ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53243

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.004, 0.018, 0.033, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.003, 0.022, 0.041, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.022 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.006, 0.025, 0.044, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.025 std_dev=0.019
C1' A 0, -0.001, 0.022, 0.045, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.022 std_dev=0.023
O6 A 0, 0.012, 0.037, 0.061, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.037 std_dev=0.025
C4 A 0, 0.004, 0.033, 0.061, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.033 std_dev=0.028
N2 A 0, 0.008, 0.040, 0.073, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.040 std_dev=0.033
N9 A 0, 0.007, 0.041, 0.074, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.041 std_dev=0.033
N7 A 0, 0.010, 0.047, 0.083, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.047 std_dev=0.036
C8 A 0, 0.005, 0.045, 0.085, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.045 std_dev=0.040
C4 B 0, 0.304, 0.543, 0.782, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.543 std_dev=0.239
C5 B 0, 0.234, 0.483, 0.732, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.483 std_dev=0.249
N3 B 0, 0.376, 0.640, 0.904, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.640 std_dev=0.264
N9 B 0, 0.301, 0.567, 0.833, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.567 std_dev=0.266
N7 B 0, 0.189, 0.468, 0.748, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.468 std_dev=0.279
C6 B 0, 0.260, 0.548, 0.836, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.548 std_dev=0.288
C8 B 0, 0.218, 0.526, 0.833, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.526 std_dev=0.307
N6 B 0, 0.284, 0.598, 0.911, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.598 std_dev=0.314
C1' B 0, 0.367, 0.685, 1.003, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.685 std_dev=0.318
C2 B 0, 0.367, 0.687, 1.007, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.687 std_dev=0.320
N1 B 0, 0.313, 0.648, 0.984, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.648 std_dev=0.336
O5' B 0, 0.278, 0.616, 0.953, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.616 std_dev=0.337
C4' B 0, 0.344, 0.731, 1.118, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.731 std_dev=0.387
O4' B 0, 0.257, 0.650, 1.044, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.650 std_dev=0.393
C2' B 0, 0.394, 0.794, 1.194, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.794 std_dev=0.400
O4' A 0, 0.000, 0.404, 0.807, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.404 std_dev=0.403
C3' B 0, 0.398, 0.808, 1.217, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.808 std_dev=0.410
C5' B 0, 0.406, 0.851, 1.297, 1.525 max_d=1.525 avg_d=0.851 std_dev=0.445
C2' A 0, -0.001, 0.451, 0.903, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.451 std_dev=0.452
O2' B 0, 0.418, 0.919, 1.421, 1.738 max_d=1.738 avg_d=0.919 std_dev=0.501
