ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53206

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C2 A 0, -0.002, 0.006, 0.015, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.006 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.001, 0.012, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C1' A 0, -0.001, 0.011, 0.023, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.011 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.005, 0.018, 0.032, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.002, 0.021, 0.039, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.021 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.004, 0.025, 0.047, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.025 std_dev=0.021
N1 B 0, 0.101, 0.265, 0.430, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.265 std_dev=0.165
C2 B 0, 0.086, 0.278, 0.469, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.278 std_dev=0.191
O2 B 0, 0.137, 0.362, 0.587, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.362 std_dev=0.225
C1' B 0, 0.113, 0.348, 0.583, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.348 std_dev=0.235
C6 B 0, 0.044, 0.286, 0.528, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.286 std_dev=0.242
N3 B 0, 0.130, 0.376, 0.621, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.376 std_dev=0.245
C5 B 0, 0.132, 0.409, 0.687, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.409 std_dev=0.278
C2' B 0, 0.108, 0.391, 0.675, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.391 std_dev=0.283
C4 B 0, 0.148, 0.447, 0.746, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.447 std_dev=0.299
O4' B 0, 0.134, 0.497, 0.860, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.497 std_dev=0.363
C3' B 0, 0.123, 0.502, 0.881, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.502 std_dev=0.379
O2' B 0, 0.038, 0.447, 0.856, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.447 std_dev=0.409
N4 B 0, 0.189, 0.616, 1.043, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.616 std_dev=0.427
C4' B 0, 0.156, 0.594, 1.031, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.594 std_dev=0.438
O4' A 0, -0.187, 0.253, 0.694, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.253 std_dev=0.440
C2' A 0, -0.188, 0.287, 0.762, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.287 std_dev=0.475
O3' B 0, 0.078, 0.584, 1.090, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.584 std_dev=0.506
C3' A 0, -0.017, 0.531, 1.078, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.531 std_dev=0.548
C4' A 0, 0.024, 0.590, 1.156, 1.711 max_d=1.711 avg_d=0.590 std_dev=0.566
C5' B 0, 0.209, 0.860, 1.512, 1.725 max_d=1.725 avg_d=0.860 std_dev=0.652
O3' A 0, 0.027, 0.773, 1.519, 2.216 max_d=2.216 avg_d=0.773 std_dev=0.746
O2' A 0, -0.237, 0.576, 1.390, 2.372 max_d=2.372 avg_d=0.576 std_dev=0.813
C5' A 0, 0.112, 0.952, 1.793, 2.514 max_d=2.514 avg_d=0.952 std_dev=0.840
O5' B 0, -0.267, 1.169, 2.606, 4.218 max_d=4.218 avg_d=1.169 std_dev=1.436
O5' A 0, -0.052, 1.507, 3.065, 4.676 max_d=4.676 avg_d=1.507 std_dev=1.559
P B 0, -0.658, 1.482, 3.622, 6.112 max_d=6.112 avg_d=1.482 std_dev=2.140
P A 0, -0.577, 1.775, 4.128, 6.869 max_d=6.869 avg_d=1.775 std_dev=2.353
OP2 A 0, -0.538, 1.886, 4.311, 7.095 max_d=7.095 avg_d=1.886 std_dev=2.424
OP2 B 0, -0.999, 1.517, 4.033, 7.057 max_d=7.057 avg_d=1.517 std_dev=2.516
OP1 B 0, -0.803, 1.846, 4.496, 7.567 max_d=7.567 avg_d=1.846 std_dev=2.650
OP1 A 0, -0.639, 2.163, 4.965, 8.230 max_d=8.230 avg_d=2.163 std_dev=2.802

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.26 0.00 0.36 0.02 0.16 0.09 0.06
