ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53239

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 2, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.015, 0.024, 0.034, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.024 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.020, 0.037, 0.055, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.037 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.023, 0.041, 0.059, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.041 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.020, 0.039, 0.057, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.039 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.027, 0.045, 0.064, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.045 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.037, 0.062, 0.087, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.062 std_dev=0.025
N2 A 0, 0.023, 0.052, 0.080, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.052 std_dev=0.028
O6 A 0, 0.038, 0.069, 0.100, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.069 std_dev=0.031
N9 A 0, 0.046, 0.077, 0.108, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.077 std_dev=0.031
N7 A 0, 0.043, 0.082, 0.121, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.082 std_dev=0.039
C8 A 0, 0.066, 0.117, 0.169, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.117 std_dev=0.051
N1 B 0, 0.152, 0.300, 0.449, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.300 std_dev=0.149
C6 B 0, 0.258, 0.497, 0.737, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.497 std_dev=0.239
C2 B 0, 0.169, 0.439, 0.709, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.439 std_dev=0.270
C5 B 0, 0.245, 0.531, 0.817, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.531 std_dev=0.286
C4 B 0, 0.301, 0.617, 0.932, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.617 std_dev=0.315
N3 B 0, 0.341, 0.701, 1.061, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.701 std_dev=0.360
N6 B 0, 0.487, 0.863, 1.239, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.863 std_dev=0.376
N7 B 0, 0.410, 0.796, 1.183, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.796 std_dev=0.387
N9 B 0, 0.458, 0.874, 1.291, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.874 std_dev=0.416
C8 B 0, 0.422, 0.856, 1.291, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.856 std_dev=0.434
O4' A 0, 0.399, 0.852, 1.304, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.852 std_dev=0.452
C2' A 0, 0.413, 0.908, 1.404, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.908 std_dev=0.495
C3' A 0, 0.623, 1.151, 1.678, 1.652 max_d=1.652 avg_d=1.151 std_dev=0.528
C1' B 0, 0.737, 1.298, 1.859, 1.947 max_d=1.947 avg_d=1.298 std_dev=0.561
OP2 B 0, 0.558, 1.149, 1.741, 2.177 max_d=2.177 avg_d=1.149 std_dev=0.592
C4' A 0, 0.611, 1.232, 1.853, 1.801 max_d=1.801 avg_d=1.232 std_dev=0.621
O3' A 0, 0.868, 1.518, 2.168, 2.184 max_d=2.184 avg_d=1.518 std_dev=0.650
OP1 B 0, 0.531, 1.188, 1.845, 2.394 max_d=2.394 avg_d=1.188 std_dev=0.657
