ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53247

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.004, 0.025, 0.045, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.025 std_dev=0.020
C6 A 0, 0.001, 0.022, 0.043, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.022 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.001, 0.023, 0.044, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.023 std_dev=0.021
C5 A 0, 0.005, 0.027, 0.049, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.027 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.006, 0.030, 0.055, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.030 std_dev=0.025
N3 A 0, 0.003, 0.032, 0.062, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.032 std_dev=0.029
N2 A 0, 0.012, 0.049, 0.085, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.049 std_dev=0.037
N7 A 0, -0.002, 0.034, 0.071, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.034 std_dev=0.037
C8 A 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.041 std_dev=0.041
N9 A 0, -0.002, 0.042, 0.085, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.042 std_dev=0.044
O6 A 0, 0.002, 0.056, 0.111, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.056 std_dev=0.055
N1 B 0, 0.098, 0.228, 0.358, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.228 std_dev=0.130
C2 B 0, 0.068, 0.280, 0.493, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.280 std_dev=0.213
C6 B 0, 0.173, 0.399, 0.626, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.399 std_dev=0.227
C5 B 0, 0.284, 0.542, 0.801, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.542 std_dev=0.259
C4 B 0, 0.189, 0.453, 0.717, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.453 std_dev=0.264
N3 B 0, 0.032, 0.335, 0.638, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.335 std_dev=0.303
N9 B 0, 0.314, 0.645, 0.977, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.645 std_dev=0.331
C1' B 0, 0.253, 0.619, 0.985, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.619 std_dev=0.366
N6 B 0, 0.187, 0.560, 0.932, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.560 std_dev=0.373
C8 B 0, 0.443, 0.827, 1.210, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.827 std_dev=0.383
N7 B 0, 0.401, 0.790, 1.179, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.790 std_dev=0.389
O3' B 0, 0.330, 0.793, 1.255, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.793 std_dev=0.463
O4' B 0, 0.508, 1.037, 1.566, 1.679 max_d=1.679 avg_d=1.037 std_dev=0.529
C3' B 0, 0.665, 1.232, 1.799, 1.704 max_d=1.704 avg_d=1.232 std_dev=0.567
C2' B 0, 0.701, 1.332, 1.962, 1.952 max_d=1.952 avg_d=1.332 std_dev=0.631
C4' B 0, 0.655, 1.366, 2.077, 2.027 max_d=2.027 avg_d=1.366 std_dev=0.711
OP2 B 0, 0.594, 1.377, 2.160, 2.516 max_d=2.516 avg_d=1.377 std_dev=0.783
O4' A 0, 0.105, 0.898, 1.692, 1.834 max_d=1.834 avg_d=0.898 std_dev=0.793
C2' A 0, 0.143, 0.966, 1.788, 1.894 max_d=1.894 avg_d=0.966 std_dev=0.823
O2' B 0, 0.863, 1.817, 2.771, 2.725 max_d=2.725 avg_d=1.817 std_dev=0.954
C3' A 0, 0.234, 1.339, 2.444, 2.593 max_d=2.593 avg_d=1.339 std_dev=1.105