O3' B 0, 0.426, 0.979, 1.531, 1.850 max_d=1.850 avg_d=0.979 std_dev=0.553
C3' A 0, 0.070, 0.712, 1.353, 2.062 max_d=2.062 avg_d=0.712 std_dev=0.642
C4' A 0, 0.052, 0.696, 1.341, 2.050 max_d=2.050 avg_d=0.696 std_dev=0.644
O2' A 0, -0.106, 0.579, 1.264, 2.132 max_d=2.132 avg_d=0.579 std_dev=0.685
P B 0, 0.248, 0.978, 1.709, 2.711 max_d=2.711 avg_d=0.978 std_dev=0.730
O3' A 0, 0.106, 1.000, 1.895, 2.698 max_d=2.698 avg_d=1.000 std_dev=0.895
C5' A 0, 0.125, 1.055, 1.986, 2.819 max_d=2.819 avg_d=1.055 std_dev=0.931
OP1 B 0, 0.157, 1.178, 2.199, 3.687 max_d=3.687 avg_d=1.178 std_dev=1.021
OP2 B 0, 0.039, 1.149, 2.260, 3.975 max_d=3.975 avg_d=1.149 std_dev=1.110
O5' A 0, 0.028, 1.392, 2.756, 4.510 max_d=4.510 avg_d=1.392 std_dev=1.364
P A 0, 0.058, 1.581, 3.104, 5.074 max_d=5.074 avg_d=1.581 std_dev=1.523
OP2 A 0, 0.033, 1.737, 3.441, 5.739 max_d=5.739 avg_d=1.737 std_dev=1.704
OP1 A 0, -0.117, 1.779, 3.674, 6.292 max_d=6.292 avg_d=1.779 std_dev=1.896

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.16 0.01 0.28 0.02 0.31 0.11 0.20
C2 0.04 0.00 0.28 0.24 0.01 0.10 0.00 0.29 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.25 0.27 0.21 0.34 0.01 0.30 0.49 0.31
C2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.15 0.02 0.09 0.14 0.14 0.15 0.22 0.32 0.27 0.08 0.02 0.01 0.03 0.02 0.19 0.10 0.27 0.26 0.15
C3' 0.04 0.24 0.01 0.00 0.22 0.00 0.29 0.02 0.30 0.28 0.27 0.23 0.21 0.31 0.19 0.02 0.02 0.03 0.27 0.31 0.39 0.26 0.23
C4 0.02 0.01 0.15 0.22 0.00 0.09 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.17 0.11 0.44 0.01 0.40 0.51 0.39
C4' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.09 0.00 0.14 0.00 0.13 0.21 0.10 0.13 0.09 0.21 0.10 0.21 0.04 0.01 0.03 0.15 0.21 0.25 0.03
C5 0.01 0.00 0.09 0.29 0.01 0.14 0.00 0.34 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.21 0.06 0.59 0.01 0.55 0.76 0.57
C5' 0.09 0.29 0.14 0.02 0.27 0.00 0.34 0.00 0.36 0.33 0.33 0.29 0.25 0.38 0.23 0.08 0.15 0.02 0.01 0.39 0.35 0.37 0.02
C6 0.02 0.00 0.14 0.30 0.01 0.13 0.00 0.36 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.23 0.11 0.57 0.01 0.54 0.82 0.58
C8 0.01 0.01 0.15 0.28 0.01 0.21 0.01 0.33 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.32 0.24 0.11 0.70 0.01 0.65 0.72 0.63
N1 0.03 0.00 0.22 0.27 0.01 0.10 0.01 0.33 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.24 0.17 0.45 0.01 0.41 0.68 0.44
N2 0.05 0.00 0.32 0.23 0.01 0.13 0.01 0.29 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.32 0.34 0.26 0.29 0.01 0.25 0.40 0.23
N3 0.03 0.01 0.27 0.21 0.01 0.09 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.24 0.26 0.20 0.31 0.01 0.28 0.38 0.26
N7 0.01 0.01 0.08 0.31 0.01 0.21 0.00 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.27 0.06 0.73 0.01 0.71 0.91 0.72
N9 0.00 0.02 0.02 0.19 0.01 0.10 0.01 0.23 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.16 0.10 0.03 0.47 0.01 0.43 0.43 0.39
O2' 0.02 0.25 0.01 0.02 0.16 0.21 0.22 0.08 0.22 0.32 0.22 0.32 0.24 0.31 0.16 0.00 0.03 0.17 0.19 0.26 0.29 0.27 0.07
O3' 0.16 0.27 0.03 0.02 0.17 0.04 0.21 0.15 0.23 0.24 0.24 0.34 0.26 0.27 0.10 0.03 0.00 0.12 0.31 0.25 0.49 0.30 0.31
