ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53202

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 2, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, -0.001, 0.006, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.006 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.001, 0.015, 0.029, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.014
C5 A 0, -0.003, 0.011, 0.025, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.011 std_dev=0.014
N1 A 0, -0.001, 0.013, 0.028, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.013 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.001, 0.018, 0.034, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C4 A 0, -0.004, 0.015, 0.033, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.015 std_dev=0.018
N9 A 0, -0.003, 0.016, 0.035, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.016 std_dev=0.019
O6 A 0, -0.003, 0.018, 0.039, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.018 std_dev=0.021
N7 A 0, -0.009, 0.023, 0.054, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.023 std_dev=0.031
C8 A 0, -0.012, 0.028, 0.068, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.028 std_dev=0.040
O4' A 0, 0.045, 0.109, 0.173, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.109 std_dev=0.064
C2' A 0, 0.020, 0.087, 0.154, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.087 std_dev=0.067
O2' A 0, 0.042, 0.131, 0.221, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.131 std_dev=0.089
C3' A 0, 0.047, 0.148, 0.249, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.148 std_dev=0.101
C4' A 0, 0.071, 0.172, 0.274, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.172 std_dev=0.101
P B 0, 0.092, 0.248, 0.404, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.248 std_dev=0.156
O5' B 0, 0.121, 0.282, 0.443, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.282 std_dev=0.161
O3' A 0, 0.030, 0.200, 0.369, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.200 std_dev=0.170
OP1 B 0, 0.082, 0.253, 0.424, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.253 std_dev=0.171
O5' A 0, 0.137, 0.317, 0.496, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.317 std_dev=0.180
N4 B 0, 0.046, 0.230, 0.413, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.230 std_dev=0.184
C5' A 0, 0.127, 0.311, 0.495, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.311 std_dev=0.184
OP2 B 0, 0.119, 0.307, 0.494, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.307 std_dev=0.188
C5' B 0, 0.132, 0.328, 0.524, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.328 std_dev=0.196
C4 B 0, 0.063, 0.269, 0.476, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.269 std_dev=0.206
C4' B 0, 0.135, 0.350, 0.564, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.350 std_dev=0.214
N3 B 0, 0.085, 0.302, 0.518, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.302 std_dev=0.217
O4' B 0, 0.127, 0.359, 0.591, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.359 std_dev=0.232
C5 B 0, 0.068, 0.309, 0.551, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.309 std_dev=0.242
C2 B 0, 0.104, 0.351, 0.597, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.351 std_dev=0.246
N1 B 0, 0.097, 0.349, 0.601, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.349 std_dev=0.252
C6 B 0, 0.080, 0.340, 0.600, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.340 std_dev=0.260
C1' B 0, 0.119, 0.382, 0.646, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.382 std_dev=0.264
C3' B 0, 0.137, 0.411, 0.686, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.411 std_dev=0.274