C2' B 0, 1.033, 1.723, 2.413, 2.554 max_d=2.554 avg_d=1.723 std_dev=0.690
P B 0, 0.079, 0.816, 1.552, 2.551 max_d=2.551 avg_d=0.816 std_dev=0.737
O4' B 0, 0.736, 1.478, 2.220, 3.106 max_d=3.106 avg_d=1.478 std_dev=0.742
C3' B 0, 0.751, 1.595, 2.439, 3.230 max_d=3.230 avg_d=1.595 std_dev=0.844
O5' A 0, 0.688, 1.551, 2.413, 2.762 max_d=2.762 avg_d=1.551 std_dev=0.863
C4' B 0, 0.746, 1.726, 2.706, 3.844 max_d=3.844 avg_d=1.726 std_dev=0.980
O2' A 0, 0.535, 1.519, 2.502, 2.525 max_d=2.525 avg_d=1.519 std_dev=0.984
C5' A 0, 0.817, 1.832, 2.847, 3.049 max_d=3.049 avg_d=1.832 std_dev=1.015
O3' B 0, 1.130, 2.145, 3.161, 4.075 max_d=4.075 avg_d=2.145 std_dev=1.015
O5' B 0, 0.422, 1.502, 2.581, 4.069 max_d=4.069 avg_d=1.502 std_dev=1.080
O2' B 0, 1.269, 2.621, 3.972, 4.485 max_d=4.485 avg_d=2.621 std_dev=1.352
P A 0, 1.437, 2.839, 4.241, 4.986 max_d=4.986 avg_d=2.839 std_dev=1.402
C5' B 0, 0.583, 2.008, 3.433, 4.987 max_d=4.987 avg_d=2.008 std_dev=1.425
OP2 A 0, 1.598, 3.154, 4.711, 5.591 max_d=5.591 avg_d=3.154 std_dev=1.556
OP1 A 0, 1.947, 3.734, 5.521, 6.441 max_d=6.441 avg_d=3.734 std_dev=1.787

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.13 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.31 0.01 0.30 0.02 1.05 0.47 0.51
C2 0.05 0.00 0.35 0.33 0.01 0.09 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.53 0.25 0.43 0.01 1.22 0.55 0.57
C2' 0.00 0.35 0.00 0.01 0.18 0.04 0.08 0.18 0.15 0.19 0.27 0.42 0.35 0.11 0.02 0.01 0.09 0.03 0.40 0.10 0.75 0.31 0.40
C3' 0.02 0.33 0.01 0.00 0.28 0.01 0.33 0.02 0.36 0.25 0.36 0.32 0.28 0.31 0.20 0.02 0.02 0.03 0.29 0.38 0.52 0.11 0.28
C4 0.02 0.01 0.18 0.28 0.00 0.06 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.35 0.13 0.49 0.01 1.26 0.58 0.64
C4' 0.01 0.09 0.04 0.01 0.06 0.00 0.13 0.01 0.11 0.24 0.06 0.14 0.09 0.22 0.10 0.28 0.08 0.00 0.03 0.14 0.52 0.37 0.20
C5 0.02 0.00 0.08 0.33 0.00 0.13 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.30 0.05 0.64 0.01 1.35 0.80 0.79
C5' 0.13 0.24 0.18 0.02 0.26 0.01 0.34 0.00 0.34 0.41 0.28 0.24 0.22 0.43 0.26 0.13 0.19 0.03 0.01 0.38 0.35 0.42 0.02
C6 0.03 0.00 0.15 0.36 0.01 0.11 0.00 0.34 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.37 0.10 0.65 0.00 1.36 0.85 0.81
C8 0.02 0.01 0.19 0.25 0.00 0.24 0.00 0.41 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.35 0.12 0.18 0.67 0.01 1.33 0.79 0.83
N1 0.04 0.00 0.27 0.36 0.01 0.06 0.00 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.47 0.19 0.55 0.01 1.31 0.69 0.69
N2 0.06 0.00 0.42 0.32 0.01 0.14 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.26 0.62 0.32 0.37 0.01 1.17 0.51 0.51
N3 0.04 0.01 0.35 0.28 0.01 0.09 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.50 0.25 0.39 0.01 1.18 0.50 0.54
N7 0.02 0.01 0.11 0.31 0.00 0.22 0.00 0.43 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.36 0.21 0.11 0.73 0.01 1.38 0.96 0.91
N9 0.01 0.02 0.02 0.20 0.01 0.10 0.01 0.26 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.17 0.20 0.03 0.48 0.01 1.23 0.55 0.64
O2' 0.02 0.16 0.01 0.02 0.10 0.28 0.22 0.13 0.19 0.35 0.11 0.26 0.17 0.36 0.17 0.00 0.14 0.19 0.26 0.25 0.79 0.51 0.44
