ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53205

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, -0.002, 0.006, 0.014, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.006 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, -0.002, 0.014, 0.031, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.014 std_dev=0.016
N3 A 0, -0.003, 0.016, 0.034, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.016 std_dev=0.019
C4 A 0, -0.004, 0.015, 0.035, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.015 std_dev=0.019
N1 A 0, -0.004, 0.016, 0.035, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.016 std_dev=0.020
C5 A 0, -0.004, 0.016, 0.037, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.016 std_dev=0.020
C1' A 0, -0.004, 0.017, 0.037, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.017 std_dev=0.021
N7 A 0, -0.003, 0.025, 0.053, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.025 std_dev=0.028
N9 A 0, -0.004, 0.024, 0.052, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.024 std_dev=0.028
C8 A 0, -0.002, 0.027, 0.055, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.027 std_dev=0.029
O6 A 0, -0.008, 0.024, 0.057, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.024 std_dev=0.033
C2 B 0, 0.150, 0.531, 0.912, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.531 std_dev=0.381
O2 B 0, 0.157, 0.539, 0.921, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.539 std_dev=0.382
N1 B 0, 0.156, 0.546, 0.935, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.546 std_dev=0.389
C6 B 0, 0.175, 0.595, 1.015, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.595 std_dev=0.420
C5 B 0, 0.190, 0.637, 1.084, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.637 std_dev=0.447
C1' B 0, 0.161, 0.675, 1.189, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.675 std_dev=0.514
N3 B 0, 0.132, 0.651, 1.171, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.651 std_dev=0.519
C4 B 0, 0.155, 0.706, 1.257, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.706 std_dev=0.551
O2' B 0, 0.227, 0.819, 1.411, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.819 std_dev=0.592
C2' B 0, 0.210, 0.917, 1.624, 1.741 max_d=1.741 avg_d=0.917 std_dev=0.707
N4 B 0, 0.107, 0.875, 1.643, 1.954 max_d=1.954 avg_d=0.875 std_dev=0.768
C2' A 0, -0.080, 0.713, 1.506, 1.824 max_d=1.824 avg_d=0.713 std_dev=0.793
O4' A 0, -0.092, 0.722, 1.537, 1.862 max_d=1.862 avg_d=0.722 std_dev=0.815
O4' B 0, 0.021, 1.080, 2.140, 2.671 max_d=2.671 avg_d=1.080 std_dev=1.060
C3' A 0, -0.192, 0.946, 2.084, 2.562 max_d=2.562 avg_d=0.946 std_dev=1.138
O2' A 0, -0.081, 1.064, 2.210, 2.680 max_d=2.680 avg_d=1.064 std_dev=1.145
C4' A 0, -0.199, 1.058, 2.314, 2.843 max_d=2.843 avg_d=1.058 std_dev=1.257
C3' B 0, 0.091, 1.372, 2.653, 3.091 max_d=3.091 avg_d=1.372 std_dev=1.281
O3' A 0, -0.305, 1.036, 2.377, 2.940 max_d=2.940 avg_d=1.036 std_dev=1.341
