ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53214

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C5 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.000, 0.025, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
N2 A 0, 0.000, 0.049, 0.099, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.049 std_dev=0.049
O4' A 0, 0.000, 0.064, 0.128, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.064 std_dev=0.064
C2' A 0, 0.000, 0.086, 0.171, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.086 std_dev=0.086
N3 B 0, 0.000, 0.154, 0.308, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.154 std_dev=0.154
C2 B 0, 0.000, 0.180, 0.359, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.180 std_dev=0.180
C3' A 0, 0.000, 0.192, 0.383, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.192 std_dev=0.192
O2 B 0, 0.000, 0.195, 0.390, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.195 std_dev=0.195
C4' A 0, 0.000, 0.224, 0.447, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.224 std_dev=0.224
O2' A 0, 0.000, 0.257, 0.515, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.257 std_dev=0.257
O3' A 0, 0.000, 0.300, 0.601, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.300 std_dev=0.300
C4 B 0, 0.000, 0.303, 0.606, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.303 std_dev=0.303
N1 B 0, 0.000, 0.333, 0.666, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.333 std_dev=0.333
O2' B 0, 0.000, 0.355, 0.710, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.355 std_dev=0.355
C5' A 0, 0.000, 0.386, 0.772, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.386 std_dev=0.386
N4 B 0, 0.000, 0.389, 0.777, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.389 std_dev=0.389
C2' B 0, 0.000, 0.390, 0.780, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.390 std_dev=0.390
C5 B 0, 0.000, 0.408, 0.816, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.408 std_dev=0.408
C6 B 0, 0.000, 0.410, 0.820, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.410 std_dev=0.410
O5' A 0, 0.000, 0.427, 0.854, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.427 std_dev=0.427
C1' B 0, 0.000, 0.448, 0.895, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.448 std_dev=0.448
P A 0, 0.000, 0.477, 0.954, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.477 std_dev=0.477
OP1 A 0, 0.000, 0.496, 0.992, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.496 std_dev=0.496
C3' B 0, 0.000, 0.510, 1.020, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.510 std_dev=0.510
OP2 A 0, 0.000, 0.526, 1.052, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.526 std_dev=0.526
O5' B 0, 0.000, 0.559, 1.119, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.559 std_dev=0.559
OP1 B 0, 0.000, 0.562, 1.124, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.562 std_dev=0.562
O3' B 0, 0.000, 0.593, 1.186, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.593 std_dev=0.593
O4' B 0, 0.000, 0.599, 1.199, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.599 std_dev=0.599
C4' B 0, 0.000, 0.615, 1.230, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.615 std_dev=0.615
P B 0, 0.000, 0.623, 1.246, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.623 std_dev=0.623
C5' B 0, 0.000, 0.627, 1.253, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.627 std_dev=0.627
OP2 B 0, 0.000, 0.675, 1.349, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.675 std_dev=0.675

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.13 0.01 0.04
C2 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.14 0.01 0.01 0.15 0.02 0.05 0.11 0.11
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.07 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.11 0.02 0.03
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.04 0.02 0.00 0.10 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.07 0.04 0.00
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.03 0.00 0.15 0.02 0.01 0.09 0.08
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.08 0.09 0.04 0.02 0.01 0.10 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.11 0.11 0.01 0.03
C5 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.02 0.22 0.02 0.10 0.15 0.16
C5' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.17 0.16 0.12 0.04 0.04 0.19 0.09 0.02 0.02 0.00 0.00 0.21 0.04 0.03 0.00
C6 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.07 0.08 0.03 0.24 0.01 0.15 0.20 0.20
C8 0.01 0.01 0.02 0.09 0.00 0.09 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.03 0.20 0.04 0.02 0.10 0.10
N1 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.11 0.03 0.01 0.20 0.01 0.11 0.16 0.16
N2 0.03 0.01 0.07 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.18 0.04 0.02 0.13 0.03 0.03 0.10 0.09
N3 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.02 0.02 0.11 0.02 0.01 0.07 0.06
N7 0.01 0.02 0.01 0.10 0.00 0.10 0.00 0.19 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.03 0.24 0.04 0.13 0.17 0.18