O3' 0.31 0.53 0.09 0.02 0.35 0.08 0.30 0.19 0.37 0.12 0.47 0.62 0.50 0.21 0.20 0.14 0.00 0.22 0.29 0.36 0.49 0.24 0.32
O4' 0.01 0.25 0.03 0.03 0.13 0.00 0.05 0.03 0.10 0.18 0.19 0.32 0.25 0.11 0.03 0.19 0.22 0.00 0.35 0.07 1.11 0.58 0.62
O5' 0.30 0.43 0.40 0.29 0.49 0.03 0.64 0.01 0.65 0.67 0.55 0.37 0.39 0.73 0.48 0.26 0.29 0.35 0.00 0.72 0.02 0.03 0.02
O6 0.02 0.01 0.10 0.38 0.01 0.14 0.01 0.38 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.36 0.07 0.72 0.00 1.41 1.00 0.91
OP1 1.05 1.22 0.75 0.52 1.26 0.52 1.35 0.35 1.36 1.33 1.31 1.17 1.18 1.38 1.23 0.79 0.49 1.11 0.02 1.41 0.00 0.00 0.00
OP2 0.47 0.55 0.31 0.11 0.58 0.37 0.80 0.42 0.85 0.79 0.69 0.51 0.50 0.96 0.55 0.51 0.24 0.58 0.03 1.00 0.00 0.00 0.00
P 0.51 0.57 0.40 0.28 0.64 0.20 0.79 0.02 0.81 0.83 0.69 0.51 0.54 0.91 0.64 0.44 0.32 0.62 0.02 0.91 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.24 0.27 0.28 0.22 0.71 0.20 0.97 0.20 0.22 0.17 0.28 0.23 0.22 0.24 0.62 0.54 0.66 0.93 0.62 1.01 0.64
C2 0.17 0.17 0.20 0.38 0.13 0.54 0.18 0.80 0.18 0.17 0.12 0.19 0.25 0.24 0.12 0.11 0.45 0.43 1.00 0.65 0.93 0.62
C2' 0.40 0.21 0.50 0.38 0.27 0.68 0.25 0.97 0.21 0.32 0.16 0.29 0.25 0.29 0.33 0.86 0.48 0.56 0.78 0.41 0.82 0.42
C3' 0.28 0.34 0.28 0.46 0.25 0.88 0.22 1.14 0.23 0.22 0.25 0.34 0.26 0.24 0.23 0.65 0.85 0.73 0.91 0.41 0.84 0.45
C4 0.20 0.21 0.16 0.28 0.16 0.58 0.17 0.83 0.18 0.16 0.13 0.23 0.26 0.20 0.15 0.29 0.44 0.54 0.96 0.63 0.93 0.61
C4' 0.66 0.65 0.59 0.74 0.60 1.07 0.51 1.22 0.47 0.53 0.52 0.69 0.41 0.49 0.60 0.81 1.12 1.02 1.13 0.77 1.10 0.77
C5 0.18 0.22 0.16 0.29 0.15 0.52 0.15 0.73 0.17 0.15 0.15 0.22 0.27 0.19 0.14 0.18 0.41 0.48 0.97 0.64 0.86 0.59
C5' 0.84 0.92 0.80 0.87 0.81 1.11 0.74 1.21 0.73 0.71 0.81 0.92 0.66 0.69 0.79 1.01 1.24 1.09 1.15 0.86 1.24 0.87
C6 0.18 0.20 0.20 0.34 0.14 0.47 0.15 0.66 0.16 0.15 0.14 0.20 0.27 0.20 0.14 0.12 0.41 0.41 0.97 0.67 0.79 0.58
C8 0.22 0.24 0.21 0.22 0.18 0.58 0.16 0.81 0.17 0.16 0.16 0.24 0.24 0.18 0.17 0.40 0.44 0.57 0.94 0.62 0.91 0.60
N1 0.17 0.17 0.24 0.38 0.13 0.47 0.15 0.68 0.16 0.15 0.12 0.19 0.26 0.22 0.12 0.15 0.44 0.38 0.98 0.68 0.82 0.59
N2 0.17 0.16 0.28 0.45 0.15 0.55 0.20 0.83 0.19 0.21 0.14 0.18 0.25 0.28 0.13 0.17 0.50 0.37 1.02 0.65 0.97 0.63
N3 0.20 0.18 0.15 0.33 0.16 0.61 0.19 0.88 0.19 0.18 0.13 0.22 0.25 0.23 0.16 0.27 0.46 0.53 0.97 0.62 0.97 0.62
N7 0.19 0.23 0.17 0.25 0.16 0.53 0.16 0.73 0.17 0.15 0.17 0.23 0.26 0.18 0.15 0.26 0.41 0.51 0.95 0.64 0.85 0.59
N9 0.23 0.23 0.21 0.24 0.18 0.62 0.17 0.87 0.18 0.17 0.15 0.25 0.25 0.20 0.18 0.45 0.46 0.59 0.94 0.62 0.95 0.61
O2' 0.67 0.38 0.78 0.58 0.44 0.73 0.31 1.01 0.24 0.41 0.22 0.53 0.25 0.32 0.51 1.23 0.54 0.62 0.73 0.51 0.88 0.50
O3' 0.65 0.49 0.56 1.03 0.54 1.44 0.51 1.71 0.43 0.59 0.40 0.57 0.42 0.56 0.60 0.44 1.43 1.20 1.36 0.86 0.95 0.82
O4' 0.71 0.61 0.61 0.71 0.64 1.03 0.55 1.19 0.46 0.60 0.46 0.69 0.39 0.54 0.66 0.81 1.00 1.03 1.18 0.92 1.24 0.92
O5' 0.59 0.65 0.59 0.62 0.55 0.93 0.52 1.04 0.54 0.49 0.57 0.64 0.58 0.51 0.53 0.84 1.02 0.87 1.04 0.56 0.88 0.58