C4' B 0, -0.043, 1.424, 2.891, 3.538 max_d=3.538 avg_d=1.424 std_dev=1.467
O3' B 0, -0.001, 1.796, 3.593, 4.269 max_d=4.269 avg_d=1.796 std_dev=1.797
OP1 B 0, 0.235, 2.060, 3.884, 4.763 max_d=4.763 avg_d=2.060 std_dev=1.825
O5' B 0, -0.036, 1.792, 3.620, 4.417 max_d=4.417 avg_d=1.792 std_dev=1.828
C5' A 0, -0.218, 1.613, 3.444, 4.207 max_d=4.207 avg_d=1.613 std_dev=1.831
P B 0, -0.130, 1.778, 3.685, 4.611 max_d=4.611 avg_d=1.778 std_dev=1.907
OP2 B 0, -0.148, 1.805, 3.758, 4.645 max_d=4.645 avg_d=1.805 std_dev=1.953
C5' B 0, -0.175, 1.840, 3.854, 4.646 max_d=4.646 avg_d=1.840 std_dev=2.015
O5' A 0, -0.450, 2.253, 4.957, 6.087 max_d=6.087 avg_d=2.253 std_dev=2.703
P A 0, -0.588, 2.892, 6.372, 7.912 max_d=7.912 avg_d=2.892 std_dev=3.480
OP2 A 0, -0.791, 3.047, 6.884, 8.554 max_d=8.554 avg_d=3.047 std_dev=3.837
OP1 A 0, -0.528, 3.473, 7.474, 9.268 max_d=9.268 avg_d=3.473 std_dev=4.001

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.34 0.01 0.43 0.01 0.17 0.55 0.09
C2 0.03 0.00 0.45 0.25 0.02 0.31 0.02 0.42 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.36 0.16 0.53 0.18 0.01 0.70 1.04 0.47
C2' 0.00 0.45 0.00 0.01 0.24 0.01 0.12 0.22 0.22 0.22 0.35 0.56 0.43 0.10 0.01 0.01 0.02 0.01 0.21 0.18 0.11 0.52 0.04
C3' 0.01 0.25 0.01 0.00 0.29 0.01 0.39 0.02 0.41 0.35 0.33 0.21 0.20 0.42 0.26 0.03 0.01 0.02 0.25 0.47 0.28 0.42 0.03
C4 0.02 0.02 0.24 0.29 0.00 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.28 0.58 0.02 0.11 0.32 0.17
C4' 0.00 0.31 0.01 0.01 0.08 0.00 0.07 0.01 0.04 0.35 0.20 0.42 0.30 0.27 0.10 0.34 0.01 0.00 0.02 0.07 0.06 0.88 0.28
C5 0.01 0.02 0.12 0.39 0.01 0.07 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.22 0.09 0.12 0.92 0.02 0.36 0.33 0.65
C5' 0.06 0.42 0.22 0.02 0.15 0.01 0.05 0.00 0.09 0.37 0.29 0.55 0.40 0.30 0.05 0.11 0.23 0.01 0.01 0.08 0.30 0.42 0.02
C6 0.01 0.01 0.22 0.41 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.11 0.10 0.23 0.79 0.01 0.15 0.17 0.46
C8 0.02 0.02 0.22 0.35 0.01 0.35 0.01 0.37 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.59 0.13 0.29 1.37 0.04 1.04 0.98 1.28
N1 0.04 0.00 0.35 0.33 0.01 0.20 0.02 0.29 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.15 0.04 0.42 0.43 0.01 0.41 0.51 0.09
N2 0.02 0.00 0.56 0.21 0.02 0.42 0.02 0.55 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.59 0.23 0.63 0.17 0.02 1.09 1.50 0.88
N3 0.04 0.00 0.43 0.20 0.01 0.30 0.02 0.40 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.36 0.22 0.52 0.17 0.02 0.58 1.05 0.43
N7 0.01 0.03 0.10 0.42 0.01 0.27 0.01 0.30 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.52 0.19 0.15 1.34 0.04 0.97 1.12 1.29
N9 0.01 0.02 0.01 0.26 0.00 0.10 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.23 0.07 0.00 0.80 0.02 0.39 0.06 0.50
O2' 0.02 0.36 0.01 0.03 0.04 0.34 0.22 0.11 0.11 0.59 0.15 0.59 0.36 0.52 0.23 0.00 0.02 0.26 0.36 0.20 0.36 0.46 0.13
