ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53238

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.006, 0.024, 0.041, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.020, 0.039, 0.057, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.039 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.016, 0.035, 0.055, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.035 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.007, 0.028, 0.049, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.028 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.006, 0.028, 0.049, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.028 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.019, 0.040, 0.062, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.040 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.007, 0.035, 0.064, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.035 std_dev=0.028
N3 A 0, 0.005, 0.037, 0.068, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.037 std_dev=0.031
C2 A 0, 0.004, 0.036, 0.069, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.036 std_dev=0.032
C1' A 0, 0.003, 0.041, 0.078, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.041 std_dev=0.037
N2 A 0, 0.006, 0.076, 0.145, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.076 std_dev=0.070
C2' A 0, 0.113, 0.229, 0.344, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.229 std_dev=0.116
O4' A 0, 0.101, 0.226, 0.350, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.226 std_dev=0.124
O2' A 0, 0.128, 0.294, 0.460, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.294 std_dev=0.166
C4' A 0, 0.140, 0.332, 0.524, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.332 std_dev=0.192
C3' A 0, 0.156, 0.352, 0.549, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.352 std_dev=0.196
N9 B 0, 0.328, 0.563, 0.799, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.563 std_dev=0.235
C4 B 0, 0.407, 0.647, 0.888, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.647 std_dev=0.241
C5 B 0, 0.445, 0.691, 0.936, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.691 std_dev=0.246
C1' B 0, 0.331, 0.586, 0.842, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.586 std_dev=0.256
N7 B 0, 0.399, 0.680, 0.961, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.680 std_dev=0.281
N3 B 0, 0.491, 0.779, 1.067, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.779 std_dev=0.288
C8 B 0, 0.314, 0.608, 0.902, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.608 std_dev=0.294
C6 B 0, 0.521, 0.821, 1.120, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.821 std_dev=0.299
O4' B 0, 0.308, 0.614, 0.919, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.614 std_dev=0.305
O3' A 0, 0.230, 0.537, 0.845, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.537 std_dev=0.308
C5' A 0, 0.267, 0.579, 0.891, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.579 std_dev=0.312
C2 B 0, 0.568, 0.913, 1.258, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.913 std_dev=0.345
N1 B 0, 0.578, 0.933, 1.288, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.933 std_dev=0.355
N6 B 0, 0.544, 0.902, 1.261, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.902 std_dev=0.359
