ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53225

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 9, 7, 3, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.012 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.002, 0.014, 0.025, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.014 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.008, 0.021, 0.035, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.021 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.005, 0.019, 0.034, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.005, 0.022, 0.038, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.004, 0.024, 0.044, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.024 std_dev=0.020
C2' A 0, 0.031, 0.076, 0.121, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.076 std_dev=0.045
C3' A 0, 0.056, 0.112, 0.168, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.112 std_dev=0.056
O4' A 0, 0.009, 0.072, 0.135, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.072 std_dev=0.063
O3' A 0, 0.053, 0.119, 0.185, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.119 std_dev=0.066
O2' A 0, 0.033, 0.104, 0.175, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.104 std_dev=0.071
C4' A 0, 0.042, 0.116, 0.189, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.116 std_dev=0.074
O5' A 0, 0.094, 0.204, 0.313, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.204 std_dev=0.110
N6 B 0, 0.062, 0.175, 0.288, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.175 std_dev=0.113
C5' A 0, 0.060, 0.173, 0.286, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.173 std_dev=0.113
N1 B 0, 0.084, 0.208, 0.331, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.208 std_dev=0.124
C6 B 0, 0.050, 0.178, 0.306, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.178 std_dev=0.128
C2 B 0, 0.085, 0.231, 0.377, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.231 std_dev=0.146
C5 B 0, 0.040, 0.191, 0.341, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.191 std_dev=0.151
N3 B 0, 0.078, 0.238, 0.398, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.238 std_dev=0.160
N7 B 0, 0.060, 0.222, 0.383, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.222 std_dev=0.162
C4 B 0, 0.055, 0.219, 0.382, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.219 std_dev=0.163
P A 0, 0.069, 0.238, 0.406, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.238 std_dev=0.168
C8 B 0, 0.074, 0.258, 0.442, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.258 std_dev=0.184
OP2 A 0, 0.076, 0.262, 0.448, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.262 std_dev=0.186
N9 B 0, 0.065, 0.255, 0.445, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.255 std_dev=0.190
OP1 A 0, 0.051, 0.261, 0.470, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.261 std_dev=0.209
C1' B 0, 0.085, 0.311, 0.538, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.311 std_dev=0.226
O4' B 0, 0.061, 0.350, 0.639, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.350 std_dev=0.289
OP2 B 0, 0.067, 0.389, 0.711, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.389 std_dev=0.322
O5' B 0, 0.071, 0.407, 0.744, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.407 std_dev=0.336
P B 0, 0.068, 0.410, 0.753, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.410 std_dev=0.342
OP1 B 0, 0.068, 0.437, 0.806, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.437 std_dev=0.369
C2' B 0, 0.024, 0.395, 0.766, 1.781 max_d=1.781 avg_d=0.395 std_dev=0.371
C4' B 0, 0.035, 0.419, 0.802, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.419 std_dev=0.384
C3' B 0, 0.044, 0.433, 0.822, 1.725 max_d=1.725 avg_d=0.433 std_dev=0.389
O3' B 0, 0.033, 0.482, 0.931, 2.080 max_d=2.080 avg_d=0.482 std_dev=0.449
C5' B 0, -0.033, 0.450, 0.932, 2.221 max_d=2.221 avg_d=0.450 std_dev=0.482