O3' 0.34 0.16 0.02 0.01 0.07 0.01 0.09 0.23 0.10 0.13 0.04 0.23 0.22 0.19 0.07 0.02 0.00 0.24 0.23 0.19 0.35 0.64 0.13
O4' 0.01 0.53 0.01 0.02 0.28 0.00 0.12 0.01 0.23 0.29 0.42 0.63 0.52 0.15 0.00 0.26 0.24 0.00 0.33 0.15 0.12 0.83 0.08
O5' 0.43 0.18 0.21 0.25 0.58 0.02 0.92 0.01 0.79 1.37 0.43 0.17 0.17 1.34 0.80 0.36 0.23 0.33 0.00 0.97 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.18 0.47 0.02 0.07 0.02 0.08 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.20 0.19 0.15 0.97 0.00 0.35 0.55 0.73
OP1 0.17 0.70 0.11 0.28 0.11 0.06 0.36 0.30 0.15 1.04 0.41 1.09 0.58 0.97 0.39 0.36 0.35 0.12 0.01 0.35 0.00 0.01 0.00
OP2 0.55 1.04 0.52 0.42 0.32 0.88 0.33 0.42 0.17 0.98 0.51 1.50 1.05 1.12 0.06 0.46 0.64 0.83 0.01 0.55 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.47 0.04 0.03 0.17 0.28 0.65 0.02 0.46 1.28 0.09 0.88 0.43 1.29 0.50 0.13 0.13 0.08 0.01 0.73 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.46 0.17 0.21 0.28 0.23 0.74 0.14 0.88 0.24 0.30 0.13 0.54 0.25 0.30 0.22 0.85 0.65 0.34 0.45 0.35
C2 0.48 0.09 0.30 0.52 0.50 0.96 0.24 1.13 0.10 0.20 0.45 0.75 0.08 0.37 0.54 0.97 0.92 0.61 0.70 0.61
C2' 0.22 0.09 0.15 0.16 0.19 0.54 0.12 0.74 0.17 0.14 0.21 0.33 0.08 0.15 0.14 0.60 0.60 0.34 0.56 0.36
C3' 0.45 0.34 0.25 0.28 0.07 0.65 0.11 0.72 0.24 0.34 0.19 0.14 0.45 0.36 0.23 0.73 0.56 0.14 0.32 0.17
C4 0.46 0.10 0.28 0.42 0.42 0.83 0.21 0.99 0.21 0.26 0.31 0.78 0.14 0.33 0.40 0.87 0.80 0.47 0.64 0.50
C4' 1.03 0.95 0.80 0.74 0.58 1.11 0.56 1.09 0.74 0.91 0.79 0.33 1.10 0.96 0.66 1.25 0.86 0.44 0.47 0.44
C5 0.43 0.13 0.35 0.50 0.50 0.84 0.29 1.02 0.23 0.25 0.36 0.85 0.11 0.36 0.49 0.82 0.86 0.51 0.76 0.57
C5' 1.28 1.31 1.11 0.98 1.01 1.25 0.91 1.17 1.04 1.21 1.23 0.85 1.45 1.27 0.91 1.40 0.97 0.51 0.53 0.50
C6 0.44 0.15 0.42 0.63 0.59 0.94 0.36 1.15 0.20 0.22 0.44 0.86 0.10 0.41 0.66 0.86 1.03 0.65 0.93 0.73
C8 0.41 0.15 0.28 0.36 0.36 0.71 0.25 0.86 0.27 0.27 0.24 0.70 0.16 0.32 0.33 0.75 0.67 0.36 0.56 0.39
N1 0.46 0.15 0.39 0.64 0.59 1.02 0.33 1.22 0.10 0.16 0.49 0.81 0.06 0.40 0.68 0.97 1.05 0.68 0.86 0.72
N2 0.50 0.14 0.30 0.54 0.45 1.01 0.22 1.15 0.10 0.19 0.44 0.65 0.13 0.38 0.58 1.00 0.93 0.68 0.68 0.63
N3 0.47 0.08 0.25 0.41 0.42 0.87 0.18 1.02 0.16 0.24 0.34 0.72 0.15 0.33 0.40 0.92 0.82 0.51 0.61 0.51
N7 0.40 0.15 0.34 0.45 0.44 0.74 0.31 0.90 0.27 0.26 0.30 0.79 0.13 0.34 0.43 0.73 0.75 0.43 0.69 0.49
N9 0.44 0.13 0.25 0.34 0.33 0.76 0.19 0.90 0.24 0.27 0.22 0.68 0.18 0.30 0.30 0.82 0.70 0.38 0.54 0.41
O2' 0.19 0.29 0.29 0.19 0.36 0.61 0.17 0.91 0.18 0.15 0.47 0.53 0.34 0.29 0.21 0.65 0.72 0.61 0.78 0.61
O3' 0.82 0.66 0.60 0.65 0.28 1.05 0.32 1.12 0.51 0.66 0.47 0.06 0.83 0.73 0.61 1.12 0.87 0.46 0.59 0.49
O4' 1.05 0.89 0.77 0.72 0.43 1.15 0.49 1.15 0.72 0.89 0.66 0.09 1.04 0.93 0.64 1.31 0.89 0.50 0.48 0.48
O5' 0.80 0.95 0.71 0.47 0.53 0.63 0.30 0.43 0.44 0.73 0.89 0.38 1.19 0.93 0.43 0.78 0.43 0.42 0.37 0.42
