ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53233

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 2, 0, 4, 2, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.019, 0.028, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.016, 0.030, 0.044, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.030 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.019, 0.036, 0.054, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.036 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.018, 0.036, 0.054, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.036 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.021, 0.042, 0.063, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.042 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.016, 0.038, 0.060, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.038 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.021, 0.045, 0.069, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.045 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.031, 0.066, 0.101, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.066 std_dev=0.035
C2 A 0, 0.025, 0.061, 0.096, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.061 std_dev=0.036
C1' A 0, 0.022, 0.060, 0.098, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.060 std_dev=0.038
O6 A 0, 0.049, 0.093, 0.138, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.093 std_dev=0.044
N2 A 0, 0.062, 0.125, 0.188, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.125 std_dev=0.063
O4' A 0, 0.114, 0.270, 0.426, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.270 std_dev=0.156
C2' A 0, 0.038, 0.217, 0.396, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.217 std_dev=0.179
C4 B 0, 0.146, 0.388, 0.630, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.388 std_dev=0.242
N3 B 0, 0.141, 0.387, 0.633, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.387 std_dev=0.246
N9 B 0, 0.203, 0.463, 0.722, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.463 std_dev=0.260
C2 B 0, 0.177, 0.447, 0.718, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.447 std_dev=0.271
C5 B 0, 0.171, 0.443, 0.714, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.443 std_dev=0.272
N1 B 0, 0.167, 0.445, 0.724, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.445 std_dev=0.278
C1' B 0, 0.237, 0.520, 0.802, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.520 std_dev=0.282
C6 B 0, 0.138, 0.432, 0.727, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.432 std_dev=0.295
C8 B 0, 0.270, 0.587, 0.904, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.587 std_dev=0.317
N7 B 0, 0.250, 0.571, 0.892, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.571 std_dev=0.321
C4' A 0, 0.070, 0.399, 0.728, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.399 std_dev=0.329
O2' A 0, -0.011, 0.344, 0.700, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.344 std_dev=0.355
N6 B 0, 0.181, 0.538, 0.894, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.538 std_dev=0.356
O5' A 0, 0.243, 0.627, 1.011, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.627 std_dev=0.384
C5' A 0, 0.254, 0.650, 1.046, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.650 std_dev=0.396
