ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53234

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 1, 1, 4, 1, 0, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.001, 0.021, 0.042, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.021 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.006, 0.032, 0.057, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.032 std_dev=0.026
N1 A 0, 0.001, 0.027, 0.054, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.015, 0.043, 0.071, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.043 std_dev=0.028
C4 A 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.029 std_dev=0.030
C2 A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.033 std_dev=0.033
N3 A 0, 0.001, 0.034, 0.067, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.034 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.007, 0.041, 0.075, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.041 std_dev=0.034
N9 A 0, 0.002, 0.037, 0.071, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.037 std_dev=0.034
C1' A 0, 0.001, 0.045, 0.089, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.045 std_dev=0.044
N2 A 0, -0.001, 0.057, 0.114, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.057 std_dev=0.058
N3 B 0, 0.230, 0.487, 0.743, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.487 std_dev=0.257
C4 B 0, 0.190, 0.449, 0.708, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.449 std_dev=0.259
C2 B 0, 0.289, 0.559, 0.828, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.559 std_dev=0.270
C5 B 0, 0.184, 0.465, 0.746, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.465 std_dev=0.281
N1 B 0, 0.264, 0.577, 0.889, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.577 std_dev=0.312
C6 B 0, 0.195, 0.514, 0.832, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.514 std_dev=0.319
N9 B 0, 0.167, 0.499, 0.831, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.499 std_dev=0.332
N7 B 0, 0.193, 0.532, 0.871, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.532 std_dev=0.339
C2' A 0, 0.187, 0.538, 0.889, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.538 std_dev=0.351
C8 B 0, 0.207, 0.562, 0.916, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.562 std_dev=0.354
O4' A 0, 0.128, 0.502, 0.875, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.502 std_dev=0.373
C1' B 0, 0.202, 0.585, 0.969, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.585 std_dev=0.384
N6 B 0, 0.184, 0.582, 0.981, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.582 std_dev=0.398
O5' A 0, 0.478, 1.048, 1.618, 1.955 max_d=1.955 avg_d=1.048 std_dev=0.570
C3' A 0, 0.338, 0.914, 1.491, 1.927 max_d=1.927 avg_d=0.914 std_dev=0.577
P A 0, 0.350, 0.976, 1.602, 1.829 max_d=1.829 avg_d=0.976 std_dev=0.626
O2' A 0, 0.278, 0.912, 1.546, 2.106 max_d=2.106 avg_d=0.912 std_dev=0.634
C4' A 0, 0.239, 0.875, 1.511, 1.913 max_d=1.913 avg_d=0.875 std_dev=0.636
O3' A 0, 0.517, 1.348, 2.180, 2.700 max_d=2.700 avg_d=1.348 std_dev=0.831
C5' A 0, 0.524, 1.375, 2.226, 2.616 max_d=2.616 avg_d=1.375 std_dev=0.851