P A 0, 0.183, 0.463, 0.744, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.463 std_dev=0.281
O2 B 0, 0.135, 0.417, 0.698, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.417 std_dev=0.282
C2' B 0, 0.133, 0.446, 0.759, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.446 std_dev=0.313
O2' B 0, 0.142, 0.475, 0.808, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.475 std_dev=0.333
O3' B 0, 0.130, 0.467, 0.804, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.467 std_dev=0.337
OP2 A 0, 0.196, 0.538, 0.881, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.538 std_dev=0.342
OP1 A 0, 0.267, 0.671, 1.075, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.671 std_dev=0.404

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.13 0.06
C2 0.03 0.00 0.03 0.06 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.05 0.08 0.00 0.17 0.20 0.14
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.10 0.04
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.05 0.07 0.05
C4 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.08 0.00 0.12 0.20 0.12
C4' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.10 0.05 0.10 0.08 0.06 0.07 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.11 0.03 0.07 0.03
C5 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.13 0.00 0.20 0.26 0.19
C5' 0.02 0.14 0.01 0.01 0.12 0.00 0.17 0.00 0.19 0.12 0.18 0.13 0.11 0.16 0.09 0.04 0.06 0.01 0.02 0.22 0.04 0.04 0.02
C6 0.02 0.00 0.02 0.05 0.00 0.10 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.05 0.15 0.00 0.24 0.29 0.22
C8 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.12 0.01 0.14 0.21 0.15
N1 0.03 0.00 0.02 0.06 0.01 0.10 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.05 0.12 0.00 0.22 0.25 0.18
N2 0.03 0.00 0.04 0.06 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.05 0.07 0.01 0.17 0.19 0.14
N3 0.03 0.00 0.03 0.04 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.04 0.05 0.01 0.12 0.18 0.11
N7 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.15 0.01 0.21 0.27 0.21
N9 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.09 0.17 0.10
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.09 0.04
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.05 0.02 0.05 0.05 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.05 0.10 0.08 0.09
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.12 0.05
O5' 0.02 0.08 0.02 0.04 0.08 0.01 0.13 0.02 0.15 0.12 0.12 0.07 0.05 0.15 0.07 0.04 0.06 0.01 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.00 0.02 0.06 0.00 0.11 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.06 0.18 0.00 0.30 0.33 0.26
OP1 0.03 0.17 0.02 0.05 0.12 0.03 0.20 0.04 0.24 0.14 0.22 0.17 0.12 0.21 0.09 0.05 0.10 0.01 0.01 0.30 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.20 0.10 0.07 0.20 0.07 0.26 0.04 0.29 0.21 0.25 0.19 0.18 0.27 0.17 0.09 0.08 0.12 0.01 0.33 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.14 0.04 0.05 0.12 0.03 0.19 0.02 0.22 0.15 0.18 0.14 0.11 0.21 0.10 0.04 0.09 0.05 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.18 0.07 0.05 0.13 0.07 0.12 0.05 0.09 0.10 0.17 0.14 0.24 0.07 0.04 0.08 0.11 0.06 0.03 0.04
C2 0.16 0.10 0.18 0.17 0.06 0.16 0.11 0.14 0.13 0.12 0.07 0.08 0.13 0.18 0.18 0.18 0.08 0.03 0.03 0.03
C2' 0.02 0.12 0.01 0.01 0.12 0.05 0.14 0.04 0.12 0.08 0.12 0.13 0.17 0.04 0.04 0.03 0.11 0.08 0.01 0.06
C3' 0.02 0.13 0.03 0.04 0.12 0.07 0.12 0.06 0.11 0.07 0.13 0.13 0.18 0.06 0.08 0.04 0.03 0.00 0.05 0.00
C4 0.12 0.11 0.10 0.09 0.07 0.12 0.08 0.09 0.06 0.08 0.09 0.09 0.16 0.11 0.08 0.15 0.09 0.03 0.05 0.03
C4' 0.03 0.17 0.02 0.02 0.14 0.06 0.12 0.06 0.09 0.08 0.18 0.15 0.23 0.04 0.06 0.03 0.04 0.03 0.07 0.02