O6 0.18 0.20 0.23 0.36 0.15 0.42 0.15 0.58 0.16 0.17 0.16 0.19 0.26 0.21 0.15 0.20 0.41 0.37 0.94 0.68 0.71 0.56
OP1 1.18 1.33 1.07 1.10 1.23 1.41 1.23 1.55 1.25 1.17 1.31 1.27 1.23 1.19 1.19 1.14 1.17 1.42 1.70 1.21 1.22 1.20
OP2 0.88 0.87 0.80 0.88 0.72 1.18 0.58 1.19 0.59 0.57 0.70 0.91 0.61 0.52 0.72 1.01 1.16 1.16 1.19 0.80 0.94 0.70
P 0.71 0.78 0.62 0.69 0.65 1.06 0.59 1.14 0.62 0.54 0.69 0.77 0.64 0.54 0.62 0.86 1.00 1.03 1.19 0.69 0.88 0.66

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.32 0.01 0.35 0.41 0.62 0.18
C2 0.02 0.00 0.35 0.25 0.00 0.25 0.00 0.26 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.40 0.45 0.37 0.61 0.34 0.69 0.25
C2' 0.01 0.35 0.00 0.01 0.19 0.03 0.10 0.18 0.17 0.19 0.28 0.35 0.12 0.11 0.03 0.01 0.09 0.02 0.64 1.10 0.70 0.68
C3' 0.01 0.25 0.01 0.00 0.20 0.00 0.25 0.02 0.27 0.28 0.26 0.22 0.29 0.29 0.17 0.02 0.01 0.01 0.42 1.01 0.40 0.49
C4 0.01 0.00 0.19 0.20 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.29 0.21 0.56 0.29 0.64 0.18
C4' 0.02 0.25 0.03 0.00 0.09 0.00 0.06 0.00 0.08 0.26 0.17 0.24 0.07 0.20 0.07 0.23 0.06 0.01 0.02 0.38 0.55 0.12
C5 0.01 0.00 0.10 0.25 0.00 0.06 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.20 0.11 0.60 0.31 0.57 0.22
C5' 0.08 0.26 0.18 0.02 0.11 0.00 0.18 0.00 0.14 0.43 0.18 0.24 0.19 0.38 0.17 0.06 0.17 0.01 0.00 0.36 0.45 0.00
C6 0.02 0.01 0.17 0.27 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.26 0.19 0.63 0.37 0.59 0.27
C8 0.01 0.01 0.19 0.28 0.01 0.26 0.01 0.43 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.43 0.18 0.18 0.51 0.22 0.49 0.15
N1 0.02 0.00 0.28 0.26 0.01 0.17 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.37 0.30 0.64 0.36 0.65 0.28
N3 0.02 0.00 0.35 0.22 0.00 0.24 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.39 0.45 0.37 0.56 0.33 0.69 0.21
N6 0.02 0.01 0.12 0.29 0.01 0.07 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.24 0.22 0.14 0.65 0.43 0.54 0.31
N7 0.01 0.01 0.11 0.29 0.00 0.20 0.00 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.38 0.17 0.08 0.57 0.30 0.46 0.21
N9 0.01 0.01 0.03 0.17 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.17 0.19 0.02 0.48 0.28 0.60 0.13
O2' 0.02 0.40 0.01 0.02 0.18 0.23 0.21 0.06 0.21 0.43 0.29 0.39 0.24 0.38 0.17 0.00 0.13 0.16 0.56 1.19 0.76 0.69
O3' 0.32 0.45 0.09 0.01 0.29 0.06 0.20 0.17 0.26 0.18 0.37 0.45 0.22 0.17 0.19 0.13 0.00 0.23 0.30 1.07 0.46 0.50
O4' 0.01 0.37 0.02 0.01 0.21 0.01 0.11 0.01 0.19 0.18 0.30 0.37 0.14 0.08 0.02 0.16 0.23 0.00 0.21 0.16 0.78 0.35
O5' 0.35 0.61 0.64 0.42 0.56 0.02 0.60 0.00 0.63 0.51 0.64 0.56 0.65 0.57 0.48 0.56 0.30 0.21 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.41 0.34 1.10 1.01 0.29 0.38 0.31 0.36 0.37 0.22 0.36 0.33 0.43 0.30 0.28 1.19 1.07 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.62 0.69 0.70 0.40 0.64 0.55 0.57 0.45 0.59 0.49 0.65 0.69 0.54 0.46 0.60 0.76 0.46 0.78 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.25 0.68 0.49 0.18 0.12 0.22 0.00 0.27 0.15 0.28 0.21 0.31 0.21 0.13 0.69 0.50 0.35 0.01 0.00 0.00 0.00