ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53242

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.028, 0.046, 0.063, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.046 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.032, 0.062, 0.092, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.062 std_dev=0.030
N1 A 0, 0.047, 0.077, 0.108, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.077 std_dev=0.030
C2 A 0, 0.022, 0.054, 0.085, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.054 std_dev=0.032
C4 A 0, 0.035, 0.071, 0.108, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.071 std_dev=0.036
N3 A 0, 0.028, 0.065, 0.102, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.065 std_dev=0.037
C1' A 0, 0.054, 0.097, 0.141, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.097 std_dev=0.043
O6 A 0, 0.052, 0.096, 0.141, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.096 std_dev=0.045
N9 A 0, 0.052, 0.101, 0.150, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.101 std_dev=0.049
N7 A 0, 0.056, 0.108, 0.160, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.108 std_dev=0.052
N2 A 0, 0.010, 0.063, 0.115, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.063 std_dev=0.052
C8 A 0, 0.062, 0.121, 0.181, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.121 std_dev=0.059
C2 B 0, 0.336, 0.595, 0.854, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.595 std_dev=0.259
N3 B 0, 0.396, 0.689, 0.983, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.689 std_dev=0.293
C5 B 0, 0.462, 0.790, 1.118, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.790 std_dev=0.328
N1 B 0, 0.317, 0.655, 0.992, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.655 std_dev=0.337
C6 B 0, 0.472, 0.826, 1.180, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.826 std_dev=0.354
C4 B 0, 0.266, 0.645, 1.025, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.645 std_dev=0.380
N9 B 0, 0.490, 0.899, 1.309, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.899 std_dev=0.409
N7 B 0, 0.651, 1.077, 1.504, 1.434 max_d=1.434 avg_d=1.077 std_dev=0.426
C8 B 0, 0.643, 1.071, 1.499, 1.434 max_d=1.434 avg_d=1.071 std_dev=0.428
C1' B 0, 0.722, 1.209, 1.696, 1.670 max_d=1.670 avg_d=1.209 std_dev=0.487
C2' B 0, 0.849, 1.355, 1.861, 1.960 max_d=1.960 avg_d=1.355 std_dev=0.506
N6 B 0, 0.645, 1.157, 1.669, 1.638 max_d=1.638 avg_d=1.157 std_dev=0.512
O4' A 0, 1.056, 1.664, 2.272, 2.088 max_d=2.088 avg_d=1.664 std_dev=0.608
C2' A 0, 1.046, 1.678, 2.311, 2.318 max_d=2.318 avg_d=1.678 std_dev=0.632
C4' A 0, 1.346, 2.198, 3.051, 3.104 max_d=3.104 avg_d=2.198 std_dev=0.852
C3' A 0, 1.230, 2.115, 2.999, 3.116 max_d=3.116 avg_d=2.115 std_dev=0.884
O2' B 0, 1.255, 2.269, 3.283, 3.912 max_d=3.912 avg_d=2.269 std_dev=1.014
O2' A 0, 1.803, 2.832, 3.861, 3.731 max_d=3.731 avg_d=2.832 std_dev=1.029
O4' B 0, 1.872, 2.916, 3.961, 3.651 max_d=3.651 avg_d=2.916 std_dev=1.044
O3' B 0, 0.946, 1.997, 3.048, 3.984 max_d=3.984 avg_d=1.997 std_dev=1.051
C3' B 0, 0.718, 1.839, 2.960, 3.795 max_d=3.795 avg_d=1.839 std_dev=1.121
