ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53199

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.015, 0.027, 0.040, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.027 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.013, 0.027, 0.040, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.027 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.004, 0.021, 0.038, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.021 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.004, 0.022, 0.039, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.022 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.016, 0.034, 0.051, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.034 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.008, 0.027, 0.045, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.012, 0.031, 0.050, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.031 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.009, 0.035, 0.060, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.035 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.006, 0.043, 0.079, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.043 std_dev=0.036
C8 A 0, 0.006, 0.047, 0.089, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.047 std_dev=0.042
O4' A 0, 0.164, 0.316, 0.467, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.316 std_dev=0.152
C2' A 0, 0.111, 0.283, 0.455, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.283 std_dev=0.172
C4' A 0, 0.246, 0.454, 0.662, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.454 std_dev=0.208
O2' A 0, 0.101, 0.325, 0.549, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.325 std_dev=0.224
C3' A 0, 0.240, 0.481, 0.722, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.481 std_dev=0.241
C4 B 0, 0.304, 0.551, 0.799, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.551 std_dev=0.248
N3 B 0, 0.196, 0.446, 0.696, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.446 std_dev=0.250
C2 B 0, 0.204, 0.474, 0.744, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.474 std_dev=0.270
C6 B 0, 0.359, 0.630, 0.902, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.630 std_dev=0.271
O2 B 0, 0.323, 0.607, 0.892, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.607 std_dev=0.284
C5 B 0, 0.259, 0.549, 0.839, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.549 std_dev=0.290
N1 B 0, 0.313, 0.626, 0.940, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.626 std_dev=0.313
N4 B 0, 0.488, 0.814, 1.141, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.814 std_dev=0.327
O3' A 0, 0.303, 0.634, 0.964, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.634 std_dev=0.330
C5' A 0, 0.435, 0.849, 1.263, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.849 std_dev=0.414
O5' A 0, 0.430, 0.852, 1.275, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.852 std_dev=0.423
C1' B 0, 0.439, 0.901, 1.363, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.901 std_dev=0.462
P A 0, 0.559, 1.119, 1.678, 1.723 max_d=1.723 avg_d=1.119 std_dev=0.559
OP2 A 0, 0.642, 1.225, 1.807, 1.899 max_d=1.899 avg_d=1.225 std_dev=0.582
C2' B 0, 0.559, 1.153, 1.748, 1.752 max_d=1.752 avg_d=1.153 std_dev=0.595
P B 0, 0.499, 1.119, 1.738, 1.947 max_d=1.947 avg_d=1.119 std_dev=0.620
OP1 A 0, 0.694, 1.365, 2.036, 2.054 max_d=2.054 avg_d=1.365 std_dev=0.671
O2' B 0, 0.666, 1.345, 2.024, 2.247 max_d=2.247 avg_d=1.345 std_dev=0.679
O4' B 0, 0.478, 1.164, 1.849, 2.025 max_d=2.025 avg_d=1.164 std_dev=0.685
C3' B 0, 0.494, 1.380, 2.266, 2.707 max_d=2.707 avg_d=1.380 std_dev=0.886
C4' B 0, 0.484, 1.400, 2.316, 2.716 max_d=2.716 avg_d=1.400 std_dev=0.916
O5' B 0, 0.391, 1.363, 2.334, 2.971 max_d=2.971 avg_d=1.363 std_dev=0.971
O3' B 0, 0.612, 1.654, 2.696, 3.199 max_d=3.199 avg_d=1.654 std_dev=1.042
