ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53215

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
O6 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C5 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N1 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N3 A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.000, 0.032, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C1' A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
N9 A 0, 0.000, 0.037, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.037 std_dev=0.037
C2 A 0, 0.000, 0.038, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.038 std_dev=0.038
N7 A 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
N2 A 0, 0.000, 0.074, 0.148, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.074 std_dev=0.074
O4' A 0, 0.000, 0.317, 0.635, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.317 std_dev=0.317
C2' A 0, 0.000, 0.337, 0.673, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.337 std_dev=0.337
C5 B 0, 0.000, 0.379, 0.758, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.379 std_dev=0.379
C4 B 0, 0.000, 0.429, 0.857, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.429 std_dev=0.429
C4' A 0, 0.000, 0.436, 0.873, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.436 std_dev=0.436
C6 B 0, 0.000, 0.449, 0.899, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.449 std_dev=0.449
N4 B 0, 0.000, 0.457, 0.915, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.457 std_dev=0.457
O4' B 0, 0.000, 0.502, 1.003, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.502 std_dev=0.502
O2' A 0, 0.000, 0.509, 1.019, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.509 std_dev=0.509
N3 B 0, 0.000, 0.550, 1.099, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.550 std_dev=0.550
C3' A 0, 0.000, 0.563, 1.126, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.563 std_dev=0.563
N1 B 0, 0.000, 0.579, 1.158, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.579 std_dev=0.579
OP1 A 0, 0.000, 0.613, 1.226, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.613 std_dev=0.613
C2 B 0, 0.000, 0.630, 1.259, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.630 std_dev=0.630
P A 0, 0.000, 0.693, 1.387, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.693 std_dev=0.693
C1' B 0, 0.000, 0.756, 1.511, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.756 std_dev=0.756
O5' A 0, 0.000, 0.791, 1.581, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.791 std_dev=0.791
O2 B 0, 0.000, 0.796, 1.592, 1.592 max_d=1.592 avg_d=0.796 std_dev=0.796
C5' A 0, 0.000, 0.838, 1.677, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.838 std_dev=0.838
O3' A 0, 0.000, 0.908, 1.816, 1.816 max_d=1.816 avg_d=0.908 std_dev=0.908
OP2 A 0, 0.000, 1.029, 2.059, 2.059 max_d=2.059 avg_d=1.029 std_dev=1.029
C4' B 0, 0.000, 1.129, 2.258, 2.258 max_d=2.258 avg_d=1.129 std_dev=1.129
C2' B 0, 0.000, 1.575, 3.149, 3.149 max_d=3.149 avg_d=1.575 std_dev=1.575
C3' B 0, 0.000, 1.850, 3.700, 3.700 max_d=3.700 avg_d=1.850 std_dev=1.850
C5' B 0, 0.000, 2.024, 4.048, 4.048 max_d=4.048 avg_d=2.024 std_dev=2.024
O2' B 0, 0.000, 2.135, 4.270, 4.270 max_d=4.270 avg_d=2.135 std_dev=2.135
O5' B 0, 0.000, 2.342, 4.683, 4.683 max_d=4.683 avg_d=2.342 std_dev=2.342
O3' B 0, 0.000, 2.800, 5.601, 5.601 max_d=5.601 avg_d=2.800 std_dev=2.800
OP1 B 0, 0.000, 3.321, 6.642, 6.642 max_d=6.642 avg_d=3.321 std_dev=3.321
P B 0, 0.000, 3.469, 6.939, 6.939 max_d=6.939 avg_d=3.469 std_dev=3.469
OP2 B 0, 0.000, 4.260, 8.520, 8.520 max_d=8.520 avg_d=4.260 std_dev=4.260

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.28 0.01 0.11 0.24 0.06
