ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53224

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 8, 4, 1, 1, 1, 2, 0, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.017 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.002, 0.016, 0.031, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.007, 0.023, 0.040, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.023 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.006, 0.023, 0.041, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.023 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.004, 0.027, 0.050, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.027 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.002, 0.029, 0.055, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.029 std_dev=0.026
N2 A 0, 0.000, 0.026, 0.053, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.026 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.005, 0.035, 0.066, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.035 std_dev=0.031
C4 B 0, 0.106, 0.328, 0.550, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.328 std_dev=0.222
N3 B 0, 0.128, 0.385, 0.642, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.385 std_dev=0.257
C5 B 0, 0.077, 0.373, 0.669, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.373 std_dev=0.296
N9 B 0, 0.088, 0.418, 0.749, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.418 std_dev=0.331
C2 B 0, 0.118, 0.480, 0.842, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.480 std_dev=0.362
C6 B 0, 0.076, 0.441, 0.805, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.441 std_dev=0.365
N1 B 0, 0.088, 0.502, 0.917, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.502 std_dev=0.415
N7 B 0, 0.077, 0.495, 0.913, 1.614 max_d=1.614 avg_d=0.495 std_dev=0.418
C1' B 0, 0.071, 0.514, 0.958, 1.685 max_d=1.685 avg_d=0.514 std_dev=0.444
C8 B 0, 0.068, 0.518, 0.968, 1.685 max_d=1.685 avg_d=0.518 std_dev=0.450
O4' A 0, -0.287, 0.188, 0.663, 2.490 max_d=2.490 avg_d=0.188 std_dev=0.475
C2' A 0, -0.262, 0.229, 0.720, 2.574 max_d=2.574 avg_d=0.229 std_dev=0.491
N6 B 0, 0.051, 0.548, 1.046, 1.992 max_d=1.992 avg_d=0.548 std_dev=0.498
C3' B 0, 0.066, 0.615, 1.164, 2.083 max_d=2.083 avg_d=0.615 std_dev=0.549
C2' B 0, 0.024, 0.593, 1.162, 2.413 max_d=2.413 avg_d=0.593 std_dev=0.569
C4' A 0, -0.280, 0.306, 0.891, 3.013 max_d=3.013 avg_d=0.306 std_dev=0.585
O4' B 0, 0.039, 0.659, 1.278, 1.985 max_d=1.985 avg_d=0.659 std_dev=0.619
O3' B 0, 0.032, 0.690, 1.348, 2.660 max_d=2.660 avg_d=0.690 std_dev=0.658
O2' A 0, -0.323, 0.350, 1.022, 3.510 max_d=3.510 avg_d=0.350 std_dev=0.672
C3' A 0, -0.353, 0.344, 1.041, 3.622 max_d=3.622 avg_d=0.344 std_dev=0.697
O2' B 0, -0.021, 0.684, 1.388, 3.122 max_d=3.122 avg_d=0.684 std_dev=0.704
C4' B 0, -0.003, 0.726, 1.455, 2.234 max_d=2.234 avg_d=0.726 std_dev=0.729
O5' B 0, -0.012, 0.827, 1.666, 2.656 max_d=2.656 avg_d=0.827 std_dev=0.839
C5' B 0, -0.062, 0.851, 1.765, 2.707 max_d=2.707 avg_d=0.851 std_dev=0.913
