.92 0.54 1.27 0.75 0.87 0.27 0.15 0.29 0.14 0.01 0.28 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.26 0.23 0.27 0.19 0.34 0.22 0.32 0.18 0.14 0.26 0.24 0.37 0.19 0.42 0.28 0.24 0.69 0.53 0.38
C2 0.31 0.19 0.30 0.33 0.22 0.27 0.23 0.25 0.24 0.23 0.16 0.35 0.27 0.31 0.32 0.27 0.21 0.80 0.58 0.27
C2' 0.36 0.28 0.39 0.42 0.56 0.32 0.81 0.42 0.76 0.44 0.35 0.58 0.19 0.42 0.27 0.29 0.52 0.85 0.80 0.53
C3' 0.15 0.27 0.25 0.21 0.75 0.35 0.95 0.31 0.71 0.32 0.45 0.90 0.28 0.22 0.43 0.23 0.25 0.65 0.73 0.33
C4 0.22 0.16 0.21 0.25 0.25 0.25 0.28 0.24 0.26 0.11 0.26 0.32 0.29 0.25 0.36 0.23 0.19 0.72 0.44 0.26
C4' 0.40 0.25 0.52 0.69 0.49 0.85 0.55 0.81 0.29 0.19 0.30 0.67 0.42 0.36 0.93 0.62 0.51 0.67 0.68 0.52
C5 0.29 0.17 0.32 0.29 0.29 0.26 0.28 0.24 0.29 0.17 0.32 0.37 0.29 0.39 0.40 0.23 0.21 0.66 0.33 0.22
C5' 0.72 0.40 0.89 1.20 0.67 1.35 0.65 1.29 0.33 0.39 0.45 0.95 0.60 0.72 1.52 0.99 0.88 0.95 0.82 0.79
C6 0.37 0.07 0.44 0.38 0.29 0.30 0.26 0.26 0.27 0.23 0.27 0.40 0.15 0.48 0.38 0.27 0.24 0.69 0.35 0.21
C8 0.19 0.32 0.20 0.25 0.29 0.25 0.29 0.22 0.29 0.17 0.35 0.32 0.46 0.33 0.51 0.17 0.18 0.56 0.29 0.23
N1 0.36 0.15 0.40 0.38 0.24 0.29 0.23 0.25 0.25 0.25 0.16 0.39 0.25 0.41 0.35 0.28 0.22 0.75 0.48 0.23
N2 0.32 0.28 0.31 0.35 0.22 0.27 0.22 0.26 0.23 0.27 0.22 0.32 0.35 0.32 0.31 0.28 0.21 0.84 0.69 0.30
N3 0.25 0.15 0.21 0.26 0.21 0.26 0.25 0.25 0.23 0.17 0.18 0.31 0.25 0.23 0.31 0.26 0.20 0.79 0.58 0.31
N7 0.25 0.30 0.30 0.27 0.32 0.24 0.30 0.23 0.31 0.18 0.38 0.37 0.44 0.45 0.48 0.19 0.21 0.57 0.25 0.22
N9 0.17 0.26 0.17 0.23 0.24 0.28 0.27 0.25 0.24 0.10 0.29 0.29 0.38 0.21 0.43 0.22 0.18 0.65 0.40 0.28
O2' 0.58 0.41 0.60 0.75 0.54 0.62 0.80 0.72 0.84 0.59 0.41 0.51 0.31 0.64 0.63 0.56 0.87 1.08 1.13 0.88
O3' 0.25 0.35 0.36 0.28 0.88 0.21 1.12 0.32 0.88 0.47 0.54 1.03 0.23 0.37 0.22 0.15 0.58 0.90 1.11 0.72
O4' 0.58 0.39 0.71 0.87 0.27 1.00 0.26 1.01 0.23 0.38 0.29 0.37 0.52 0.53 1.05 0.79 0.83 0.95 0.86 0.85
O5' 0.97 0.54 1.11 1.48 0.48 1.61 0.45 1.46 0.25 0.54 0.36 0.78 0.82 0.97 1.88 1.25 1.06 1.02 0.86 0.92
O6 0.42 0.11 0.55 0.43 0.29 0.34 0.25 0.30 0.28 0.25 0.28 0.41 0.10 0.61 0.40 0.30 0.27 0.66 0.31 0.22
OP1 0.80 0.47 0.98 1.43 0.65 1.51 0.55 1.41 0.27 0.43 0.49 0.96 0.71 0.81 1.89 1.08 1.04 1.10 0.89 0.95
OP2 1.48 0.93 1.62 2.02 0.48 2.05 0.43 1.70 0.43 0.92 0.53 0.84 1.39 1.61 2.63 1.67 1.23 1.04 0.91 0.95
P 1.06 0.54 1.23 1.69 0.63 1.78 0.54 1.60 0.27 0.56 0.43 1.00 0.86 1.12 2.21 1.34 1.16 1.14 0.92 0.99

