ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53232

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 1, 1, 1, 1, 1, 2, 1, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.005, 0.018, 0.032, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.020 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.013, 0.028, 0.044, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.028 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.027 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.008, 0.030, 0.052, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.030 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.012, 0.035, 0.058, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.035 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.062, 0.302, 0.543, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.302 std_dev=0.240
C2' A 0, 0.083, 0.325, 0.566, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.325 std_dev=0.241
O2' A 0, 0.123, 0.367, 0.611, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.367 std_dev=0.244
O3' B 0, 0.270, 0.524, 0.778, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.524 std_dev=0.254
N1 B 0, 0.382, 0.637, 0.891, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.637 std_dev=0.254
C2 B 0, 0.427, 0.709, 0.992, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.709 std_dev=0.283
C6 B 0, 0.433, 0.728, 1.024, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.728 std_dev=0.295
N6 B 0, 0.581, 0.930, 1.278, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.930 std_dev=0.349
C4' A 0, 0.147, 0.496, 0.845, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.496 std_dev=0.349
C5 B 0, 0.374, 0.740, 1.106, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.740 std_dev=0.366
O5' A 0, 0.203, 0.573, 0.942, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.573 std_dev=0.369
N3 B 0, 0.377, 0.749, 1.121, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.749 std_dev=0.372
C3' A 0, 0.132, 0.519, 0.907, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.519 std_dev=0.388
C4 B 0, 0.272, 0.671, 1.071, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.671 std_dev=0.400
N7 B 0, 0.466, 0.931, 1.397, 1.783 max_d=1.783 avg_d=0.931 std_dev=0.466
N9 B 0, 0.256, 0.746, 1.236, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.746 std_dev=0.490
C8 B 0, 0.387, 0.881, 1.375, 1.764 max_d=1.764 avg_d=0.881 std_dev=0.494
P A 0, 0.339, 0.869, 1.399, 2.035 max_d=2.035 avg_d=0.869 std_dev=0.530
O3' A 0, 0.203, 0.758, 1.313, 1.693 max_d=1.693 avg_d=0.758 std_dev=0.555
C1' B 0, 0.335, 0.927, 1.519, 1.777 max_d=1.777 avg_d=0.927 std_dev=0.592
C5' A 0, 0.228, 0.827, 1.425, 1.899 max_d=1.899 avg_d=0.827 std_dev=0.598
C3' B 0, 0.528, 1.181, 1.833, 2.102 max_d=2.102 avg_d=1.181 std_dev=0.653
C2' B 0, 0.438, 1.141, 1.845, 2.050 max_d=2.050 avg_d=1.141 std_dev=0.703
OP2 A 0, 0.419, 1.497, 2.576, 3.060 max_d=3.060 avg_d=1.497 std_dev=1.078
