ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53216

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C4 A 0, 0.000, 0.025, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N9 A 0, 0.000, 0.027, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N2 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O6 A 0, 0.000, 0.050, 0.099, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.050 std_dev=0.050
O4' A 0, 0.000, 0.063, 0.127, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.063 std_dev=0.063
P A 0, 0.000, 0.100, 0.201, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.100 std_dev=0.100
C4' A 0, 0.000, 0.120, 0.240, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.120 std_dev=0.120
C2' A 0, 0.000, 0.124, 0.249, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.124 std_dev=0.124
N1 B 0, 0.000, 0.133, 0.267, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.133 std_dev=0.133
N3 B 0, 0.000, 0.144, 0.288, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.144 std_dev=0.144
C3' A 0, 0.000, 0.146, 0.292, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.146 std_dev=0.146
C2 B 0, 0.000, 0.151, 0.303, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.151 std_dev=0.151
O2' A 0, 0.000, 0.167, 0.334, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.167 std_dev=0.167
O5' B 0, 0.000, 0.168, 0.335, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.168 std_dev=0.168
C6 B 0, 0.000, 0.173, 0.345, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.173 std_dev=0.173
C2' B 0, 0.000, 0.175, 0.350, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.175 std_dev=0.175
C1' B 0, 0.000, 0.176, 0.352, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.176 std_dev=0.176
C4 B 0, 0.000, 0.186, 0.372, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.186 std_dev=0.186
O3' A 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
C5' A 0, 0.000, 0.209, 0.419, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.209 std_dev=0.209
O2' B 0, 0.000, 0.218, 0.437, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.218 std_dev=0.218
C5 B 0, 0.000, 0.221, 0.442, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.221 std_dev=0.221
O2 B 0, 0.000, 0.227, 0.454, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.227 std_dev=0.227
O4' B 0, 0.000, 0.252, 0.504, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.252 std_dev=0.252
P B 0, 0.000, 0.254, 0.509, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.254 std_dev=0.254
OP1 B 0, 0.000, 0.256, 0.512, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.256 std_dev=0.256
O5' A 0, 0.000, 0.257, 0.515, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.257 std_dev=0.257
N4 B 0, 0.000, 0.258, 0.515, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.258 std_dev=0.258
C3' B 0, 0.000, 0.316, 0.631, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.316 std_dev=0.316
C4' B 0, 0.000, 0.352, 0.704, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.352 std_dev=0.352
OP1 A 0, 0.000, 0.364, 0.727, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.364 std_dev=0.364
OP2 B 0, 0.000, 0.391, 0.782, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.391 std_dev=0.391
O3' B 0, 0.000, 0.396, 0.792, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.396 std_dev=0.396
C5' B 0, 0.000, 0.443, 0.887, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.443 std_dev=0.443
OP2 A 0, 0.000, 0.664, 1.328, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.664 std_dev=0.664

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.02 0.08 0.03 0.00
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.05 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.24 0.07
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.28 0.09
C4 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.08 0.10 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.08 0.03 0.01
C5' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.01 0.00 0.04 0.09 0.04 0.01
C6 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.02
C8 0.02 0.01 0.06 0.04 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.06 0.06 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.01
N2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.09 0.00 0.04 0.01 0.08 0.05 0.00
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.03 0.07 0.03 0.01
N7 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.03 0.02 0.08 0.07 0.01
N9 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02
O2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.06 0.21 0.04
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.09 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.10 0.36 0.11
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05
O5' 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03 0.05 0.05 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01
