ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53200

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.003, 0.005, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.003, 0.006, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.005
O6 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N2 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.010
O4' A 0, 0.030, 0.120, 0.210, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.120 std_dev=0.090
C4 B 0, 0.175, 0.283, 0.390, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.283 std_dev=0.108
N3 B 0, 0.149, 0.259, 0.370, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.259 std_dev=0.110
C2' A 0, 0.039, 0.151, 0.263, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.151 std_dev=0.112
C2 B 0, 0.133, 0.252, 0.370, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.252 std_dev=0.119
N4 B 0, 0.191, 0.313, 0.435, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.313 std_dev=0.122
C5 B 0, 0.189, 0.312, 0.435, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.312 std_dev=0.123
N1 B 0, 0.157, 0.281, 0.405, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.281 std_dev=0.124
O2 B 0, 0.138, 0.264, 0.390, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.264 std_dev=0.126
C6 B 0, 0.186, 0.316, 0.446, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.316 std_dev=0.130
C4' A 0, 0.060, 0.201, 0.342, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.201 std_dev=0.141
C3' B 0, 0.141, 0.284, 0.427, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.284 std_dev=0.143
O4' B 0, 0.103, 0.250, 0.398, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.250 std_dev=0.147
C1' B 0, 0.156, 0.303, 0.451, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.303 std_dev=0.148
C5' B 0, 0.111, 0.264, 0.416, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.264 std_dev=0.152
C4' B 0, 0.097, 0.253, 0.408, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.253 std_dev=0.156
O2' A 0, 0.057, 0.221, 0.384, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.221 std_dev=0.163
C3' A 0, 0.068, 0.237, 0.406, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.237 std_dev=0.169
C2' B 0, 0.154, 0.323, 0.492, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.323 std_dev=0.169
O5' B 0, 0.169, 0.384, 0.598, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.384 std_dev=0.215
O3' B 0, 0.154, 0.389, 0.624, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.389 std_dev=0.235
C5' A 0, 0.105, 0.352, 0.599, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.352 std_dev=0.247
O3' A 0, 0.109, 0.367, 0.625, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.367 std_dev=0.258
P B 0, 0.224, 0.496, 0.767, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.496 std_dev=0.272
O5' A 0, 0.135, 0.413, 0.690, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.413 std_dev=0.278
OP2 B 0, 0.249, 0.533, 0.817, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.533 std_dev=0.284
O2' B 0, 0.176, 0.466, 0.755, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.466 std_dev=0.290
OP1 A 0, 0.209, 0.547, 0.886, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.547 std_dev=0.339
P A 0, 0.179, 0.531, 0.882, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.531 std_dev=0.351
OP1 B 0, 0.266, 0.625, 0.983, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.625 std_dev=0.358
OP2 A 0, 0.178, 0.652, 1.127, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.652 std_dev=0.474

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.19 0.10
C2 0.01 0.00 0.09 0.08 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.11 0.01 0.03 0.00 0.06 0.13 0.05
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.07 0.11 0.10 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.18 0.05
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.10 0.05 0.10 0.08 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.07 0.09 0.04
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.08 0.03
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.07 0.02 0.05 0.03 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.12 0.07
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.11 0.00 0.09 0.06 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.09 0.13 0.06 0.02 0.02 0.13 0.07 0.02 0.02 0.00 0.00 0.11 0.08 0.06 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.11 0.00 0.10 0.07 0.09
C8 0.00 0.00 0.05 0.10 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.12 0.02 0.15 0.01 0.08 0.09 0.11
N1 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.01 0.06 0.00 0.07 0.06 0.04
N2 0.01 0.00 0.11 0.10 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.15 0.02 0.03 0.01 0.08 0.18 0.09
N3 0.01 0.00 0.10 0.08 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.10 0.01 0.02 0.00 0.08 0.16 0.07
N7 0.00 0.00 0.03 0.09 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.13 0.13 0.15
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.06 0.08 0.03
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.08 0.14 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.10 0.29 0.12
