ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53240

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.014, 0.030, 0.045, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.030 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.022, 0.038, 0.054, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.038 std_dev=0.016
O6 A 0, 0.021, 0.038, 0.055, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.038 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.022, 0.039, 0.057, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.039 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.008, 0.026, 0.044, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.026 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.030, 0.049, 0.069, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.049 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.013, 0.034, 0.055, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.034 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.009, 0.032, 0.056, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.032 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.017, 0.044, 0.071, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.044 std_dev=0.027
N2 A 0, 0.020, 0.070, 0.120, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.070 std_dev=0.050
C5 B 0, 0.176, 0.489, 0.802, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.489 std_dev=0.313
C4 B 0, 0.250, 0.568, 0.887, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.568 std_dev=0.319
N9 B 0, 0.377, 0.702, 1.027, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.702 std_dev=0.325
C6 B 0, 0.189, 0.578, 0.967, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.578 std_dev=0.389
C8 B 0, 0.294, 0.695, 1.096, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.695 std_dev=0.401
N3 B 0, 0.382, 0.787, 1.192, 1.475 max_d=1.475 avg_d=0.787 std_dev=0.405
N6 B 0, 0.375, 0.794, 1.212, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.794 std_dev=0.419
N7 B 0, 0.189, 0.619, 1.050, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.619 std_dev=0.431
C1' B 0, 0.519, 1.023, 1.527, 1.717 max_d=1.717 avg_d=1.023 std_dev=0.504
N1 B 0, 0.140, 0.671, 1.201, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.671 std_dev=0.531
C2 B 0, 0.239, 0.770, 1.302, 1.556 max_d=1.556 avg_d=0.770 std_dev=0.532
C3' A 0, 1.141, 2.160, 3.179, 3.317 max_d=3.317 avg_d=2.160 std_dev=1.019
O4' A 0, 0.473, 1.504, 2.534, 2.653 max_d=2.653 avg_d=1.504 std_dev=1.030
C2' A 0, 0.470, 1.508, 2.547, 2.693 max_d=2.693 avg_d=1.508 std_dev=1.038
O3' A 0, 1.411, 2.457, 3.503, 3.434 max_d=3.434 avg_d=2.457 std_dev=1.046
O4' B 0, 0.935, 2.046, 3.157, 3.445 max_d=3.445 avg_d=2.046 std_dev=1.111
C4' B 0, 1.060, 2.254, 3.448, 3.414 max_d=3.414 avg_d=2.254 std_dev=1.194
C2' B 0, 0.457, 1.725, 2.994, 3.311 max_d=3.311 avg_d=1.725 std_dev=1.269
C4' A 0, 0.604, 1.932, 3.259, 3.474 max_d=3.474 avg_d=1.932 std_dev=1.328
C3' B 0, 0.812, 2.143, 3.473, 3.758 max_d=3.758 avg_d=2.143 std_dev=1.331
O2' A 0, 1.026, 2.479, 3.932, 4.066 max_d=4.066 avg_d=2.479 std_dev=1.453