O6 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.00 0.08 0.01 0.05
OP1 0.00 0.08 0.05 0.06 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.06 0.09 0.08 0.07 0.08 0.05 0.06 0.10 0.02 0.02 0.08 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.03 0.24 0.28 0.00 0.10 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.05 0.03 0.07 0.01 0.21 0.36 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.00 0.07 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.11 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.04 0.12 0.20 0.08 0.21 0.11 0.18 0.06 0.02 0.02 0.11 0.11 0.13 0.23 0.14 0.02 0.06 0.04 0.05
C2 0.11 0.10 0.10 0.12 0.00 0.13 0.00 0.15 0.03 0.08 0.05 0.02 0.16 0.08 0.09 0.13 0.01 0.03 0.02 0.02
C2' 0.12 0.08 0.13 0.19 0.03 0.20 0.05 0.19 0.01 0.06 0.03 0.06 0.13 0.13 0.22 0.14 0.00 0.09 0.10 0.09
C3' 0.08 0.06 0.09 0.16 0.05 0.14 0.09 0.09 0.05 0.02 0.01 0.07 0.12 0.11 0.20 0.09 0.05 0.03 0.05 0.04
C4 0.10 0.06 0.10 0.14 0.06 0.14 0.08 0.11 0.04 0.03 0.00 0.08 0.13 0.11 0.15 0.12 0.04 0.02 0.04 0.00
C4' 0.03 0.00 0.06 0.14 0.11 0.11 0.14 0.04 0.11 0.03 0.04 0.13 0.06 0.08 0.20 0.03 0.08 0.02 0.01 0.01
C5 0.07 0.05 0.09 0.10 0.04 0.07 0.06 0.04 0.04 0.01 0.01 0.05 0.13 0.12 0.11 0.06 0.07 0.01 0.07 0.03
C5' 0.02 0.03 0.00 0.06 0.13 0.01 0.17 0.09 0.15 0.07 0.07 0.14 0.02 0.04 0.15 0.04 0.15 0.06 0.06 0.07
C6 0.07 0.08 0.08 0.07 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.04 0.05 0.01 0.15 0.10 0.06 0.06 0.05 0.01 0.07 0.02
C8 0.06 0.02 0.09 0.13 0.07 0.08 0.11 0.00 0.08 0.01 0.02 0.09 0.09 0.14 0.20 0.04 0.08 0.00 0.06 0.02
N1 0.09 0.10 0.09 0.09 0.03 0.09 0.01 0.10 0.03 0.07 0.07 0.02 0.16 0.09 0.06 0.09 0.03 0.01 0.05 0.00
N2 0.11 0.11 0.10 0.12 0.04 0.15 0.04 0.19 0.07 0.09 0.07 0.01 0.14 0.06 0.08 0.14 0.01 0.05 0.01 0.04
N3 0.12 0.09 0.11 0.15 0.04 0.17 0.05 0.17 0.00 0.06 0.02 0.07 0.15 0.10 0.15 0.15 0.01 0.04 0.00 0.03
N7 0.05 0.03 0.08 0.09 0.05 0.03 0.08 0.02 0.06 0.01 0.01 0.06 0.10 0.14 0.14 0.01 0.08 0.02 0.08 0.04
N9 0.08 0.03 0.10 0.15 0.09 0.15 0.11 0.09 0.07 0.00 0.03 0.10 0.10 0.12 0.19 0.10 0.06 0.02 0.03 0.00
O2' 0.15 0.09 0.17 0.25 0.03 0.27 0.04 0.29 0.03 0.09 0.03 0.07 0.14 0.16 0.26 0.19 0.08 0.18 0.20 0.18
O3' 0.09 0.08 0.10 0.17 0.03 0.15 0.07 0.11 0.03 0.04 0.03 0.05 0.13 0.12 0.21 0.10 0.03 0.05 0.08 0.06
O4' 0.04 0.01 0.07 0.16 0.13 0.15 0.17 0.08 0.12 0.04 0.07 0.15 0.05 0.09 0.22 0.05 0.08 0.03 0.01 0.00
O5' 0.05 0.04 0.03 0.01 0.12 0.05 0.17 0.15 0.15 0.09 0.07 0.12 0.02 0.02 0.10 0.07 0.18 0.10 0.11 0.10
O6 0.05 0.07 0.06 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.05 0.13 0.10 0.01 0.02 0.06 0.04 0.10 0.04
OP1 0.00 0.02 0.01 0.03 0.09 0.05 0.16 0.20 0.14 0.05 0.01 0.10 0.10 0.08 0.16 0.05 0.21 0.18 0.17 0.17
OP2 0.27 0.17 0.37 0.43 0.04 0.28 0.02 0.13 0.08 0.16 0.10 0.00 0.24 0.47 0.57 0.19 0.15 0.26 0.19 0.21
P 0.06 0.03 0.11 0.16 0.06 0.06 0.09 0.05 0.06 0.00 0.01 0.08 0.08 0.18 0.26 0.02 0.03 0.06 0.02 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.14 0.06
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.07 0.02 0.06 0.07 0.16 0.08
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.17 0.06
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.09 0.02
C4 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.00 0.09 0.10 0.16 0.12
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.10 0.11 0.15 0.12
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.06 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.06 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.02
C6 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02 0.09 0.10 0.15 0.11
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.06 0.07 0.15 0.08
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.07 0.01 0.08 0.09 0.17 0.10
N4 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.06 0.05 0.01 0.10 0.11 0.17 0.13
O2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.09 0.03 0.06 0.06 0.17 0.07
O2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.04 0.04 0.07 0.06 0.07 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.20 0.06
O3' 0.04 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.03 0.04 0.07 0.05 0.09 0.00 0.00 0.01 0.08 0.08 0.08 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.08 0.06 0.11 0.06
O5' 0.04 0.06 0.01 0.08 0.09 0.01 0.10 0.00 0.09 0.06 0.08 0.10 0.06 0.03 0.08 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.05 0.07 0.04 0.02 0.10 0.02 0.11 0.07 0.10 0.07 0.09 0.11 0.06 0.02 0.08 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.16 0.17 0.09 0.16 0.05 0.15 0.01 0.15 0.15 0.17 0.17 0.17 0.20 0.08 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.08 0.06 0.02 0.12 0.01 0.12 0.02 0.11 0.08 0.10 0.13 0.07 0.06 0.05 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00