Doublet Group distance statistics: 53207

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C2	A	0, 0.007, 0.017, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N3	A	0, 0.007, 0.020, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C1'	A	0, 0.010, 0.022, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N1	A	0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C5	A	0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C4	A	0, 0.008, 0.026, 0.045, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.019
N2	A	0, 0.018, 0.037, 0.056, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.037 std_dev=0.019
N9	A	0, 0.008, 0.028, 0.049, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.028 std_dev=0.020
O6	A	0, 0.015, 0.042, 0.069, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.042 std_dev=0.027
N7	A	0, 0.009, 0.041, 0.074, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.041 std_dev=0.032
C8	A	0, 0.010, 0.047, 0.085, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.047 std_dev=0.038
C2'	A	0, 0.024, 0.144, 0.264, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.144 std_dev=0.120
O4'	A	0, -0.024, 0.149, 0.322, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.149 std_dev=0.173
O2'	A	0, 0.013, 0.199, 0.385, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.199 std_dev=0.186
C3'	A	0, 0.130, 0.392, 0.654, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.392 std_dev=0.262
C4'	A	0, 0.144, 0.423, 0.701, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.423 std_dev=0.279
O5'	A	0, 0.295, 0.644, 0.993, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.644 std_dev=0.349
O3'	A	0, 0.210, 0.587, 0.963, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.587 std_dev=0.377
C2	B	0, 0.211, 0.615, 1.018, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.615 std_dev=0.403
N1	B	0, 0.281, 0.693, 1.105, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.693 std_dev=0.412
C5'	A	0, 0.223, 0.636, 1.050, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.636 std_dev=0.413
O2	B	0, 0.300, 0.734, 1.168, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.734 std_dev=0.434
C5	B	0, 0.283, 0.754, 1.225, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.754 std_dev=0.471
C4	B	0, 0.185, 0.661, 1.138, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.661 std_dev=0.476
C6	B	0, 0.263, 0.740, 1.216, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.740 std_dev=0.476
P	A	0, 0.360, 0.843, 1.326, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.843 std_dev=0.483
N3	B	0, 0.059, 0.555, 1.051, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.555 std_dev=0.496
OP2	A	0, 0.363, 0.875, 1.387, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.875 std_dev=0.512
N4	B	0, 0.320, 0.845, 1.371, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.845 std_dev=0.525
