ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53236

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 1, 3, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.024, 0.041, 0.057, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.041 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.021, 0.038, 0.056, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.038 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.023, 0.041, 0.059, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.041 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.029, 0.049, 0.069, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.049 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.026, 0.047, 0.068, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.047 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.029, 0.053, 0.077, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.053 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.026, 0.051, 0.077, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.051 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.043, 0.072, 0.100, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.072 std_dev=0.029
N9 A 0, 0.036, 0.067, 0.098, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.067 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.043, 0.076, 0.110, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.076 std_dev=0.033
N2 A 0, 0.042, 0.081, 0.120, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.081 std_dev=0.039
C2 B 0, 0.345, 0.550, 0.755, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.550 std_dev=0.205
N1 B 0, 0.285, 0.518, 0.751, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.518 std_dev=0.233
N3 B 0, 0.373, 0.637, 0.901, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.637 std_dev=0.264
C6 B 0, 0.326, 0.628, 0.929, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.628 std_dev=0.301
C5 B 0, 0.340, 0.668, 0.997, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.668 std_dev=0.329
C4 B 0, 0.279, 0.621, 0.963, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.621 std_dev=0.342
N6 B 0, 0.434, 0.808, 1.183, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.808 std_dev=0.374
N7 B 0, 0.443, 0.833, 1.224, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.833 std_dev=0.390
N9 B 0, 0.331, 0.729, 1.128, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.729 std_dev=0.398
C8 B 0, 0.389, 0.818, 1.246, 1.715 max_d=1.715 avg_d=0.818 std_dev=0.428
C1' B 0, 0.412, 0.856, 1.300, 1.871 max_d=1.871 avg_d=0.856 std_dev=0.444
C2' B 0, 0.492, 0.958, 1.424, 1.919 max_d=1.919 avg_d=0.958 std_dev=0.466
O2' B 0, 0.602, 1.140, 1.678, 2.223 max_d=2.223 avg_d=1.140 std_dev=0.538
O4' B 0, 0.481, 1.029, 1.578, 2.323 max_d=2.323 avg_d=1.029 std_dev=0.549
C3' B 0, 0.540, 1.118, 1.696, 2.303 max_d=2.303 avg_d=1.118 std_dev=0.578
C4' B 0, 0.550, 1.162, 1.775, 2.497 max_d=2.497 avg_d=1.162 std_dev=0.612
O5' B 0, 0.358, 1.019, 1.681, 2.486 max_d=2.486 avg_d=1.019 std_dev=0.662
C5' B 0, 0.564, 1.256, 1.948, 2.677 max_d=2.677 avg_d=1.256 std_dev=0.692
