ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53248

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.027 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.015, 0.034, 0.053, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.034 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.010, 0.032, 0.053, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.032 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.008, 0.031, 0.055, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.031 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.013, 0.038, 0.064, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.038 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.017, 0.045, 0.073, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.045 std_dev=0.028
C1' A 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.013, 0.044, 0.075, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.044 std_dev=0.031
O6 A 0, 0.021, 0.057, 0.092, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.057 std_dev=0.035
N9 A 0, 0.025, 0.062, 0.099, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.062 std_dev=0.037
C5 B 0, 0.179, 0.364, 0.549, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.364 std_dev=0.185
C4 B 0, 0.142, 0.388, 0.634, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.388 std_dev=0.246
C6 B 0, 0.135, 0.386, 0.636, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.386 std_dev=0.251
N3 B 0, 0.154, 0.419, 0.683, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.419 std_dev=0.265
C2 B 0, 0.155, 0.428, 0.701, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.428 std_dev=0.273
N1 B 0, 0.163, 0.450, 0.737, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.450 std_dev=0.287
N7 B 0, 0.243, 0.545, 0.847, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.545 std_dev=0.302
N9 B 0, 0.290, 0.628, 0.965, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.628 std_dev=0.338
C8 B 0, 0.321, 0.682, 1.044, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.682 std_dev=0.362
N6 B 0, 0.083, 0.505, 0.927, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.505 std_dev=0.422
C1' B 0, 0.406, 0.856, 1.305, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.856 std_dev=0.449
C2' B 0, 0.452, 1.094, 1.736, 1.632 max_d=1.632 avg_d=1.094 std_dev=0.642
O2' B 0, 0.775, 1.611, 2.448, 2.308 max_d=2.308 avg_d=1.611 std_dev=0.837
C2' A 0, 0.246, 1.117, 1.988, 2.568 max_d=2.568 avg_d=1.117 std_dev=0.871
C3' A 0, 0.487, 1.390, 2.293, 2.177 max_d=2.177 avg_d=1.390 std_dev=0.903
O4' A 0, 0.205, 1.134, 2.063, 2.655 max_d=2.655 avg_d=1.134 std_dev=0.929
O4' B 0, 0.381, 1.379, 2.377, 2.611 max_d=2.611 avg_d=1.379 std_dev=0.998
O3' A 0, 0.629, 1.742, 2.854, 3.016 max_d=3.016 avg_d=1.742 std_dev=1.112
C4' A 0, 0.443, 1.591, 2.738, 2.973 max_d=2.973 avg_d=1.591 std_dev=1.147