O2' B 0, 0.960, 2.592, 4.223, 4.486 max_d=4.486 avg_d=2.592 std_dev=1.631
O3' B 0, 0.323, 2.375, 4.427, 4.927 max_d=4.927 avg_d=2.375 std_dev=2.052
C5' B 0, 2.071, 4.263, 6.454, 5.958 max_d=5.958 avg_d=4.263 std_dev=2.191
C5' A 0, 1.445, 3.716, 5.987, 6.376 max_d=6.376 avg_d=3.716 std_dev=2.271
O5' A 0, 1.938, 4.439, 6.941, 7.447 max_d=7.447 avg_d=4.439 std_dev=2.501
O5' B 0, 2.789, 5.634, 8.480, 7.831 max_d=7.831 avg_d=5.634 std_dev=2.845
OP1 A 0, 3.318, 7.049, 10.780, 11.561 max_d=11.561 avg_d=7.049 std_dev=3.731
P B 0, 3.858, 7.650, 11.442, 10.138 max_d=10.138 avg_d=7.650 std_dev=3.792
P A 0, 1.994, 5.799, 9.604, 10.288 max_d=10.288 avg_d=5.799 std_dev=3.805
OP1 B 0, 4.088, 7.964, 11.840, 11.098 max_d=11.098 avg_d=7.964 std_dev=3.876
OP2 B 0, 4.913, 8.917, 12.920, 12.069 max_d=12.069 avg_d=8.917 std_dev=4.004
OP2 A 0, 0.726, 5.522, 10.318, 11.304 max_d=11.304 avg_d=5.522 std_dev=4.796

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.06 0.04 0.03 0.07 0.10 0.08 0.02 0.01 0.02 0.26 0.01 0.31 0.03 0.37 0.41 0.34
C2 0.08 0.00 0.52 0.67 0.01 0.46 0.01 1.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.43 0.16 1.77 0.02 2.53 2.30 2.27
C2' 0.01 0.52 0.00 0.01 0.26 0.01 0.10 0.16 0.20 0.31 0.39 0.63 0.52 0.19 0.02 0.01 0.03 0.02 0.40 0.13 0.59 0.21 0.35
C3' 0.03 0.67 0.01 0.00 0.36 0.01 0.25 0.03 0.37 0.21 0.56 0.80 0.63 0.15 0.10 0.02 0.01 0.03 0.07 0.32 0.31 0.33 0.10
C4 0.04 0.01 0.26 0.36 0.00 0.23 0.00 0.45 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.15 0.09 0.97 0.01 1.21 1.14 1.13
C4' 0.01 0.46 0.01 0.01 0.23 0.00 0.12 0.01 0.22 0.19 0.37 0.56 0.44 0.11 0.04 0.20 0.02 0.01 0.02 0.17 0.21 0.23 0.04
C5 0.02 0.01 0.10 0.25 0.00 0.12 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.21 0.11 0.05 0.72 0.01 1.04 0.90 0.88
C5' 0.06 1.01 0.16 0.03 0.45 0.01 0.22 0.00 0.42 0.41 0.78 1.29 0.92 0.25 0.06 0.10 0.18 0.02 0.01 0.31 0.29 0.27 0.03
C6 0.04 0.01 0.20 0.37 0.01 0.22 0.01 0.42 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.21 0.18 0.09 1.00 0.00 1.45 1.28 1.26
C8 0.03 0.01 0.31 0.21 0.01 0.19 0.01 0.41 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.27 0.28 0.07 0.59 0.02 1.05 0.83 0.78
N1 0.07 0.01 0.39 0.56 0.02 0.37 0.01 0.78 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.20 0.34 0.14 1.47 0.01 2.14 1.94 1.90
N2 0.10 0.01 0.63 0.80 0.01 0.56 0.02 1.29 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.27 0.58 0.18 2.15 0.03 3.29 2.91 2.88
N3 0.08 0.01 0.52 0.63 0.01 0.44 0.01 0.92 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.36 0.16 1.62 0.01 2.09 1.93 1.95
N7 0.02 0.01 0.19 0.15 0.00 0.11 0.00 0.25 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.27 0.19 0.04 0.50 0.02 0.97 0.74 0.67
N9 0.01 0.02 0.02 0.10 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.14 0.16 0.02 0.46 0.02 0.64 0.58 0.53
O2' 0.02 0.22 0.01 0.02 0.16 0.20 0.21 0.10 0.21 0.27 0.20 0.27 0.20 0.27 0.14 0.00 0.04 0.12 0.33 0.24 0.60 0.16 0.31
O3' 0.26 0.43 0.03 0.01 0.15 0.02 0.11 0.18 0.18 0.28 0.34 0.58 0.36 0.19 0.16 0.04 0.00 0.16 0.14 0.15 0.41 0.63 0.30