OP1 A 0, 0.492, 1.723, 2.953, 4.145 max_d=4.145 avg_d=1.723 std_dev=1.231
C4' B 0, 0.665, 1.978, 3.291, 3.633 max_d=3.633 avg_d=1.978 std_dev=1.313
O4' B 0, 0.642, 1.958, 3.273, 3.585 max_d=3.585 avg_d=1.958 std_dev=1.316
O2' B 0, 0.735, 2.401, 4.068, 4.200 max_d=4.200 avg_d=2.401 std_dev=1.667
C5' B 0, 0.975, 3.333, 5.691, 5.712 max_d=5.712 avg_d=3.333 std_dev=2.358
O5' B 0, 1.044, 3.723, 6.401, 6.454 max_d=6.454 avg_d=3.723 std_dev=2.679
OP2 B 0, 1.735, 5.137, 8.540, 8.146 max_d=8.146 avg_d=5.137 std_dev=3.403
OP1 B 0, 1.760, 5.174, 8.587, 8.404 max_d=8.404 avg_d=5.174 std_dev=3.414
P B 0, 1.412, 4.908, 8.405, 8.061 max_d=8.061 avg_d=4.908 std_dev=3.496

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.02 0.35 0.18 0.09
C2 0.03 0.00 0.16 0.23 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.28 0.03 0.28 0.02 0.90 0.53 0.31
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.07 0.01 0.03 0.02 0.06 0.08 0.12 0.20 0.15 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.05 0.14 0.28 0.14
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.13 0.00 0.10 0.01 0.14 0.11 0.20 0.28 0.21 0.08 0.05 0.02 0.00 0.01 0.28 0.13 0.24 0.34 0.22
C4 0.02 0.01 0.07 0.13 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.13 0.02 0.26 0.01 0.84 0.51 0.27
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.09 0.09 0.10 0.12 0.08 0.09 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.10 0.18 0.25 0.02
C5 0.02 0.01 0.03 0.10 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.02 0.32 0.01 1.07 0.68 0.35
C5' 0.03 0.17 0.02 0.01 0.14 0.01 0.17 0.00 0.19 0.16 0.19 0.18 0.14 0.18 0.10 0.03 0.03 0.01 0.01 0.21 0.34 0.42 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.14 0.01 0.09 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.16 0.02 0.35 0.00 1.18 0.75 0.39
C8 0.01 0.01 0.08 0.11 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.11 0.04 0.27 0.01 0.89 0.58 0.27
N1 0.03 0.01 0.12 0.20 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.23 0.02 0.33 0.01 1.08 0.66 0.37
N2 0.04 0.01 0.20 0.28 0.01 0.12 0.02 0.18 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.15 0.35 0.04 0.28 0.03 0.86 0.48 0.30
N3 0.03 0.01 0.15 0.21 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.24 0.04 0.24 0.02 0.76 0.43 0.25
N7 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.09 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.03 0.33 0.02 1.14 0.75 0.36
N9 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.21 0.02 0.68 0.41 0.20
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.05 0.03 0.05 0.03 0.07 0.05 0.09 0.15 0.10 0.05 0.02 0.00 0.03 0.04 0.07 0.06 0.11 0.13 0.06
O3' 0.01 0.28 0.01 0.00 0.13 0.02 0.10 0.03 0.16 0.11 0.23 0.35 0.24 0.09 0.04 0.03 0.00 0.01 0.31 0.14 0.55 0.35 0.28
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.15 0.03 0.31 0.21 0.13
O5' 0.09 0.28 0.17 0.28 0.26 0.01 0.32 0.01 0.35 0.27 0.33 0.28 0.24 0.33 0.21 0.07 0.31 0.15 0.00 0.38 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.05 0.13 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.06 0.14 0.03 0.38 0.00 1.31 0.86 0.44
