ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53237

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 3, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N2 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.009, 0.020, 0.032, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.012, 0.031, 0.051, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.031 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.015, 0.038, 0.061, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.023
C2' A 0, 0.019, 0.105, 0.192, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.105 std_dev=0.086
O2' A 0, 0.039, 0.127, 0.215, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.127 std_dev=0.088
O4' A 0, 0.012, 0.103, 0.193, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.103 std_dev=0.090
C4' A 0, 0.034, 0.162, 0.290, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.162 std_dev=0.128
C3' A 0, 0.046, 0.181, 0.316, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.181 std_dev=0.135
C4 B 0, 0.177, 0.327, 0.477, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.327 std_dev=0.150
C5 B 0, 0.199, 0.382, 0.564, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.382 std_dev=0.182
O5' A 0, 0.034, 0.223, 0.413, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.223 std_dev=0.190
O3' A 0, 0.101, 0.309, 0.516, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.309 std_dev=0.208
N9 B 0, 0.175, 0.389, 0.602, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.389 std_dev=0.213
C5' A 0, 0.037, 0.254, 0.470, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.254 std_dev=0.217
N3 B 0, 0.148, 0.370, 0.591, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.370 std_dev=0.221
OP2 A 0, 0.204, 0.426, 0.649, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.426 std_dev=0.222
P A 0, 0.125, 0.367, 0.609, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.367 std_dev=0.242
C1' B 0, 0.252, 0.497, 0.743, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.497 std_dev=0.245
C3' B 0, 0.270, 0.526, 0.781, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.526 std_dev=0.255
C2' B 0, 0.263, 0.522, 0.781, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.522 std_dev=0.259
N7 B 0, 0.211, 0.475, 0.740, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.475 std_dev=0.264
C8 B 0, 0.205, 0.480, 0.755, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.480 std_dev=0.275
C2 B 0, 0.183, 0.459, 0.735, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.459 std_dev=0.276
C6 B 0, 0.166, 0.443, 0.719, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.443 std_dev=0.276
C4' B 0, 0.294, 0.574, 0.854, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.574 std_dev=0.280
O5' B 0, 0.290, 0.573, 0.857, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.573 std_dev=0.283
O2' B 0, 0.263, 0.559, 0.854, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.559 std_dev=0.296
O4' B 0, 0.300, 0.602, 0.904, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.602 std_dev=0.302
C5' B 0, 0.288, 0.597, 0.907, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.597 std_dev=0.310
P B 0, 0.247, 0.560, 0.872, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.560 std_dev=0.312
O3' B 0, 0.255, 0.568, 0.881, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.568 std_dev=0.313
OP1 A 0, 0.186, 0.503, 0.819, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.503 std_dev=0.316
N1 B 0, 0.169, 0.486, 0.804, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.486 std_dev=0.318
OP2 B 0, 0.301, 0.649, 0.997, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.649 std_dev=0.348