O4' B 0, 0.584, 1.483, 2.381, 2.949 max_d=2.949 avg_d=1.483 std_dev=0.899
OP1 A 0, 0.806, 1.872, 2.938, 3.282 max_d=3.282 avg_d=1.872 std_dev=1.066
OP2 A 0, 0.668, 1.746, 2.823, 3.239 max_d=3.239 avg_d=1.746 std_dev=1.078
C2' B 0, 0.503, 1.639, 2.775, 3.498 max_d=3.498 avg_d=1.639 std_dev=1.136
O2' B 0, 0.403, 1.670, 2.938, 3.828 max_d=3.828 avg_d=1.670 std_dev=1.267
C4' B 0, 0.718, 2.196, 3.675, 4.378 max_d=4.378 avg_d=2.196 std_dev=1.478
C3' B 0, 0.649, 2.373, 4.098, 4.948 max_d=4.948 avg_d=2.373 std_dev=1.725
O3' B 0, 0.604, 3.096, 5.587, 6.866 max_d=6.866 avg_d=3.096 std_dev=2.492
C5' B 0, 0.759, 3.360, 5.960, 7.234 max_d=7.234 avg_d=3.360 std_dev=2.601
O5' B 0, 1.098, 4.302, 7.506, 8.757 max_d=8.757 avg_d=4.302 std_dev=3.204
P B 0, 1.035, 5.186, 9.337, 10.915 max_d=10.915 avg_d=5.186 std_dev=4.151
OP1 B 0, 0.876, 5.038, 9.199, 10.874 max_d=10.874 avg_d=5.038 std_dev=4.161
OP2 B 0, 1.294, 5.641, 9.988, 11.370 max_d=11.370 avg_d=5.641 std_dev=4.347

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.10 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.06 0.06 0.03 0.09 0.12 0.11 0.01 0.01 0.03 0.18 0.01 0.18 0.04 0.81 0.39 0.24
C2 0.10 0.00 0.23 0.29 0.01 0.10 0.02 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.48 0.37 0.13 0.24 0.01 0.98 0.85 0.16
C2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.12 0.03 0.09 0.14 0.12 0.12 0.18 0.27 0.22 0.10 0.04 0.00 0.06 0.02 0.55 0.11 0.94 0.27 0.55
C3' 0.03 0.29 0.01 0.00 0.30 0.01 0.41 0.04 0.42 0.41 0.35 0.29 0.25 0.46 0.27 0.02 0.02 0.02 0.38 0.47 0.76 0.22 0.35
C4 0.05 0.01 0.12 0.30 0.00 0.10 0.01 0.19 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.35 0.24 0.06 0.26 0.02 0.95 0.81 0.14
C4' 0.01 0.10 0.03 0.01 0.10 0.00 0.20 0.01 0.19 0.29 0.11 0.15 0.10 0.30 0.13 0.29 0.04 0.01 0.03 0.25 0.37 0.27 0.08
C5 0.03 0.02 0.09 0.41 0.01 0.20 0.00 0.35 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.38 0.34 0.02 0.35 0.02 0.91 1.07 0.14
C5' 0.06 0.13 0.14 0.04 0.19 0.01 0.35 0.00 0.35 0.40 0.24 0.10 0.09 0.46 0.19 0.14 0.19 0.03 0.01 0.44 0.18 0.35 0.03
C6 0.06 0.01 0.12 0.42 0.02 0.19 0.01 0.35 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.46 0.37 0.03 0.36 0.01 0.89 1.17 0.19
C8 0.03 0.01 0.12 0.41 0.01 0.29 0.01 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.25 0.36 0.11 0.38 0.03 0.91 0.89 0.07
N1 0.09 0.00 0.18 0.35 0.02 0.11 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.50 0.35 0.09 0.29 0.02 0.95 1.04 0.16
N2 0.12 0.01 0.27 0.29 0.01 0.15 0.02 0.10 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.51 0.47 0.17 0.24 0.02 1.00 0.79 0.19
N3 0.11 0.01 0.22 0.25 0.00 0.10 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.42 0.34 0.14 0.23 0.02 0.98 0.71 0.20
N7 0.01 0.02 0.10 0.46 0.01 0.30 0.00 0.46 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.33 0.42 0.09 0.44 0.04 0.86 1.16 0.17
N9 0.01 0.02 0.04 0.27 0.01 0.13 0.01 0.19 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.21 0.17 0.01 0.24 0.02 0.93 0.66 0.16
O2' 0.03 0.48 0.00 0.02 0.35 0.29 0.38 0.14 0.46 0.25 0.50 0.51 0.42 0.33 0.21 0.00 0.10 0.23 0.30 0.46 0.73 0.27 0.37