O3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.12 0.07 0.15 0.10 0.10 0.04 0.01 0.00 0.00 0.07 0.04 0.14 0.11 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.20 0.17 0.12
O5' 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.01 0.11 0.00 0.11 0.15 0.06 0.03 0.02 0.17 0.07 0.04 0.07 0.03 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.14 0.00 0.15 0.12 0.14
OP1 0.13 0.06 0.05 0.07 0.05 0.10 0.09 0.08 0.10 0.08 0.07 0.08 0.08 0.13 0.06 0.10 0.14 0.20 0.01 0.15 0.00 0.00 0.00
OP2 0.19 0.13 0.18 0.09 0.08 0.12 0.06 0.06 0.07 0.09 0.06 0.18 0.16 0.13 0.08 0.29 0.11 0.17 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.05 0.05 0.04 0.03 0.07 0.09 0.00 0.09 0.11 0.04 0.09 0.07 0.15 0.03 0.12 0.07 0.12 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.07 0.06 0.05 0.13 0.06 0.18 0.10 0.18 0.11 0.09 0.13 0.07 0.08 0.06 0.06 0.12 0.11 0.12 0.10
C2 0.09 0.09 0.11 0.09 0.09 0.08 0.14 0.09 0.14 0.09 0.11 0.10 0.11 0.13 0.09 0.08 0.11 0.16 0.21 0.17
C2' 0.12 0.07 0.09 0.08 0.13 0.07 0.22 0.09 0.22 0.13 0.08 0.13 0.09 0.11 0.09 0.10 0.10 0.08 0.11 0.08
C3' 0.09 0.07 0.06 0.05 0.08 0.05 0.15 0.09 0.16 0.08 0.08 0.09 0.14 0.09 0.07 0.06 0.11 0.09 0.10 0.07
C4 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.14 0.08 0.12 0.06 0.07 0.09 0.09 0.08 0.06 0.06 0.09 0.10 0.16 0.11
C4' 0.07 0.07 0.05 0.05 0.06 0.08 0.10 0.13 0.11 0.06 0.08 0.07 0.13 0.09 0.06 0.05 0.15 0.14 0.14 0.12
C5 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.13 0.08 0.11 0.06 0.08 0.10 0.11 0.07 0.07 0.06 0.09 0.10 0.16 0.11
C5' 0.08 0.15 0.08 0.08 0.10 0.11 0.06 0.14 0.06 0.08 0.16 0.12 0.22 0.10 0.08 0.10 0.15 0.14 0.17 0.14
C6 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.06 0.12 0.07 0.11 0.07 0.10 0.09 0.12 0.09 0.07 0.06 0.08 0.12 0.18 0.13
C8 0.07 0.07 0.07 0.07 0.13 0.09 0.16 0.12 0.14 0.08 0.09 0.15 0.10 0.09 0.07 0.08 0.13 0.12 0.14 0.11
N1 0.08 0.09 0.10 0.08 0.08 0.06 0.12 0.08 0.12 0.08 0.10 0.09 0.11 0.12 0.08 0.07 0.10 0.15 0.21 0.15
N2 0.11 0.11 0.14 0.11 0.11 0.11 0.15 0.12 0.15 0.11 0.12 0.12 0.12 0.17 0.11 0.11 0.15 0.21 0.25 0.21
N3 0.09 0.09 0.11 0.08 0.09 0.08 0.14 0.08 0.14 0.09 0.10 0.10 0.10 0.12 0.08 0.08 0.10 0.13 0.18 0.14
N7 0.07 0.08 0.08 0.07 0.12 0.09 0.15 0.10 0.12 0.08 0.09 0.15 0.11 0.08 0.08 0.08 0.11 0.11 0.14 0.11
N9 0.06 0.04 0.06 0.06 0.10 0.06 0.16 0.10 0.14 0.07 0.06 0.12 0.08 0.06 0.06 0.06 0.11 0.10 0.13 0.10
O2' 0.19 0.12 0.15 0.14 0.19 0.13 0.28 0.11 0.30 0.20 0.13 0.18 0.09 0.16 0.15 0.18 0.10 0.07 0.12 0.08
O3' 0.12 0.06 0.10 0.09 0.08 0.08 0.17 0.08 0.19 0.11 0.08 0.09 0.14 0.13 0.12 0.10 0.10 0.08 0.09 0.06
O4' 0.05 0.06 0.06 0.09 0.07 0.13 0.08 0.18 0.08 0.05 0.07 0.08 0.09 0.05 0.07 0.10 0.18 0.17 0.17 0.16
O5' 0.14 0.08 0.15 0.11 0.07 0.07 0.09 0.08 0.13 0.10 0.10 0.08 0.13 0.22 0.14 0.09 0.08 0.08 0.12 0.07
O6 0.08 0.10 0.09 0.07 0.10 0.06 0.12 0.07 0.11 0.08 0.11 0.11 0.13 0.10 0.09 0.07 0.08 0.12 0.18 0.13
OP1 0.40 0.26 0.44 0.36 0.21 0.24 0.28 0.18 0.33 0.34 0.19 0.17 0.25 0.58 0.39 0.27 0.13 0.11 0.18 0.14
OP2 0.38 0.13 0.45 0.43 0.12 0.36 0.23 0.32 0.30 0.27 0.09 0.09 0.09 0.50 0.43 0.33 0.31 0.30 0.28 0.31
P 0.30 0.12 0.34 0.29 0.11 0.20 0.19 0.15 0.24 0.22 0.09 0.09 0.09 0.43 0.31 0.22 0.11 0.10 0.13 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.06 0.15 0.06
C2 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.06 0.04 0.06 0.14 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.07 0.00 0.01 0.00 0.04 0.11 0.20 0.11
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.09 0.19 0.09
C4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.11 0.15 0.21 0.16
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.10 0.03 0.03 0.05 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.11 0.04
C5 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.06 0.18 0.22 0.25 0.22
C5' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.10 0.00 0.16 0.00 0.16 0.06 0.06 0.11 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.02 0.08 0.18 0.19 0.21 0.19
N1 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.09 0.14 0.09
N3 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.05 0.06 0.08 0.16 0.10
N4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.13 0.18 0.24 0.19
O2 0.01 0.00 0.07 0.03 0.00 0.09 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.07 0.12 0.09 0.08 0.14 0.09
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.08 0.01 0.08 0.04 0.15 0.00 0.02 0.01 0.04 0.14 0.24 0.14
O3' 0.03 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.07 0.02 0.00 0.02 0.04 0.07 0.19 0.08
O4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.05 0.02 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.09 0.02
O5' 0.03 0.04 0.04 0.03 0.11 0.01 0.18 0.00 0.18 0.07 0.06 0.13 0.09 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.06 0.06 0.11 0.09 0.15 0.03 0.22 0.02 0.19 0.09 0.08 0.18 0.08 0.14 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 0.14 0.20 0.19 0.21 0.11 0.25 0.03 0.21 0.14 0.16 0.24 0.14 0.24 0.19 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.07 0.11 0.09 0.16 0.04 0.22 0.01 0.19 0.09 0.10 0.19 0.09 0.14 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00