O4' 0.01 0.16 0.02 0.03 0.09 0.01 0.05 0.02 0.09 0.07 0.14 0.18 0.16 0.04 0.02 0.12 0.16 0.00 0.27 0.07 0.23 0.43 0.29
O5' 0.31 1.77 0.40 0.07 0.97 0.02 0.72 0.01 1.00 0.59 1.47 2.15 1.62 0.50 0.46 0.33 0.14 0.27 0.00 0.87 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.13 0.32 0.01 0.17 0.01 0.31 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.24 0.15 0.07 0.87 0.00 1.34 1.13 1.11
OP1 0.37 2.53 0.59 0.31 1.21 0.21 1.04 0.29 1.45 1.05 2.14 3.29 2.09 0.97 0.64 0.60 0.41 0.23 0.03 1.34 0.00 0.02 0.01
OP2 0.41 2.30 0.21 0.33 1.14 0.23 0.90 0.27 1.28 0.83 1.94 2.91 1.93 0.74 0.58 0.16 0.63 0.43 0.02 1.13 0.02 0.00 0.01
P 0.34 2.27 0.35 0.10 1.13 0.04 0.88 0.03 1.26 0.78 1.90 2.88 1.95 0.67 0.53 0.31 0.30 0.29 0.01 1.11 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.36 0.14 0.51 0.49 0.27 0.84 0.35 1.39 0.36 0.42 0.28 0.15 0.44 0.43 0.35 0.88 0.36 0.88 1.29 2.05 1.77 1.63
C2 0.52 0.25 0.65 0.78 0.26 1.00 0.31 1.41 0.16 0.64 0.25 0.10 0.23 0.55 0.51 0.66 0.81 0.98 1.43 1.44 1.64 1.43
C2' 1.22 0.68 1.55 1.05 0.84 0.51 0.57 0.59 0.34 0.80 0.37 0.96 0.21 0.59 0.97 2.13 0.97 0.65 0.53 1.52 1.12 0.98
C3' 1.03 0.20 1.31 0.83 0.54 0.50 0.40 0.91 0.23 0.72 0.19 0.48 0.29 0.53 0.78 1.95 0.68 0.69 0.81 1.93 1.48 1.36
C4 0.42 0.25 0.42 0.50 0.26 0.78 0.32 1.20 0.23 0.49 0.17 0.22 0.34 0.48 0.40 0.57 0.47 0.83 1.12 1.46 1.43 1.22
C4' 0.42 0.75 0.60 0.63 0.47 0.81 0.56 1.45 0.72 0.45 0.83 0.51 0.78 0.51 0.41 0.97 0.45 0.77 1.41 2.55 2.12 1.98
C5 0.40 0.40 0.35 0.42 0.27 0.68 0.29 1.07 0.13 0.48 0.28 0.33 0.27 0.47 0.38 0.45 0.40 0.73 1.01 1.27 1.27 1.06
C5' 0.45 0.96 0.76 0.57 0.33 0.48 0.47 1.18 0.82 0.21 1.09 0.52 0.93 0.28 0.21 1.22 0.17 0.34 1.30 2.63 2.17 2.01
C6 0.41 0.44 0.38 0.49 0.27 0.72 0.28 1.09 0.12 0.54 0.40 0.32 0.18 0.51 0.40 0.43 0.51 0.72 1.09 1.13 1.28 1.06
C8 0.36 0.29 0.46 0.35 0.25 0.60 0.27 1.07 0.22 0.37 0.10 0.31 0.37 0.38 0.32 0.70 0.22 0.68 1.00 1.65 1.43 1.26
N1 0.46 0.35 0.56 0.66 0.24 0.87 0.27 1.26 0.10 0.63 0.33 0.21 0.18 0.57 0.46 0.60 0.70 0.83 1.32 1.30 1.54 1.31
N2 0.60 0.23 0.92 1.05 0.27 1.20 0.30 1.67 0.18 0.68 0.25 0.09 0.22 0.53 0.55 0.93 1.08 1.11 1.76 1.69 1.95 1.77
N3 0.48 0.21 0.53 0.68 0.28 0.95 0.34 1.37 0.24 0.55 0.22 0.10 0.31 0.50 0.46 0.61 0.69 0.98 1.29 1.48 1.53 1.34
N7 0.37 0.42 0.38 0.35 0.28 0.58 0.27 0.98 0.15 0.40 0.25 0.37 0.30 0.40 0.34 0.53 0.26 0.65 0.92 1.37 1.24 1.05
N9 0.38 0.18 0.46 0.42 0.25 0.72 0.31 1.19 0.28 0.41 0.16 0.22 0.39 0.42 0.34 0.73 0.32 0.78 1.10 1.71 1.53 1.35
O2' 1.49 1.32 1.93 1.36 1.25 0.70 0.95 0.43 0.82 1.04 0.95 1.51 0.61 0.87 1.27 2.60 1.41 0.80 0.57 1.27 0.94 0.83
O3' 0.88 0.21 1.07 0.75 0.43 0.91 0.35 1.45 0.21 0.65 0.22 0.33 0.26 0.49 0.66 1.72 0.61 1.04 1.29 2.17 1.71 1.69
O4' 0.66 0.99 0.60 0.91 0.83 1.22 0.88 1.75 0.95 0.79 1.01 0.85 0.95 0.84 0.76 0.50 0.90 1.19 1.67 2.57 2.28 2.10
O5' 1.25 0.68 1.45 1.10 0.64 0.83 0.55 0.95 0.64 0.92 0.85 0.57 0.78 0.68 0.94 1.94 0.86 0.84 1.17 2.28 1.90 1.75
O6 0.38 0.49 0.34 0.47 0.28 0.67 0.27 1.03 0.23 0.50 0.49 0.36 0.19 0.48 0.37 0.42 0.47 0.64 1.04 1.01 1.18 0.97