O3' 0.18 0.37 0.06 0.02 0.24 0.04 0.34 0.19 0.37 0.36 0.35 0.47 0.34 0.42 0.17 0.10 0.00 0.10 0.23 0.44 0.88 0.30 0.37
O4' 0.01 0.13 0.02 0.02 0.06 0.01 0.02 0.03 0.03 0.11 0.09 0.17 0.14 0.09 0.01 0.23 0.10 0.00 0.11 0.03 0.62 0.41 0.23
O5' 0.18 0.24 0.55 0.38 0.26 0.03 0.35 0.01 0.36 0.38 0.29 0.24 0.23 0.44 0.24 0.30 0.23 0.11 0.00 0.42 0.02 0.03 0.01
O6 0.04 0.01 0.11 0.47 0.02 0.25 0.02 0.44 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.46 0.44 0.03 0.42 0.00 0.82 1.34 0.28
OP1 0.81 0.98 0.94 0.76 0.95 0.37 0.91 0.18 0.89 0.91 0.95 1.00 0.98 0.86 0.93 0.73 0.88 0.62 0.02 0.82 0.00 0.01 0.00
OP2 0.39 0.85 0.27 0.22 0.81 0.27 1.07 0.35 1.17 0.89 1.04 0.79 0.71 1.16 0.66 0.27 0.30 0.41 0.03 1.34 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.16 0.55 0.35 0.14 0.08 0.14 0.03 0.19 0.07 0.16 0.19 0.20 0.17 0.16 0.37 0.37 0.23 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 0.30 0.80 0.77 0.21 0.40 0.18 0.59 0.23 0.34 0.31 0.25 0.22 0.24 0.28 0.82 1.05 0.69 0.93 1.42 0.80 1.02
C2 0.23 0.35 0.39 0.52 0.17 0.26 0.19 0.38 0.16 0.37 0.36 0.24 0.11 0.38 0.24 0.43 0.70 0.25 0.37 0.56 0.54 0.27
C2' 0.33 0.31 0.76 0.76 0.21 0.49 0.22 0.75 0.29 0.35 0.34 0.24 0.33 0.30 0.28 0.79 1.13 0.85 1.18 1.88 1.06 1.35
C3' 0.35 0.36 0.79 0.82 0.14 0.62 0.14 0.97 0.25 0.38 0.37 0.25 0.28 0.25 0.26 0.83 1.30 1.05 1.49 2.32 1.44 1.73
C4 0.27 0.33 0.55 0.76 0.21 0.36 0.20 0.51 0.15 0.38 0.30 0.25 0.10 0.37 0.28 0.53 0.98 0.31 0.44 0.54 0.68 0.33
C4' 0.46 0.24 0.74 0.76 0.23 0.79 0.20 1.16 0.18 0.46 0.23 0.22 0.18 0.32 0.38 0.81 1.21 1.24 1.67 2.28 1.58 1.83
C5 0.26 0.30 0.53 0.94 0.23 0.63 0.28 0.96 0.20 0.38 0.24 0.25 0.23 0.40 0.28 0.49 1.15 0.25 0.87 0.57 1.25 0.82
C5' 0.55 0.32 0.72 0.93 0.32 0.74 0.26 1.01 0.23 0.46 0.29 0.33 0.21 0.33 0.44 0.71 1.50 1.22 1.50 2.03 1.64 1.66
C6 0.24 0.29 0.44 0.87 0.21 0.68 0.30 1.09 0.24 0.38 0.21 0.23 0.35 0.43 0.26 0.43 1.04 0.27 1.02 0.68 1.44 1.00
C8 0.31 0.30 0.75 1.19 0.26 0.65 0.23 0.90 0.17 0.35 0.24 0.29 0.15 0.31 0.31 0.65 1.47 0.32 0.83 0.69 1.23 0.82
N1 0.22 0.32 0.38 0.65 0.18 0.46 0.24 0.73 0.15 0.38 0.26 0.23 0.23 0.42 0.25 0.40 0.82 0.18 0.64 0.31 1.01 0.54
N2 0.23 0.37 0.34 0.39 0.17 0.20 0.17 0.27 0.22 0.36 0.40 0.24 0.20 0.35 0.23 0.41 0.54 0.30 0.45 0.83 0.44 0.50
N3 0.26 0.35 0.47 0.55 0.19 0.25 0.18 0.34 0.21 0.38 0.37 0.25 0.18 0.35 0.26 0.50 0.75 0.38 0.48 0.85 0.44 0.49
N7 0.29 0.31 0.64 1.20 0.27 0.84 0.30 1.26 0.25 0.37 0.26 0.29 0.26 0.37 0.31 0.54 1.45 0.33 1.22 0.93 1.63 1.23
N9 0.30 0.31 0.69 0.88 0.23 0.37 0.18 0.48 0.17 0.37 0.28 0.27 0.13 0.30 0.30 0.65 1.14 0.43 0.50 0.75 0.69 0.47
O2' 0.32 0.32 1.02 0.89 0.28 0.49 0.32 0.81 0.34 0.43 0.36 0.27 0.38 0.40 0.32 1.14 1.26 0.70 1.23 1.96 1.14 1.46
O3' 0.48 0.32 0.71 0.73 0.29 0.88 0.33 1.36 0.29 0.63 0.33 0.26 0.33 0.54 0.45 0.83 1.23 1.29 1.96 2.97 1.91 2.30
O4' 0.33 0.25 0.79 0.76 0.21 0.54 0.20 0.80 0.21 0.37 0.25 0.22 0.22 0.27 0.30 0.84 1.08 0.93 1.18 1.57 1.06 1.25
O5' 0.29 0.54 1.38 1.69 0.35 0.80 0.31 0.83 0.39 0.25 0.50 0.47 0.36 0.23 0.26 1.33 2.35 0.54 1.07 1.41 1.60 1.27
O6 0.24 0.25 0.45 0.98 0.23 0.89 0.33 1.44 0.34 0.37 0.22 0.23 0.48 0.43 0.26 0.44 1.15 0.42 1.45 1.15 1.92 1.50