O3' A 0, -0.462, 0.488, 1.439, 4.912 max_d=4.912 avg_d=0.488 std_dev=0.950
P B 0, -0.102, 0.989, 2.079, 2.968 max_d=2.968 avg_d=0.989 std_dev=1.091
C5' A 0, -0.593, 0.548, 1.689, 5.867 max_d=5.867 avg_d=0.548 std_dev=1.141
OP2 B 0, -0.135, 1.161, 2.458, 3.867 max_d=3.867 avg_d=1.161 std_dev=1.296
O5' A 0, -0.753, 0.618, 1.989, 7.188 max_d=7.188 avg_d=0.618 std_dev=1.371
OP1 B 0, -0.286, 1.197, 2.681, 5.270 max_d=5.270 avg_d=1.197 std_dev=1.484
P A 0, -1.168, 0.760, 2.689, 10.045 max_d=10.045 avg_d=0.760 std_dev=1.929
OP1 A 0, -1.053, 1.118, 3.289, 11.122 max_d=11.122 avg_d=1.118 std_dev=2.171
OP2 A 0, -1.242, 1.079, 3.400, 11.587 max_d=11.587 avg_d=1.079 std_dev=2.321

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.23 0.02 0.48 0.36 0.27
C2 0.03 0.00 0.13 0.16 0.01 0.27 0.01 0.49 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.16 0.27 0.69 0.01 0.76 1.32 0.84
C2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.08 0.02 0.06 0.02 0.08 0.05 0.11 0.16 0.13 0.05 0.03 0.00 0.02 0.02 0.15 0.07 0.28 0.26 0.16
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.09 0.00 0.14 0.02 0.13 0.23 0.13 0.23 0.16 0.21 0.11 0.02 0.01 0.01 0.08 0.15 0.16 0.13 0.07
C4 0.02 0.01 0.08 0.09 0.00 0.11 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.11 0.14 0.36 0.01 0.57 0.79 0.42
C4' 0.01 0.27 0.02 0.00 0.11 0.00 0.10 0.01 0.11 0.25 0.19 0.36 0.26 0.21 0.08 0.09 0.03 0.00 0.02 0.11 0.14 0.13 0.04
C5 0.01 0.01 0.06 0.14 0.00 0.10 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.15 0.05 0.32 0.01 0.69 0.81 0.42
C5' 0.05 0.49 0.02 0.02 0.22 0.01 0.23 0.00 0.25 0.44 0.36 0.66 0.45 0.40 0.18 0.07 0.05 0.02 0.01 0.26 0.11 0.29 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.13 0.01 0.11 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.16 0.10 0.35 0.00 0.64 0.97 0.44
C8 0.01 0.01 0.05 0.23 0.01 0.25 0.01 0.44 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.20 0.16 0.53 0.01 1.00 0.69 0.68
N1 0.03 0.00 0.11 0.13 0.01 0.19 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.16 0.20 0.52 0.01 0.64 1.19 0.64
N2 0.04 0.01 0.16 0.23 0.01 0.36 0.02 0.66 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.33 0.21 0.33 0.90 0.02 1.03 1.66 1.16
N3 0.03 0.00 0.13 0.16 0.00 0.26 0.01 0.45 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.14 0.28 0.64 0.01 0.67 1.12 0.73
N7 0.01 0.01 0.05 0.21 0.00 0.21 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.21 0.10 0.48 0.01 0.99 0.80 0.65
N9 0.00 0.01 0.03 0.11 0.00 0.08 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.10 0.02 0.31 0.01 0.64 0.54 0.38
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.10 0.09 0.06 0.07 0.08 0.17 0.17 0.33 0.24 0.14 0.05 0.00 0.04 0.09 0.04 0.07 0.20 0.12 0.06
O3' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.11 0.03 0.15 0.05 0.16 0.20 0.16 0.21 0.14 0.21 0.10 0.04 0.00 0.02 0.12 0.19 0.24 0.19 0.14
O4' 0.01 0.27 0.02 0.01 0.14 0.00 0.05 0.02 0.10 0.16 0.20 0.33 0.28 0.10 0.02 0.09 0.02 0.00 0.21 0.07 0.46 0.29 0.25