O2' B 0, -0.044, 0.462, 0.969, 2.572 max_d=2.572 avg_d=0.462 std_dev=0.507

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.08 0.05
C2 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.07 0.11 0.01 0.11 0.11 0.11
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.07 0.09 0.06
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.08 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.07 0.06 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.08 0.01 0.08 0.09 0.08
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.09 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.08 0.01 0.08 0.10 0.08
C5' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.06 0.03 0.08 0.11 0.08 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02 0.02
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.10 0.00 0.10 0.11 0.09
C8 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.03 0.06 0.01 0.07 0.09 0.07
N1 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.06 0.11 0.00 0.11 0.11 0.10
N2 0.03 0.01 0.05 0.08 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.06 0.09 0.13 0.01 0.14 0.13 0.13
N3 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.07 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.07 0.10 0.00 0.10 0.10 0.09
N7 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.07 0.01 0.08 0.09 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.09 0.06
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.08 0.06 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.04 0.09 0.12 0.08
O3' 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03 0.06 0.04 0.04 0.03 0.04 0.00 0.03 0.03 0.03 0.07 0.06 0.03
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.09 0.07 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.03 0.08 0.08 0.07
O5' 0.04 0.11 0.05 0.04 0.08 0.01 0.08 0.01 0.10 0.06 0.11 0.13 0.10 0.07 0.06 0.06 0.03 0.06 0.00 0.10 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.10 0.00 0.10 0.11 0.09
OP1 0.06 0.11 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.06 0.10 0.07 0.11 0.14 0.10 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.02 0.10 0.00 0.02 0.01
OP2 0.08 0.11 0.09 0.06 0.09 0.03 0.10 0.02 0.11 0.09 0.11 0.13 0.10 0.09 0.09 0.12 0.06 0.08 0.02 0.11 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.11 0.06 0.03 0.08 0.02 0.08 0.02 0.09 0.07 0.10 0.13 0.09 0.07 0.06 0.08 0.03 0.07 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.08 0.11 0.14 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.29 0.11 0.09 0.10 0.07 0.08 0.08
C2 0.11 0.12 0.23 0.13 0.09 0.13 0.09 0.14 0.10 0.09 0.11 0.10 0.12 0.09 0.09 0.46 0.14 0.13 0.13 0.09 0.08 0.10
C2' 0.07 0.08 0.13 0.11 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.28 0.08 0.09 0.09 0.07 0.08 0.07
C3' 0.07 0.08 0.13 0.12 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.29 0.10 0.09 0.10 0.08 0.09 0.09
C4 0.09 0.10 0.14 0.16 0.07 0.12 0.05 0.10 0.06 0.07 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.35 0.13 0.11 0.12 0.09 0.08 0.09
C4' 0.08 0.10 0.14 0.15 0.08 0.11 0.07 0.09 0.07 0.07 0.09 0.10 0.08 0.07 0.07 0.34 0.14 0.11 0.12 0.09 0.09 0.10
C5 0.10 0.10 0.12 0.20 0.09 0.15 0.07 0.13 0.06 0.08 0.09 0.11 0.07 0.08 0.09 0.31 0.16 0.12 0.15 0.13 0.12 0.13
C5' 0.11 0.12 0.18 0.17 0.09 0.14 0.07 0.13 0.07 0.08 0.10 0.12 0.08 0.07 0.09 0.39 0.18 0.14 0.13 0.10 0.10 0.11
C6 0.10 0.11 0.13 0.21 0.08 0.17 0.06 0.17 0.07 0.08 0.09 0.11 0.09 0.09 0.08 0.37 0.17 0.14 0.17 0.14 0.13 0.15
C8 0.12 0.11 0.12 0.21 0.11 0.14 0.10 0.11 0.09 0.12 0.10 0.11 0.08 0.11 0.11 0.23 0.15 0.12 0.14 0.12 0.11 0.12
N1 0.10 0.11 0.19 0.16 0.07 0.15 0.08 0.17 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.08 0.46 0.16 0.14 0.15 0.12 0.11 0.13
N2 0.14 0.15 0.30 0.14 0.12 0.16 0.12 0.18 0.13 0.11 0.15 0.14 0.14 0.12 0.12 0.52 0.16 0.16 0.15 0.10 0.10 0.12