C3' B 0, 0.380, 1.559, 2.738, 3.145 max_d=3.145 avg_d=1.559 std_dev=1.179
OP1 B 0, 0.431, 1.719, 3.007, 3.989 max_d=3.989 avg_d=1.719 std_dev=1.288
O5' B 0, 0.783, 2.189, 3.594, 4.217 max_d=4.217 avg_d=2.189 std_dev=1.406
O3' B 0, 0.704, 2.113, 3.521, 3.791 max_d=3.791 avg_d=2.113 std_dev=1.409
C4' B 0, 0.230, 1.680, 3.129, 3.656 max_d=3.656 avg_d=1.680 std_dev=1.450
O2' A 0, 0.344, 1.854, 3.364, 4.534 max_d=4.534 avg_d=1.854 std_dev=1.510
P B 0, 0.332, 1.883, 3.434, 4.626 max_d=4.626 avg_d=1.883 std_dev=1.551
OP2 B 0, 0.244, 1.977, 3.710, 5.073 max_d=5.073 avg_d=1.977 std_dev=1.733
C5' B 0, 0.148, 2.110, 4.072, 4.878 max_d=4.878 avg_d=2.110 std_dev=1.962
C5' A 0, 0.534, 2.556, 4.577, 5.831 max_d=5.831 avg_d=2.556 std_dev=2.022
O5' A 0, 0.416, 2.923, 5.430, 6.912 max_d=6.912 avg_d=2.923 std_dev=2.507
OP2 A 0, 1.112, 4.356, 7.599, 9.854 max_d=9.854 avg_d=4.356 std_dev=3.244
P A 0, 0.355, 3.854, 7.352, 9.836 max_d=9.836 avg_d=3.854 std_dev=3.498
OP1 A 0, 0.354, 4.324, 8.293, 11.515 max_d=11.515 avg_d=4.324 std_dev=3.969

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.03 0.02 0.04 0.05 0.05 0.01 0.01 0.02 0.26 0.01 0.20 0.03 0.30 0.26 0.24
C2 0.05 0.00 0.34 0.35 0.01 0.35 0.01 0.81 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.23 0.21 0.28 1.35 0.03 2.37 1.48 1.74
C2' 0.01 0.34 0.00 0.01 0.18 0.02 0.09 0.17 0.15 0.14 0.26 0.41 0.35 0.08 0.03 0.01 0.03 0.02 0.31 0.11 0.39 0.33 0.33
C3' 0.02 0.35 0.01 0.00 0.24 0.00 0.33 0.00 0.33 0.45 0.32 0.45 0.33 0.45 0.24 0.03 0.01 0.02 0.10 0.37 0.22 0.16 0.12
C4 0.03 0.01 0.18 0.24 0.00 0.12 0.00 0.36 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.24 0.18 0.14 0.75 0.01 1.22 0.85 0.93
C4' 0.03 0.35 0.02 0.00 0.12 0.00 0.12 0.00 0.12 0.37 0.23 0.48 0.34 0.31 0.11 0.29 0.01 0.01 0.01 0.13 0.26 0.25 0.02
C5 0.02 0.01 0.09 0.33 0.00 0.12 0.00 0.30 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.30 0.22 0.06 0.69 0.01 1.00 0.90 0.86
C5' 0.05 0.81 0.17 0.00 0.36 0.00 0.30 0.00 0.38 0.60 0.61 1.06 0.74 0.52 0.19 0.14 0.18 0.01 0.01 0.37 0.42 0.35 0.01
C6 0.03 0.02 0.15 0.33 0.01 0.12 0.00 0.38 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.32 0.24 0.11 0.84 0.01 1.46 1.11 1.11
C8 0.02 0.02 0.14 0.45 0.01 0.37 0.00 0.60 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.25 0.19 0.20 0.85 0.01 0.42 0.88 0.84
N1 0.04 0.01 0.26 0.32 0.01 0.23 0.01 0.61 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.28 0.22 0.21 1.13 0.02 2.09 1.34 1.51
N2 0.05 0.00 0.41 0.45 0.01 0.48 0.02 1.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.20 0.24 0.33 1.66 0.04 2.94 1.80 2.16
N3 0.05 0.00 0.35 0.33 0.00 0.34 0.01 0.74 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.22 0.27 1.23 0.02 1.97 1.27 1.50
N7 0.01 0.01 0.08 0.45 0.00 0.31 0.00 0.52 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.31 0.26 0.11 0.83 0.02 0.49 1.06 0.90