O5' 0.23 0.69 0.15 0.08 0.36 0.02 0.32 0.01 0.35 0.53 0.52 0.90 0.64 0.48 0.31 0.04 0.12 0.21 0.00 0.33 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.11 0.01 0.26 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.19 0.07 0.33 0.00 0.70 0.98 0.44
OP1 0.48 0.76 0.28 0.16 0.57 0.14 0.69 0.11 0.64 1.00 0.64 1.03 0.67 0.99 0.64 0.20 0.24 0.46 0.01 0.70 0.00 0.01 0.00
OP2 0.36 1.32 0.26 0.13 0.79 0.13 0.81 0.29 0.97 0.69 1.19 1.66 1.12 0.80 0.54 0.12 0.19 0.29 0.02 0.98 0.01 0.00 0.00
P 0.27 0.84 0.16 0.07 0.42 0.04 0.42 0.01 0.44 0.68 0.64 1.16 0.73 0.65 0.38 0.06 0.14 0.25 0.00 0.44 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.34 0.17 0.38 0.42 0.11 0.54 0.22 0.52 0.23 0.33 0.15 0.22 0.37 0.40 0.17 0.39 0.60 0.45 0.55 0.98 0.43 0.58
C2 0.39 0.24 0.38 0.33 0.27 0.49 0.20 0.51 0.18 0.34 0.22 0.28 0.24 0.25 0.34 0.41 0.47 0.50 0.48 0.99 0.56 0.56
C2' 0.31 0.32 0.34 0.32 0.28 0.40 0.32 0.33 0.32 0.33 0.29 0.35 0.41 0.42 0.26 0.33 0.49 0.34 0.36 0.72 0.51 0.46
C3' 0.19 0.32 0.20 0.20 0.21 0.28 0.32 0.32 0.35 0.35 0.30 0.31 0.47 0.47 0.15 0.33 0.44 0.18 0.44 0.92 0.61 0.63
C4 0.34 0.24 0.33 0.32 0.18 0.44 0.11 0.43 0.16 0.21 0.18 0.27 0.26 0.22 0.23 0.36 0.51 0.43 0.43 0.82 0.35 0.42
C4' 0.43 0.24 0.48 0.54 0.17 0.64 0.27 0.73 0.29 0.43 0.21 0.27 0.45 0.46 0.27 0.62 0.72 0.51 0.75 1.34 0.73 0.89
C5 0.25 0.29 0.23 0.24 0.17 0.33 0.08 0.34 0.13 0.19 0.22 0.29 0.17 0.18 0.18 0.29 0.45 0.32 0.37 0.74 0.29 0.37
C5' 0.64 0.40 0.70 0.73 0.31 0.87 0.32 0.98 0.37 0.49 0.35 0.44 0.54 0.48 0.42 0.93 0.91 0.75 0.88 1.37 0.87 0.98
C6 0.24 0.33 0.22 0.21 0.23 0.30 0.18 0.32 0.19 0.21 0.29 0.30 0.17 0.18 0.21 0.27 0.40 0.31 0.34 0.78 0.34 0.38
C8 0.23 0.25 0.24 0.31 0.08 0.37 0.18 0.43 0.16 0.37 0.17 0.24 0.24 0.36 0.18 0.31 0.54 0.34 0.50 0.78 0.38 0.49
N1 0.31 0.29 0.29 0.26 0.28 0.39 0.23 0.41 0.20 0.31 0.26 0.29 0.18 0.27 0.30 0.34 0.41 0.40 0.40 0.91 0.48 0.49
N2 0.43 0.24 0.43 0.37 0.29 0.55 0.23 0.60 0.20 0.41 0.24 0.27 0.27 0.31 0.38 0.46 0.48 0.56 0.55 1.11 0.71 0.67
N3 0.41 0.22 0.41 0.37 0.23 0.53 0.14 0.53 0.18 0.27 0.19 0.27 0.30 0.19 0.31 0.43 0.52 0.53 0.48 0.94 0.50 0.51
N7 0.22 0.30 0.21 0.25 0.09 0.32 0.11 0.37 0.13 0.29 0.22 0.27 0.17 0.26 0.16 0.27 0.47 0.31 0.42 0.69 0.30 0.39
N9 0.30 0.22 0.32 0.35 0.11 0.45 0.17 0.44 0.18 0.30 0.15 0.25 0.30 0.35 0.16 0.35 0.56 0.40 0.48 0.83 0.35 0.47
O2' 0.48 0.34 0.50 0.47 0.35 0.58 0.35 0.49 0.35 0.36 0.31 0.40 0.46 0.43 0.37 0.50 0.57 0.54 0.40 0.69 0.57 0.49
O3' 0.20 0.35 0.22 0.23 0.28 0.23 0.37 0.30 0.38 0.42 0.33 0.34 0.49 0.52 0.24 0.30 0.41 0.15 0.50 0.92 0.79 0.76
O4' 0.55 0.17 0.61 0.71 0.23 0.82 0.30 0.87 0.28 0.54 0.17 0.25 0.42 0.51 0.39 0.68 0.87 0.69 0.88 1.34 0.70 0.91
O5' 0.59 0.33 0.62 0.66 0.27 0.84 0.43 0.91 0.51 0.55 0.40 0.32 0.74 0.61 0.40 0.85 0.82 0.77 0.82 1.20 0.77 0.88
O6 0.19 0.37 0.18 0.17 0.22 0.24 0.21 0.27 0.27 0.19 0.37 0.29 0.26 0.20 0.18 0.22 0.35 0.26 0.29 0.73 0.31 0.35