C2' B 0, 0.386, 0.758, 1.130, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.758 std_dev=0.372
C4' B 0, 0.349, 0.813, 1.277, 1.820 max_d=1.820 avg_d=0.813 std_dev=0.464
O2' B 0, 0.612, 1.113, 1.614, 1.948 max_d=1.948 avg_d=1.113 std_dev=0.501
C5' B 0, 0.382, 0.945, 1.508, 2.249 max_d=2.249 avg_d=0.945 std_dev=0.563
C3' B 0, 0.482, 1.109, 1.735, 2.507 max_d=2.507 avg_d=1.109 std_dev=0.626
O5' A 0, 0.290, 0.923, 1.557, 2.544 max_d=2.544 avg_d=0.923 std_dev=0.633
O5' B 0, 0.342, 1.012, 1.682, 2.710 max_d=2.710 avg_d=1.012 std_dev=0.670
P B 0, 0.255, 1.230, 2.206, 3.746 max_d=3.746 avg_d=1.230 std_dev=0.975
OP2 B 0, 0.744, 1.782, 2.819, 3.887 max_d=3.887 avg_d=1.782 std_dev=1.038
P A 0, -0.141, 0.927, 1.995, 4.062 max_d=4.062 avg_d=0.927 std_dev=1.068
O3' B 0, 0.463, 1.531, 2.599, 3.744 max_d=3.744 avg_d=1.531 std_dev=1.068
OP1 A 0, 0.272, 1.582, 2.891, 4.529 max_d=4.529 avg_d=1.582 std_dev=1.309
OP2 A 0, 0.053, 1.386, 2.719, 4.433 max_d=4.433 avg_d=1.386 std_dev=1.333
OP1 B 0, 0.035, 1.810, 3.584, 5.670 max_d=5.670 avg_d=1.810 std_dev=1.775

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.10 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.07 0.13 0.09 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.03 0.38 0.21 0.07
C2 0.10 0.00 0.18 0.23 0.01 0.13 0.01 0.14 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.18 0.29 0.08 0.29 0.02 0.70 0.61 0.33
C2' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.10 0.02 0.08 0.02 0.10 0.04 0.15 0.22 0.17 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.20 0.08 0.32 0.27 0.15
C3' 0.02 0.23 0.00 0.00 0.14 0.01 0.12 0.02 0.15 0.08 0.20 0.27 0.21 0.08 0.06 0.01 0.01 0.02 0.29 0.14 0.41 0.35 0.22
C4 0.04 0.01 0.10 0.14 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.08 0.17 0.03 0.32 0.02 0.74 0.58 0.37
C4' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.07 0.00 0.06 0.01 0.07 0.08 0.10 0.17 0.12 0.08 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.08 0.24 0.14 0.13
C5 0.03 0.01 0.08 0.12 0.01 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.15 0.03 0.43 0.01 0.98 0.74 0.56
C5' 0.03 0.14 0.02 0.02 0.11 0.01 0.14 0.00 0.15 0.16 0.14 0.17 0.13 0.18 0.10 0.05 0.05 0.02 0.01 0.17 0.22 0.35 0.02
C6 0.04 0.02 0.10 0.15 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.10 0.20 0.03 0.44 0.01 1.04 0.79 0.60
C8 0.03 0.01 0.04 0.08 0.01 0.08 0.01 0.16 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.06 0.45 0.03 0.94 0.65 0.54
N1 0.07 0.01 0.15 0.20 0.02 0.10 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.15 0.26 0.05 0.37 0.02 0.89 0.72 0.48
N2 0.13 0.01 0.22 0.27 0.03 0.17 0.02 0.17 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.23 0.34 0.12 0.26 0.03 0.61 0.58 0.26
N3 0.09 0.01 0.17 0.21 0.00 0.12 0.01 0.13 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.16 0.25 0.09 0.26 0.02 0.60 0.53 0.26
N7 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.08 0.01 0.18 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.06 0.50 0.03 1.12 0.80 0.67
N9 0.01 0.03 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.31 0.02 0.67 0.48 0.32
O2' 0.01 0.18 0.01 0.01 0.08 0.04 0.07 0.05 0.10 0.03 0.15 0.23 0.16 0.04 0.03 0.00 0.03 0.04 0.04 0.09 0.32 0.12 0.20