C2 0.05 0.00 0.08 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.10 0.07 0.40 0.01 0.07 0.09 0.13
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.09 0.03 0.10 0.09 0.07 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.02 0.05 0.31 0.09
C3' 0.02 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.11 0.01 0.08 0.23 0.02 0.09 0.05 0.20 0.09 0.00 0.02 0.00 0.06 0.11 0.08 0.40 0.19
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.02 0.40 0.01 0.05 0.16 0.10
C4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.05 0.11 0.03 0.00 0.01 0.09 0.05 0.06 0.04 0.00 0.01 0.06 0.12 0.34 0.08
C5 0.00 0.01 0.02 0.11 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.12 0.01 0.43 0.01 0.00 0.15 0.11
C5' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.08 0.15 0.06 0.02 0.04 0.14 0.08 0.05 0.03 0.00 0.01 0.10 0.31 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.00 0.08 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.45 0.00 0.00 0.08 0.14
C8 0.02 0.00 0.09 0.23 0.00 0.11 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.25 0.06 0.38 0.00 0.03 0.30 0.04
N1 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.05 0.44 0.01 0.03 0.07 0.14
N2 0.06 0.00 0.10 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.16 0.18 0.09 0.39 0.02 0.09 0.06 0.14
N3 0.04 0.01 0.09 0.05 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.14 0.12 0.07 0.37 0.00 0.08 0.13 0.11
N7 0.02 0.01 0.07 0.20 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.25 0.05 0.42 0.00 0.06 0.22 0.07
N9 0.01 0.02 0.02 0.09 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.37 0.01 0.05 0.24 0.07
O2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.07 0.06 0.03 0.05 0.05 0.06 0.09 0.16 0.14 0.03 0.01 0.00 0.08 0.07 0.09 0.03 0.11 0.37 0.18
O3' 0.03 0.10 0.04 0.02 0.01 0.04 0.12 0.03 0.09 0.25 0.01 0.18 0.12 0.25 0.07 0.08 0.00 0.04 0.35 0.15 0.33 0.52 0.41
O4' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.09 0.07 0.05 0.01 0.07 0.04 0.00 0.30 0.00 0.25 0.20 0.12
O5' 0.28 0.40 0.08 0.06 0.40 0.01 0.43 0.01 0.45 0.38 0.44 0.39 0.37 0.42 0.37 0.09 0.35 0.30 0.00 0.46 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.15 0.00 0.46 0.00 0.03 0.05 0.14
OP1 0.11 0.07 0.05 0.08 0.05 0.12 0.00 0.31 0.00 0.03 0.03 0.09 0.08 0.06 0.05 0.11 0.33 0.25 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.24 0.09 0.31 0.40 0.16 0.34 0.15 0.31 0.08 0.30 0.07 0.06 0.13 0.22 0.24 0.37 0.52 0.20 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01
P 0.06 0.13 0.09 0.19 0.10 0.08 0.11 0.02 0.14 0.04 0.14 0.14 0.11 0.07 0.07 0.18 0.41 0.12 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.00 0.36 0.71 0.02 0.30 0.17 0.49 0.23 0.17 0.07 0.04 0.10 0.22 0.97 0.14 0.03 0.02 0.25 0.01
C2 0.00 0.14 0.53 0.32 0.04 0.06 0.10 0.26 0.12 0.01 0.15 0.05 0.21 0.69 0.51 0.31 0.77 0.88 1.54 1.06
C2' 0.05 0.17 0.75 1.05 0.06 0.57 0.04 0.68 0.04 0.05 0.16 0.06 0.28 0.71 1.42 0.06 0.16 0.10 0.13 0.08
C3' 0.09 0.05 0.56 0.90 0.12 0.47 0.18 0.62 0.17 0.11 0.06 0.12 0.03 0.54 1.27 0.04 0.11 0.02 0.20 0.03
C4 0.18 0.01 0.37 0.42 0.06 0.08 0.19 0.08 0.22 0.15 0.03 0.01 0.07 0.40 0.60 0.23 0.39 0.50 1.03 0.59
C4' 0.31 0.18 0.24 0.69 0.17 0.33 0.25 0.59 0.29 0.27 0.13 0.12 0.13 0.10 1.00 0.15 0.15 0.10 0.03 0.15
C5 0.21 0.11 0.23 0.22 0.14 0.03 0.23 0.05 0.25 0.20 0.08 0.09 0.05 0.30 0.37 0.26 0.51 0.66 1.30 0.76
C5' 0.48 0.40 0.02 0.43 0.35 0.14 0.39 0.43 0.44 0.45 0.35 0.29 0.40 0.14 0.69 0.29 0.01 0.06 0.20 0.01
C6 0.16 0.10 0.23 0.07 0.16 0.16 0.23 0.29 0.22 0.16 0.09 0.13 0.04 0.37 0.20 0.31 0.75 0.96 1.73 1.10
C8 0.29 0.16 0.16 0.37 0.13 0.11 0.22 0.25 0.27 0.25 0.10 0.06 0.12 0.12 0.52 0.19 0.17 0.28 0.73 0.30
N1 0.06 0.03 0.36 0.11 0.05 0.18 0.17 0.40 0.16 0.07 0.04 0.04 0.08 0.54 0.27 0.33 0.89 1.07 1.85 1.26