O3' A 0, 1.209, 2.411, 3.613, 4.250 max_d=4.250 avg_d=2.411 std_dev=1.202
C4' B 0, 2.105, 3.381, 4.657, 4.464 max_d=4.464 avg_d=3.381 std_dev=1.276
C5' A 0, 2.308, 3.741, 5.174, 5.109 max_d=5.109 avg_d=3.741 std_dev=1.433
C5' B 0, 3.331, 5.248, 7.165, 6.671 max_d=6.671 avg_d=5.248 std_dev=1.917
O5' A 0, 1.956, 3.896, 5.837, 6.955 max_d=6.955 avg_d=3.896 std_dev=1.941
O5' B 0, 4.198, 6.570, 8.942, 8.267 max_d=8.267 avg_d=6.570 std_dev=2.372
OP2 B 0, 4.978, 7.749, 10.520, 9.333 max_d=9.333 avg_d=7.749 std_dev=2.771
P A 0, 2.746, 5.562, 8.377, 9.984 max_d=9.984 avg_d=5.562 std_dev=2.816
OP1 A 0, 3.465, 6.341, 9.216, 10.515 max_d=10.515 avg_d=6.341 std_dev=2.875
P B 0, 5.196, 8.073, 10.950, 9.720 max_d=9.720 avg_d=8.073 std_dev=2.877
OP1 B 0, 5.882, 9.237, 12.591, 11.754 max_d=11.754 avg_d=9.237 std_dev=3.354
OP2 A 0, 2.722, 6.092, 9.463, 11.681 max_d=11.681 avg_d=6.092 std_dev=3.371

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.07 0.06 0.02 0.00 0.02 0.08 0.00 0.20 0.02 0.22 0.22 0.19
C2 0.05 0.00 0.23 0.63 0.01 0.74 0.01 1.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.46 0.61 0.59 1.50 0.01 1.62 1.97 1.79
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.12 0.01 0.13 0.06 0.15 0.18 0.18 0.28 0.23 0.17 0.06 0.00 0.03 0.01 0.27 0.16 0.36 0.26 0.28
C3' 0.01 0.63 0.00 0.00 0.34 0.00 0.26 0.02 0.38 0.22 0.54 0.75 0.58 0.16 0.09 0.01 0.01 0.03 0.29 0.35 0.42 0.13 0.28
C4 0.02 0.01 0.12 0.34 0.00 0.34 0.00 0.44 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.17 0.32 0.30 0.60 0.01 0.58 0.68 0.67
C4' 0.01 0.74 0.01 0.00 0.34 0.00 0.15 0.01 0.29 0.39 0.55 0.94 0.72 0.25 0.06 0.08 0.02 0.00 0.02 0.21 0.08 0.15 0.02
C5 0.01 0.01 0.13 0.26 0.00 0.15 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.29 0.10 0.43 0.01 0.51 0.61 0.51
C5' 0.05 1.18 0.06 0.02 0.44 0.01 0.17 0.00 0.38 0.72 0.84 1.58 1.08 0.54 0.14 0.05 0.06 0.03 0.01 0.24 0.10 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.38 0.01 0.29 0.01 0.38 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.12 0.42 0.21 0.58 0.00 0.65 0.79 0.71
C8 0.03 0.01 0.18 0.22 0.00 0.39 0.01 0.72 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.32 0.13 0.35 1.03 0.04 1.13 1.30 1.14
N1 0.04 0.01 0.18 0.54 0.01 0.55 0.01 0.84 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.30 0.56 0.43 1.10 0.01 1.21 1.48 1.33
N2 0.07 0.01 0.28 0.75 0.01 0.94 0.02 1.58 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.62 0.73 0.72 2.01 0.02 2.31 2.82 2.49
N3 0.06 0.00 0.23 0.58 0.00 0.72 0.01 1.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.45 0.51 0.61 1.35 0.01 1.35 1.59 1.52
N7 0.02 0.01 0.17 0.16 0.00 0.25 0.00 0.54 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.26 0.15 0.22 0.84 0.03 1.03 1.23 1.01
N9 0.00 0.01 0.06 0.09 0.00 0.06 0.02 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.09 0.02 0.38 0.03 0.43 0.47 0.40
O2' 0.02 0.46 0.00 0.01 0.17 0.08 0.08 0.05 0.12 0.32 0.30 0.62 0.45 0.26 0.07 0.00 0.04 0.06 0.13 0.10 0.19 0.21 0.15
O3' 0.08 0.61 0.03 0.01 0.32 0.02 0.29 0.06 0.42 0.13 0.56 0.73 0.51 0.15 0.09 0.04 0.00 0.05 0.21 0.42 0.39 0.07 0.21
