ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53210

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N2 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.015, 0.030, 0.046, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.030 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.016, 0.032, 0.048, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.032 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.016, 0.032, 0.048, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.032 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.021, 0.042, 0.063, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.042 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.021, 0.043, 0.065, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.043 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.018, 0.040, 0.063, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.040 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.025, 0.049, 0.074, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.049 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.192, 0.386, 0.580, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.386 std_dev=0.194
C2' A 0, 0.191, 0.387, 0.584, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.387 std_dev=0.196
C4' A 0, 0.249, 0.500, 0.751, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.500 std_dev=0.251
O2' A 0, 0.250, 0.511, 0.772, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.511 std_dev=0.261
C4 B 0, 0.213, 0.482, 0.751, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.482 std_dev=0.269
N3 B 0, 0.206, 0.476, 0.745, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.476 std_dev=0.270
N4 B 0, 0.224, 0.499, 0.774, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.499 std_dev=0.275
C5 B 0, 0.250, 0.530, 0.811, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.530 std_dev=0.280
C6 B 0, 0.292, 0.597, 0.902, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.597 std_dev=0.305
C2 B 0, 0.276, 0.583, 0.889, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.583 std_dev=0.306
C3' A 0, 0.307, 0.620, 0.934, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.620 std_dev=0.314
N1 B 0, 0.312, 0.634, 0.956, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.634 std_dev=0.322
O2 B 0, 0.326, 0.679, 1.031, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.679 std_dev=0.352
C1' B 0, 0.370, 0.742, 1.113, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.742 std_dev=0.372
C2' B 0, 0.388, 0.779, 1.170, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.779 std_dev=0.391
O4' B 0, 0.405, 0.811, 1.217, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.811 std_dev=0.406
O2' B 0, 0.404, 0.815, 1.226, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.815 std_dev=0.411
O3' A 0, 0.440, 0.892, 1.345, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.892 std_dev=0.452
OP1 B 0, 0.455, 0.926, 1.396, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.926 std_dev=0.471
C3' B 0, 0.465, 0.939, 1.412, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.939 std_dev=0.473
C5' A 0, 0.484, 0.972, 1.460, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.972 std_dev=0.488
C4' B 0, 0.479, 0.969, 1.458, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.969 std_dev=0.489
P B 0, 0.467, 0.971, 1.475, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.971 std_dev=0.504
O5' B 0, 0.493, 0.997, 1.502, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.997 std_dev=0.504
C5' B 0, 0.526, 1.066, 1.607, 1.427 max_d=1.427 avg_d=1.066 std_dev=0.540
O3' B 0, 0.537, 1.097, 1.657, 1.492 max_d=1.492 avg_d=1.097 std_dev=0.560
OP2 B 0, 0.474, 1.053, 1.631, 1.624 max_d=1.624 avg_d=1.053 std_dev=0.579
O5' A 0, 0.588, 1.186, 1.783, 1.564 max_d=1.564 avg_d=1.186 std_dev=0.597
P A 0, 0.769, 1.544, 2.319, 2.006 max_d=2.006 avg_d=1.544 std_dev=0.775
OP2 A 0, 0.773, 1.555, 2.337, 2.041 max_d=2.041 avg_d=1.555 std_dev=0.782
OP1 A 0, 0.852, 1.706, 2.561, 2.183 max_d=2.183 avg_d=1.706 std_dev=0.855

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.04 0.00 0.06 0.10 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.06 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.07 0.03 0.07 0.04 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.06 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.04
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.07 0.06
C5' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.09 0.07
C8 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03
N1 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.06 0.10 0.07
N2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.03 0.06 0.01 0.08 0.11 0.08
N3 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.04 0.08 0.05
N7 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.05 0.01 0.04 0.05 0.05
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.07 0.01 0.12 0.09 0.08