C1'	B	0, 0.301, 0.844, 1.388, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.844 std_dev=0.544
O4'	B	0, 0.263, 0.915, 1.568, 1.946 max_d=1.946 avg_d=0.915 std_dev=0.653
OP1	A	0, 0.406, 1.082, 1.758, 1.808 max_d=1.808 avg_d=1.082 std_dev=0.676
C2'	B	0, 0.282, 1.055, 1.828, 2.118 max_d=2.118 avg_d=1.055 std_dev=0.773
O2'	B	0, 0.399, 1.226, 2.052, 2.315 max_d=2.315 avg_d=1.226 std_dev=0.827
C4'	B	0, 0.264, 1.146, 2.028, 2.406 max_d=2.406 avg_d=1.146 std_dev=0.882
C3'	B	0, 0.246, 1.170, 2.093, 2.417 max_d=2.417 avg_d=1.170 std_dev=0.923
C5'	B	0, 0.193, 1.277, 2.360, 2.711 max_d=2.711 avg_d=1.277 std_dev=1.083
O3'	B	0, 0.307, 1.405, 2.503, 2.797 max_d=2.797 avg_d=1.405 std_dev=1.098
O5'	B	0, 0.065, 1.385, 2.705, 3.276 max_d=3.276 avg_d=1.385 std_dev=1.320
P	B	0, 0.059, 1.418, 2.776, 3.445 max_d=3.445 avg_d=1.418 std_dev=1.359
OP2	B	0, -0.003, 1.366, 2.735, 3.324 max_d=3.324 avg_d=1.366 std_dev=1.369
OP1	B	0, 0.302, 1.741, 3.180, 3.938 max_d=3.938 avg_d=1.741 std_dev=1.439

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.05	0.01	0.03	0.10	0.05
C2	0.01	0.00	0.12	0.15	0.00	0.05	0.00	0.07	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.11	0.19	0.02	0.15	0.00	0.19	0.24	0.18
C2'	0.00	0.12	0.00	0.00	0.07	0.01	0.05	0.01	0.07	0.04	0.10	0.14	0.12	0.03	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.07	0.02	0.05	0.03
C3'	0.01	0.15	0.00	0.00	0.09	0.00	0.08	0.01	0.11	0.07	0.14	0.17	0.13	0.06	0.03	0.01	0.00	0.01	0.04	0.11	0.05	0.05	0.04
C4	0.01	0.00	0.07	0.09	0.00	0.04	0.00	0.07	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.06	0.10	0.01	0.13	0.01	0.16	0.21	0.15
C4'	0.01	0.05	0.01	0.00	0.04	0.00	0.05	0.01	0.06	0.05	0.06	0.06	0.05	0.05	0.03	0.05	0.02	0.00	0.01	0.07	0.04	0.02	0.01
C5	0.00	0.00	0.05	0.08	0.00	0.05	0.00	0.09	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.04	0.09	0.01	0.16	0.01	0.22	0.26	0.20
C5'	0.01	0.07	0.01	0.01	0.07	0.01	0.09	0.00	0.11	0.08	0.10	0.07	0.06	0.10	0.05	0.05	0.03	0.01	0.01	0.13	0.05	0.01	0.01
C6	0.01	0.00	0.07	0.11	0.01	0.06	0.01	0.11	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.06	0.13	0.00	0.18	0.00	0.26	0.30	0.23
C8	0.00	0.01	0.04	0.07	0.00	0.05	0.00	0.08	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.08	0.02	0.12	0.01	0.14	0.19	0.15
N1	0.01	0.00	0.10	0.14	0.01	0.06	0.01	0.10	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.09	0.17	0.02	0.17	0.00	0.24	0.28	0.21
N2	0.01	0.00	0.14	0.17	0.00	0.06	0.00	0.07	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.13	0.22	0.03	0.15	0.01	0.19	0.24	0.17
N3	0.01	0.00	0.12	0.13	0.00	0.05	0.00	0.06	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.11	0.16	0.02	0.13	0.01	0.15	0.20	0.14
N7	0.00	0.00	0.03	0.06	0.00	0.05	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.07	0.01	0.15	0.01	0.21	0.26	0.20
N9	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.03	0.00	0.05	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.03	0.00	0.10	0.01	0.10	0.16	0.11