N9 0.01 0.02 0.03 0.24 0.01 0.11 0.01 0.19 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.19 0.14 0.01 0.44 0.01 0.50 0.48 0.48
O2' 0.02 0.23 0.01 0.03 0.24 0.29 0.30 0.14 0.32 0.25 0.28 0.20 0.19 0.31 0.19 0.00 0.10 0.22 0.20 0.35 0.33 0.27 0.24
O3' 0.26 0.21 0.03 0.01 0.18 0.01 0.22 0.18 0.24 0.19 0.22 0.24 0.22 0.26 0.14 0.10 0.00 0.17 0.26 0.29 0.61 0.31 0.36
O4' 0.01 0.28 0.02 0.02 0.14 0.01 0.06 0.01 0.11 0.20 0.21 0.33 0.27 0.11 0.01 0.22 0.17 0.00 0.15 0.07 0.19 0.37 0.17
O5' 0.20 1.35 0.31 0.10 0.75 0.01 0.69 0.01 0.84 0.85 1.13 1.66 1.23 0.83 0.44 0.20 0.26 0.15 0.00 0.83 0.01 0.03 0.00
O6 0.03 0.03 0.11 0.37 0.01 0.13 0.01 0.37 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.35 0.29 0.07 0.83 0.00 1.33 1.19 1.10
OP1 0.30 2.37 0.39 0.22 1.22 0.26 1.00 0.42 1.46 0.42 2.09 2.94 1.97 0.49 0.50 0.33 0.61 0.19 0.01 1.33 0.00 0.02 0.00
OP2 0.26 1.48 0.33 0.16 0.85 0.25 0.90 0.35 1.11 0.88 1.34 1.80 1.27 1.06 0.48 0.27 0.31 0.37 0.03 1.19 0.02 0.00 0.00
P 0.24 1.74 0.33 0.12 0.93 0.02 0.86 0.01 1.11 0.84 1.51 2.16 1.50 0.90 0.48 0.24 0.36 0.17 0.00 1.10 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.46 0.16 0.17 0.58 0.19 1.12 0.15 1.48 0.13 0.31 0.22 0.11 0.16 0.22 0.33 0.24 0.62 1.14 1.49 1.26 1.31 1.30
C2 0.43 0.35 0.41 0.48 0.21 0.73 0.06 1.15 0.21 0.27 0.35 0.29 0.25 0.13 0.32 0.53 0.51 0.61 1.43 1.11 1.35 1.21
C2' 0.65 0.75 0.85 0.70 0.65 0.94 0.58 1.31 0.59 0.58 0.66 0.74 0.53 0.55 0.62 1.02 0.74 0.87 1.23 0.93 0.94 0.98
C3' 0.79 0.51 0.97 0.93 0.56 1.15 0.45 1.41 0.38 0.57 0.42 0.61 0.32 0.46 0.64 1.18 1.09 1.05 1.28 0.90 0.89 0.93
C4 0.33 0.18 0.27 0.44 0.15 0.85 0.12 1.23 0.11 0.26 0.22 0.08 0.14 0.20 0.26 0.37 0.47 0.82 1.42 1.12 1.26 1.19
C4' 0.89 0.42 0.77 0.97 0.59 1.35 0.48 1.57 0.36 0.67 0.36 0.57 0.32 0.54 0.72 0.86 1.11 1.33 1.48 1.19 1.05 1.11
C5 0.34 0.11 0.29 0.38 0.19 0.73 0.18 1.08 0.10 0.32 0.18 0.10 0.15 0.27 0.29 0.37 0.39 0.70 1.35 1.03 1.20 1.10
C5' 1.24 0.53 1.21 1.28 0.79 1.55 0.64 1.64 0.44 0.94 0.43 0.75 0.38 0.74 1.00 1.39 1.43 1.51 1.52 1.21 0.80 1.00
C6 0.40 0.18 0.37 0.38 0.23 0.62 0.18 0.94 0.09 0.40 0.27 0.13 0.17 0.32 0.36 0.45 0.39 0.58 1.29 0.96 1.17 1.03
C8 0.37 0.08 0.19 0.39 0.21 0.86 0.20 1.21 0.19 0.28 0.17 0.17 0.24 0.25 0.28 0.27 0.41 0.89 1.38 1.09 1.19 1.14
N1 0.46 0.29 0.43 0.43 0.25 0.62 0.13 0.95 0.21 0.39 0.36 0.23 0.27 0.24 0.40 0.52 0.44 0.55 1.31 0.99 1.26 1.08
N2 0.56 0.40 0.48 0.54 0.27 0.71 0.14 1.16 0.28 0.23 0.38 0.40 0.33 0.11 0.35 0.63 0.58 0.54 1.46 1.16 1.44 1.29
N3 0.33 0.31 0.32 0.51 0.11 0.88 0.04 1.31 0.13 0.24 0.29 0.20 0.15 0.16 0.24 0.45 0.54 0.80 1.47 1.17 1.33 1.25
N7 0.34 0.08 0.24 0.35 0.21 0.75 0.22 1.09 0.17 0.31 0.12 0.16 0.22 0.29 0.29 0.30 0.36 0.76 1.34 1.03 1.15 1.08
N9 0.37 0.11 0.20 0.46 0.18 0.94 0.15 1.31 0.14 0.27 0.19 0.11 0.18 0.21 0.27 0.30 0.49 0.95 1.43 1.15 1.24 1.20