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.21 0.00 0.17 0.39 0.31 0.18
C2 0.02 0.00 0.16 0.20 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.18 0.09 0.09 0.19 0.63 0.53 0.24
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.04 0.01 0.11 0.14 0.15 0.02 0.12 0.05 0.27 0.00 0.03 0.01 0.32 0.34 0.51 0.35
C3' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.26 0.00 0.24 0.02 0.19 0.17 0.25 0.28 0.18 0.03 0.01 0.02 0.09 0.15 0.27 0.13
C4 0.02 0.01 0.04 0.26 0.00 0.10 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.12 0.03 0.25 0.82 0.80 0.34
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.12 0.06 0.07 0.11 0.08 0.23 0.02 0.00 0.01 0.14 0.24 0.04
C5 0.02 0.01 0.11 0.24 0.00 0.13 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.30 0.15 0.07 0.26 0.84 0.83 0.37
C5' 0.06 0.07 0.14 0.02 0.10 0.01 0.12 0.00 0.11 0.06 0.08 0.12 0.10 0.10 0.14 0.01 0.01 0.19 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.19 0.01 0.12 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.27 0.10 0.11 0.23 0.71 0.67 0.32
N1 0.01 0.01 0.02 0.17 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.06 0.01 0.19 0.58 0.49 0.24
N3 0.02 0.01 0.12 0.25 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.22 0.08 0.08 0.22 0.74 0.67 0.29
N4 0.02 0.02 0.05 0.28 0.01 0.11 0.02 0.12 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.29 0.16 0.04 0.26 0.87 0.90 0.38
O2 0.04 0.01 0.27 0.18 0.02 0.08 0.02 0.10 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.25 0.18 0.16 0.18 0.55 0.42 0.20
O2' 0.02 0.18 0.00 0.03 0.26 0.23 0.30 0.10 0.27 0.14 0.22 0.29 0.25 0.00 0.05 0.17 0.23 0.25 0.59 0.29
O3' 0.21 0.09 0.03 0.01 0.12 0.02 0.15 0.14 0.10 0.06 0.08 0.16 0.18 0.05 0.00 0.15 0.20 0.35 0.41 0.27
O4' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.03 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.08 0.04 0.16 0.17 0.15 0.00 0.13 0.38 0.21 0.17
O5' 0.17 0.19 0.32 0.09 0.25 0.01 0.26 0.01 0.23 0.19 0.22 0.26 0.18 0.23 0.20 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.39 0.63 0.34 0.15 0.82 0.14 0.84 0.19 0.71 0.58 0.74 0.87 0.55 0.25 0.35 0.38 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.31 0.53 0.51 0.27 0.80 0.24 0.83 0.31 0.67 0.49 0.67 0.90 0.42 0.59 0.41 0.21 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.24 0.35 0.13 0.34 0.04 0.37 0.02 0.32 0.24 0.29 0.38 0.20 0.29 0.27 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00