C3' A 0, -0.021, 0.400, 0.821, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.400 std_dev=0.421
OP2 A 0, 0.188, 0.885, 1.583, 2.600 max_d=2.600 avg_d=0.885 std_dev=0.698
P A 0, 0.296, 1.006, 1.717, 2.198 max_d=2.198 avg_d=1.006 std_dev=0.711
O3' A 0, -0.145, 0.604, 1.352, 3.013 max_d=3.013 avg_d=0.604 std_dev=0.749
O4' B 0, 0.356, 1.225, 2.094, 2.696 max_d=2.696 avg_d=1.225 std_dev=0.869
C4' B 0, 0.465, 1.908, 3.350, 3.547 max_d=3.547 avg_d=1.908 std_dev=1.442
C2' B 0, 0.226, 1.725, 3.225, 3.612 max_d=3.612 avg_d=1.725 std_dev=1.500
OP1 A 0, 0.270, 1.932, 3.595, 4.210 max_d=4.210 avg_d=1.932 std_dev=1.662
O2' B 0, 0.184, 1.998, 3.812, 4.427 max_d=4.427 avg_d=1.998 std_dev=1.814
C3' B 0, 0.353, 2.329, 4.304, 4.709 max_d=4.709 avg_d=2.329 std_dev=1.976
C5' B 0, 0.527, 3.280, 6.034, 6.472 max_d=6.472 avg_d=3.280 std_dev=2.753
O3' B 0, 0.438, 3.283, 6.128, 6.693 max_d=6.693 avg_d=3.283 std_dev=2.845
O5' B 0, 0.236, 3.844, 7.453, 8.092 max_d=8.092 avg_d=3.844 std_dev=3.608
P B 0, 0.267, 5.210, 10.152, 11.143 max_d=11.143 avg_d=5.210 std_dev=4.943
OP2 B 0, 0.360, 5.846, 11.333, 12.341 max_d=12.341 avg_d=5.846 std_dev=5.486
OP1 B 0, 0.216, 5.808, 11.400, 12.426 max_d=12.426 avg_d=5.808 std_dev=5.592

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.05 0.09 0.07 0.02 0.01 0.01 0.18 0.01 0.11 0.03 0.56 0.18 0.18
C2 0.07 0.00 0.17 0.20 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.24 0.21 0.08 0.25 0.02 0.94 0.47 0.49
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.10 0.01 0.06 0.12 0.09 0.07 0.14 0.19 0.17 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.36 0.08 0.35 0.40 0.35
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.19 0.01 0.24 0.02 0.26 0.22 0.23 0.20 0.18 0.25 0.15 0.02 0.01 0.01 0.31 0.29 0.12 0.36 0.24
C4 0.03 0.01 0.10 0.19 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.09 0.03 0.23 0.02 0.97 0.45 0.47
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.11 0.12 0.08 0.10 0.07 0.13 0.06 0.17 0.03 0.01 0.02 0.14 0.18 0.18 0.09
C5 0.02 0.01 0.06 0.24 0.01 0.11 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.09 0.02 0.28 0.02 1.17 0.59 0.61
C5' 0.05 0.09 0.12 0.02 0.08 0.01 0.14 0.00 0.16 0.13 0.13 0.09 0.07 0.17 0.06 0.05 0.12 0.02 0.01 0.20 0.16 0.30 0.02
C6 0.03 0.01 0.09 0.26 0.01 0.11 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.25 0.12 0.02 0.31 0.01 1.20 0.65 0.65
C8 0.02 0.02 0.07 0.22 0.01 0.12 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.15 0.13 0.05 0.24 0.04 1.15 0.50 0.55
N1 0.05 0.00 0.14 0.23 0.02 0.08 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.26 0.15 0.05 0.29 0.02 1.09 0.58 0.59
N2 0.09 0.00 0.19 0.20 0.02 0.10 0.01 0.09 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.27 0.31 0.12 0.26 0.04 0.88 0.44 0.46
N3 0.07 0.01 0.17 0.18 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.20 0.22 0.09 0.22 0.02 0.85 0.40 0.42
N7 0.02 0.01 0.04 0.25 0.01 0.13 0.01 0.17 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.20 0.15 0.04 0.30 0.04 1.29 0.65 0.67
N9 0.01 0.03 0.01 0.15 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.13 0.03 0.01 0.18 0.03 0.89 0.36 0.40
