ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53204

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N2 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.006, 0.040, 0.073, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.040 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.009, 0.058, 0.107, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.058 std_dev=0.049
O2' A 0, 0.022, 0.086, 0.150, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.086 std_dev=0.064
C4' A 0, -0.007, 0.067, 0.141, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.067 std_dev=0.074
C5' A 0, -0.001, 0.085, 0.171, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.085 std_dev=0.086
O5' A 0, 0.012, 0.099, 0.185, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.099 std_dev=0.087
C3' A 0, -0.012, 0.087, 0.186, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.087 std_dev=0.099
P A 0, 0.026, 0.131, 0.236, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.131 std_dev=0.105
O3' A 0, -0.017, 0.160, 0.337, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.160 std_dev=0.177
C2' B 0, 0.044, 0.277, 0.510, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.277 std_dev=0.233
N1 B 0, 0.055, 0.298, 0.542, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.298 std_dev=0.244
C1' B 0, 0.031, 0.287, 0.542, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.287 std_dev=0.255
O4' B 0, 0.126, 0.410, 0.693, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.410 std_dev=0.284
C2 B 0, 0.032, 0.316, 0.601, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.316 std_dev=0.284
O2' B 0, 0.134, 0.419, 0.705, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.419 std_dev=0.285
C3' B 0, 0.074, 0.409, 0.744, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.409 std_dev=0.335
O2 B 0, 0.077, 0.415, 0.752, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.415 std_dev=0.337
C6 B 0, 0.080, 0.438, 0.796, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.438 std_dev=0.358
N3 B 0, 0.027, 0.397, 0.768, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.397 std_dev=0.370
O3' B 0, 0.052, 0.458, 0.864, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.458 std_dev=0.406
C4 B 0, 0.031, 0.450, 0.869, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.450 std_dev=0.419
C4' B 0, 0.104, 0.528, 0.952, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.528 std_dev=0.424
O5' B 0, 0.135, 0.565, 0.996, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.565 std_dev=0.431
C5 B 0, 0.053, 0.495, 0.937, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.495 std_dev=0.442
N4 B 0, 0.023, 0.562, 1.100, 1.666 max_d=1.666 avg_d=0.562 std_dev=0.538
P B 0, 0.137, 0.708, 1.279, 1.624 max_d=1.624 avg_d=0.708 std_dev=0.571
C5' B 0, 0.046, 0.726, 1.406, 1.783 max_d=1.783 avg_d=0.726 std_dev=0.680
OP1 B 0, -0.011, 0.856, 1.724, 2.481 max_d=2.481 avg_d=0.856 std_dev=0.867
OP2 B 0, 0.197, 1.265, 2.332, 2.907 max_d=2.907 avg_d=1.265 std_dev=1.067
OP2 A 0, 0.659, 1.820, 2.980, 2.787 max_d=2.787 avg_d=1.820 std_dev=1.161
OP1 A 0, 0.670, 1.849, 3.029, 2.800 max_d=2.800 avg_d=1.849 std_dev=1.180

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.24 0.23 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.12 0.03 0.07 0.00 0.18 0.12 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.07 0.03
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.07 0.03 0.08 0.08 0.08 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.15 0.15 0.02
C4 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.04 0.00 0.21 0.20 0.03
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.05 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.04 0.00 0.30 0.31 0.05
C5' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.02 0.07 0.10 0.07 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.24 0.23 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.01 0.05 0.00 0.23 0.25 0.04
C8 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.44 0.42 0.07
N1 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.12 0.02 0.06 0.00 0.15 0.12 0.04
N2 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.14 0.03 0.09 0.00 0.34 0.28 0.07
N3 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.03 0.06 0.00 0.13 0.08 0.03
N7 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.43 0.43 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.30 0.29 0.05
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.07 0.03
O3' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.10 0.03 0.12 0.14 0.10 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.27 0.25 0.01
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.23 0.04
O5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.06 0.09 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.01 0.05 0.00 0.27 0.30 0.05
OP1 0.24 0.18 0.07 0.15 0.21 0.05 0.30 0.24 0.23 0.44 0.15 0.34 0.13 0.43 0.30 0.08 0.27 0.23 0.01 0.27 0.00 0.00 0.00