OP1 0.35 0.90 0.14 0.24 0.84 0.18 1.07 0.34 1.18 0.89 1.08 0.86 0.76 1.14 0.68 0.11 0.55 0.31 0.02 1.31 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.53 0.28 0.34 0.51 0.25 0.68 0.42 0.75 0.58 0.66 0.48 0.43 0.75 0.41 0.13 0.35 0.21 0.02 0.86 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.31 0.14 0.22 0.27 0.02 0.35 0.01 0.39 0.27 0.37 0.30 0.25 0.36 0.20 0.06 0.28 0.13 0.01 0.44 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 0.20 0.67 0.30 0.26 0.50 0.26 1.06 0.19 0.40 0.17 0.23 0.22 0.37 0.33 1.09 0.26 0.57 1.13 0.94 1.48 1.16
C2 0.18 0.24 0.59 0.46 0.15 0.28 0.19 0.37 0.19 0.21 0.15 0.23 0.34 0.28 0.15 0.50 0.19 0.49 0.14 0.25 0.30 0.21
C2' 0.33 0.20 0.75 0.31 0.23 0.52 0.22 1.15 0.15 0.41 0.18 0.22 0.17 0.36 0.32 1.29 0.30 0.59 1.22 1.04 1.56 1.28
C3' 0.45 0.18 0.89 0.32 0.27 0.55 0.26 1.31 0.15 0.50 0.15 0.22 0.17 0.41 0.41 1.64 0.39 0.60 1.40 1.29 1.65 1.50
C4 0.16 0.18 0.67 0.40 0.13 0.42 0.18 0.65 0.17 0.22 0.13 0.19 0.25 0.26 0.15 0.79 0.21 0.66 0.44 0.36 0.61 0.35
C4' 0.58 0.26 0.83 0.26 0.39 0.51 0.37 1.36 0.27 0.60 0.22 0.33 0.27 0.50 0.53 1.61 0.37 0.47 1.56 1.41 1.88 1.71
C5 0.28 0.16 0.67 0.41 0.14 0.46 0.16 0.56 0.17 0.19 0.13 0.21 0.25 0.22 0.18 0.73 0.20 0.79 0.23 0.26 0.27 0.13
C5' 0.68 0.30 0.93 0.30 0.44 0.56 0.40 1.51 0.30 0.63 0.25 0.38 0.29 0.51 0.58 1.89 0.47 0.50 1.70 1.65 1.87 1.87
C6 0.35 0.22 0.61 0.45 0.19 0.37 0.16 0.34 0.18 0.18 0.14 0.29 0.27 0.20 0.22 0.50 0.19 0.71 0.18 0.19 0.32 0.36
C8 0.17 0.15 0.76 0.30 0.12 0.68 0.17 1.02 0.17 0.23 0.14 0.14 0.21 0.24 0.15 1.18 0.23 0.98 0.82 0.85 0.84 0.78
N1 0.27 0.26 0.58 0.47 0.16 0.29 0.15 0.28 0.18 0.16 0.13 0.28 0.31 0.21 0.16 0.43 0.19 0.57 0.22 0.32 0.28 0.42
N2 0.17 0.26 0.56 0.48 0.16 0.23 0.21 0.30 0.20 0.25 0.17 0.23 0.36 0.31 0.17 0.41 0.19 0.41 0.16 0.39 0.29 0.30
N3 0.16 0.21 0.62 0.42 0.16 0.33 0.22 0.54 0.19 0.27 0.15 0.21 0.30 0.32 0.19 0.66 0.21 0.51 0.35 0.23 0.61 0.26
N7 0.33 0.13 0.73 0.35 0.16 0.63 0.18 0.77 0.18 0.25 0.15 0.16 0.22 0.24 0.23 0.95 0.21 1.00 0.43 0.55 0.36 0.33
N9 0.17 0.17 0.71 0.34 0.16 0.53 0.19 0.92 0.17 0.26 0.15 0.18 0.22 0.28 0.19 1.03 0.23 0.73 0.81 0.72 1.00 0.78
O2' 0.37 0.23 0.63 0.29 0.27 0.50 0.26 1.17 0.20 0.44 0.21 0.24 0.20 0.39 0.35 1.11 0.27 0.51 1.33 1.09 1.86 1.44
O3' 0.49 0.19 0.89 0.31 0.28 0.55 0.26 1.38 0.16 0.53 0.16 0.22 0.17 0.43 0.43 1.71 0.43 0.56 1.51 1.41 1.82 1.67
O4' 0.51 0.30 0.74 0.27 0.40 0.48 0.39 1.20 0.31 0.56 0.27 0.36 0.31 0.48 0.50 1.34 0.30 0.47 1.38 1.18 1.71 1.46
O5' 0.35 0.28 0.81 0.18 0.26 0.87 0.24 1.78 0.25 0.29 0.27 0.27 0.27 0.25 0.29 1.87 0.32 0.86 1.77 1.85 1.74 1.91
O6 0.46 0.24 0.57 0.46 0.25 0.37 0.18 0.24 0.19 0.23 0.16 0.34 0.26 0.21 0.29 0.41 0.20 0.75 0.37 0.28 0.63 0.61
OP1 0.56 0.88 0.20 0.93 0.67 1.73 0.59 2.49 0.67 0.41 0.82 0.83 0.61 0.43 0.54 1.10 0.72 1.62 2.36 2.66 2.13 2.53
