ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53245

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.003 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.002, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N9 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
O6 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N2 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N7 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C8 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.006
O4' A 0, 0.002, 0.050, 0.098, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.050 std_dev=0.048
C2' A 0, 0.006, 0.056, 0.107, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.056 std_dev=0.051
C4' A 0, 0.039, 0.104, 0.169, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.104 std_dev=0.065
O2' A 0, 0.016, 0.086, 0.157, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.086 std_dev=0.071
C3' A 0, 0.043, 0.119, 0.194, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.119 std_dev=0.075
O5' A 0, 0.054, 0.152, 0.251, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.152 std_dev=0.099
C5' A 0, 0.049, 0.154, 0.260, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.154 std_dev=0.105
O3' A 0, 0.072, 0.186, 0.300, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.186 std_dev=0.114
P A 0, 0.027, 0.189, 0.351, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.189 std_dev=0.162
C8 B 0, 0.100, 0.283, 0.465, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.283 std_dev=0.182
N7 B 0, 0.168, 0.354, 0.539, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.354 std_dev=0.185
N9 B 0, 0.119, 0.314, 0.510, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.314 std_dev=0.195
OP2 A 0, 0.013, 0.209, 0.404, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.209 std_dev=0.195
C5 B 0, 0.198, 0.403, 0.607, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.403 std_dev=0.205
C4 B 0, 0.184, 0.389, 0.593, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.389 std_dev=0.205
C1' B 0, 0.184, 0.392, 0.601, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.392 std_dev=0.208
OP1 A 0, 0.017, 0.230, 0.442, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.230 std_dev=0.213
C2' B 0, 0.178, 0.415, 0.652, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.415 std_dev=0.237
N3 B 0, 0.248, 0.495, 0.742, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.495 std_dev=0.247
C3' B 0, 0.164, 0.429, 0.693, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.429 std_dev=0.264
O4' B 0, 0.135, 0.399, 0.664, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.399 std_dev=0.264
O2' B 0, 0.212, 0.478, 0.744, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.478 std_dev=0.266
OP2 B 0, 0.130, 0.397, 0.664, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.397 std_dev=0.267
C6 B 0, 0.239, 0.514, 0.789, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.514 std_dev=0.275
P B 0, 0.093, 0.380, 0.667, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.380 std_dev=0.287
C4' B 0, 0.139, 0.431, 0.723, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.431 std_dev=0.292
C2 B 0, 0.279, 0.574, 0.868, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.574 std_dev=0.295
O5' B 0, 0.103, 0.415, 0.728, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.415 std_dev=0.313
N1 B 0, 0.273, 0.587, 0.901, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.587 std_dev=0.314
O3' B 0, 0.168, 0.490, 0.812, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.490 std_dev=0.322
N6 B 0, 0.231, 0.579, 0.927, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.579 std_dev=0.348
OP1 B 0, 0.037, 0.392, 0.747, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.392 std_dev=0.355
C5' B 0, 0.077, 0.441, 0.804, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.441 std_dev=0.363

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.04 0.04 0.00 0.05 0.06 0.06
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.06 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03
C4 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.00 0.06 0.08 0.07
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.08 0.11 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.09 0.12 0.09
C8 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.11 0.09
N1 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.04 0.00 0.07 0.09 0.07
N2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.10 0.04 0.05 0.00 0.06 0.08 0.07
N3 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.04 0.04 0.00 0.05 0.06 0.06
N7 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.09 0.13 0.10
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.08 0.07
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.07 0.10 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.06 0.05 0.04
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04
O5' 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.10 0.13 0.10