N9 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.12 0.03 0.05 0.05 0.03
O2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.03 0.05 0.02 0.07 0.02 0.11 0.18 0.13 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.03 0.05 0.10 0.04 0.01
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.08 0.02 0.08 0.10 0.03 0.04 0.02 0.10 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.06 0.08 0.02
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.05 0.18 0.05 0.09
O5' 0.04 0.15 0.03 0.02 0.15 0.00 0.22 0.00 0.24 0.20 0.20 0.13 0.11 0.24 0.12 0.03 0.01 0.01 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00
O6 0.02 0.02 0.01 0.11 0.02 0.11 0.02 0.21 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.11 0.05 0.29 0.00 0.23 0.26 0.26
OP1 0.13 0.05 0.11 0.07 0.01 0.11 0.10 0.04 0.15 0.02 0.11 0.03 0.01 0.13 0.05 0.10 0.06 0.18 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.11 0.02 0.04 0.09 0.01 0.15 0.03 0.20 0.10 0.16 0.10 0.07 0.17 0.05 0.04 0.08 0.05 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.11 0.03 0.00 0.08 0.03 0.16 0.00 0.20 0.10 0.16 0.09 0.06 0.18 0.03 0.01 0.02 0.09 0.00 0.26 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.09 0.16 0.16 0.04 0.14 0.10 0.09 0.14 0.14 0.04 0.04 0.07 0.18 0.19 0.15 0.08 0.06 0.13 0.09
C2 0.07 0.00 0.09 0.08 0.16 0.00 0.17 0.11 0.11 0.01 0.08 0.19 0.10 0.18 0.17 0.03 0.12 0.16 0.14 0.14
C2' 0.16 0.09 0.16 0.16 0.04 0.13 0.08 0.07 0.12 0.13 0.05 0.03 0.09 0.20 0.20 0.13 0.06 0.04 0.10 0.07
C3' 0.13 0.07 0.13 0.12 0.02 0.09 0.05 0.02 0.09 0.10 0.03 0.04 0.07 0.17 0.17 0.10 0.02 0.01 0.06 0.03
C4 0.17 0.06 0.16 0.16 0.10 0.13 0.04 0.04 0.06 0.12 0.04 0.19 0.09 0.20 0.22 0.14 0.02 0.03 0.03 0.01
C4' 0.16 0.09 0.15 0.15 0.07 0.13 0.11 0.07 0.14 0.14 0.06 0.01 0.08 0.18 0.18 0.15 0.07 0.05 0.11 0.08
C5 0.23 0.07 0.20 0.21 0.14 0.20 0.08 0.09 0.07 0.14 0.05 0.24 0.11 0.22 0.28 0.23 0.05 0.04 0.05 0.02
C5' 0.10 0.04 0.09 0.09 0.00 0.08 0.04 0.01 0.08 0.08 0.01 0.05 0.04 0.12 0.13 0.10 0.00 0.01 0.04 0.01
C6 0.23 0.05 0.19 0.22 0.19 0.19 0.18 0.05 0.04 0.10 0.08 0.27 0.12 0.23 0.31 0.22 0.01 0.12 0.07 0.07
C8 0.23 0.09 0.20 0.22 0.03 0.23 0.07 0.16 0.17 0.18 0.00 0.18 0.09 0.20 0.26 0.25 0.13 0.07 0.17 0.13
N1 0.14 0.02 0.14 0.14 0.19 0.07 0.21 0.08 0.12 0.02 0.09 0.24 0.12 0.21 0.26 0.05 0.11 0.18 0.16 0.15
N2 0.05 0.04 0.02 0.01 0.16 0.13 0.19 0.21 0.17 0.09 0.08 0.17 0.06 0.14 0.09 0.18 0.21 0.21 0.21 0.21
N3 0.10 0.03 0.11 0.10 0.10 0.04 0.08 0.05 0.02 0.04 0.05 0.15 0.08 0.18 0.16 0.03 0.06 0.08 0.04 0.06
N7 0.25 0.09 0.21 0.24 0.10 0.25 0.00 0.17 0.14 0.18 0.03 0.23 0.11 0.22 0.30 0.29 0.12 0.03 0.15 0.10
N9 0.18 0.08 0.17 0.17 0.03 0.16 0.05 0.09 0.13 0.15 0.00 0.14 0.08 0.19 0.22 0.18 0.07 0.04 0.12 0.08
O2' 0.20 0.16 0.22 0.21 0.11 0.18 0.14 0.11 0.17 0.18 0.12 0.05 0.16 0.26 0.25 0.17 0.11 0.08 0.14 0.11
O3' 0.13 0.09 0.14 0.13 0.04 0.09 0.06 0.02 0.09 0.11 0.06 0.01 0.10 0.19 0.18 0.09 0.02 0.01 0.04 0.03
O4' 0.16 0.08 0.15 0.16 0.06 0.16 0.13 0.11 0.16 0.14 0.04 0.01 0.06 0.16 0.19 0.18 0.10 0.08 0.16 0.12
O5' 0.04 0.03 0.02 0.02 0.08 0.02 0.04 0.06 0.00 0.01 0.07 0.15 0.02 0.05 0.07 0.04 0.07 0.08 0.02 0.06
O6 0.25 0.04 0.21 0.26 0.21 0.26 0.22 0.09 0.06 0.09 0.09 0.30 0.12 0.24 0.37 0.28 0.00 0.16 0.11 0.09
OP1 0.18 0.12 0.15 0.15 0.07 0.15 0.11 0.08 0.15 0.16 0.08 0.00 0.12 0.17 0.19 0.19 0.07 0.04 0.09 0.07
OP2 0.13 0.06 0.11 0.12 0.03 0.12 0.08 0.05 0.11 0.11 0.02 0.02 0.05 0.13 0.15 0.14 0.05 0.05 0.09 0.07
P 0.12 0.05 0.10 0.10 0.00 0.10 0.04 0.03 0.09 0.09 0.01 0.06 0.05 0.12 0.14 0.13 0.02 0.00 0.05 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.00
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.05 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.06 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02
C4 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.06 0.05 0.03 0.05
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02
C5 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.05 0.03 0.05
C5' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.04 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.00 0.04
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.05 0.04 0.02 0.02
N3 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03
N4 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.01 0.05 0.05 0.04 0.05
O2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.11 0.07 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02
O2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.08 0.05 0.11 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.05
O3' 0.02 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.09 0.05
O5' 0.03 0.04 0.03 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.05 0.04 0.05 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.02 0.04 0.05 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.07 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.00 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00