OP2 0.52 0.71 0.88 0.31 0.55 1.06 0.47 2.07 0.51 0.40 0.62 0.70 0.46 0.41 0.48 2.10 0.63 1.01 1.97 2.41 1.80 2.25
P 0.34 0.30 0.80 0.09 0.27 0.92 0.26 1.85 0.27 0.28 0.29 0.29 0.28 0.26 0.29 2.00 0.34 0.87 1.77 2.03 1.59 1.95

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.07 0.03 0.03 0.05 0.07 0.02 0.02 0.01 0.02 0.29 0.01 0.23 0.45 0.59 0.36
C2 0.06 0.00 0.49 0.74 0.01 0.45 0.02 0.71 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.18 0.22 0.17 1.07 1.11 0.89 1.25
C2' 0.01 0.49 0.00 0.01 0.25 0.01 0.11 0.19 0.21 0.24 0.37 0.49 0.15 0.13 0.01 0.01 0.03 0.02 0.40 1.02 0.81 0.69
C3' 0.03 0.74 0.01 0.00 0.39 0.00 0.25 0.02 0.40 0.20 0.61 0.71 0.32 0.06 0.07 0.01 0.01 0.02 0.09 0.83 0.20 0.28
C4 0.03 0.01 0.25 0.39 0.00 0.22 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.07 0.09 0.32 0.38 0.34 0.35
C4' 0.02 0.45 0.01 0.00 0.22 0.00 0.10 0.01 0.19 0.21 0.34 0.43 0.14 0.13 0.02 0.18 0.03 0.01 0.02 0.34 0.15 0.11
C5 0.01 0.02 0.11 0.25 0.01 0.10 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.20 0.10 0.04 0.14 0.30 0.69 0.20
C5' 0.07 0.71 0.19 0.02 0.26 0.01 0.09 0.00 0.24 0.52 0.53 0.65 0.13 0.38 0.12 0.04 0.19 0.01 0.01 0.08 0.26 0.01
C6 0.03 0.01 0.21 0.40 0.01 0.19 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.21 0.07 0.07 0.33 0.60 0.40 0.45
C8 0.03 0.02 0.24 0.20 0.01 0.21 0.01 0.52 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.20 0.31 0.11 0.89 0.71 1.59 0.99
N1 0.05 0.00 0.37 0.61 0.01 0.34 0.01 0.53 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.19 0.16 0.13 0.79 0.99 0.54 0.98
N3 0.07 0.01 0.49 0.71 0.01 0.43 0.01 0.65 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.16 0.18 0.18 0.94 0.84 0.72 1.02
N6 0.02 0.02 0.15 0.32 0.01 0.14 0.02 0.13 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.22 0.07 0.06 0.19 0.54 0.61 0.31
N7 0.02 0.02 0.13 0.06 0.01 0.13 0.00 0.38 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.00 0.01 0.22 0.24 0.07 0.67 0.46 1.45 0.75
N9 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.14 0.21 0.01 0.29 0.33 0.81 0.37
O2' 0.02 0.18 0.01 0.01 0.16 0.18 0.20 0.04 0.21 0.20 0.19 0.16 0.22 0.22 0.14 0.00 0.06 0.08 0.32 1.11 0.84 0.70
O3' 0.29 0.22 0.03 0.01 0.07 0.03 0.10 0.19 0.07 0.31 0.16 0.18 0.07 0.24 0.21 0.06 0.00 0.21 0.31 0.64 0.54 0.18
O4' 0.01 0.17 0.02 0.02 0.09 0.01 0.04 0.01 0.07 0.11 0.13 0.18 0.06 0.07 0.01 0.08 0.21 0.00 0.13 0.17 0.27 0.14
O5' 0.23 1.07 0.40 0.09 0.32 0.02 0.14 0.01 0.33 0.89 0.79 0.94 0.19 0.67 0.29 0.32 0.31 0.13 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.45 1.11 1.02 0.83 0.38 0.34 0.30 0.08 0.60 0.71 0.99 0.84 0.54 0.46 0.33 1.11 0.64 0.17 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.59 0.89 0.81 0.20 0.34 0.15 0.69 0.26 0.40 1.59 0.54 0.72 0.61 1.45 0.81 0.84 0.54 0.27 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.36 1.25 0.69 0.28 0.35 0.11 0.20 0.01 0.45 0.99 0.98 1.02 0.31 0.75 0.37 0.70 0.18 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00