OP1 1.12 1.06 0.67 1.37 1.09 1.27 1.04 1.42 1.03 1.00 1.04 1.10 1.01 0.99 1.08 0.56 2.26 1.31 1.95 2.34 2.86 2.35
OP2 0.33 0.90 1.01 1.75 0.58 1.03 0.61 1.37 0.78 0.40 0.91 0.73 0.79 0.48 0.39 0.61 2.35 0.64 1.74 1.77 2.24 1.90
P 0.53 0.36 1.19 1.95 0.35 1.30 0.30 1.49 0.26 0.42 0.31 0.38 0.23 0.34 0.43 0.93 2.78 0.86 1.84 2.01 2.51 2.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.31 0.51 0.27 0.22
C2 0.03 0.00 0.35 0.45 0.02 0.83 0.01 1.46 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.58 0.36 0.72 1.44 1.57 1.69 1.59
C2' 0.01 0.35 0.00 0.01 0.17 0.03 0.08 0.03 0.14 0.20 0.26 0.36 0.10 0.13 0.04 0.01 0.02 0.01 0.13 0.70 0.48 0.36
C3' 0.03 0.45 0.01 0.00 0.19 0.01 0.13 0.02 0.17 0.32 0.32 0.45 0.15 0.27 0.12 0.02 0.01 0.02 0.36 0.80 0.53 0.50
C4 0.02 0.02 0.17 0.19 0.00 0.37 0.00 0.62 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.27 0.14 0.36 0.61 0.73 0.76 0.67
C4' 0.01 0.83 0.03 0.01 0.37 0.00 0.16 0.01 0.34 0.40 0.63 0.80 0.22 0.25 0.05 0.14 0.03 0.00 0.03 0.66 0.22 0.22
C5 0.02 0.01 0.08 0.13 0.00 0.16 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.14 0.14 0.50 0.57 0.62 0.57
C5' 0.03 1.46 0.03 0.02 0.62 0.01 0.31 0.00 0.63 0.63 1.14 1.34 0.44 0.41 0.10 0.13 0.07 0.02 0.01 0.44 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.17 0.01 0.34 0.01 0.63 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.17 0.30 0.70 0.76 0.96 0.82
C8 0.02 0.01 0.20 0.32 0.01 0.40 0.00 0.63 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.29 0.27 0.39 0.95 0.92 0.74 0.93
N1 0.03 0.00 0.26 0.32 0.02 0.63 0.01 1.14 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.44 0.26 0.54 1.16 1.24 1.46 1.31
N3 0.03 0.00 0.36 0.45 0.00 0.80 0.01 1.34 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.56 0.34 0.73 1.25 1.40 1.40 1.35
N6 0.02 0.01 0.10 0.15 0.01 0.22 0.01 0.44 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.18 0.18 0.18 0.61 0.69 0.86 0.75
N7 0.02 0.01 0.13 0.27 0.01 0.25 0.00 0.41 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.20 0.25 0.22 0.78 0.85 0.64 0.83
N9 0.01 0.01 0.04 0.12 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.09 0.02 0.42 0.47 0.35 0.37
O2' 0.03 0.58 0.01 0.02 0.27 0.14 0.14 0.13 0.25 0.29 0.44 0.56 0.18 0.20 0.07 0.00 0.05 0.10 0.19 0.88 0.68 0.51
O3' 0.03 0.36 0.02 0.01 0.14 0.03 0.14 0.07 0.17 0.27 0.26 0.34 0.18 0.25 0.09 0.05 0.00 0.03 0.66 1.13 0.97 0.88
O4' 0.01 0.72 0.01 0.02 0.36 0.00 0.14 0.02 0.30 0.39 0.54 0.73 0.18 0.22 0.02 0.10 0.03 0.00 0.48 0.48 0.35 0.30
O5' 0.31 1.44 0.13 0.36 0.61 0.03 0.50 0.01 0.70 0.95 1.16 1.25 0.61 0.78 0.42 0.19 0.66 0.48 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.51 1.57 0.70 0.80 0.73 0.66 0.57 0.44 0.76 0.92 1.24 1.40 0.69 0.85 0.47 0.88 1.13 0.48 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 1.69 0.48 0.53 0.76 0.22 0.62 0.39 0.96 0.74 1.46 1.40 0.86 0.64 0.35 0.68 0.97 0.35 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.22 1.59 0.36 0.50 0.67 0.22 0.57 0.02 0.82 0.93 1.31 1.35 0.75 0.83 0.37 0.51 0.88 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00