O2'	0.01	0.11	0.00	0.01	0.06	0.05	0.04	0.05	0.06	0.02	0.09	0.13	0.11	0.01	0.01	0.00	0.02	0.03	0.02	0.06	0.08	0.02	0.03
O3'	0.01	0.19	0.01	0.00	0.10	0.02	0.09	0.03	0.13	0.08	0.17	0.22	0.16	0.07	0.03	0.02	0.00	0.01	0.08	0.14	0.12	0.11	0.09
O4'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.03	0.02	0.01	0.00	0.03	0.01	0.00	0.04	0.01	0.05	0.07	0.05
O5'	0.05	0.15	0.03	0.04	0.13	0.01	0.16	0.01	0.18	0.12	0.17	0.15	0.13	0.15	0.10	0.02	0.08	0.04	0.00	0.20	0.01	0.01	0.00
O6	0.01	0.00	0.07	0.11	0.01	0.07	0.01	0.13	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.06	0.14	0.01	0.20	0.00	0.31	0.34	0.27
OP1	0.03	0.19	0.02	0.05	0.16	0.04	0.22	0.05	0.26	0.14	0.24	0.19	0.15	0.21	0.10	0.08	0.12	0.05	0.01	0.31	0.00	0.00	0.00
OP2	0.10	0.24	0.05	0.05	0.21	0.02	0.26	0.01	0.30	0.19	0.28	0.24	0.20	0.26	0.16	0.02	0.11	0.07	0.01	0.34	0.00	0.00	0.00
P	0.05	0.18	0.03	0.04	0.15	0.01	0.20	0.01	0.23	0.15	0.21	0.17	0.14	0.20	0.11	0.03	0.09	0.05	0.00	0.27	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.48	0.16	0.77	0.67	0.42	0.50	0.36	0.37	0.18	0.22	0.19	0.71	0.43	0.96	0.81	0.35	0.11	0.07	0.14	0.04
C2	0.44	0.27	0.60	0.47	0.27	0.33	0.31	0.19	0.20	0.25	0.11	0.42	0.48	0.71	0.52	0.25	0.12	0.06	0.18	0.05
C2'	0.39	0.11	0.68	0.59	0.47	0.42	0.40	0.27	0.18	0.12	0.29	0.72	0.34	0.90	0.73	0.25	0.08	0.06	0.16	0.05
C3'	0.39	0.13	0.69	0.59	0.42	0.39	0.38	0.23	0.16	0.12	0.22	0.68	0.37	0.90	0.74	0.23	0.10	0.05	0.13	0.08
C4	0.43	0.25	0.64	0.50	0.33	0.34	0.34	0.20	0.15	0.22	0.09	0.60	0.51	0.79	0.59	0.24	0.20	0.10	0.11	0.11
C4'	0.49	0.18	0.81	0.73	0.38	0.53	0.35	0.39	0.17	0.22	0.14	0.67	0.44	1.01	0.90	0.34	0.10	0.06	0.11	0.02
C5	0.38	0.32	0.54	0.38	0.23	0.22	0.30	0.06	0.09	0.21	0.15	0.49	0.55	0.67	0.45	0.17	0.35	0.28	0.24	0.29
C5'	0.48	0.21	0.80	0.71	0.36	0.49	0.36	0.34	0.17	0.22	0.08	0.65	0.48	1.00	0.88	0.31	0.15	0.08	0.09	0.10
C6	0.35	0.38	0.45	0.28	0.10	0.15	0.22	0.08	0.05	0.24	0.26	0.28	0.54	0.57	0.33	0.14	0.41	0.33	0.27	0.34
C8	0.40	0.26	0.61	0.47	0.32	0.30	0.34	0.14	0.12	0.19	0.11	0.62	0.52	0.78	0.58	0.21	0.32	0.26	0.25	0.27
N1	0.37	0.35	0.47	0.31	0.13	0.18	0.25	0.06	0.11	0.25	0.21	0.28	0.51	0.57	0.36	0.16	0.28	0.18	0.11	0.18
N2	0.48	0.21	0.61	0.50	0.26	0.39	0.32	0.27	0.29	0.28	0.15	0.35	0.38	0.71	0.54	0.31	0.19	0.22	0.38	0.23
N3	0.47	0.21	0.69	0.57	0.36	0.42	0.34	0.28	0.21	0.24	0.14	0.57	0.47	0.83	0.65	0.30	0.11	0.08	0.18	0.06
N7	0.36	0.31	0.53	0.37	0.24	0.21	0.30	0.04	0.09	0.20	0.16	0.52	0.54	0.68	0.45	0.15	0.42	0.36	0.34	0.37
N9	0.44	0.22	0.68	0.56	0.37	0.39	0.35	0.24	0.15	0.21	0.12	0.67	0.49	0.85	0.67	0.27	0.19	0.11	0.12	0.12
O2'	0.40	0.15	0.71	0.65	0.52	0.50	0.42	0.38	0.23	0.15	0.39	0.76	0.27	0.94	0.81	0.32	0.18	0.19	0.25	0.16
O3'	0.34	0.12	0.66	0.56	0.44	0.37	0.39	0.21	0.17	0.07	0.28	0.69	0.32	0.88	0.72	0.20	0.06	0.04	0.15	0.07