OP1 B 0, 0.492, 1.628, 2.764, 3.689 max_d=3.689 avg_d=1.628 std_dev=1.136
OP2 B 0, 0.253, 1.404, 2.554, 3.320 max_d=3.320 avg_d=1.404 std_dev=1.151
C5' B 0, 0.433, 1.692, 2.950, 3.765 max_d=3.765 avg_d=1.692 std_dev=1.259

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.14 0.01 0.15 0.10 0.10
C2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.10 0.02 0.35 0.00 0.37 0.33 0.33
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.07 0.04 0.09 0.08 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.21 0.06 0.30 0.12 0.19
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.08 0.12 0.07 0.11 0.08 0.12 0.05 0.01 0.01 0.02 0.29 0.10 0.38 0.17 0.28
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.36 0.01 0.35 0.28 0.32
C4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.04 0.04 0.03 0.07 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.06 0.11 0.17 0.02
C5 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.10 0.01 0.46 0.01 0.45 0.40 0.43
C5' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.07 0.01 0.10 0.00 0.10 0.11 0.08 0.06 0.05 0.12 0.06 0.06 0.04 0.01 0.01 0.12 0.10 0.26 0.02
C6 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.49 0.00 0.49 0.47 0.47
C8 0.00 0.01 0.07 0.12 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.15 0.02 0.44 0.01 0.38 0.27 0.37
N1 0.02 0.00 0.04 0.07 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.43 0.00 0.45 0.42 0.42
N2 0.02 0.00 0.09 0.11 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.14 0.03 0.31 0.01 0.35 0.32 0.30
N3 0.02 0.00 0.08 0.08 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.10 0.02 0.29 0.00 0.31 0.26 0.27
N7 0.00 0.01 0.07 0.12 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.16 0.02 0.51 0.01 0.47 0.41 0.47
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.32 0.01 0.30 0.19 0.26
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.06 0.10 0.08 0.05 0.02 0.00 0.04 0.03 0.07 0.06 0.22 0.09 0.09
O3' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.05 0.02 0.10 0.04 0.10 0.15 0.08 0.14 0.10 0.16 0.06 0.04 0.00 0.02 0.27 0.14 0.47 0.29 0.34
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.07 0.02 0.04 0.24 0.11
O5' 0.14 0.35 0.21 0.29 0.36 0.02 0.46 0.01 0.49 0.44 0.43 0.31 0.29 0.51 0.32 0.07 0.27 0.07 0.00 0.54 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.00 0.06 0.10 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.14 0.02 0.54 0.00 0.55 0.54 0.54
OP1 0.15 0.37 0.30 0.38 0.35 0.11 0.45 0.10 0.49 0.38 0.45 0.35 0.31 0.47 0.30 0.22 0.47 0.04 0.01 0.55 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.33 0.12 0.17 0.28 0.17 0.40 0.26 0.47 0.27 0.42 0.32 0.26 0.41 0.19 0.09 0.29 0.24 0.01 0.54 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.33 0.19 0.28 0.32 0.02 0.43 0.02 0.47 0.37 0.42 0.30 0.27 0.47 0.26 0.09 0.34 0.11 0.01 0.54 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.20 0.47 0.44 0.18 0.24 0.21 0.25 0.24 0.23 0.19 0.17 0.23 0.47 0.52 0.20 0.24 0.75 0.70 0.29
C2 0.32 0.11 0.35 0.31 0.14 0.28 0.26 0.23 0.30 0.25 0.06 0.18 0.13 0.38 0.31 0.30 0.49 0.76 0.63 0.21
C2' 0.29 0.22 0.53 0.45 0.20 0.25 0.25 0.23 0.29 0.26 0.21 0.18 0.25 0.58 0.56 0.22 0.34 0.84 0.71 0.37
C3' 0.27 0.19 0.51 0.44 0.17 0.24 0.21 0.21 0.25 0.23 0.19 0.16 0.23 0.56 0.56 0.21 0.33 0.85 0.67 0.34
C4 0.23 0.14 0.34 0.29 0.14 0.19 0.20 0.16 0.22 0.19 0.14 0.15 0.16 0.34 0.33 0.20 0.36 0.77 0.63 0.18
C4' 0.26 0.21 0.52 0.50 0.17 0.27 0.20 0.28 0.24 0.23 0.19 0.16 0.24 0.53 0.61 0.20 0.22 0.78 0.69 0.30
C5 0.22 0.19 0.29 0.27 0.17 0.19 0.19 0.16 0.21 0.20 0.20 0.17 0.21 0.29 0.29 0.20 0.41 0.80 0.60 0.12
C5' 0.26 0.24 0.50 0.51 0.20 0.28 0.21 0.31 0.23 0.24 0.23 0.19 0.29 0.50 0.61 0.21 0.23 0.78 0.67 0.27