O2' 0.01 0.24 0.01 0.02 0.18 0.17 0.21 0.05 0.25 0.15 0.26 0.27 0.20 0.20 0.13 0.00 0.04 0.13 0.21 0.25 0.26 0.25 0.21
O3' 0.18 0.21 0.02 0.01 0.09 0.03 0.09 0.12 0.12 0.13 0.15 0.31 0.22 0.15 0.03 0.04 0.00 0.12 0.31 0.15 0.35 0.39 0.19
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.05 0.12 0.09 0.04 0.01 0.13 0.12 0.00 0.13 0.04 0.46 0.08 0.12
O5' 0.11 0.25 0.36 0.31 0.23 0.02 0.28 0.01 0.31 0.24 0.29 0.26 0.22 0.30 0.18 0.21 0.31 0.13 0.00 0.33 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.08 0.29 0.02 0.14 0.02 0.20 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.25 0.15 0.04 0.33 0.00 1.28 0.73 0.70
OP1 0.56 0.94 0.35 0.12 0.97 0.18 1.17 0.16 1.20 1.15 1.09 0.88 0.85 1.29 0.89 0.26 0.35 0.46 0.02 1.28 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.47 0.40 0.36 0.45 0.18 0.59 0.30 0.65 0.50 0.58 0.44 0.40 0.65 0.36 0.25 0.39 0.08 0.02 0.73 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.49 0.35 0.24 0.47 0.09 0.61 0.02 0.65 0.55 0.59 0.46 0.42 0.67 0.40 0.21 0.19 0.12 0.01 0.70 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.29 0.78 1.13 0.21 0.49 0.21 0.67 0.24 0.22 0.28 0.24 0.24 0.21 0.20 0.51 1.41 0.39 0.41 1.27 0.79 0.52
C2 0.24 0.29 0.18 0.71 0.20 0.51 0.19 0.95 0.18 0.24 0.28 0.24 0.14 0.23 0.22 0.25 0.89 0.21 0.33 0.63 1.67 0.61
C2' 0.21 0.30 0.90 1.22 0.22 0.46 0.29 0.61 0.35 0.27 0.35 0.22 0.42 0.30 0.22 0.67 1.62 0.46 0.44 1.50 0.68 0.62
C3' 0.24 0.25 1.05 1.44 0.11 0.55 0.18 0.73 0.23 0.33 0.27 0.14 0.29 0.29 0.20 0.83 1.96 0.52 0.48 1.36 0.86 0.63
C4 0.24 0.25 0.31 0.94 0.17 0.62 0.15 1.10 0.11 0.22 0.22 0.21 0.09 0.21 0.21 0.21 1.13 0.24 0.48 0.47 1.80 0.77
C4' 0.32 0.21 1.15 1.45 0.20 0.51 0.22 0.65 0.20 0.39 0.21 0.18 0.21 0.32 0.29 0.95 1.96 0.62 0.53 1.46 0.62 0.70
C5 0.27 0.22 0.22 0.98 0.18 0.82 0.17 1.51 0.12 0.23 0.15 0.21 0.16 0.22 0.22 0.44 1.14 0.34 0.98 0.77 2.57 1.45
C5' 0.45 0.25 1.22 1.64 0.27 0.61 0.26 0.77 0.21 0.44 0.23 0.26 0.20 0.35 0.38 1.05 2.26 0.59 0.53 0.82 0.87 0.46
C6 0.28 0.25 0.19 0.87 0.21 0.82 0.21 1.58 0.18 0.24 0.19 0.24 0.24 0.24 0.23 0.56 1.01 0.39 1.07 0.97 2.81 1.63
C8 0.25 0.19 0.42 1.25 0.11 0.89 0.10 1.53 0.09 0.20 0.15 0.16 0.12 0.17 0.18 0.27 1.46 0.32 1.04 0.67 2.31 1.35
N1 0.26 0.28 0.16 0.75 0.22 0.66 0.21 1.28 0.18 0.24 0.24 0.25 0.21 0.24 0.23 0.45 0.90 0.29 0.67 0.54 2.30 1.13
N2 0.23 0.30 0.17 0.60 0.20 0.40 0.20 0.76 0.20 0.24 0.31 0.24 0.17 0.24 0.22 0.20 0.78 0.20 0.35 0.94 1.36 0.49
N3 0.23 0.28 0.31 0.79 0.19 0.46 0.17 0.82 0.18 0.23 0.29 0.23 0.15 0.22 0.21 0.16 0.99 0.22 0.30 0.86 1.36 0.47
N7 0.28 0.17 0.26 1.14 0.15 0.98 0.14 1.79 0.12 0.22 0.12 0.17 0.16 0.20 0.21 0.50 1.31 0.42 1.38 1.20 2.96 1.88
N9 0.22 0.25 0.50 1.11 0.15 0.65 0.12 1.06 0.14 0.21 0.23 0.20 0.14 0.18 0.18 0.20 1.33 0.26 0.46 0.53 1.58 0.66
O2' 0.28 0.33 1.06 1.16 0.34 0.44 0.40 0.54 0.41 0.40 0.37 0.30 0.47 0.45 0.34 0.92 1.57 0.55 0.85 2.17 0.53 1.17
O3' 0.38 0.21 1.15 1.45 0.29 0.58 0.39 0.74 0.33 0.58 0.25 0.19 0.39 0.57 0.40 1.00 2.05 0.69 0.75 1.83 0.83 1.01
O4' 0.20 0.22 0.96 1.29 0.16 0.49 0.19 0.64 0.20 0.28 0.22 0.18 0.20 0.25 0.19 0.68 1.62 0.45 0.43 1.26 0.65 0.55
O5' 0.38 0.32 1.47 2.27 0.33 1.30 0.30 1.61 0.26 0.38 0.28 0.34 0.24 0.34 0.37 1.07 2.88 0.40 1.36 0.63 1.84 1.27