N6 B 0, 0.173, 0.559, 0.945, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.559 std_dev=0.386
OP1 B 0, 0.326, 0.745, 1.164, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.745 std_dev=0.419

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.04
C2 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.12 0.05 0.11 0.00 0.12 0.13 0.12
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.08 0.07 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.05 0.04 0.02
C4 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.09 0.00 0.07 0.08 0.07
C4' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.10 0.00 0.09 0.11 0.09
C5' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.05 0.08 0.10 0.08 0.06 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.09 0.03 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.11 0.00 0.11 0.14 0.11
C8 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.07 0.01 0.06 0.07 0.06
N1 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.03 0.11 0.00 0.12 0.14 0.12
N2 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.14 0.06 0.12 0.00 0.15 0.16 0.15
N3 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.05 0.10 0.00 0.09 0.10 0.10
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.09 0.01 0.08 0.10 0.09
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.05 0.06 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.07 0.05 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01
O3' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.10 0.14 0.10 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.07 0.08 0.08 0.06
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.08 0.07
O5' 0.02 0.11 0.02 0.03 0.09 0.00 0.10 0.00 0.11 0.07 0.11 0.12 0.10 0.09 0.06 0.02 0.05 0.03 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.12 0.00 0.13 0.16 0.13
OP1 0.04 0.12 0.03 0.05 0.07 0.03 0.09 0.03 0.11 0.06 0.12 0.15 0.09 0.08 0.05 0.03 0.08 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.13 0.03 0.04 0.08 0.03 0.11 0.01 0.14 0.07 0.14 0.16 0.10 0.10 0.06 0.03 0.08 0.08 0.01 0.16 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.12 0.01 0.02 0.07 0.02 0.09 0.00 0.11 0.06 0.12 0.15 0.10 0.09 0.05 0.01 0.06 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.32 0.17 0.10 0.25 0.15 0.25 0.16 0.31 0.14 0.33 0.28 0.33 0.18 0.19 0.20 0.09 0.22 0.20 0.16 0.17 0.17
C2 0.19 0.31 0.20 0.14 0.19 0.14 0.09 0.14 0.11 0.11 0.23 0.29 0.09 0.11 0.15 0.26 0.14 0.17 0.22 0.13 0.17 0.14
C2' 0.25 0.33 0.22 0.14 0.28 0.18 0.28 0.16 0.34 0.21 0.35 0.31 0.37 0.22 0.25 0.24 0.11 0.28 0.16 0.18 0.21 0.18
C3' 0.25 0.37 0.23 0.15 0.29 0.18 0.30 0.16 0.36 0.22 0.39 0.33 0.39 0.23 0.25 0.25 0.12 0.26 0.16 0.19 0.22 0.18
C4 0.18 0.28 0.16 0.10 0.20 0.12 0.15 0.13 0.19 0.08 0.24 0.27 0.18 0.11 0.15 0.22 0.10 0.17 0.22 0.11 0.14 0.13
C4' 0.22 0.38 0.21 0.13 0.28 0.16 0.28 0.15 0.36 0.18 0.40 0.33 0.38 0.21 0.23 0.23 0.10 0.23 0.17 0.18 0.21 0.17
C5 0.16 0.22 0.15 0.10 0.14 0.12 0.11 0.13 0.13 0.11 0.17 0.22 0.14 0.14 0.11 0.21 0.11 0.15 0.22 0.10 0.11 0.11
C5' 0.21 0.39 0.20 0.12 0.27 0.15 0.27 0.15 0.35 0.17 0.40 0.33 0.37 0.19 0.21 0.23 0.10 0.21 0.18 0.18 0.21 0.18
C6 0.15 0.19 0.17 0.12 0.09 0.14 0.08 0.14 0.10 0.13 0.13 0.20 0.15 0.15 0.09 0.24 0.13 0.15 0.22 0.12 0.12 0.11
C8 0.16 0.23 0.14 0.10 0.18 0.13 0.18 0.14 0.21 0.13 0.22 0.22 0.23 0.19 0.14 0.18 0.10 0.17 0.21 0.10 0.11 0.12
N1 0.18 0.23 0.19 0.14 0.13 0.15 0.07 0.14 0.08 0.12 0.14 0.24 0.15 0.14 0.12 0.26 0.15 0.16 0.22 0.12 0.14 0.13
N2 0.21 0.34 0.22 0.16 0.20 0.15 0.12 0.15 0.12 0.13 0.25 0.31 0.12 0.15 0.17 0.28 0.17 0.18 0.23 0.15 0.20 0.16