N2 0.15 0.25 0.66 0.33 0.12 0.10 0.00 0.40 0.01 0.15 0.23 0.10 0.30 0.89 0.55 0.33 0.93 1.02 1.65 1.24
N3 0.06 0.13 0.57 0.51 0.03 0.09 0.12 0.01 0.15 0.04 0.15 0.05 0.23 0.63 0.73 0.24 0.48 0.57 1.09 0.69
N7 0.27 0.19 0.13 0.22 0.17 0.01 0.23 0.07 0.26 0.25 0.15 0.11 0.15 0.16 0.34 0.22 0.35 0.50 1.08 0.56
N9 0.25 0.08 0.29 0.50 0.08 0.16 0.20 0.28 0.25 0.21 0.01 0.02 0.00 0.23 0.70 0.20 0.17 0.26 0.66 0.29
O2' 0.23 0.35 0.97 1.36 0.21 0.82 0.10 0.96 0.11 0.22 0.32 0.20 0.47 0.89 1.80 0.25 0.45 0.41 0.30 0.41
O3' 0.10 0.08 0.80 1.17 0.06 0.70 0.09 0.84 0.04 0.04 0.02 0.10 0.17 0.82 1.62 0.15 0.30 0.22 0.04 0.21
O4' 0.46 0.22 0.03 0.48 0.15 0.15 0.28 0.44 0.37 0.36 0.11 0.05 0.18 0.16 0.71 0.27 0.04 0.01 0.14 0.06
O5' 0.06 0.09 0.37 0.75 0.20 0.47 0.14 0.73 0.06 0.03 0.18 0.28 0.05 0.23 0.96 0.09 0.32 0.26 0.03 0.30
O6 0.17 0.15 0.14 0.06 0.22 0.24 0.25 0.40 0.22 0.18 0.17 0.22 0.11 0.31 0.03 0.32 0.84 1.11 1.94 1.25
OP1 0.22 0.19 0.29 0.65 0.21 0.34 0.24 0.56 0.24 0.22 0.18 0.19 0.16 0.25 0.94 0.09 0.08 0.02 0.27 0.02
OP2 0.61 0.58 0.19 0.06 0.48 0.18 0.48 0.02 0.53 0.58 0.54 0.42 0.63 0.18 0.26 0.50 0.45 0.59 0.97 0.57
P 0.31 0.24 0.12 0.46 0.16 0.20 0.19 0.43 0.24 0.27 0.19 0.10 0.26 0.06 0.68 0.17 0.00 0.09 0.37 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.12 0.17 0.63 0.26
C2 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.14 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.09 0.19 0.06 0.11 0.73 0.13
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.05 0.07 0.00 0.00 0.01 0.09 0.31 0.46 0.22
C3' 0.03 0.01 0.00 0.00 0.25 0.01 0.36 0.02 0.35 0.17 0.10 0.27 0.24 0.01 0.00 0.01 0.08 0.43 0.28 0.20
C4 0.01 0.00 0.04 0.25 0.00 0.14 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.31 0.01 0.45 0.68 1.62 0.81
C4' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.14 0.00 0.32 0.00 0.34 0.09 0.05 0.15 0.39 0.12 0.03 0.00 0.00 0.19 0.08 0.05
C5 0.01 0.00 0.02 0.36 0.00 0.32 0.00 0.55 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.36 0.17 0.81 1.00 2.05 1.24
C5' 0.02 0.22 0.00 0.02 0.24 0.00 0.55 0.00 0.56 0.13 0.09 0.26 0.62 0.11 0.01 0.00 0.00 0.28 0.20 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.35 0.00 0.34 0.00 0.56 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.30 0.23 0.80 0.87 1.79 1.12
N1 0.01 0.00 0.03 0.17 0.00 0.09 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.16 0.01 0.30 0.39 1.08 0.51
N3 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.19 0.14 0.08 0.28 1.03 0.33
N4 0.01 0.00 0.05 0.27 0.00 0.15 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.34 0.01 0.48 0.76 1.71 0.88
O2 0.01 0.01 0.07 0.24 0.01 0.39 0.01 0.62 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.10 0.36 0.46 0.27 0.11 0.35
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.06 0.12 0.14 0.11 0.14 0.03 0.02 0.07 0.20 0.00 0.07 0.13 0.15 0.31 0.38 0.23
O3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.31 0.03 0.36 0.01 0.30 0.16 0.19 0.34 0.10 0.07 0.00 0.02 0.01 0.48 0.07 0.14
O4' 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.00 0.23 0.01 0.14 0.01 0.36 0.13 0.02 0.00 0.07 0.04 0.38 0.13
O5' 0.12 0.06 0.09 0.08 0.45 0.00 0.81 0.00 0.80 0.30 0.08 0.48 0.46 0.15 0.01 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.17 0.11 0.31 0.43 0.68 0.19 1.00 0.28 0.87 0.39 0.28 0.76 0.27 0.31 0.48 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.63 0.73 0.46 0.28 1.62 0.08 2.05 0.20 1.79 1.08 1.03 1.71 0.11 0.38 0.07 0.38 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.26 0.13 0.22 0.20 0.81 0.05 1.24 0.01 1.12 0.51 0.33 0.88 0.35 0.23 0.14 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00