O3' 0.01 0.29 0.01 0.01 0.17 0.02 0.15 0.05 0.20 0.08 0.26 0.34 0.25 0.10 0.07 0.03 0.00 0.01 0.31 0.19 0.64 0.36 0.22
O4' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.05 0.12 0.09 0.06 0.01 0.04 0.01 0.00 0.17 0.05 0.36 0.13 0.12
O5' 0.14 0.29 0.20 0.29 0.32 0.02 0.43 0.01 0.44 0.45 0.37 0.26 0.26 0.50 0.31 0.04 0.31 0.17 0.00 0.50 0.02 0.03 0.01
O6 0.03 0.02 0.08 0.14 0.02 0.08 0.01 0.17 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.09 0.19 0.05 0.50 0.00 1.18 0.88 0.71
OP1 0.38 0.70 0.32 0.41 0.74 0.24 0.98 0.22 1.04 0.94 0.89 0.61 0.60 1.12 0.67 0.32 0.64 0.36 0.02 1.18 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.61 0.27 0.35 0.58 0.14 0.74 0.35 0.79 0.65 0.72 0.58 0.53 0.80 0.48 0.12 0.36 0.13 0.03 0.88 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.33 0.15 0.22 0.37 0.13 0.56 0.02 0.60 0.54 0.48 0.26 0.26 0.67 0.32 0.20 0.22 0.12 0.01 0.71 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.25 0.26 0.37 0.23 0.42 0.30 0.45 0.33 0.27 0.29 0.23 0.39 0.35 0.19 0.31 0.44 0.33 0.45 1.09 0.45 0.45
C2 0.23 0.32 0.20 0.23 0.20 0.32 0.21 0.29 0.33 0.21 0.37 0.26 0.38 0.19 0.19 0.32 0.37 0.34 0.53 1.17 0.79 0.70
C2' 0.25 0.31 0.27 0.40 0.26 0.43 0.34 0.52 0.39 0.29 0.36 0.27 0.47 0.38 0.22 0.32 0.48 0.33 0.55 1.25 0.53 0.56
C3' 0.23 0.27 0.24 0.34 0.22 0.35 0.30 0.42 0.34 0.28 0.31 0.23 0.42 0.35 0.18 0.42 0.51 0.24 0.35 1.05 0.43 0.35
C4 0.19 0.27 0.18 0.22 0.19 0.31 0.24 0.27 0.30 0.17 0.30 0.23 0.34 0.24 0.13 0.21 0.45 0.28 0.41 1.01 0.54 0.50
C4' 0.26 0.21 0.28 0.36 0.21 0.35 0.29 0.40 0.30 0.32 0.25 0.20 0.37 0.37 0.22 0.52 0.49 0.27 0.20 0.88 0.48 0.25
C5 0.17 0.26 0.18 0.17 0.16 0.25 0.19 0.19 0.24 0.17 0.26 0.23 0.26 0.19 0.12 0.27 0.57 0.21 0.31 0.83 0.46 0.38
C5' 0.37 0.25 0.42 0.45 0.26 0.38 0.28 0.36 0.27 0.36 0.24 0.27 0.32 0.36 0.30 0.72 0.63 0.34 0.25 0.70 0.57 0.33
C6 0.20 0.30 0.22 0.17 0.18 0.24 0.17 0.18 0.22 0.17 0.29 0.25 0.23 0.17 0.16 0.38 0.57 0.23 0.34 0.86 0.56 0.45
C8 0.15 0.23 0.16 0.21 0.20 0.24 0.25 0.23 0.26 0.28 0.24 0.21 0.29 0.30 0.18 0.29 0.61 0.10 0.24 0.67 0.30 0.22
N1 0.22 0.33 0.20 0.16 0.20 0.27 0.20 0.22 0.27 0.22 0.34 0.27 0.28 0.21 0.19 0.38 0.45 0.29 0.45 1.02 0.72 0.60
N2 0.25 0.34 0.23 0.27 0.21 0.36 0.22 0.35 0.34 0.26 0.40 0.26 0.42 0.23 0.22 0.36 0.33 0.38 0.61 1.28 0.94 0.82
N3 0.23 0.31 0.21 0.28 0.20 0.36 0.25 0.34 0.35 0.16 0.36 0.25 0.41 0.21 0.16 0.24 0.39 0.36 0.53 1.20 0.72 0.68
N7 0.15 0.23 0.20 0.23 0.16 0.25 0.20 0.21 0.22 0.22 0.23 0.20 0.24 0.23 0.15 0.30 0.70 0.15 0.22 0.65 0.32 0.23
N9 0.19 0.25 0.19 0.27 0.21 0.33 0.27 0.31 0.30 0.24 0.28 0.23 0.35 0.31 0.16 0.23 0.48 0.26 0.36 0.93 0.42 0.39
O2' 0.30 0.33 0.34 0.53 0.29 0.53 0.38 0.67 0.44 0.32 0.40 0.28 0.53 0.42 0.25 0.37 0.56 0.40 0.70 1.49 0.66 0.74
O3' 0.23 0.30 0.25 0.36 0.24 0.36 0.33 0.46 0.38 0.29 0.35 0.25 0.48 0.38 0.19 0.45 0.50 0.25 0.38 1.14 0.51 0.40
O4' 0.24 0.22 0.24 0.33 0.22 0.35 0.29 0.38 0.30 0.33 0.26 0.21 0.36 0.37 0.22 0.43 0.43 0.26 0.19 0.88 0.40 0.29
O5' 0.49 0.41 0.51 0.54 0.39 0.42 0.36 0.29 0.33 0.46 0.34 0.44 0.32 0.43 0.42 0.76 0.82 0.42 0.70 0.99 0.61 0.75
O6 0.22 0.30 0.28 0.23 0.18 0.24 0.18 0.18 0.21 0.18 0.28 0.26 0.22 0.18 0.17 0.46 0.67 0.21 0.29 0.78 0.52 0.39