C5 0.14 0.12 0.12 0.09 0.05 0.12 0.09 0.09 0.11 0.12 0.08 0.06 0.14 0.13 0.08 0.17 0.08 0.03 0.05 0.03
C5' 0.04 0.21 0.03 0.03 0.18 0.06 0.13 0.07 0.10 0.11 0.23 0.20 0.26 0.04 0.07 0.03 0.04 0.13 0.12 0.08
C6 0.19 0.14 0.18 0.15 0.10 0.15 0.16 0.12 0.18 0.17 0.10 0.07 0.14 0.18 0.13 0.20 0.08 0.03 0.04 0.03
C8 0.09 0.15 0.08 0.06 0.09 0.08 0.05 0.06 0.03 0.08 0.15 0.11 0.19 0.09 0.05 0.11 0.09 0.04 0.05 0.03
N1 0.19 0.12 0.20 0.18 0.08 0.17 0.15 0.13 0.18 0.16 0.08 0.07 0.13 0.20 0.18 0.20 0.08 0.03 0.03 0.03
N2 0.16 0.10 0.20 0.20 0.07 0.17 0.11 0.15 0.13 0.12 0.07 0.08 0.12 0.21 0.23 0.17 0.09 0.03 0.01 0.03
N3 0.12 0.10 0.13 0.12 0.07 0.14 0.10 0.12 0.08 0.08 0.09 0.09 0.15 0.14 0.13 0.15 0.09 0.03 0.04 0.03
N7 0.12 0.12 0.09 0.06 0.04 0.10 0.05 0.07 0.07 0.10 0.10 0.06 0.15 0.10 0.05 0.14 0.09 0.03 0.05 0.03
N9 0.08 0.15 0.07 0.06 0.11 0.08 0.09 0.06 0.04 0.08 0.14 0.12 0.20 0.08 0.05 0.11 0.09 0.04 0.05 0.03
O2' 0.06 0.13 0.04 0.03 0.14 0.04 0.15 0.05 0.14 0.11 0.13 0.14 0.17 0.01 0.03 0.05 0.14 0.14 0.05 0.10
O3' 0.05 0.12 0.05 0.06 0.12 0.07 0.13 0.06 0.12 0.08 0.13 0.13 0.16 0.09 0.11 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00
O4' 0.07 0.20 0.06 0.03 0.14 0.05 0.11 0.05 0.08 0.11 0.20 0.14 0.28 0.05 0.03 0.06 0.07 0.01 0.07 0.01
O5' 0.07 0.23 0.06 0.06 0.20 0.08 0.13 0.10 0.09 0.12 0.26 0.22 0.30 0.05 0.08 0.06 0.04 0.12 0.17 0.09
O6 0.20 0.16 0.20 0.16 0.14 0.16 0.20 0.12 0.22 0.20 0.13 0.10 0.15 0.20 0.14 0.21 0.08 0.03 0.04 0.03
OP1 0.05 0.25 0.03 0.05 0.23 0.08 0.14 0.13 0.10 0.12 0.30 0.26 0.32 0.03 0.10 0.04 0.09 0.24 0.24 0.17
OP2 0.11 0.27 0.09 0.07 0.27 0.08 0.20 0.11 0.16 0.17 0.31 0.30 0.31 0.08 0.09 0.08 0.07 0.20 0.23 0.14
P 0.07 0.26 0.05 0.02 0.23 0.06 0.15 0.11 0.11 0.14 0.30 0.27 0.32 0.02 0.07 0.04 0.06 0.20 0.23 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.08 0.02 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.13 0.16 0.07 0.12
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.02 0.07 0.04 0.05 0.08 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.02 0.11 0.12 0.11 0.11
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.11 0.04 0.10 0.12 0.14 0.12
C5' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.06 0.00 0.09 0.00 0.08 0.03 0.05 0.07 0.07 0.04 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02
C6 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.04 0.09 0.10 0.11 0.10
N1 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.09 0.11 0.05 0.08
N3 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.13 0.15 0.08 0.12
N4 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.10 0.02 0.11 0.12 0.12 0.12
O2 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.06 0.18 0.22 0.11 0.17
O2' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.04 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04
O3' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.09 0.02 0.11 0.05 0.09 0.04 0.05 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.09 0.07 0.10
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.06 0.02 0.01 0.00 0.07 0.09 0.01 0.04
O5' 0.05 0.13 0.01 0.02 0.11 0.01 0.10 0.01 0.09 0.09 0.13 0.11 0.18 0.04 0.09 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.08 0.16 0.04 0.02 0.12 0.03 0.12 0.02 0.10 0.11 0.15 0.12 0.22 0.01 0.09 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.07 0.02 0.03 0.11 0.01 0.14 0.01 0.11 0.05 0.08 0.12 0.11 0.04 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.12 0.01 0.03 0.11 0.02 0.12 0.02 0.10 0.08 0.12 0.12 0.17 0.04 0.10 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00