O4' 0.00 0.59 0.01 0.03 0.30 0.00 0.10 0.03 0.21 0.35 0.43 0.72 0.61 0.22 0.02 0.06 0.05 0.00 0.10 0.13 0.10 0.08 0.10
O5' 0.20 1.50 0.27 0.29 0.60 0.02 0.43 0.01 0.58 1.03 1.10 2.01 1.35 0.84 0.38 0.13 0.21 0.10 0.00 0.49 0.02 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.16 0.35 0.01 0.21 0.01 0.24 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.10 0.42 0.13 0.49 0.00 0.61 0.74 0.62
OP1 0.22 1.62 0.36 0.42 0.58 0.08 0.51 0.10 0.65 1.13 1.21 2.31 1.35 1.03 0.43 0.19 0.39 0.10 0.02 0.61 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 1.97 0.26 0.13 0.68 0.15 0.61 0.30 0.79 1.30 1.48 2.82 1.59 1.23 0.47 0.21 0.07 0.08 0.01 0.74 0.01 0.00 0.00
P 0.19 1.79 0.28 0.28 0.67 0.02 0.51 0.02 0.71 1.14 1.33 2.49 1.52 1.01 0.40 0.15 0.21 0.10 0.00 0.62 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.28 0.32 0.39 0.25 0.56 0.27 0.65 0.30 0.21 0.30 0.27 0.34 0.27 0.22 0.18 0.61 0.42 0.36 0.63 0.71 0.43
C2 0.30 0.40 0.25 0.17 0.27 0.35 0.19 0.35 0.29 0.11 0.35 0.40 0.35 0.22 0.20 0.41 0.52 0.39 0.46 0.87 1.05 0.62
C2' 0.68 0.45 0.70 0.80 0.52 0.83 0.52 1.14 0.50 0.63 0.47 0.48 0.52 0.56 0.61 0.95 0.53 0.78 1.15 1.20 1.50 1.31
C3' 0.84 0.85 0.82 0.88 0.96 0.84 1.10 1.26 1.07 1.23 0.95 0.82 1.15 1.25 1.01 0.97 0.54 0.88 1.55 1.63 2.28 1.96
C4 0.29 0.32 0.29 0.32 0.26 0.46 0.27 0.39 0.31 0.19 0.31 0.32 0.37 0.29 0.21 0.31 0.76 0.42 0.28 0.63 0.76 0.41
C4' 0.20 0.42 0.27 0.33 0.46 0.53 0.70 0.76 0.73 0.71 0.59 0.33 0.90 0.86 0.43 0.34 0.46 0.32 0.63 0.91 1.57 1.14
C5 0.28 0.27 0.32 0.42 0.21 0.46 0.28 0.36 0.32 0.24 0.28 0.28 0.40 0.34 0.16 0.43 0.98 0.36 0.21 0.50 0.67 0.32
C5' 0.27 0.59 0.45 0.53 0.64 0.70 1.04 0.73 1.12 0.99 0.88 0.43 1.42 1.29 0.55 0.52 0.85 0.35 0.55 0.98 1.88 1.25
C6 0.28 0.27 0.33 0.36 0.14 0.41 0.25 0.34 0.31 0.24 0.25 0.30 0.43 0.36 0.11 0.54 0.92 0.35 0.28 0.55 0.74 0.37
C8 0.28 0.27 0.34 0.57 0.26 0.57 0.31 0.44 0.33 0.29 0.30 0.26 0.38 0.34 0.25 0.34 1.09 0.33 0.23 0.39 0.61 0.24
N1 0.30 0.37 0.27 0.23 0.19 0.35 0.16 0.31 0.25 0.20 0.28 0.39 0.40 0.33 0.15 0.51 0.68 0.37 0.37 0.72 0.92 0.50
N2 0.29 0.45 0.22 0.19 0.30 0.32 0.18 0.38 0.30 0.13 0.40 0.43 0.34 0.15 0.22 0.41 0.37 0.37 0.56 1.04 1.23 0.76
N3 0.30 0.38 0.27 0.21 0.29 0.41 0.26 0.42 0.32 0.12 0.35 0.38 0.36 0.23 0.23 0.32 0.54 0.42 0.43 0.86 0.99 0.61
N7 0.27 0.26 0.37 0.58 0.24 0.53 0.32 0.42 0.35 0.29 0.31 0.24 0.42 0.36 0.22 0.44 1.20 0.29 0.26 0.42 0.61 0.32
N9 0.28 0.29 0.31 0.42 0.26 0.55 0.28 0.49 0.31 0.23 0.30 0.28 0.36 0.30 0.23 0.24 0.83 0.42 0.25 0.52 0.64 0.30
O2' 0.54 0.23 0.64 0.85 0.24 0.91 0.26 1.22 0.33 0.25 0.29 0.25 0.45 0.27 0.32 0.95 0.74 0.71 1.00 1.20 1.20 1.11
O3' 1.21 1.13 1.31 1.50 1.25 1.39 1.34 1.91 1.30 1.50 1.20 1.13 1.36 1.48 1.32 1.44 1.26 1.26 2.25 2.47 2.85 2.76
O4' 0.44 0.18 0.67 0.82 0.17 1.00 0.27 1.00 0.33 0.23 0.23 0.22 0.48 0.39 0.19 0.49 1.10 0.65 0.44 0.54 0.79 0.40
O5' 0.28 0.59 0.56 0.77 0.60 0.94 1.12 0.68 1.25 0.99 0.96 0.39 1.63 1.41 0.45 0.61 1.27 0.49 0.40 0.61 1.80 1.03
O6 0.27 0.19 0.38 0.44 0.09 0.43 0.29 0.40 0.34 0.27 0.23 0.24 0.48 0.39 0.13 0.65 1.05 0.34 0.31 0.49 0.70 0.37