OP1 2.41 1.15 2.43 2.26 1.59 2.19 1.43 2.06 1.24 2.03 1.26 1.36 1.31 1.69 2.04 2.84 2.07 2.20 2.34 2.95 2.41 2.54
OP2 1.37 1.14 1.33 1.14 0.77 1.11 0.81 1.10 1.10 1.10 1.42 0.73 1.28 0.89 1.05 1.72 0.99 1.21 1.13 2.02 1.68 1.62
P 1.62 0.85 1.71 1.46 0.88 1.35 0.80 1.36 0.85 1.29 1.07 0.72 1.01 1.00 1.27 2.13 1.21 1.37 1.58 2.48 2.05 2.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.26 0.01 0.32 0.51 0.60 0.30
C2 0.02 0.00 0.44 0.37 0.01 0.48 0.02 0.91 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.43 0.11 0.49 0.93 1.69 1.62 1.38
C2' 0.01 0.44 0.00 0.01 0.22 0.02 0.09 0.19 0.19 0.26 0.34 0.44 0.12 0.15 0.02 0.01 0.03 0.03 0.53 0.91 0.73 0.65
C3' 0.02 0.37 0.01 0.00 0.27 0.01 0.33 0.02 0.35 0.37 0.36 0.34 0.39 0.39 0.22 0.03 0.01 0.02 0.33 0.62 0.36 0.34
C4 0.01 0.01 0.22 0.27 0.00 0.21 0.01 0.43 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.11 0.25 0.45 0.77 0.86 0.57
C4' 0.01 0.48 0.02 0.01 0.21 0.00 0.19 0.01 0.23 0.43 0.36 0.46 0.23 0.36 0.15 0.23 0.03 0.01 0.03 0.28 0.42 0.08
C5 0.01 0.02 0.09 0.33 0.01 0.19 0.00 0.42 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.17 0.12 0.43 0.50 0.61 0.33
C5' 0.09 0.91 0.19 0.02 0.43 0.01 0.42 0.00 0.51 0.69 0.73 0.83 0.51 0.63 0.28 0.10 0.17 0.02 0.02 0.31 0.32 0.03
C6 0.01 0.01 0.19 0.35 0.01 0.23 0.00 0.51 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.18 0.23 0.49 0.84 0.86 0.62
C8 0.02 0.02 0.26 0.37 0.01 0.43 0.01 0.69 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.55 0.18 0.29 0.79 0.58 0.69 0.64
N1 0.01 0.01 0.34 0.36 0.01 0.36 0.01 0.73 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.13 0.39 0.74 1.41 1.34 1.11
N3 0.02 0.01 0.44 0.34 0.01 0.46 0.01 0.83 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.44 0.14 0.49 0.84 1.43 1.44 1.18
N6 0.02 0.01 0.12 0.39 0.01 0.23 0.01 0.51 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.24 0.16 0.48 0.66 0.68 0.48
N7 0.02 0.02 0.15 0.39 0.00 0.36 0.00 0.63 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.49 0.23 0.16 0.70 0.39 0.59 0.51
N9 0.01 0.02 0.02 0.22 0.01 0.15 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.21 0.12 0.03 0.41 0.40 0.54 0.23
O2' 0.01 0.43 0.01 0.03 0.15 0.23 0.23 0.10 0.18 0.55 0.27 0.44 0.24 0.49 0.21 0.00 0.08 0.20 0.42 0.92 0.73 0.61
O3' 0.26 0.11 0.03 0.01 0.11 0.03 0.17 0.17 0.18 0.18 0.13 0.14 0.24 0.23 0.12 0.08 0.00 0.17 0.37 0.49 0.33 0.29
O4' 0.01 0.49 0.03 0.02 0.25 0.01 0.12 0.02 0.23 0.29 0.39 0.49 0.16 0.16 0.03 0.20 0.17 0.00 0.33 0.39 0.68 0.33
O5' 0.32 0.93 0.53 0.33 0.45 0.03 0.43 0.02 0.49 0.79 0.74 0.84 0.48 0.70 0.41 0.42 0.37 0.33 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.51 1.69 0.91 0.62 0.77 0.28 0.50 0.31 0.84 0.58 1.41 1.43 0.66 0.39 0.40 0.92 0.49 0.39 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.60 1.62 0.73 0.36 0.86 0.42 0.61 0.32 0.86 0.69 1.34 1.44 0.68 0.59 0.54 0.73 0.33 0.68 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.30 1.38 0.65 0.34 0.57 0.08 0.33 0.03 0.62 0.64 1.11 1.18 0.48 0.51 0.23 0.61 0.29 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00