O6 0.29 0.25 0.26 0.88 0.22 0.95 0.22 1.84 0.22 0.23 0.21 0.25 0.30 0.24 0.24 0.73 0.99 0.51 1.43 1.53 3.36 2.14
OP1 0.92 1.24 0.30 1.02 1.04 0.16 0.90 0.47 0.96 0.71 1.12 1.24 0.85 0.73 0.89 0.30 1.97 0.85 0.60 0.50 0.88 0.61
OP2 0.29 0.70 1.18 2.13 0.46 1.38 0.42 1.87 0.52 0.26 0.65 0.62 0.49 0.30 0.32 0.75 2.90 0.42 2.15 1.69 2.45 2.12
P 0.20 0.40 1.24 2.17 0.21 1.27 0.18 1.60 0.25 0.24 0.36 0.33 0.21 0.20 0.17 0.86 3.05 0.28 1.66 1.11 1.94 1.58

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.08 0.09 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.40 0.65 0.18 0.28
C2 0.08 0.00 0.39 0.48 0.02 0.79 0.03 1.42 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.72 0.41 0.70 0.85 0.79 2.20 1.36
C2' 0.00 0.39 0.00 0.01 0.18 0.01 0.07 0.02 0.15 0.23 0.29 0.40 0.07 0.15 0.03 0.01 0.02 0.01 0.31 0.40 0.24 0.24
C3' 0.01 0.48 0.01 0.00 0.25 0.01 0.15 0.02 0.24 0.16 0.39 0.46 0.19 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.32 0.36 0.30 0.29
C4 0.05 0.02 0.18 0.25 0.00 0.37 0.01 0.62 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.32 0.20 0.36 0.20 0.46 0.88 0.27
C4' 0.01 0.79 0.01 0.01 0.37 0.00 0.16 0.01 0.32 0.38 0.60 0.77 0.21 0.23 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.19 0.07 0.04
C5 0.03 0.03 0.07 0.15 0.01 0.16 0.00 0.28 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.15 0.12 0.63 1.10 0.49 0.51
C5' 0.02 1.42 0.02 0.02 0.62 0.01 0.28 0.00 0.58 0.64 1.09 1.32 0.38 0.42 0.07 0.04 0.04 0.02 0.00 0.24 0.11 0.01
C6 0.05 0.01 0.15 0.24 0.02 0.32 0.01 0.58 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.28 0.23 0.26 0.36 0.74 0.94 0.29
C8 0.03 0.03 0.23 0.16 0.01 0.38 0.02 0.64 0.03 0.00 0.03 0.02 0.06 0.00 0.01 0.35 0.12 0.43 1.52 2.10 0.95 1.53
N1 0.08 0.01 0.29 0.39 0.02 0.60 0.02 1.09 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.55 0.35 0.51 0.44 0.34 1.75 0.84
N3 0.09 0.01 0.40 0.46 0.01 0.77 0.01 1.32 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.70 0.36 0.73 0.77 0.64 1.87 1.19
N6 0.03 0.02 0.07 0.19 0.02 0.21 0.02 0.38 0.01 0.06 0.03 0.02 0.00 0.07 0.02 0.15 0.20 0.15 0.61 1.15 0.66 0.51
N7 0.02 0.03 0.15 0.08 0.01 0.23 0.01 0.42 0.03 0.00 0.03 0.02 0.07 0.00 0.02 0.22 0.08 0.26 1.38 2.06 0.74 1.42
N9 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.69 1.05 0.26 0.56
O2' 0.03 0.72 0.01 0.02 0.32 0.04 0.12 0.04 0.28 0.35 0.55 0.70 0.15 0.22 0.02 0.00 0.05 0.06 0.07 0.11 0.14 0.07
O3' 0.02 0.41 0.02 0.01 0.20 0.03 0.15 0.04 0.23 0.12 0.35 0.36 0.20 0.08 0.05 0.05 0.00 0.02 0.34 0.48 0.37 0.35
O4' 0.01 0.70 0.01 0.01 0.36 0.00 0.12 0.02 0.26 0.43 0.51 0.73 0.15 0.26 0.02 0.06 0.02 0.00 0.33 0.63 0.19 0.24
O5' 0.40 0.85 0.31 0.32 0.20 0.01 0.63 0.00 0.36 1.52 0.44 0.77 0.61 1.38 0.69 0.07 0.34 0.33 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.65 0.79 0.40 0.36 0.46 0.19 1.10 0.24 0.74 2.10 0.34 0.64 1.15 2.06 1.05 0.11 0.48 0.63 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 2.20 0.24 0.30 0.88 0.07 0.49 0.11 0.94 0.95 1.75 1.87 0.66 0.74 0.26 0.14 0.37 0.19 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.28 1.36 0.24 0.29 0.27 0.04 0.51 0.01 0.29 1.53 0.84 1.19 0.51 1.42 0.56 0.07 0.35 0.24 0.01 0.00 0.00 0.00