O3' B 0, 0.686, 1.383, 2.081, 2.646 max_d=2.646 avg_d=1.383 std_dev=0.698
OP2 B 0, 0.302, 1.064, 1.826, 2.596 max_d=2.596 avg_d=1.064 std_dev=0.762
P B 0, 0.347, 1.114, 1.880, 2.743 max_d=2.743 avg_d=1.114 std_dev=0.767
OP1 B 0, 0.491, 1.348, 2.205, 3.099 max_d=3.099 avg_d=1.348 std_dev=0.857
O4' A 0, 1.034, 1.951, 2.869, 2.664 max_d=2.664 avg_d=1.951 std_dev=0.918
C2' A 0, 1.117, 2.125, 3.134, 2.791 max_d=2.791 avg_d=2.125 std_dev=1.009
C4' A 0, 1.280, 2.541, 3.801, 3.790 max_d=3.790 avg_d=2.541 std_dev=1.261
O2' A 0, 1.746, 3.220, 4.693, 4.235 max_d=4.235 avg_d=3.220 std_dev=1.473
C3' A 0, 1.285, 2.768, 4.251, 3.994 max_d=3.994 avg_d=2.768 std_dev=1.483
O3' A 0, 1.378, 3.119, 4.861, 4.728 max_d=4.728 avg_d=3.119 std_dev=1.742
C5' A 0, 2.518, 4.846, 7.173, 6.717 max_d=6.717 avg_d=4.846 std_dev=2.328
O5' A 0, 3.309, 6.157, 9.005, 8.279 max_d=8.279 avg_d=6.157 std_dev=2.848
P A 0, 4.674, 8.530, 12.385, 11.188 max_d=11.188 avg_d=8.530 std_dev=3.856
OP1 A 0, 4.976, 8.961, 12.945, 11.891 max_d=11.891 avg_d=8.961 std_dev=3.985
OP2 A 0, 5.413, 9.880, 14.347, 13.086 max_d=13.086 avg_d=9.880 std_dev=4.467

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.04 0.03 0.06 0.05 0.03 0.01 0.02 0.30 0.01 0.29 0.02 0.50 0.61 0.37
C2 0.04 0.00 0.40 0.27 0.02 0.53 0.03 0.98 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.47 0.20 0.65 0.76 0.02 0.91 0.74 0.68
C2' 0.00 0.40 0.00 0.00 0.21 0.02 0.11 0.20 0.18 0.20 0.31 0.47 0.39 0.10 0.02 0.01 0.03 0.02 0.48 0.14 0.59 1.06 0.66
C3' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.26 0.00 0.38 0.01 0.38 0.45 0.31 0.29 0.23 0.48 0.26 0.02 0.01 0.03 0.30 0.44 0.43 0.73 0.39
C4 0.02 0.02 0.21 0.26 0.00 0.18 0.01 0.41 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.13 0.11 0.33 0.49 0.01 0.62 0.81 0.41
C4' 0.01 0.53 0.02 0.00 0.18 0.00 0.12 0.01 0.14 0.47 0.34 0.72 0.52 0.39 0.12 0.31 0.02 0.00 0.02 0.15 0.19 0.24 0.11
C5 0.01 0.03 0.11 0.38 0.01 0.12 0.00 0.25 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.22 0.18 0.13 0.70 0.01 0.86 1.26 0.74
C5' 0.08 0.98 0.20 0.01 0.41 0.01 0.25 0.00 0.37 0.64 0.71 1.30 0.92 0.54 0.15 0.11 0.23 0.03 0.01 0.33 0.10 0.07 0.01
C6 0.02 0.02 0.18 0.38 0.01 0.14 0.01 0.37 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.16 0.23 0.25 0.65 0.01 0.79 1.23 0.64
C8 0.04 0.03 0.20 0.45 0.01 0.47 0.01 0.64 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.61 0.15 0.36 1.11 0.04 1.30 1.57 1.26
N1 0.03 0.01 0.31 0.31 0.01 0.34 0.02 0.71 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.27 0.22 0.48 0.62 0.01 0.72 0.89 0.48
N2 0.06 0.01 0.47 0.29 0.02 0.72 0.04 1.30 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.68 0.25 0.78 1.05 0.03 1.28 0.95 1.09
N3 0.05 0.01 0.39 0.23 0.01 0.52 0.02 0.92 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.46 0.18 0.66 0.69 0.01 0.83 0.65 0.61
N7 0.03 0.03 0.10 0.48 0.01 0.39 0.01 0.54 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.52 0.22 0.21 1.10 0.04 1.34 1.76 1.29
N9 0.01 0.02 0.02 0.26 0.01 0.12 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.21 0.07 0.02 0.56 0.03 0.71 0.92 0.60