O2' A 0, 0.278, 1.417, 2.557, 2.651 max_d=2.651 avg_d=1.417 std_dev=1.140
O3' A 0, 0.472, 1.660, 2.848, 2.942 max_d=2.942 avg_d=1.660 std_dev=1.188
C4' A 0, 0.085, 1.376, 2.666, 2.821 max_d=2.821 avg_d=1.376 std_dev=1.291
C5' B 0, 0.938, 2.251, 3.565, 3.599 max_d=3.599 avg_d=2.251 std_dev=1.313
OP1 A 0, 1.134, 2.484, 3.834, 4.014 max_d=4.014 avg_d=2.484 std_dev=1.350
O5' B 0, 0.920, 2.411, 3.902, 3.929 max_d=3.929 avg_d=2.411 std_dev=1.491
P B 0, 1.003, 2.594, 4.185, 4.281 max_d=4.281 avg_d=2.594 std_dev=1.591
O5' A 0, 0.565, 2.230, 3.896, 3.899 max_d=3.899 avg_d=2.230 std_dev=1.665
C5' A 0, 0.254, 2.110, 3.965, 4.160 max_d=4.160 avg_d=2.110 std_dev=1.855
P A 0, 0.909, 2.782, 4.654, 4.787 max_d=4.787 avg_d=2.782 std_dev=1.872
OP1 B 0, 2.206, 4.400, 6.594, 6.281 max_d=6.281 avg_d=4.400 std_dev=2.194
OP2 A 0, 0.994, 3.255, 5.515, 5.610 max_d=5.610 avg_d=3.255 std_dev=2.261

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.03 0.01 0.02 0.35 0.01 0.13 0.03 0.10 0.04 0.08
C2 0.04 0.00 0.47 0.29 0.01 0.13 0.01 0.10 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.26 0.21 0.33 0.18 0.04 0.63 0.14 0.36
C2' 0.00 0.47 0.00 0.00 0.24 0.01 0.11 0.18 0.21 0.23 0.37 0.56 0.45 0.12 0.02 0.01 0.03 0.02 0.32 0.16 0.45 0.27 0.40
C3' 0.03 0.29 0.00 0.00 0.26 0.00 0.32 0.02 0.36 0.22 0.35 0.27 0.23 0.30 0.19 0.02 0.00 0.01 0.14 0.40 0.11 0.11 0.08
C4 0.02 0.01 0.24 0.26 0.00 0.03 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.17 0.17 0.18 0.03 0.51 0.20 0.32
C4' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.03 0.00 0.14 0.01 0.11 0.30 0.04 0.21 0.15 0.28 0.10 0.24 0.02 0.00 0.01 0.17 0.07 0.09 0.01
C5 0.01 0.01 0.11 0.32 0.01 0.14 0.00 0.27 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.24 0.07 0.05 0.31 0.02 0.73 0.40 0.52
C5' 0.03 0.10 0.18 0.02 0.12 0.01 0.27 0.00 0.26 0.41 0.15 0.16 0.11 0.43 0.17 0.06 0.18 0.02 0.00 0.34 0.05 0.09 0.01
C6 0.01 0.02 0.21 0.36 0.02 0.11 0.01 0.26 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.16 0.07 0.11 0.35 0.01 0.86 0.42 0.60
C8 0.04 0.01 0.23 0.22 0.01 0.30 0.01 0.41 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.49 0.05 0.25 0.26 0.04 0.45 0.46 0.41
N1 0.01 0.01 0.37 0.35 0.02 0.04 0.02 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.10 0.12 0.23 0.28 0.04 0.80 0.28 0.51
N2 0.05 0.00 0.56 0.27 0.01 0.21 0.01 0.16 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.43 0.26 0.41 0.15 0.04 0.61 0.10 0.31
N3 0.05 0.01 0.45 0.23 0.01 0.15 0.02 0.11 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.28 0.26 0.34 0.12 0.04 0.48 0.09 0.24
N7 0.03 0.02 0.12 0.30 0.02 0.28 0.00 0.43 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.46 0.05 0.16 0.36 0.04 0.72 0.57 0.59
N9 0.01 0.01 0.02 0.19 0.00 0.10 0.02 0.17 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.20 0.17 0.01 0.13 0.04 0.33 0.21 0.23
O2' 0.02 0.26 0.01 0.02 0.07 0.24 0.24 0.06 0.16 0.49 0.10 0.43 0.28 0.46 0.20 0.00 0.05 0.20 0.25 0.24 0.57 0.17 0.40
O3' 0.35 0.21 0.03 0.00 0.17 0.02 0.07 0.18 0.07 0.05 0.12 0.26 0.26 0.05 0.17 0.05 0.00 0.22 0.32 0.06 0.24 0.33 0.28