O6 0.41 0.20 0.50 0.75 0.58 0.96 0.42 1.21 0.23 0.21 0.43 0.82 0.13 0.45 0.80 0.78 1.15 0.75 1.14 0.89
OP1 2.01 2.23 2.01 1.61 1.69 1.65 1.35 1.28 1.53 1.92 2.17 1.50 2.54 2.32 1.60 1.81 0.93 0.29 0.29 0.26
OP2 1.80 2.08 1.72 1.30 1.25 1.41 0.81 0.99 1.09 1.65 1.94 0.91 2.52 2.07 1.29 1.60 0.68 0.32 0.31 0.25
P 1.42 1.64 1.35 0.97 0.99 1.09 0.64 0.75 0.86 1.30 1.54 0.74 2.00 1.67 0.95 1.28 0.50 0.34 0.41 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.06 0.03 0.00 0.01 0.00 0.16 0.23 0.21 0.16
C2 0.03 0.00 0.20 0.28 0.02 0.07 0.02 0.10 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.30 0.07 0.37 0.32 0.28 0.40
C2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.12 0.03 0.17 0.09 0.35 0.00 0.01 0.01 0.03 0.30 0.22 0.03
C3' 0.03 0.28 0.01 0.00 0.23 0.00 0.11 0.01 0.05 0.14 0.29 0.26 0.34 0.02 0.00 0.01 0.13 0.36 0.21 0.08
C4 0.05 0.02 0.07 0.23 0.00 0.14 0.01 0.22 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.05 0.27 0.07 0.50 0.45 0.44 0.60
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.14 0.00 0.15 0.01 0.14 0.08 0.10 0.17 0.06 0.09 0.01 0.01 0.02 0.25 0.22 0.03
C5 0.05 0.02 0.07 0.11 0.01 0.15 0.00 0.26 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.09 0.13 0.12 0.49 0.44 0.39 0.61
C5' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.22 0.01 0.26 0.00 0.23 0.12 0.15 0.26 0.06 0.09 0.03 0.01 0.01 0.29 0.20 0.01
C6 0.04 0.02 0.12 0.05 0.01 0.14 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.09 0.05 0.15 0.41 0.35 0.25 0.48
N1 0.02 0.01 0.03 0.14 0.04 0.08 0.02 0.12 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.13 0.03 0.33 0.29 0.22 0.35
N3 0.04 0.00 0.17 0.29 0.00 0.10 0.01 0.15 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.33 0.06 0.45 0.39 0.38 0.51
N4 0.06 0.02 0.09 0.26 0.01 0.17 0.02 0.26 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.05 0.32 0.08 0.55 0.52 0.54 0.68
O2 0.03 0.01 0.35 0.34 0.02 0.06 0.04 0.06 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.17 0.38 0.11 0.32 0.30 0.26 0.34
O2' 0.00 0.07 0.00 0.02 0.05 0.09 0.09 0.09 0.09 0.03 0.05 0.05 0.17 0.00 0.03 0.09 0.08 0.26 0.21 0.05
O3' 0.01 0.30 0.01 0.00 0.27 0.01 0.13 0.03 0.05 0.13 0.33 0.32 0.38 0.03 0.00 0.01 0.27 0.46 0.19 0.15
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.15 0.03 0.06 0.08 0.11 0.09 0.01 0.00 0.20 0.29 0.24 0.16
O5' 0.16 0.37 0.03 0.13 0.50 0.02 0.49 0.01 0.41 0.33 0.45 0.55 0.32 0.08 0.27 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.23 0.32 0.30 0.36 0.45 0.25 0.44 0.29 0.35 0.29 0.39 0.52 0.30 0.26 0.46 0.29 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.28 0.22 0.21 0.44 0.22 0.39 0.20 0.25 0.22 0.38 0.54 0.26 0.21 0.19 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.40 0.03 0.08 0.60 0.03 0.61 0.01 0.48 0.35 0.51 0.68 0.34 0.05 0.15 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00