C2 0.02 0.00 0.29 0.15 0.01 0.11 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.21 0.21 0.34 0.01 0.18 0.31 0.13
C2' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.14 0.01 0.06 0.18 0.12 0.15 0.22 0.34 0.28 0.09 0.01 0.00 0.05 0.01 0.22 0.08 0.13 0.12 0.04
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.13 0.01 0.15 0.01 0.17 0.14 0.16 0.15 0.13 0.16 0.10 0.01 0.04 0.01 0.18 0.18 0.25 0.26 0.05
C4 0.01 0.01 0.14 0.13 0.00 0.08 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.16 0.11 0.49 0.01 0.46 0.10 0.16
C4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.12 0.14 0.11 0.13 0.10 0.14 0.07 0.19 0.07 0.01 0.00 0.13 0.41 0.04 0.26
C5 0.01 0.01 0.06 0.15 0.00 0.11 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.09 0.05 0.64 0.01 0.85 0.20 0.39
C5' 0.11 0.29 0.18 0.01 0.27 0.01 0.33 0.00 0.35 0.30 0.33 0.29 0.25 0.34 0.23 0.03 0.12 0.02 0.01 0.37 0.06 0.24 0.02
C6 0.02 0.00 0.12 0.17 0.01 0.12 0.01 0.35 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.09 0.60 0.00 0.81 0.23 0.33
C8 0.00 0.01 0.15 0.14 0.00 0.14 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.05 0.14 0.82 0.01 1.10 0.42 0.68
N1 0.02 0.00 0.22 0.16 0.01 0.11 0.01 0.33 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.16 0.16 0.46 0.00 0.46 0.27 0.11
N2 0.02 0.00 0.34 0.15 0.01 0.13 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.42 0.27 0.26 0.23 0.01 0.17 0.43 0.30
N3 0.02 0.01 0.28 0.13 0.00 0.10 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.30 0.23 0.21 0.32 0.01 0.15 0.24 0.13
N7 0.01 0.01 0.09 0.16 0.00 0.14 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.23 0.03 0.08 0.81 0.01 1.24 0.39 0.71
N9 0.00 0.01 0.01 0.10 0.00 0.07 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.13 0.01 0.57 0.01 0.55 0.15 0.28
O2' 0.05 0.30 0.00 0.01 0.09 0.19 0.08 0.03 0.07 0.26 0.18 0.42 0.30 0.23 0.08 0.00 0.05 0.14 0.26 0.08 0.15 0.23 0.06
O3' 0.26 0.21 0.05 0.04 0.16 0.07 0.09 0.12 0.10 0.05 0.16 0.27 0.23 0.03 0.13 0.05 0.00 0.25 0.08 0.06 0.58 0.30 0.09
O4' 0.00 0.21 0.01 0.01 0.11 0.01 0.05 0.02 0.09 0.14 0.16 0.26 0.21 0.08 0.01 0.14 0.25 0.00 0.31 0.06 0.15 0.10 0.14
O5' 0.36 0.34 0.22 0.18 0.49 0.00 0.64 0.01 0.60 0.82 0.46 0.23 0.32 0.81 0.57 0.26 0.08 0.31 0.00 0.66 0.03 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.08 0.18 0.01 0.13 0.01 0.37 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.06 0.66 0.00 1.02 0.28 0.46
OP1 0.16 0.18 0.13 0.25 0.46 0.41 0.85 0.06 0.81 1.10 0.46 0.17 0.15 1.24 0.55 0.15 0.58 0.15 0.03 1.02 0.00 0.05 0.00
OP2 0.09 0.31 0.12 0.26 0.10 0.04 0.20 0.24 0.23 0.42 0.27 0.43 0.24 0.39 0.15 0.23 0.30 0.10 0.01 0.28 0.05 0.00 0.00
P 0.06 0.13 0.04 0.05 0.16 0.26 0.39 0.02 0.33 0.68 0.11 0.30 0.13 0.71 0.28 0.06 0.09 0.14 0.00 0.46 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.10 0.29 0.16 0.18 0.45 0.14 0.61 0.09 0.09 0.16 0.23 0.09 0.47 0.40 0.39 1.02 1.12 0.78 1.03
C2 0.35 0.10 0.30 0.34 0.23 0.46 0.23 0.56 0.21 0.21 0.13 0.33 0.19 0.19 0.11 0.48 0.70 1.19 0.47 0.93
C2' 0.21 0.08 0.20 0.09 0.07 0.43 0.11 0.71 0.16 0.14 0.08 0.09 0.09 0.32 0.58 0.45 1.31 1.55 1.13 1.39
C3' 0.17 0.21 0.15 0.46 0.25 0.12 0.24 0.19 0.21 0.20 0.24 0.28 0.17 0.15 0.96 0.09 0.78 0.90 0.67 0.81
C4 0.34 0.11 0.32 0.23 0.24 0.45 0.21 0.53 0.17 0.17 0.18 0.30 0.13 0.31 0.29 0.48 0.73 0.98 0.38 0.81
C4' 0.42 0.47 0.35 0.65 0.50 0.28 0.49 0.08 0.46 0.46 0.49 0.52 0.42 0.04 1.08 0.29 0.42 0.34 0.26 0.35
C5 0.34 0.14 0.33 0.21 0.27 0.41 0.23 0.45 0.19 0.20 0.21 0.34 0.19 0.26 0.30 0.44 0.53 0.73 0.09 0.55
C5' 0.63 0.69 0.62 0.95 0.69 0.48 0.66 0.30 0.64 0.66 0.70 0.71 0.68 0.32 1.37 0.47 0.05 0.21 0.27 0.13
C6 0.36 0.17 0.32 0.26 0.29 0.40 0.27 0.42 0.23 0.24 0.19 0.38 0.27 0.20 0.22 0.43 0.43 0.71 0.11 0.49