O4' 0.01 0.33 0.02 0.01 0.17 0.00 0.05 0.02 0.11 0.25 0.23 0.41 0.34 0.16 0.01 0.20 0.22 0.00 0.14 0.06 0.09 0.09 0.06
O5' 0.13 0.18 0.32 0.14 0.18 0.01 0.31 0.00 0.35 0.26 0.28 0.15 0.12 0.36 0.13 0.25 0.32 0.14 0.00 0.43 0.03 0.01 0.00
O6 0.03 0.04 0.16 0.40 0.03 0.17 0.02 0.34 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.24 0.06 0.06 0.43 0.00 0.99 0.54 0.72
OP1 0.10 0.63 0.45 0.11 0.51 0.07 0.73 0.05 0.86 0.45 0.80 0.61 0.48 0.72 0.33 0.57 0.24 0.09 0.03 0.99 0.00 0.02 0.01
OP2 0.04 0.14 0.27 0.11 0.20 0.09 0.40 0.09 0.42 0.46 0.28 0.10 0.09 0.57 0.21 0.17 0.33 0.09 0.01 0.54 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.36 0.40 0.08 0.32 0.01 0.52 0.01 0.60 0.41 0.51 0.31 0.24 0.59 0.23 0.40 0.28 0.06 0.00 0.72 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.22 0.13 0.15 0.11 0.26 0.15 0.50 0.12 0.26 0.12 0.23 0.25 0.34 0.11 0.24 0.10 0.19 0.72 0.78 0.20 0.59
C2 0.09 0.06 0.11 0.06 0.15 0.29 0.28 0.33 0.27 0.29 0.09 0.03 0.36 0.36 0.18 0.36 0.14 0.34 0.31 0.26 0.19 0.22
C2' 0.44 0.07 0.33 0.37 0.14 0.31 0.16 0.19 0.31 0.12 0.20 0.20 0.55 0.21 0.25 0.51 0.50 0.36 0.29 0.53 0.42 0.22
C3' 0.39 0.28 0.29 0.25 0.33 0.20 0.30 0.24 0.24 0.34 0.24 0.33 0.19 0.30 0.37 0.44 0.29 0.26 0.31 0.39 0.53 0.18
C4 0.05 0.17 0.10 0.08 0.08 0.30 0.25 0.43 0.21 0.31 0.03 0.15 0.33 0.39 0.13 0.39 0.07 0.32 0.49 0.41 0.15 0.39
C4' 0.47 0.69 0.33 0.21 0.65 0.14 0.72 0.25 0.74 0.58 0.73 0.65 0.72 0.68 0.58 0.48 0.22 0.24 0.32 0.36 0.46 0.18
C5 0.09 0.14 0.12 0.09 0.14 0.38 0.29 0.50 0.22 0.37 0.05 0.11 0.30 0.42 0.21 0.50 0.09 0.44 0.49 0.35 0.19 0.41
C5' 0.71 0.81 0.58 0.43 0.89 0.34 1.02 0.31 0.97 1.03 0.88 0.79 0.99 1.13 0.89 0.69 0.38 0.49 0.22 0.50 0.93 0.51
C6 0.17 0.07 0.15 0.10 0.22 0.40 0.32 0.45 0.26 0.38 0.11 0.04 0.31 0.41 0.27 0.54 0.17 0.49 0.37 0.20 0.14 0.32
C8 0.11 0.20 0.13 0.13 0.06 0.37 0.19 0.61 0.14 0.32 0.07 0.23 0.25 0.37 0.10 0.45 0.11 0.34 0.71 0.65 0.33 0.62
N1 0.16 0.04 0.14 0.09 0.22 0.35 0.32 0.38 0.29 0.34 0.14 0.07 0.34 0.39 0.25 0.46 0.19 0.43 0.31 0.19 0.13 0.23
N2 0.10 0.05 0.10 0.06 0.15 0.26 0.26 0.28 0.26 0.26 0.12 0.05 0.35 0.32 0.17 0.31 0.16 0.32 0.25 0.27 0.26 0.15
N3 0.05 0.12 0.08 0.07 0.09 0.26 0.25 0.36 0.24 0.28 0.04 0.09 0.37 0.36 0.13 0.32 0.09 0.29 0.40 0.35 0.17 0.29
N7 0.07 0.16 0.13 0.11 0.10 0.44 0.25 0.61 0.18 0.38 0.05 0.16 0.27 0.40 0.19 0.54 0.06 0.47 0.61 0.50 0.33 0.55
N9 0.12 0.21 0.12 0.12 0.08 0.29 0.19 0.49 0.15 0.28 0.08 0.22 0.28 0.37 0.10 0.36 0.09 0.26 0.62 0.59 0.20 0.51
O2' 0.30 0.13 0.15 0.24 0.14 0.19 0.51 0.28 0.68 0.34 0.43 0.12 1.05 0.66 0.09 0.36 0.48 0.24 0.65 1.05 0.23 0.65
O3' 0.51 0.65 0.39 0.29 0.59 0.20 0.58 0.24 0.60 0.47 0.64 0.63 0.55 0.50 0.54 0.58 0.34 0.30 0.30 0.40 0.46 0.18
O4' 0.32 0.71 0.20 0.15 0.57 0.24 0.58 0.47 0.66 0.28 0.73 0.64 0.60 0.38 0.41 0.38 0.13 0.14 0.60 0.54 0.17 0.41
O5' 1.08 0.79 1.00 0.88 1.03 0.81 1.07 0.76 0.91 1.32 0.81 0.87 0.87 1.23 1.16 1.09 0.80 0.94 0.66 0.83 1.34 0.94
O6 0.23 0.09 0.19 0.13 0.26 0.45 0.33 0.47 0.26 0.39 0.15 0.11 0.30 0.40 0.31 0.63 0.22 0.55 0.35 0.14 0.17 0.31