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.08 0.03 0.09 0.04 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.08 0.10 0.06
O4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01
O5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.04 0.05 0.06 0.03 0.05 0.01 0.07 0.02 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.11 0.09
OP1 0.04 0.06 0.06 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.08 0.04 0.04 0.01 0.12 0.08 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.10 0.05 0.06 0.06 0.05 0.07 0.04 0.09 0.02 0.10 0.11 0.08 0.05 0.04 0.09 0.10 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.07 0.03 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.07 0.03 0.07 0.08 0.05 0.05 0.02 0.08 0.06 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.08 0.12 0.11 0.06 0.11 0.07 0.10 0.08 0.09 0.06 0.05 0.09 0.13 0.12 0.11 0.09 0.26 0.16 0.11
C2 0.11 0.13 0.09 0.05 0.13 0.05 0.11 0.05 0.10 0.11 0.14 0.14 0.13 0.11 0.04 0.08 0.11 0.18 0.07 0.06
C2' 0.12 0.07 0.12 0.13 0.06 0.14 0.09 0.17 0.11 0.10 0.05 0.05 0.07 0.13 0.15 0.13 0.14 0.29 0.26 0.19
C3' 0.08 0.03 0.10 0.11 0.02 0.13 0.05 0.16 0.06 0.05 0.02 0.03 0.04 0.13 0.12 0.11 0.12 0.29 0.23 0.17
C4 0.10 0.10 0.09 0.05 0.06 0.05 0.03 0.04 0.04 0.08 0.09 0.05 0.11 0.11 0.05 0.07 0.09 0.23 0.07 0.04
C4' 0.06 0.02 0.08 0.08 0.05 0.09 0.06 0.10 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.13 0.10 0.07 0.08 0.24 0.16 0.11
C5 0.09 0.10 0.09 0.04 0.05 0.04 0.02 0.05 0.03 0.07 0.09 0.04 0.12 0.11 0.05 0.06 0.10 0.22 0.03 0.03
C5' 0.04 0.07 0.09 0.06 0.07 0.04 0.07 0.05 0.06 0.05 0.07 0.07 0.07 0.14 0.08 0.04 0.07 0.22 0.11 0.07
C6 0.09 0.11 0.08 0.04 0.09 0.04 0.06 0.05 0.05 0.08 0.12 0.09 0.13 0.10 0.04 0.06 0.12 0.20 0.04 0.05
C8 0.09 0.06 0.10 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.05 0.06 0.04 0.07 0.09 0.12 0.08 0.07 0.09 0.25 0.07 0.06
N1 0.10 0.13 0.09 0.05 0.13 0.04 0.09 0.06 0.08 0.10 0.14 0.14 0.14 0.11 0.04 0.07 0.12 0.19 0.06 0.07
N2 0.11 0.14 0.09 0.06 0.16 0.05 0.14 0.06 0.12 0.12 0.16 0.17 0.14 0.11 0.05 0.09 0.10 0.15 0.09 0.07
N3 0.10 0.11 0.09 0.05 0.10 0.04 0.08 0.04 0.08 0.10 0.12 0.10 0.12 0.11 0.04 0.07 0.09 0.20 0.09 0.04
N7 0.08 0.07 0.09 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.02 0.05 0.04 0.06 0.10 0.11 0.06 0.06 0.10 0.24 0.03 0.03
N9 0.10 0.08 0.10 0.07 0.04 0.07 0.04 0.07 0.04 0.08 0.06 0.04 0.10 0.12 0.08 0.08 0.08 0.25 0.10 0.07
O2' 0.12 0.08 0.13 0.17 0.10 0.18 0.13 0.22 0.15 0.12 0.07 0.09 0.07 0.11 0.18 0.15 0.20 0.32 0.34 0.26
O3' 0.09 0.02 0.10 0.14 0.03 0.17 0.07 0.22 0.09 0.06 0.02 0.02 0.03 0.11 0.16 0.14 0.18 0.32 0.31 0.24
O4' 0.08 0.03 0.10 0.07 0.05 0.08 0.05 0.07 0.03 0.03 0.02 0.05 0.05 0.13 0.09 0.06 0.07 0.24 0.11 0.07
O5' 0.06 0.08 0.07 0.04 0.08 0.04 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.12 0.05 0.07 0.09 0.18 0.10 0.06
O6 0.08 0.10 0.08 0.04 0.08 0.03 0.06 0.06 0.05 0.07 0.11 0.09 0.12 0.10 0.04 0.05 0.13 0.20 0.06 0.07
OP1 0.06 0.08 0.10 0.06 0.08 0.03 0.08 0.03 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.15 0.09 0.06 0.07 0.16 0.11 0.05
OP2 0.07 0.10 0.08 0.06 0.11 0.04 0.11 0.07 0.10 0.09 0.11 0.10 0.12 0.13 0.07 0.07 0.11 0.19 0.07 0.05
P 0.06 0.08 0.09 0.06 0.08 0.03 0.08 0.05 0.07 0.07 0.08 0.08 0.10 0.14 0.08 0.06 0.08 0.19 0.09 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.27 0.05 0.09
C2 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.30 0.02 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.21 0.04 0.05
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.07 0.03
C4 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.07 0.29 0.02 0.06
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.13 0.03 0.05
C5 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.08 0.28 0.02 0.06
C5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.30 0.03 0.07
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.30 0.03 0.08
N3 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.06 0.30 0.02 0.07
N4 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.08 0.27 0.03 0.04
O2 0.03 0.00 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.04 0.02 0.30 0.02 0.08
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.00 0.03 0.02 0.01 0.20 0.02 0.05
O3' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.05 0.03 0.00 0.01 0.03 0.08 0.13 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.24 0.10 0.10
O5' 0.03 0.05 0.01 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.07 0.05 0.06 0.08 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.27 0.30 0.21 0.14 0.29 0.13 0.28 0.04 0.30 0.30 0.30 0.27 0.30 0.20 0.08 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.02 0.04 0.07 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.13 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.08 0.05 0.03 0.06 0.05 0.06 0.01 0.07 0.08 0.07 0.04 0.08 0.05 0.03 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00