O2' 0.02 0.47 0.01 0.02 0.13 0.31 0.22 0.11 0.16 0.61 0.27 0.68 0.46 0.52 0.21 0.00 0.07 0.23 0.33 0.23 0.56 1.16 0.64
O3' 0.30 0.20 0.03 0.01 0.11 0.02 0.18 0.23 0.23 0.15 0.22 0.25 0.18 0.22 0.07 0.07 0.00 0.20 0.28 0.29 0.44 0.61 0.29
O4' 0.01 0.65 0.02 0.03 0.33 0.00 0.13 0.03 0.25 0.36 0.48 0.78 0.66 0.21 0.02 0.23 0.20 0.00 0.25 0.17 0.50 0.40 0.37
O5' 0.29 0.76 0.48 0.30 0.49 0.02 0.70 0.01 0.65 1.11 0.62 1.05 0.69 1.10 0.56 0.33 0.28 0.25 0.00 0.77 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.02 0.14 0.44 0.01 0.15 0.01 0.33 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.23 0.29 0.17 0.77 0.00 0.96 1.52 0.86
OP1 0.50 0.91 0.59 0.43 0.62 0.19 0.86 0.10 0.79 1.30 0.72 1.28 0.83 1.34 0.71 0.56 0.44 0.50 0.02 0.96 0.00 0.02 0.01
OP2 0.61 0.74 1.06 0.73 0.81 0.24 1.26 0.07 1.23 1.57 0.89 0.95 0.65 1.76 0.92 1.16 0.61 0.40 0.02 1.52 0.02 0.00 0.01
P 0.37 0.68 0.66 0.39 0.41 0.11 0.74 0.01 0.64 1.26 0.48 1.09 0.61 1.29 0.60 0.64 0.29 0.37 0.00 0.86 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.32 0.34 0.34 0.25 0.29 0.28 0.28 0.33 0.24 0.36 0.26 0.37 0.26 0.24 0.41 0.41 0.27 0.28 0.27 0.30 0.28
C2 0.15 0.28 0.20 0.16 0.21 0.11 0.26 0.14 0.31 0.22 0.31 0.22 0.33 0.26 0.18 0.23 0.19 0.12 0.19 0.18 0.32 0.23
C2' 0.32 0.47 0.36 0.36 0.26 0.39 0.25 0.39 0.35 0.22 0.47 0.35 0.38 0.20 0.24 0.48 0.48 0.39 0.30 0.31 0.20 0.27
C3' 0.45 0.45 0.66 0.65 0.32 0.53 0.24 0.47 0.29 0.22 0.38 0.45 0.32 0.17 0.32 0.80 0.82 0.41 0.40 0.41 0.29 0.33
C4 0.20 0.28 0.26 0.24 0.22 0.19 0.26 0.19 0.32 0.21 0.34 0.21 0.36 0.25 0.20 0.31 0.28 0.19 0.22 0.21 0.30 0.24
C4' 0.94 0.68 1.10 1.11 0.74 1.04 0.63 1.01 0.57 0.72 0.59 0.79 0.53 0.63 0.80 1.19 1.21 0.93 0.95 0.97 0.86 0.91
C5 0.15 0.21 0.21 0.19 0.17 0.12 0.24 0.13 0.31 0.19 0.30 0.14 0.38 0.24 0.15 0.26 0.22 0.12 0.18 0.18 0.29 0.21
C5' 1.64 1.08 1.86 1.90 1.27 1.84 1.08 1.81 0.91 1.31 0.89 1.31 0.79 1.13 1.42 1.98 2.06 1.67 1.69 1.76 1.53 1.64
C6 0.10 0.14 0.16 0.14 0.12 0.07 0.23 0.09 0.30 0.19 0.25 0.07 0.37 0.25 0.13 0.19 0.15 0.07 0.16 0.18 0.31 0.20
C8 0.21 0.23 0.29 0.27 0.20 0.21 0.25 0.20 0.31 0.20 0.31 0.19 0.38 0.24 0.19 0.35 0.32 0.19 0.22 0.22 0.29 0.23
N1 0.10 0.20 0.15 0.12 0.14 0.06 0.24 0.08 0.29 0.19 0.27 0.12 0.34 0.25 0.13 0.19 0.13 0.06 0.15 0.17 0.32 0.21
N2 0.18 0.29 0.21 0.17 0.25 0.13 0.28 0.16 0.30 0.25 0.30 0.26 0.32 0.28 0.22 0.25 0.21 0.14 0.22 0.21 0.35 0.27
N3 0.22 0.31 0.26 0.24 0.24 0.20 0.28 0.21 0.32 0.24 0.34 0.26 0.34 0.26 0.22 0.30 0.28 0.21 0.24 0.23 0.32 0.26
N7 0.17 0.19 0.24 0.22 0.17 0.15 0.23 0.15 0.30 0.19 0.28 0.15 0.39 0.24 0.16 0.29 0.26 0.14 0.18 0.19 0.29 0.21
N9 0.24 0.29 0.31 0.29 0.23 0.24 0.27 0.23 0.33 0.22 0.35 0.23 0.37 0.25 0.22 0.36 0.34 0.23 0.25 0.24 0.30 0.25
O2' 0.60 0.56 0.59 0.63 0.38 0.76 0.38 0.76 0.50 0.43 0.63 0.42 0.56 0.36 0.46 0.76 0.74 0.73 0.61 0.65 0.44 0.58
O3' 0.46 0.52 0.68 0.66 0.37 0.51 0.28 0.44 0.34 0.26 0.45 0.50 0.33 0.20 0.36 0.80 0.82 0.39 0.39 0.39 0.30 0.32
O4' 0.79 0.60 0.85 0.84 0.66 0.83 0.60 0.82 0.56 0.66 0.57 0.67 0.56 0.60 0.70 0.87 0.87 0.79 0.79 0.80 0.77 0.79
O5' 1.46 1.12 1.71 1.76 1.17 1.68 1.04 1.64 1.00 1.16 1.03 1.23 0.98 1.04 1.26 1.85 1.95 1.48 1.53 1.60 1.38 1.47