N3 0.09 0.10 0.19 0.13 0.07 0.11 0.07 0.11 0.08 0.07 0.10 0.09 0.11 0.07 0.07 0.41 0.13 0.11 0.11 0.08 0.07 0.08
N7 0.13 0.11 0.13 0.23 0.12 0.16 0.11 0.14 0.09 0.13 0.10 0.12 0.07 0.12 0.13 0.24 0.17 0.14 0.17 0.15 0.13 0.14
N9 0.09 0.09 0.11 0.17 0.08 0.11 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.08 0.29 0.13 0.10 0.12 0.09 0.09 0.09
O2' 0.07 0.08 0.12 0.09 0.07 0.08 0.07 0.14 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.23 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08
O3' 0.07 0.07 0.13 0.10 0.06 0.07 0.06 0.10 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.28 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08
O4' 0.09 0.11 0.13 0.17 0.08 0.12 0.07 0.10 0.07 0.08 0.10 0.10 0.08 0.08 0.08 0.33 0.15 0.11 0.13 0.10 0.10 0.10
O5' 0.10 0.13 0.19 0.16 0.09 0.14 0.08 0.13 0.09 0.08 0.11 0.12 0.10 0.09 0.09 0.39 0.17 0.15 0.13 0.10 0.10 0.11
O6 0.12 0.12 0.13 0.26 0.10 0.21 0.08 0.22 0.08 0.10 0.09 0.12 0.08 0.10 0.11 0.35 0.21 0.16 0.20 0.18 0.17 0.19
OP1 0.11 0.13 0.24 0.13 0.10 0.14 0.10 0.15 0.11 0.09 0.12 0.12 0.12 0.10 0.10 0.45 0.16 0.16 0.14 0.11 0.12 0.12
OP2 0.11 0.14 0.25 0.12 0.11 0.13 0.12 0.14 0.13 0.11 0.15 0.12 0.16 0.12 0.10 0.47 0.16 0.14 0.13 0.11 0.11 0.11
P 0.10 0.13 0.23 0.13 0.09 0.13 0.09 0.14 0.10 0.08 0.12 0.12 0.12 0.09 0.08 0.45 0.16 0.14 0.13 0.11 0.11 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.00 0.06 0.06 0.10 0.05
C2 0.02 0.00 0.21 0.05 0.00 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.06 0.09 0.10 0.09 0.12 0.09
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.12 0.01 0.06 0.10 0.10 0.09 0.17 0.21 0.07 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.14 0.17 0.31 0.20
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.08 0.03 0.05 0.05 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.15 0.15 0.17 0.15
C4 0.01 0.00 0.12 0.02 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.09 0.04 0.08 0.08 0.10 0.07
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.09 0.02 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.08 0.02 0.08 0.08 0.11 0.08
C5' 0.04 0.12 0.10 0.01 0.09 0.01 0.10 0.00 0.11 0.07 0.12 0.10 0.11 0.09 0.06 0.03 0.12 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01
C6 0.01 0.00 0.10 0.04 0.01 0.03 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.06 0.03 0.08 0.08 0.11 0.08
C8 0.01 0.01 0.09 0.08 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.11 0.06 0.07 0.07 0.10 0.06
N1 0.02 0.00 0.17 0.03 0.01 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.05 0.06 0.09 0.09 0.12 0.09
N3 0.02 0.00 0.21 0.05 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.26 0.08 0.10 0.10 0.09 0.11 0.09
N6 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01 0.03 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.05 0.03 0.08 0.09 0.12 0.09
N7 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.09 0.05 0.07 0.07 0.10 0.07
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.12 0.01 0.07 0.07 0.10 0.06
O2' 0.01 0.28 0.00 0.02 0.18 0.09 0.15 0.03 0.20 0.04 0.26 0.26 0.18 0.07 0.08 0.00 0.07 0.06 0.07 0.11 0.31 0.14
O3' 0.18 0.06 0.04 0.01 0.09 0.02 0.08 0.12 0.06 0.11 0.05 0.08 0.05 0.09 0.12 0.07 0.00 0.13 0.08 0.07 0.09 0.06
O4' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.06 0.10 0.03 0.05 0.01 0.06 0.13 0.00 0.15 0.16 0.12 0.15
O5' 0.06 0.10 0.14 0.15 0.08 0.01 0.08 0.01 0.08 0.07 0.09 0.10 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.15 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.06 0.09 0.17 0.15 0.08 0.04 0.08 0.04 0.08 0.07 0.09 0.09 0.09 0.07 0.07 0.11 0.07 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.12 0.31 0.17 0.10 0.06 0.11 0.08 0.11 0.10 0.12 0.11 0.12 0.10 0.10 0.31 0.09 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.09 0.20 0.15 0.07 0.02 0.08 0.01 0.08 0.06 0.09 0.09 0.09 0.07 0.06 0.14 0.06 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00