O4'	0.53	0.23	0.83	0.75	0.36	0.56	0.33	0.44	0.18	0.27	0.11	0.66	0.50	1.02	0.91	0.39	0.13	0.09	0.12	0.05
O5'	0.38	0.18	0.67	0.54	0.39	0.34	0.42	0.18	0.20	0.15	0.11	0.66	0.45	0.87	0.70	0.20	0.32	0.26	0.26	0.30
O6	0.31	0.41	0.37	0.19	0.11	0.12	0.14	0.20	0.04	0.25	0.36	0.11	0.54	0.48	0.23	0.14	0.55	0.48	0.44	0.49
OP1	0.36	0.19	0.66	0.52	0.40	0.30	0.46	0.13	0.24	0.14	0.12	0.67	0.47	0.88	0.70	0.17	0.40	0.38	0.40	0.41
OP2	0.27	0.17	0.50	0.34	0.44	0.17	0.53	0.20	0.33	0.15	0.16	0.68	0.41	0.68	0.47	0.15	0.62	0.59	0.59	0.62
P	0.35	0.20	0.63	0.49	0.39	0.28	0.45	0.14	0.24	0.15	0.11	0.65	0.46	0.83	0.65	0.16	0.43	0.40	0.40	0.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.13	0.05	0.42	0.10
C2	0.00	0.00	0.09	0.18	0.00	0.11	0.00	0.18	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.18	0.02	0.30	0.05	0.32	0.06
C2'	0.00	0.09	0.00	0.00	0.03	0.01	0.07	0.03	0.07	0.01	0.05	0.03	0.19	0.00	0.03	0.00	0.25	0.20	0.29	0.11
C3'	0.01	0.18	0.00	0.00	0.08	0.01	0.09	0.04	0.10	0.05	0.15	0.09	0.28	0.01	0.01	0.01	0.35	0.29	0.23	0.18
C4	0.01	0.00	0.03	0.08	0.00	0.07	0.00	0.15	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.10	0.02	0.44	0.14	0.21	0.16
C4'	0.00	0.11	0.01	0.01	0.07	0.00	0.05	0.01	0.06	0.04	0.10	0.07	0.15	0.03	0.03	0.00	0.01	0.05	0.41	0.07
C5	0.01	0.00	0.07	0.09	0.00	0.05	0.00	0.11	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.04	0.09	0.01	0.46	0.20	0.24	0.21
C5'	0.02	0.18	0.03	0.04	0.15	0.01	0.11	0.00	0.09	0.09	0.20	0.17	0.22	0.03	0.09	0.01	0.00	0.05	0.39	0.02
C6	0.00	0.00	0.07	0.10	0.00	0.06	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.04	0.10	0.00	0.39	0.18	0.32	0.17
N1	0.00	0.00	0.01	0.05	0.00	0.04	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.05	0.01	0.29	0.09	0.35	0.09
N3	0.01	0.00	0.05	0.15	0.00	0.10	0.00	0.20	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.17	0.02	0.38	0.09	0.25	0.10
N4	0.01	0.00	0.03	0.09	0.00	0.07	0.00	0.17	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.11	0.02	0.47	0.17	0.17	0.19
O2	0.00	0.00	0.19	0.28	0.01	0.15	0.01	0.22	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.08	0.29	0.03	0.23	0.06	0.36	0.05
O2'	0.01	0.03	0.00	0.01	0.03	0.03	0.04	0.03	0.04	0.02	0.03	0.03	0.08	0.00	0.07	0.03	0.07	0.12	0.35	0.07
O3'	0.02	0.18	0.03	0.01	0.10	0.03	0.09	0.09	0.10	0.05	0.17	0.11	0.29	0.07	0.00	0.02	0.24	0.30	0.22	0.16
O4'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.03	0.03	0.02	0.00	0.06	0.09	0.51	0.19
O5'	0.13	0.30	0.25	0.35	0.44	0.01	0.46	0.00	0.39	0.29	0.38	0.47	0.23	0.07	0.24	0.06	0.00	0.02	0.01	0.00
OP1	0.05	0.05	0.20	0.29	0.14	0.05	0.20	0.05	0.18	0.09	0.09	0.17	0.06	0.12	0.30	0.09	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.42	0.32	0.29	0.23	0.21	0.41	0.24	0.39	0.32	0.35	0.25	0.17	0.36	0.35	0.22	0.51	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.10	0.06	0.11	0.18	0.16	0.07	0.21	0.02	0.17	0.09	0.10	0.19	0.05	0.07	0.16	0.19	0.00	0.00	0.00	0.00