O6 0.12 0.09 0.15 0.17 0.12 0.12 0.23 0.13 0.28 0.22 0.19 0.07 0.39 0.28 0.15 0.17 0.16 0.12 0.20 0.23 0.35 0.24
OP1 1.65 1.07 1.95 2.06 1.17 2.02 0.97 1.99 0.89 1.21 0.96 1.23 0.85 0.99 1.34 2.14 2.33 1.75 1.77 1.90 1.49 1.69
OP2 1.19 0.96 1.46 1.55 0.84 1.55 0.86 1.51 1.04 0.84 1.11 0.89 1.24 0.82 0.92 1.74 1.85 1.29 1.28 1.42 1.05 1.22
P 1.48 0.95 1.77 1.86 1.00 1.84 0.83 1.80 0.81 1.03 0.89 1.07 0.84 0.83 1.17 1.99 2.13 1.57 1.59 1.71 1.33 1.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.06 0.06 0.05
C2 0.05 0.00 0.11 0.14 0.01 0.05 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.17 0.06 0.12 0.13 0.16 0.14
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.06 0.02 0.04 0.02 0.06 0.04 0.09 0.10 0.05 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.08 0.07 0.05
C3' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.10 0.00 0.11 0.01 0.12 0.10 0.14 0.12 0.12 0.10 0.08 0.02 0.01 0.02 0.04 0.08 0.07 0.05
C4 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.03 0.10 0.12 0.13 0.13
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.03 0.08 0.01 0.00 0.02 0.06 0.03 0.03
C5 0.02 0.02 0.04 0.11 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.13 0.02 0.12 0.14 0.17 0.15
C5' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.09 0.08 0.08 0.07 0.10 0.09 0.06 0.08 0.05 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02
C6 0.03 0.01 0.06 0.12 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.15 0.03 0.13 0.16 0.19 0.17
C8 0.02 0.01 0.04 0.10 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.11 0.05 0.10 0.13 0.16 0.13
N1 0.04 0.00 0.09 0.14 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.17 0.05 0.13 0.15 0.19 0.17
N3 0.05 0.00 0.10 0.12 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.14 0.07 0.11 0.12 0.13 0.12
N6 0.03 0.01 0.05 0.12 0.01 0.06 0.02 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.07 0.16 0.03 0.14 0.18 0.21 0.19
N7 0.01 0.02 0.02 0.10 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.13 0.04 0.12 0.15 0.19 0.16
N9 0.00 0.02 0.02 0.08 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.08 0.10 0.11 0.10
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.06 0.08 0.05 0.08 0.07 0.03 0.10 0.11 0.07 0.03 0.02 0.00 0.05 0.05 0.05 0.09 0.05 0.06
O3' 0.02 0.17 0.02 0.01 0.11 0.01 0.13 0.05 0.15 0.11 0.17 0.14 0.16 0.13 0.07 0.05 0.00 0.01 0.06 0.11 0.08 0.06
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.05 0.07 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.06 0.08 0.08 0.07
O5' 0.04 0.12 0.04 0.04 0.10 0.02 0.12 0.01 0.13 0.10 0.13 0.11 0.14 0.12 0.08 0.05 0.06 0.06 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.06 0.13 0.08 0.08 0.12 0.06 0.14 0.07 0.16 0.13 0.15 0.12 0.18 0.15 0.10 0.09 0.11 0.08 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.16 0.07 0.07 0.13 0.03 0.17 0.02 0.19 0.16 0.19 0.13 0.21 0.19 0.11 0.05 0.08 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.14 0.05 0.05 0.13 0.03 0.15 0.02 0.17 0.13 0.17 0.12 0.19 0.16 0.10 0.06 0.06 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00