OP1 0.27 0.78 0.53 0.74 0.77 0.88 1.39 0.57 1.60 1.19 1.25 0.51 2.11 1.71 0.58 0.66 1.28 0.46 0.55 1.02 2.17 1.33
OP2 0.39 0.94 0.64 0.95 0.91 1.06 1.64 0.64 1.89 1.35 1.48 0.63 2.49 1.99 0.66 0.83 1.69 0.59 0.43 0.85 2.13 1.22
P 0.38 0.73 0.70 0.99 0.71 1.10 1.35 0.74 1.56 1.13 1.21 0.47 2.07 1.67 0.50 0.82 1.61 0.58 0.34 0.68 1.90 1.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.28 0.01 0.21 0.41 0.26 0.16
C2 0.03 0.00 0.25 0.28 0.01 0.14 0.01 0.18 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.39 0.11 0.15 0.18 0.56 0.60 0.12
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.13 0.01 0.07 0.19 0.12 0.12 0.19 0.26 0.10 0.08 0.02 0.00 0.03 0.01 0.51 0.53 0.48 0.46
C3' 0.02 0.28 0.00 0.00 0.28 0.00 0.35 0.01 0.37 0.32 0.33 0.23 0.42 0.37 0.24 0.02 0.00 0.03 0.26 0.27 0.18 0.19
C4 0.01 0.01 0.13 0.28 0.00 0.10 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.08 0.08 0.22 0.60 0.54 0.18
C4' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.13 0.13 0.14 0.13 0.14 0.14 0.08 0.29 0.02 0.01 0.01 0.12 0.26 0.04
C5 0.01 0.01 0.07 0.35 0.00 0.12 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.31 0.17 0.04 0.31 0.74 0.69 0.28
C5' 0.07 0.18 0.19 0.01 0.09 0.01 0.10 0.00 0.12 0.16 0.15 0.16 0.13 0.15 0.05 0.10 0.20 0.01 0.01 0.20 0.40 0.02
C6 0.02 0.00 0.12 0.37 0.01 0.13 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.19 0.07 0.30 0.75 0.75 0.27
C8 0.02 0.02 0.12 0.32 0.01 0.13 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.25 0.18 0.08 0.39 0.77 0.60 0.34
N1 0.03 0.00 0.19 0.33 0.01 0.14 0.01 0.15 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.38 0.13 0.12 0.23 0.66 0.69 0.19
N3 0.03 0.00 0.26 0.23 0.01 0.13 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.35 0.14 0.15 0.17 0.51 0.51 0.11
N6 0.02 0.00 0.10 0.42 0.01 0.14 0.01 0.13 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.36 0.27 0.05 0.35 0.83 0.85 0.34
N7 0.02 0.01 0.08 0.37 0.01 0.14 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.30 0.24 0.05 0.40 0.85 0.75 0.38
N9 0.01 0.02 0.02 0.24 0.01 0.08 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.18 0.08 0.01 0.25 0.58 0.44 0.21
O2' 0.02 0.39 0.00 0.02 0.28 0.29 0.31 0.10 0.35 0.25 0.38 0.35 0.36 0.30 0.18 0.00 0.07 0.21 0.46 0.50 0.56 0.42
O3' 0.28 0.11 0.03 0.00 0.08 0.02 0.17 0.20 0.19 0.18 0.13 0.14 0.27 0.24 0.08 0.07 0.00 0.19 0.29 0.45 0.29 0.32
O4' 0.01 0.15 0.01 0.03 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.08 0.12 0.15 0.05 0.05 0.01 0.21 0.19 0.00 0.12 0.29 0.28 0.13
O5' 0.21 0.18 0.51 0.26 0.22 0.01 0.31 0.01 0.30 0.39 0.23 0.17 0.35 0.40 0.25 0.46 0.29 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.41 0.56 0.53 0.27 0.60 0.12 0.74 0.20 0.75 0.77 0.66 0.51 0.83 0.85 0.58 0.50 0.45 0.29 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.60 0.48 0.18 0.54 0.26 0.69 0.40 0.75 0.60 0.69 0.51 0.85 0.75 0.44 0.56 0.29 0.28 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.12 0.46 0.19 0.18 0.04 0.28 0.02 0.27 0.34 0.19 0.11 0.34 0.38 0.21 0.42 0.32 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00