O4' 0.01 0.21 0.02 0.03 0.11 0.01 0.06 0.02 0.11 0.11 0.17 0.26 0.20 0.06 0.03 0.17 0.12 0.00 0.31 0.09 0.36 0.22 0.28
O5' 0.28 0.34 0.19 0.27 0.44 0.03 0.59 0.01 0.57 0.70 0.45 0.29 0.31 0.73 0.47 0.19 0.31 0.31 0.00 0.64 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.10 0.31 0.01 0.15 0.01 0.39 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.25 0.09 0.64 0.00 0.63 0.97 0.68
OP1 0.31 0.30 0.27 0.39 0.40 0.21 0.55 0.35 0.54 0.65 0.41 0.25 0.28 0.71 0.43 0.29 0.49 0.36 0.02 0.63 0.00 0.02 0.01
OP2 0.11 0.49 0.26 0.26 0.51 0.25 0.76 0.37 0.82 0.72 0.68 0.40 0.38 0.91 0.43 0.27 0.30 0.22 0.02 0.97 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.31 0.15 0.23 0.39 0.03 0.57 0.02 0.58 0.63 0.44 0.23 0.26 0.72 0.39 0.07 0.31 0.28 0.01 0.68 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.34 0.38 0.58 0.55 0.24 0.36 0.24 0.34 0.35 0.22 0.43 0.30 0.43 0.21 0.25 0.65 0.68 0.26 0.23 0.60 0.46 0.25
C2 0.46 0.32 0.59 0.50 0.31 0.38 0.22 0.35 0.25 0.31 0.30 0.38 0.32 0.24 0.36 0.66 0.55 0.34 0.30 0.46 0.59 0.33
C2' 0.32 0.47 0.50 0.45 0.33 0.31 0.37 0.27 0.45 0.30 0.51 0.38 0.51 0.35 0.29 0.58 0.58 0.30 0.32 0.43 0.62 0.31
C3' 0.40 0.34 0.70 0.67 0.27 0.43 0.29 0.38 0.37 0.28 0.39 0.33 0.49 0.30 0.29 0.80 0.86 0.31 0.23 0.67 0.47 0.29
C4 0.40 0.41 0.57 0.51 0.30 0.37 0.26 0.36 0.34 0.27 0.42 0.38 0.42 0.24 0.31 0.63 0.58 0.30 0.27 0.45 0.61 0.30
C4' 0.55 0.32 0.88 0.89 0.35 0.62 0.24 0.63 0.20 0.35 0.23 0.42 0.25 0.25 0.42 0.92 1.07 0.45 0.36 0.93 0.32 0.44
C5 0.38 0.41 0.52 0.46 0.31 0.35 0.26 0.35 0.33 0.27 0.40 0.39 0.42 0.24 0.32 0.57 0.51 0.28 0.27 0.35 0.74 0.35
C5' 0.67 0.44 0.97 1.02 0.51 0.76 0.41 0.80 0.31 0.52 0.30 0.56 0.28 0.43 0.58 0.97 1.18 0.59 0.54 1.02 0.50 0.59
C6 0.38 0.39 0.48 0.41 0.32 0.33 0.25 0.34 0.28 0.28 0.34 0.40 0.36 0.24 0.33 0.52 0.44 0.29 0.28 0.30 0.81 0.40
C8 0.36 0.41 0.54 0.50 0.29 0.35 0.28 0.36 0.37 0.25 0.44 0.37 0.45 0.25 0.29 0.58 0.58 0.27 0.25 0.41 0.68 0.30
N1 0.42 0.34 0.51 0.43 0.33 0.35 0.23 0.34 0.22 0.30 0.27 0.39 0.31 0.25 0.36 0.56 0.46 0.31 0.29 0.34 0.73 0.37
N2 0.51 0.23 0.63 0.52 0.27 0.41 0.17 0.36 0.18 0.34 0.22 0.31 0.26 0.25 0.39 0.71 0.57 0.38 0.33 0.53 0.52 0.34
N3 0.43 0.37 0.62 0.53 0.28 0.38 0.23 0.35 0.31 0.28 0.38 0.37 0.37 0.23 0.32 0.69 0.61 0.32 0.28 0.53 0.53 0.30
N7 0.36 0.41 0.51 0.46 0.31 0.34 0.28 0.36 0.35 0.26 0.41 0.38 0.44 0.25 0.30 0.54 0.52 0.27 0.26 0.33 0.77 0.35
N9 0.37 0.41 0.57 0.53 0.28 0.36 0.26 0.36 0.36 0.25 0.44 0.36 0.44 0.24 0.29 0.63 0.62 0.28 0.25 0.49 0.58 0.27
O2' 0.31 0.53 0.43 0.38 0.37 0.33 0.39 0.28 0.47 0.30 0.55 0.44 0.50 0.34 0.31 0.51 0.47 0.32 0.34 0.43 0.57 0.30
O3' 0.66 0.45 1.00 0.97 0.45 0.70 0.35 0.63 0.36 0.41 0.40 0.53 0.43 0.35 0.50 1.13 1.19 0.54 0.40 1.05 0.29 0.53
O4' 0.58 0.34 0.86 0.86 0.38 0.64 0.26 0.66 0.22 0.38 0.27 0.44 0.26 0.27 0.46 0.88 1.00 0.50 0.41 0.92 0.34 0.47
O5' 0.44 0.31 0.83 0.88 0.26 0.59 0.25 0.59 0.37 0.21 0.37 0.35 0.54 0.24 0.29 0.90 1.12 0.35 0.24 0.82 0.36 0.29
O6 0.35 0.38 0.42 0.35 0.31 0.30 0.24 0.33 0.25 0.26 0.32 0.38 0.31 0.23 0.31 0.46 0.37 0.27 0.28 0.27 0.92 0.47