OP1 1.40 1.27 1.47 1.07 1.22 1.03 1.10 0.84 1.09 1.09 1.17 1.33 1.01 1.04 1.22 2.05 0.96 1.23 0.84 1.19 1.07 0.95
OP2 0.50 0.72 0.58 0.81 0.53 0.64 0.48 0.69 0.53 0.52 0.64 0.69 0.51 0.50 0.49 0.64 1.11 0.46 1.27 1.80 1.36 1.50
P 0.49 0.48 0.49 0.38 0.38 0.23 0.32 0.30 0.29 0.44 0.37 0.50 0.28 0.41 0.38 0.99 0.68 0.37 0.89 1.34 0.98 1.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.13 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.27 0.01 0.16 0.39 0.33 0.19
C2 0.06 0.00 0.20 0.26 0.01 0.11 0.02 0.23 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.46 0.35 0.03 0.29 0.61 0.45 0.27
C2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.10 0.03 0.06 0.26 0.10 0.08 0.16 0.19 0.08 0.05 0.02 0.01 0.05 0.02 0.20 0.47 0.43 0.22
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.23 0.01 0.31 0.04 0.32 0.33 0.29 0.22 0.36 0.36 0.21 0.03 0.02 0.02 0.21 0.45 0.44 0.21
C4 0.03 0.01 0.10 0.23 0.00 0.09 0.01 0.21 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.33 0.19 0.02 0.27 0.59 0.46 0.26
C4' 0.01 0.11 0.03 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.14 0.17 0.12 0.10 0.17 0.18 0.09 0.26 0.03 0.01 0.01 0.20 0.27 0.05
C5 0.02 0.02 0.06 0.31 0.01 0.14 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.34 0.18 0.04 0.36 0.73 0.52 0.35
C5' 0.13 0.23 0.26 0.04 0.21 0.01 0.23 0.00 0.25 0.22 0.24 0.22 0.27 0.25 0.18 0.13 0.18 0.03 0.02 0.18 0.37 0.04
C6 0.03 0.01 0.10 0.32 0.02 0.14 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.42 0.22 0.03 0.38 0.78 0.53 0.38
C8 0.03 0.02 0.08 0.33 0.01 0.17 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.17 0.22 0.07 0.32 0.68 0.52 0.32
N1 0.05 0.01 0.16 0.29 0.02 0.12 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.46 0.27 0.02 0.34 0.71 0.49 0.33
N3 0.05 0.01 0.19 0.22 0.01 0.10 0.02 0.22 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.40 0.35 0.04 0.24 0.55 0.43 0.22
N6 0.03 0.02 0.08 0.36 0.02 0.17 0.02 0.27 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.42 0.24 0.05 0.43 0.88 0.56 0.46
N7 0.02 0.02 0.05 0.36 0.01 0.18 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.26 0.25 0.07 0.39 0.82 0.57 0.41
N9 0.01 0.01 0.02 0.21 0.01 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.17 0.12 0.02 0.23 0.53 0.43 0.23
O2' 0.02 0.46 0.01 0.03 0.33 0.26 0.34 0.13 0.42 0.17 0.46 0.40 0.42 0.26 0.17 0.00 0.09 0.21 0.18 0.40 0.33 0.12
O3' 0.27 0.35 0.05 0.02 0.19 0.03 0.18 0.18 0.22 0.22 0.27 0.35 0.24 0.25 0.12 0.09 0.00 0.22 0.31 0.44 0.77 0.37
O4' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.03 0.07 0.02 0.04 0.05 0.07 0.02 0.21 0.22 0.00 0.15 0.31 0.21 0.19
O5' 0.16 0.29 0.20 0.21 0.27 0.01 0.36 0.02 0.38 0.32 0.34 0.24 0.43 0.39 0.23 0.18 0.31 0.15 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.39 0.61 0.47 0.45 0.59 0.20 0.73 0.18 0.78 0.68 0.71 0.55 0.88 0.82 0.53 0.40 0.44 0.31 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.33 0.45 0.43 0.44 0.46 0.27 0.52 0.37 0.53 0.52 0.49 0.43 0.56 0.57 0.43 0.33 0.77 0.21 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.27 0.22 0.21 0.26 0.05 0.35 0.04 0.38 0.32 0.33 0.22 0.46 0.41 0.23 0.12 0.37 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00