OP2 0.23 0.12 0.07 0.15 0.20 0.05 0.31 0.23 0.25 0.42 0.12 0.28 0.08 0.43 0.29 0.07 0.25 0.23 0.01 0.30 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.00 0.04 0.07 0.04 0.07 0.03 0.07 0.05 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.17 0.13 0.11 0.16 0.11 0.13 0.11 0.15 0.13 0.19 0.18 0.19 0.18 0.11 0.13 0.41 0.86 0.61 0.53
C2 0.16 0.18 0.17 0.14 0.11 0.13 0.27 0.23 0.26 0.13 0.15 0.13 0.31 0.22 0.14 0.12 0.42 0.72 0.27 0.34
C2' 0.19 0.21 0.17 0.13 0.24 0.18 0.21 0.16 0.21 0.19 0.25 0.27 0.21 0.22 0.15 0.18 0.37 0.88 0.54 0.50
C3' 0.21 0.21 0.19 0.18 0.23 0.23 0.22 0.29 0.24 0.20 0.25 0.26 0.22 0.23 0.20 0.21 0.36 0.89 0.42 0.43
C4 0.13 0.13 0.14 0.11 0.07 0.11 0.12 0.11 0.14 0.08 0.12 0.09 0.20 0.19 0.12 0.11 0.45 0.76 0.45 0.44
C4' 0.17 0.18 0.16 0.13 0.18 0.16 0.19 0.18 0.22 0.16 0.21 0.20 0.22 0.20 0.14 0.16 0.37 0.88 0.48 0.46
C5 0.09 0.08 0.12 0.12 0.14 0.15 0.17 0.15 0.16 0.08 0.11 0.16 0.15 0.18 0.15 0.12 0.43 0.68 0.45 0.41
C5' 0.17 0.17 0.16 0.14 0.15 0.16 0.22 0.22 0.24 0.15 0.19 0.16 0.23 0.19 0.15 0.16 0.39 0.89 0.42 0.43
C6 0.10 0.11 0.13 0.11 0.25 0.12 0.28 0.12 0.25 0.14 0.17 0.27 0.16 0.21 0.14 0.12 0.41 0.63 0.34 0.35
C8 0.06 0.08 0.09 0.16 0.08 0.20 0.07 0.29 0.07 0.04 0.10 0.09 0.11 0.15 0.17 0.12 0.43 0.73 0.65 0.51
N1 0.12 0.08 0.15 0.12 0.24 0.10 0.33 0.17 0.29 0.13 0.11 0.27 0.25 0.23 0.13 0.10 0.41 0.66 0.26 0.32
N2 0.17 0.24 0.18 0.17 0.14 0.17 0.32 0.32 0.28 0.16 0.23 0.14 0.37 0.23 0.16 0.14 0.40 0.72 0.23 0.30
N3 0.17 0.20 0.16 0.13 0.10 0.13 0.16 0.19 0.20 0.14 0.19 0.11 0.28 0.21 0.13 0.13 0.44 0.78 0.36 0.40
N7 0.07 0.09 0.10 0.16 0.13 0.23 0.13 0.28 0.11 0.08 0.12 0.15 0.11 0.15 0.19 0.15 0.42 0.67 0.57 0.45
N9 0.11 0.12 0.12 0.12 0.09 0.12 0.07 0.15 0.10 0.08 0.13 0.11 0.17 0.17 0.12 0.11 0.44 0.80 0.58 0.50
O2' 0.19 0.23 0.17 0.14 0.28 0.17 0.27 0.14 0.24 0.21 0.27 0.32 0.21 0.22 0.14 0.19 0.30 0.87 0.63 0.53
O3' 0.24 0.24 0.23 0.24 0.29 0.31 0.29 0.40 0.29 0.24 0.28 0.32 0.23 0.27 0.27 0.26 0.28 0.86 0.38 0.38
O4' 0.14 0.17 0.14 0.11 0.14 0.11 0.14 0.09 0.17 0.13 0.18 0.15 0.22 0.18 0.11 0.12 0.41 0.87 0.57 0.51
O5' 0.14 0.15 0.14 0.11 0.12 0.11 0.21 0.14 0.22 0.13 0.16 0.13 0.24 0.18 0.11 0.12 0.40 0.88 0.47 0.46
O6 0.12 0.21 0.12 0.12 0.34 0.15 0.33 0.14 0.27 0.21 0.29 0.37 0.16 0.21 0.16 0.14 0.38 0.57 0.33 0.32
OP1 0.20 0.20 0.21 0.17 0.37 0.22 0.32 0.18 0.25 0.15 0.33 0.50 0.22 0.33 0.22 0.20 0.36 0.85 0.45 0.45
OP2 0.20 0.25 0.19 0.16 0.31 0.18 0.40 0.19 0.31 0.20 0.25 0.39 0.38 0.25 0.17 0.18 0.49 0.91 0.46 0.48
P 0.15 0.16 0.15 0.11 0.12 0.11 0.23 0.13 0.22 0.12 0.15 0.14 0.27 0.20 0.11 0.11 0.43 0.88 0.46 0.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.30 0.40 0.22 0.25
C2 0.00 0.00 0.07 0.10 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.02 0.42 0.56 0.27 0.33
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.05 0.02 0.13 0.00 0.01 0.00 0.14 0.17 0.13 0.09
C3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.06 0.05 0.10 0.09 0.13 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.16 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.07 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.55 0.72 0.41 0.46
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.19 0.03
C5 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.08 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.04 0.60 0.73 0.45 0.50
C5' 0.04 0.12 0.02 0.01 0.20 0.00 0.22 0.00 0.19 0.12 0.16 0.22 0.08 0.01 0.03 0.02 0.00 0.18 0.30 0.01
C6 0.00 0.00 0.06 0.06 0.00 0.07 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.05 0.57 0.65 0.40 0.46
N1 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.44 0.54 0.29 0.35
N3 0.00 0.00 0.05 0.10 0.00 0.05 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.02 0.48 0.64 0.34 0.39
N4 0.00 0.00 0.02 0.09 0.00 0.08 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.02 0.57 0.77 0.45 0.48
O2 0.01 0.00 0.13 0.13 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.14 0.05 0.33 0.48 0.21 0.27
O2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.04 0.10 0.00 0.01 0.03 0.04 0.09 0.16 0.05
O3' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.08 0.01 0.07 0.03 0.07 0.04 0.10 0.09 0.14 0.01 0.00 0.01 0.27 0.30 0.31 0.27
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.01 0.00 0.30 0.42 0.27 0.26
O5' 0.30 0.42 0.14 0.04 0.55 0.00 0.60 0.00 0.57 0.44 0.48 0.57 0.33 0.04 0.27 0.30 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.40 0.56 0.17 0.07 0.72 0.15 0.73 0.18 0.65 0.54 0.64 0.77 0.48 0.09 0.30 0.42 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.27 0.13 0.16 0.41 0.19 0.45 0.30 0.40 0.29 0.34 0.45 0.21 0.16 0.31 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.25 0.33 0.09 0.03 0.46 0.03 0.50 0.01 0.46 0.35 0.39 0.48 0.27 0.05 0.27 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00