C6 0.25 0.19 0.26 0.26 0.19 0.22 0.22 0.17 0.23 0.21 0.21 0.22 0.19 0.25 0.27 0.25 0.51 0.80 0.56 0.09
C8 0.23 0.23 0.37 0.36 0.17 0.22 0.18 0.25 0.20 0.21 0.21 0.16 0.28 0.36 0.41 0.18 0.30 0.82 0.64 0.19
N1 0.30 0.15 0.29 0.30 0.17 0.28 0.25 0.23 0.28 0.24 0.13 0.22 0.15 0.30 0.29 0.31 0.55 0.78 0.56 0.16
N2 0.43 0.20 0.44 0.40 0.16 0.40 0.30 0.38 0.37 0.33 0.12 0.20 0.24 0.50 0.39 0.42 0.55 0.77 0.68 0.29
N3 0.26 0.08 0.37 0.30 0.14 0.22 0.23 0.17 0.26 0.21 0.09 0.16 0.09 0.40 0.33 0.23 0.38 0.74 0.67 0.22
N7 0.22 0.23 0.31 0.31 0.18 0.20 0.17 0.22 0.19 0.20 0.23 0.17 0.27 0.30 0.34 0.18 0.37 0.83 0.62 0.13
N9 0.23 0.19 0.39 0.36 0.16 0.21 0.19 0.21 0.21 0.20 0.18 0.15 0.23 0.39 0.41 0.19 0.29 0.78 0.66 0.22
O2' 0.38 0.30 0.65 0.56 0.26 0.35 0.32 0.32 0.36 0.34 0.28 0.24 0.33 0.71 0.69 0.30 0.37 0.85 0.82 0.47
O3' 0.34 0.23 0.59 0.51 0.18 0.31 0.24 0.27 0.29 0.28 0.20 0.17 0.27 0.68 0.65 0.27 0.38 0.93 0.72 0.43
O4' 0.28 0.24 0.51 0.51 0.17 0.31 0.20 0.33 0.24 0.25 0.20 0.16 0.29 0.50 0.60 0.25 0.21 0.75 0.71 0.29
O5' 0.33 0.35 0.46 0.46 0.37 0.34 0.37 0.39 0.36 0.34 0.37 0.39 0.34 0.45 0.53 0.34 0.33 0.77 0.84 0.39
O6 0.25 0.22 0.25 0.28 0.24 0.24 0.23 0.18 0.24 0.22 0.26 0.29 0.22 0.23 0.29 0.26 0.56 0.81 0.56 0.07
OP1 0.33 0.34 0.45 0.46 0.37 0.34 0.37 0.39 0.37 0.34 0.36 0.40 0.33 0.45 0.54 0.35 0.33 0.76 0.85 0.38
OP2 0.30 0.34 0.38 0.39 0.38 0.32 0.36 0.38 0.35 0.33 0.37 0.41 0.33 0.37 0.44 0.32 0.38 0.83 0.85 0.39
P 0.30 0.32 0.41 0.43 0.35 0.32 0.34 0.38 0.33 0.32 0.35 0.37 0.32 0.39 0.49 0.32 0.33 0.79 0.83 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.21 0.42 0.55 0.18
C2 0.04 0.00 0.14 0.19 0.01 0.09 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.19 0.04 0.32 0.64 0.49 0.16
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.02 0.14 0.02 0.16 0.04 0.10 0.08 0.28 0.00 0.01 0.01 0.31 0.11 0.23 0.12
C3' 0.02 0.19 0.00 0.00 0.12 0.00 0.20 0.02 0.22 0.09 0.16 0.13 0.31 0.01 0.01 0.02 0.39 0.31 0.16 0.30
C4 0.02 0.01 0.07 0.12 0.00 0.07 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.16 0.03 0.41 0.81 0.60 0.17
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.05 0.04 0.10 0.08 0.11 0.07 0.02 0.00 0.02 0.09 0.41 0.10
C5 0.01 0.01 0.14 0.20 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.24 0.06 0.46 0.77 0.60 0.16
C5' 0.03 0.20 0.02 0.02 0.19 0.01 0.11 0.00 0.06 0.10 0.23 0.21 0.21 0.07 0.04 0.01 0.01 0.14 0.34 0.01
C6 0.01 0.01 0.16 0.22 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.24 0.07 0.45 0.64 0.54 0.14
N1 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.08 0.02 0.34 0.56 0.50 0.14
N3 0.03 0.00 0.10 0.16 0.00 0.10 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.18 0.03 0.36 0.75 0.54 0.17
N4 0.02 0.01 0.08 0.13 0.00 0.08 0.00 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.18 0.03 0.42 0.88 0.66 0.18
O2 0.05 0.01 0.28 0.31 0.01 0.11 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.15 0.34 0.07 0.26 0.57 0.46 0.17
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.06 0.07 0.10 0.07 0.09 0.03 0.05 0.07 0.15 0.00 0.07 0.04 0.17 0.18 0.36 0.05
O3' 0.02 0.19 0.01 0.01 0.16 0.02 0.24 0.04 0.24 0.08 0.18 0.18 0.34 0.07 0.00 0.04 0.35 0.63 0.28 0.42
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.03 0.03 0.07 0.04 0.04 0.00 0.15 0.49 0.73 0.32
O5' 0.21 0.32 0.31 0.39 0.41 0.02 0.46 0.01 0.45 0.34 0.36 0.42 0.26 0.17 0.35 0.15 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.42 0.64 0.11 0.31 0.81 0.09 0.77 0.14 0.64 0.56 0.75 0.88 0.57 0.18 0.63 0.49 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.55 0.49 0.23 0.16 0.60 0.41 0.60 0.34 0.54 0.50 0.54 0.66 0.46 0.36 0.28 0.73 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.16 0.12 0.30 0.17 0.10 0.16 0.01 0.14 0.14 0.17 0.18 0.17 0.05 0.42 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00