N3 0.19 0.33 0.18 0.11 0.22 0.13 0.15 0.14 0.20 0.09 0.29 0.30 0.15 0.08 0.16 0.24 0.11 0.18 0.22 0.13 0.18 0.15
N7 0.14 0.19 0.13 0.10 0.14 0.12 0.14 0.14 0.15 0.15 0.16 0.19 0.18 0.18 0.11 0.18 0.10 0.14 0.22 0.11 0.10 0.12
N9 0.18 0.28 0.16 0.09 0.21 0.13 0.20 0.14 0.24 0.10 0.27 0.26 0.25 0.15 0.16 0.20 0.09 0.19 0.21 0.11 0.13 0.13
O2' 0.26 0.31 0.22 0.16 0.27 0.20 0.28 0.18 0.33 0.23 0.34 0.29 0.37 0.24 0.25 0.24 0.13 0.30 0.17 0.22 0.23 0.20
O3' 0.28 0.35 0.26 0.19 0.30 0.22 0.30 0.19 0.35 0.27 0.37 0.32 0.38 0.27 0.28 0.28 0.16 0.31 0.17 0.23 0.27 0.22
O4' 0.20 0.37 0.18 0.10 0.27 0.14 0.27 0.15 0.35 0.15 0.39 0.33 0.36 0.19 0.21 0.21 0.09 0.20 0.19 0.17 0.18 0.17
O5' 0.19 0.37 0.18 0.11 0.25 0.14 0.23 0.16 0.31 0.14 0.38 0.32 0.31 0.15 0.18 0.22 0.09 0.19 0.20 0.18 0.22 0.18
O6 0.13 0.17 0.16 0.13 0.07 0.15 0.12 0.15 0.14 0.16 0.15 0.15 0.18 0.18 0.08 0.24 0.15 0.15 0.21 0.14 0.11 0.11
OP1 0.17 0.36 0.17 0.10 0.23 0.12 0.21 0.14 0.28 0.12 0.36 0.30 0.27 0.14 0.16 0.21 0.09 0.16 0.19 0.16 0.22 0.17
OP2 0.15 0.32 0.15 0.09 0.19 0.11 0.15 0.14 0.22 0.08 0.31 0.27 0.20 0.10 0.13 0.21 0.09 0.14 0.22 0.14 0.19 0.16
P 0.15 0.35 0.16 0.08 0.22 0.10 0.19 0.13 0.26 0.10 0.34 0.29 0.26 0.12 0.15 0.20 0.08 0.14 0.19 0.14 0.19 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.08 0.08
C2 0.00 0.00 0.05 0.13 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.16 0.01 0.16 0.14 0.15 0.13
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.05
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.10 0.00 0.11 0.01 0.12 0.07 0.13 0.11 0.12 0.09 0.07 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.05 0.03
C4 0.00 0.00 0.03 0.10 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.11 0.01 0.15 0.12 0.11 0.11
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.08 0.07 0.05 0.09 0.09 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.11 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.13 0.01 0.20 0.16 0.15 0.15
C5' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.10 0.00 0.14 0.00 0.14 0.13 0.13 0.08 0.16 0.15 0.08 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.12 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.15 0.01 0.21 0.18 0.18 0.17
C8 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.17 0.12 0.10 0.10
N1 0.01 0.00 0.04 0.13 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.17 0.01 0.19 0.17 0.18 0.16
N3 0.00 0.00 0.05 0.11 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.13 0.01 0.14 0.11 0.12 0.10
N6 0.01 0.00 0.03 0.12 0.01 0.09 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.16 0.01 0.22 0.20 0.21 0.20
N7 0.00 0.00 0.02 0.09 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.11 0.01 0.21 0.16 0.14 0.16
N9 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.12 0.09 0.08 0.08
O2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.06 0.04 0.04
O3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.11 0.01 0.13 0.02 0.15 0.08 0.17 0.13 0.16 0.11 0.07 0.02 0.00 0.00 0.05 0.09 0.10 0.03
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.05 0.11 0.11
O5' 0.04 0.16 0.02 0.03 0.15 0.00 0.20 0.00 0.21 0.17 0.19 0.14 0.22 0.21 0.12 0.02 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.04 0.14 0.03 0.05 0.12 0.03 0.16 0.05 0.18 0.12 0.17 0.11 0.20 0.16 0.09 0.06 0.09 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.15 0.05 0.05 0.11 0.02 0.15 0.03 0.18 0.10 0.18 0.12 0.21 0.14 0.08 0.04 0.10 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.13 0.05 0.03 0.11 0.03 0.15 0.00 0.17 0.10 0.16 0.10 0.20 0.16 0.08 0.04 0.03 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00