OP1 0.02 0.05 0.02 0.04 0.06 0.01 0.08 0.01 0.09 0.07 0.07 0.06 0.05 0.09 0.05 0.02 0.06 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.06 0.04 0.04 0.08 0.01 0.11 0.00 0.12 0.11 0.09 0.08 0.06 0.13 0.08 0.03 0.05 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.02 0.03 0.07 0.01 0.09 0.00 0.09 0.09 0.07 0.07 0.06 0.10 0.07 0.02 0.04 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.11 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.11 0.08 0.07 0.11 0.09 0.09 0.05 0.07 0.09 0.08 0.10 0.13 0.08 0.08 0.09
C2 0.06 0.09 0.05 0.08 0.05 0.09 0.09 0.13 0.10 0.09 0.07 0.09 0.17 0.13 0.04 0.05 0.08 0.08 0.15 0.09 0.06 0.08
C2' 0.11 0.12 0.10 0.10 0.08 0.11 0.07 0.12 0.10 0.11 0.13 0.10 0.12 0.07 0.09 0.11 0.11 0.13 0.14 0.12 0.10 0.11
C3' 0.09 0.11 0.09 0.10 0.08 0.10 0.08 0.11 0.09 0.12 0.12 0.09 0.10 0.11 0.09 0.09 0.10 0.11 0.13 0.12 0.11 0.12
C4 0.05 0.09 0.05 0.06 0.05 0.08 0.04 0.13 0.04 0.05 0.07 0.09 0.05 0.07 0.04 0.06 0.06 0.06 0.15 0.08 0.09 0.08
C4' 0.08 0.11 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.11 0.09 0.10 0.12 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.13 0.11 0.10 0.11
C5 0.06 0.09 0.06 0.08 0.06 0.12 0.06 0.18 0.06 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.05 0.08 0.09 0.10 0.18 0.12 0.15 0.13
C5' 0.07 0.12 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.11 0.09 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.07 0.07 0.08 0.07 0.13 0.11 0.10 0.10
C6 0.09 0.08 0.07 0.10 0.04 0.15 0.07 0.20 0.10 0.07 0.10 0.07 0.13 0.09 0.06 0.09 0.10 0.15 0.19 0.14 0.14 0.14
C8 0.09 0.10 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.16 0.08 0.07 0.08 0.10 0.08 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08 0.18 0.12 0.19 0.15
N1 0.08 0.07 0.05 0.08 0.03 0.12 0.09 0.16 0.13 0.07 0.09 0.07 0.18 0.12 0.04 0.07 0.07 0.12 0.16 0.10 0.09 0.09
N2 0.07 0.10 0.07 0.10 0.07 0.10 0.12 0.13 0.14 0.11 0.09 0.10 0.24 0.17 0.07 0.06 0.10 0.08 0.15 0.10 0.07 0.10
N3 0.05 0.10 0.05 0.08 0.06 0.08 0.06 0.13 0.05 0.09 0.07 0.09 0.09 0.11 0.05 0.05 0.08 0.06 0.15 0.09 0.06 0.08
N7 0.09 0.10 0.09 0.12 0.08 0.14 0.08 0.22 0.07 0.10 0.08 0.10 0.07 0.10 0.08 0.10 0.12 0.11 0.22 0.17 0.21 0.19
N9 0.07 0.10 0.06 0.06 0.07 0.07 0.05 0.12 0.06 0.05 0.08 0.09 0.06 0.05 0.06 0.08 0.06 0.07 0.14 0.07 0.11 0.08
O2' 0.13 0.12 0.12 0.13 0.09 0.14 0.09 0.15 0.13 0.11 0.14 0.10 0.16 0.07 0.10 0.13 0.14 0.16 0.16 0.16 0.13 0.16
O3' 0.11 0.11 0.11 0.12 0.08 0.12 0.08 0.13 0.10 0.14 0.12 0.09 0.11 0.12 0.10 0.11 0.13 0.13 0.15 0.16 0.15 0.15
O4' 0.08 0.12 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.12 0.09 0.07 0.12 0.10 0.09 0.06 0.07 0.08 0.07 0.08 0.14 0.09 0.08 0.09
O5' 0.06 0.11 0.06 0.08 0.07 0.07 0.08 0.12 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.11 0.06 0.06 0.08 0.06 0.14 0.10 0.09 0.10
O6 0.14 0.11 0.12 0.15 0.06 0.21 0.09 0.25 0.12 0.11 0.13 0.07 0.15 0.10 0.09 0.13 0.15 0.22 0.23 0.18 0.18 0.18
OP1 0.06 0.12 0.06 0.08 0.07 0.07 0.08 0.11 0.09 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.07 0.06 0.08 0.05 0.14 0.09 0.10 0.10
OP2 0.07 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.13 0.09 0.12 0.09 0.09 0.12 0.14 0.08 0.07 0.09 0.07 0.15 0.10 0.09 0.10
P 0.06 0.10 0.06 0.08 0.07 0.07 0.09 0.11 0.09 0.11 0.09 0.09 0.11 0.13 0.07 0.06 0.08 0.05 0.14 0.09 0.09 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04
C2 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.01 0.07 0.07 0.11 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.08 0.03 0.03 0.05 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.08 0.06 0.10 0.06
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.07 0.02 0.01 0.05 0.07 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.11 0.10 0.14 0.10
C5' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.11 0.06 0.03 0.10 0.11 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.11 0.11 0.16 0.11
C8 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.01 0.12 0.08 0.10 0.07
N1 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.09 0.10 0.14 0.09
N3 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.01 0.06 0.05 0.09 0.05
N6 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.13 0.14 0.18 0.13
N7 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.00 0.14 0.12 0.15 0.11
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.04 0.07 0.04
O2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.09 0.04 0.05 0.07 0.09 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.08 0.04
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.06 0.07 0.08
O5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.11 0.12 0.09 0.06 0.13 0.14 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.07 0.03 0.05 0.06 0.02 0.10 0.03 0.11 0.08 0.10 0.05 0.14 0.12 0.04 0.03 0.08 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.11 0.02 0.04 0.10 0.01 0.14 0.02 0.16 0.10 0.14 0.09 0.18 0.15 0.07 0.02 0.08 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.01 0.02 0.06 0.02 0.10 0.00 0.11 0.07 0.09 0.05 0.13 0.11 0.04 0.01 0.04 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00