OP1 0.55 0.31 0.98 1.08 0.32 0.77 0.18 0.78 0.22 0.26 0.23 0.42 0.36 0.17 0.38 1.04 1.35 0.48 0.36 1.00 0.27 0.42
OP2 0.34 0.20 0.60 0.61 0.27 0.40 0.45 0.40 0.57 0.39 0.44 0.21 0.81 0.51 0.29 0.71 0.82 0.31 0.43 0.52 0.89 0.46
P 0.39 0.18 0.76 0.82 0.17 0.55 0.18 0.56 0.30 0.16 0.24 0.26 0.50 0.20 0.23 0.84 1.06 0.31 0.22 0.72 0.49 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.13 0.37 0.25 0.07
C2 0.03 0.00 0.14 0.20 0.00 0.10 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.22 0.05 0.22 0.24 0.68 0.28
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.02 0.06 0.09 0.10 0.14 0.05 0.06 0.02 0.00 0.06 0.02 0.22 0.36 0.30 0.06
C3' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.11 0.00 0.08 0.01 0.12 0.10 0.17 0.19 0.11 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.29 0.24 0.29 0.13
C4 0.02 0.00 0.07 0.11 0.00 0.09 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.10 0.02 0.22 0.19 0.64 0.27
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.12 0.08 0.12 0.08 0.14 0.10 0.06 0.04 0.04 0.00 0.01 0.46 0.13 0.22
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.11 0.00 0.28 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.08 0.01 0.25 0.21 0.82 0.41
C5' 0.05 0.25 0.02 0.01 0.23 0.01 0.28 0.00 0.31 0.22 0.29 0.21 0.34 0.28 0.18 0.03 0.05 0.01 0.01 0.04 0.12 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.12 0.01 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.12 0.02 0.26 0.25 0.89 0.45
C8 0.01 0.01 0.09 0.10 0.00 0.08 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.12 0.04 0.24 0.16 0.71 0.37
N1 0.03 0.00 0.10 0.17 0.01 0.12 0.00 0.29 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.18 0.04 0.24 0.22 0.81 0.38
N3 0.03 0.00 0.14 0.19 0.00 0.08 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.20 0.05 0.20 0.27 0.57 0.21
N6 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.14 0.01 0.34 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.27 0.34 1.00 0.54
N7 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.10 0.00 0.28 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.11 0.02 0.25 0.27 0.89 0.49
N9 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.20 0.18 0.53 0.21
O2' 0.02 0.12 0.00 0.01 0.07 0.04 0.06 0.03 0.07 0.05 0.10 0.12 0.07 0.05 0.03 0.00 0.12 0.05 0.10 0.62 0.10 0.22
O3' 0.05 0.22 0.06 0.01 0.10 0.04 0.08 0.05 0.12 0.12 0.18 0.20 0.12 0.11 0.02 0.12 0.00 0.06 0.26 0.34 0.24 0.14
O4' 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.47 0.05 0.19
O5' 0.13 0.22 0.22 0.29 0.22 0.01 0.25 0.01 0.26 0.24 0.24 0.20 0.27 0.25 0.20 0.10 0.26 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.37 0.24 0.36 0.24 0.19 0.46 0.21 0.04 0.25 0.16 0.22 0.27 0.34 0.27 0.18 0.62 0.34 0.47 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.68 0.30 0.29 0.64 0.13 0.82 0.12 0.89 0.71 0.81 0.57 1.00 0.89 0.53 0.10 0.24 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.28 0.06 0.13 0.27 0.22 0.41 0.01 0.45 0.37 0.38 0.21 0.54 0.49 0.21 0.22 0.14 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00