OP1 0.95 0.30 0.99 1.00 0.63 1.02 0.66 1.04 0.47 1.06 0.33 0.43 0.45 0.88 0.90 1.03 0.88 1.02 0.89 0.99 1.47 1.12
OP2 1.13 0.93 1.11 0.98 1.16 0.95 1.30 1.10 1.17 1.58 1.02 0.96 1.20 1.53 1.30 1.12 0.78 1.04 1.12 1.40 1.93 1.53
P 1.07 0.64 1.04 0.98 0.93 0.97 1.00 1.03 0.84 1.35 0.69 0.73 0.83 1.24 1.13 1.08 0.83 1.04 0.93 1.11 1.67 1.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.13 0.00 0.05 0.04 0.22 0.11
C2 0.03 0.00 0.22 0.11 0.02 0.04 0.03 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.24 0.13 0.09 0.24 0.50 0.54 0.26
C2' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.11 0.02 0.03 0.06 0.08 0.16 0.16 0.24 0.03 0.11 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.18 0.38 0.32
C3' 0.03 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.07 0.09 0.10 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.31 0.35 0.26
C4 0.02 0.02 0.11 0.06 0.00 0.04 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.13 0.05 0.18 0.37 0.50 0.19
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.04 0.05 0.05 0.08 0.05 0.02 0.02 0.00 0.03 0.21 0.08 0.11
C5 0.01 0.03 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.17 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.13 0.04 0.16 0.46 0.62 0.26
C5' 0.04 0.15 0.06 0.02 0.15 0.01 0.17 0.00 0.17 0.17 0.17 0.14 0.17 0.18 0.13 0.06 0.03 0.01 0.01 0.15 0.15 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.06 0.00 0.05 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.12 0.05 0.19 0.55 0.67 0.31
C8 0.03 0.02 0.16 0.07 0.01 0.08 0.01 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.23 0.13 0.06 0.12 0.33 0.50 0.13
N1 0.02 0.01 0.16 0.09 0.01 0.04 0.02 0.17 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.13 0.13 0.08 0.23 0.56 0.63 0.31
N3 0.04 0.02 0.24 0.10 0.01 0.05 0.02 0.14 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.27 0.12 0.08 0.23 0.40 0.46 0.20
N6 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.17 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.07 0.13 0.06 0.18 0.60 0.73 0.35
N7 0.03 0.03 0.11 0.05 0.01 0.08 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.21 0.13 0.04 0.12 0.45 0.64 0.23
N9 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.13 0.01 0.10 0.21 0.41 0.08
O2' 0.02 0.24 0.00 0.02 0.06 0.02 0.07 0.06 0.01 0.23 0.13 0.27 0.07 0.21 0.08 0.00 0.06 0.03 0.06 0.29 0.53 0.45
O3' 0.13 0.13 0.02 0.01 0.13 0.02 0.13 0.03 0.12 0.13 0.13 0.12 0.13 0.13 0.13 0.06 0.00 0.06 0.08 0.38 0.33 0.25
O4' 0.00 0.09 0.03 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.08 0.08 0.06 0.04 0.01 0.03 0.06 0.00 0.13 0.10 0.19 0.10
O5' 0.05 0.24 0.04 0.09 0.18 0.03 0.16 0.01 0.19 0.12 0.23 0.23 0.18 0.12 0.10 0.06 0.08 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.04 0.50 0.18 0.31 0.37 0.21 0.46 0.15 0.55 0.33 0.56 0.40 0.60 0.45 0.21 0.29 0.38 0.10 0.02 0.00 0.04 0.02
OP2 0.22 0.54 0.38 0.35 0.50 0.08 0.62 0.15 0.67 0.50 0.63 0.46 0.73 0.64 0.41 0.53 0.33 0.19 0.02 0.04 0.00 0.01
P 0.11 0.26 0.32 0.26 0.19 0.11 0.26 0.02 0.31 0.13 0.31 0.20 0.35 0.23 0.08 0.45 0.25 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00