OP1 1.49 0.71 1.53 1.45 0.98 1.68 0.93 1.63 0.82 1.22 0.66 0.91 0.97 1.10 1.22 1.83 1.44 1.67 1.44 1.53 1.21 1.35
OP2 0.65 1.00 0.67 0.79 0.67 1.02 0.87 1.15 1.12 0.65 1.12 0.81 1.39 0.87 0.54 0.89 0.95 0.88 0.95 1.24 1.07 1.04
P 0.88 0.46 0.91 0.94 0.44 1.15 0.51 1.18 0.58 0.66 0.49 0.50 0.85 0.67 0.61 1.18 1.10 1.08 0.99 1.26 0.91 0.99

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.17 0.00 0.09 0.40 0.14 0.19
C2 0.03 0.00 0.12 0.15 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.21 0.06 0.13 0.49 0.20 0.15
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.06 0.02 0.03 0.11 0.05 0.08 0.10 0.13 0.05 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.25 0.45 0.21 0.31
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.15 0.00 0.19 0.01 0.20 0.20 0.18 0.13 0.22 0.22 0.13 0.02 0.01 0.01 0.09 0.15 0.18 0.05
C4 0.01 0.01 0.06 0.15 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.18 0.12 0.04 0.13 0.49 0.19 0.15
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.10 0.05 0.04 0.09 0.10 0.05 0.19 0.02 0.00 0.01 0.18 0.12 0.06
C5 0.01 0.01 0.03 0.19 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.09 0.03 0.19 0.51 0.26 0.16
C5' 0.04 0.06 0.11 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.11 0.12 0.08 0.06 0.13 0.14 0.06 0.08 0.12 0.01 0.01 0.14 0.16 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.20 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.11 0.04 0.20 0.52 0.29 0.16
C8 0.02 0.01 0.08 0.20 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.16 0.11 0.04 0.20 0.50 0.23 0.16
N1 0.02 0.00 0.10 0.18 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.15 0.05 0.17 0.51 0.25 0.15
N3 0.03 0.00 0.13 0.13 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.22 0.06 0.11 0.47 0.17 0.16
N6 0.01 0.01 0.05 0.22 0.01 0.09 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.26 0.12 0.04 0.24 0.53 0.34 0.19
N7 0.01 0.01 0.06 0.22 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.21 0.13 0.04 0.23 0.52 0.29 0.17
N9 0.00 0.01 0.02 0.13 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.13 0.07 0.01 0.12 0.47 0.17 0.16
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.18 0.19 0.22 0.08 0.24 0.16 0.23 0.17 0.26 0.21 0.13 0.00 0.05 0.13 0.18 0.38 0.15 0.25
O3' 0.17 0.21 0.02 0.01 0.12 0.02 0.09 0.12 0.11 0.11 0.15 0.22 0.12 0.13 0.07 0.05 0.00 0.11 0.17 0.22 0.40 0.19
O4' 0.00 0.06 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.04 0.01 0.13 0.11 0.00 0.07 0.33 0.12 0.14
O5' 0.09 0.13 0.25 0.09 0.13 0.01 0.19 0.01 0.20 0.20 0.17 0.11 0.24 0.23 0.12 0.18 0.17 0.07 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.40 0.49 0.45 0.15 0.49 0.18 0.51 0.14 0.52 0.50 0.51 0.47 0.53 0.52 0.47 0.38 0.22 0.33 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.20 0.21 0.18 0.19 0.12 0.26 0.16 0.29 0.23 0.25 0.17 0.34 0.29 0.17 0.15 0.40 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.15 0.31 0.05 0.15 0.06 0.16 0.02 0.16 0.16 0.15 0.16 0.19 0.17 0.16 0.25 0.19 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00