C8 0.26 0.15 0.30 0.14 0.24 0.38 0.19 0.45 0.15 0.15 0.22 0.30 0.13 0.37 0.45 0.38 0.62 0.65 0.15 0.56
N1 0.36 0.15 0.31 0.32 0.26 0.42 0.27 0.47 0.24 0.25 0.13 0.37 0.27 0.17 0.13 0.45 0.51 0.93 0.17 0.67
N2 0.30 0.12 0.27 0.38 0.20 0.44 0.21 0.58 0.20 0.19 0.13 0.32 0.20 0.15 0.06 0.44 0.73 1.38 0.63 1.08
N3 0.33 0.07 0.31 0.31 0.23 0.48 0.20 0.61 0.17 0.17 0.16 0.30 0.12 0.27 0.19 0.51 0.86 1.26 0.62 1.04
N7 0.30 0.16 0.31 0.17 0.27 0.37 0.22 0.40 0.18 0.18 0.23 0.33 0.16 0.30 0.40 0.39 0.49 0.56 0.08 0.43
N9 0.27 0.12 0.31 0.17 0.22 0.43 0.18 0.53 0.13 0.14 0.19 0.27 0.10 0.40 0.39 0.43 0.80 0.92 0.44 0.80
O2' 0.52 0.27 0.56 0.49 0.25 0.91 0.38 1.31 0.48 0.42 0.20 0.19 0.22 0.63 0.09 0.84 2.02 2.43 1.98 2.20
O3' 0.50 0.51 0.44 0.72 0.60 0.45 0.62 0.20 0.59 0.54 0.55 0.63 0.44 0.09 1.12 0.43 0.58 0.86 0.67 0.71
O4' 0.33 0.42 0.17 0.38 0.51 0.16 0.51 0.14 0.47 0.43 0.46 0.53 0.33 0.26 0.74 0.24 0.42 0.36 0.22 0.36
O5' 0.41 0.30 0.55 1.12 0.32 0.66 0.37 0.61 0.40 0.37 0.28 0.31 0.24 0.19 1.57 0.40 0.28 0.71 0.72 0.55
O6 0.35 0.20 0.32 0.26 0.30 0.37 0.28 0.36 0.24 0.25 0.21 0.41 0.30 0.20 0.23 0.40 0.30 0.55 0.30 0.32
OP1 0.78 0.35 0.89 1.74 0.53 1.55 0.79 1.77 0.88 0.68 0.32 0.48 0.09 0.24 1.86 1.10 1.50 2.24 1.95 1.90
OP2 1.23 1.18 1.52 2.02 1.21 1.44 1.24 1.50 1.25 1.23 1.17 1.20 1.12 1.14 2.11 1.18 1.36 1.99 2.02 1.80
P 1.11 0.87 1.32 2.00 0.94 1.54 1.07 1.58 1.12 1.04 0.84 0.91 0.72 0.82 2.29 1.19 1.33 1.85 1.83 1.66

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.23 0.00 0.21 0.25 0.51 0.21
C2 0.02 0.00 0.01 0.13 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.09 0.01 0.41 0.31 0.89 0.40
C2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.06 0.15 0.05 0.02 0.04 0.06 0.04 0.01 0.03 0.01 0.55 0.88 1.01 0.73
C3' 0.00 0.13 0.01 0.00 0.30 0.00 0.33 0.02 0.29 0.17 0.21 0.32 0.02 0.03 0.01 0.02 0.28 0.85 0.49 0.46
C4 0.01 0.01 0.06 0.30 0.00 0.08 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.22 0.10 0.02 0.37 0.07 0.62 0.19
C4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.05 0.06 0.08 0.02 0.23 0.01 0.00 0.02 0.36 0.05 0.07
C5 0.00 0.01 0.06 0.33 0.00 0.09 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.14 0.14 0.03 0.25 0.19 0.29 0.10
C5' 0.05 0.06 0.15 0.02 0.05 0.01 0.09 0.00 0.09 0.04 0.05 0.06 0.09 0.08 0.17 0.02 0.01 0.36 0.27 0.00
C6 0.01 0.01 0.05 0.29 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.09 0.08 0.03 0.20 0.15 0.25 0.11
N1 0.00 0.01 0.02 0.17 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.07 0.01 0.30 0.15 0.58 0.20
N3 0.02 0.01 0.04 0.21 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.03 0.01 0.44 0.24 0.88 0.37
N4 0.01 0.01 0.06 0.32 0.00 0.08 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.24 0.15 0.02 0.40 0.07 0.63 0.20
O2 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.38 0.22 0.04 0.45 0.49 1.09 0.55
O2' 0.00 0.29 0.01 0.03 0.22 0.23 0.14 0.08 0.09 0.15 0.29 0.24 0.38 0.00 0.07 0.14 0.30 0.73 0.99 0.60
O3' 0.23 0.09 0.03 0.01 0.10 0.01 0.14 0.17 0.08 0.07 0.03 0.15 0.22 0.07 0.00 0.17 0.05 0.70 0.19 0.24
O4' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.14 0.17 0.00 0.09 0.08 0.08 0.15
O5' 0.21 0.41 0.55 0.28 0.37 0.02 0.25 0.01 0.20 0.30 0.44 0.40 0.45 0.30 0.05 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.25 0.31 0.88 0.85 0.07 0.36 0.19 0.36 0.15 0.15 0.24 0.07 0.49 0.73 0.70 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.51 0.89 1.01 0.49 0.62 0.05 0.29 0.27 0.25 0.58 0.88 0.63 1.09 0.99 0.19 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.21 0.40 0.73 0.46 0.19 0.07 0.10 0.00 0.11 0.20 0.37 0.20 0.55 0.60 0.24 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00