O2' 0.63 1.25 0.87 0.70 0.90 1.01 0.90 1.45 1.02 0.70 1.18 1.07 0.99 0.78 0.73 1.02 0.70 0.92 1.26 1.01 0.86 1.00
O3' 0.81 0.79 0.98 1.06 0.68 1.34 0.60 1.65 0.61 0.63 0.71 0.78 0.56 0.57 0.70 1.10 1.28 1.18 1.40 1.08 1.06 1.12
O4' 0.75 0.49 0.47 0.77 0.55 1.23 0.48 1.48 0.42 0.59 0.44 0.57 0.39 0.51 0.63 0.44 0.86 1.28 1.50 1.25 1.22 1.21
O5' 1.53 0.38 1.56 1.54 0.94 1.73 0.78 1.74 0.47 1.22 0.30 0.79 0.44 0.98 1.26 1.77 1.63 1.67 1.63 1.30 0.82 1.11
O6 0.43 0.18 0.40 0.38 0.25 0.57 0.23 0.82 0.06 0.47 0.26 0.13 0.15 0.40 0.40 0.46 0.37 0.55 1.23 0.86 1.07 0.93
OP1 2.65 1.00 2.58 2.69 1.89 2.95 1.76 3.00 1.26 2.45 0.87 1.53 1.13 2.12 2.37 2.68 2.70 2.89 2.80 2.62 2.06 2.43
OP2 1.64 0.52 1.63 1.65 0.94 1.89 0.71 1.89 0.31 1.28 0.31 0.86 0.28 0.95 1.31 1.88 1.77 1.84 1.74 1.37 0.84 1.19
P 1.90 0.43 1.88 1.93 1.16 2.19 0.98 2.21 0.55 1.59 0.27 0.93 0.49 1.28 1.58 2.08 2.01 2.12 2.04 1.78 1.22 1.58

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.01 0.25 0.36 0.48 0.24
C2 0.05 0.00 0.33 0.18 0.02 0.21 0.01 0.43 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.35 0.28 0.36 0.80 0.64 0.79 0.65
C2' 0.01 0.33 0.00 0.00 0.18 0.01 0.11 0.08 0.18 0.16 0.27 0.32 0.14 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.37 0.75 0.36 0.34
C3' 0.02 0.18 0.00 0.00 0.15 0.00 0.19 0.01 0.20 0.27 0.18 0.16 0.21 0.26 0.15 0.01 0.01 0.01 0.38 0.89 0.11 0.37
C4 0.02 0.02 0.18 0.15 0.00 0.13 0.00 0.28 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.18 0.14 0.19 0.70 0.59 0.64 0.51
C4' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.13 0.00 0.14 0.00 0.16 0.17 0.20 0.19 0.15 0.16 0.09 0.13 0.03 0.00 0.02 0.33 0.40 0.12
C5 0.01 0.01 0.11 0.19 0.00 0.14 0.00 0.29 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.16 0.11 0.81 0.72 0.74 0.63
C5' 0.03 0.43 0.08 0.01 0.28 0.00 0.29 0.00 0.36 0.21 0.43 0.37 0.35 0.24 0.15 0.06 0.09 0.00 0.01 0.27 0.40 0.03
C6 0.02 0.01 0.18 0.20 0.00 0.16 0.00 0.36 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.19 0.18 0.88 0.78 0.87 0.74
C8 0.02 0.02 0.16 0.27 0.00 0.17 0.00 0.21 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.20 0.27 0.18 0.60 0.60 0.44 0.36
N1 0.04 0.00 0.27 0.18 0.02 0.20 0.01 0.43 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.29 0.24 0.30 0.88 0.74 0.87 0.74
N3 0.04 0.00 0.32 0.16 0.00 0.19 0.01 0.37 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.33 0.26 0.34 0.69 0.55 0.67 0.53
N6 0.02 0.01 0.14 0.21 0.01 0.15 0.01 0.35 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.17 0.19 0.14 0.92 0.85 0.92 0.80
N7 0.02 0.01 0.07 0.26 0.00 0.16 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.15 0.25 0.08 0.76 0.74 0.64 0.57
N9 0.01 0.03 0.02 0.15 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.09 0.03 0.54 0.50 0.49 0.34
O2' 0.02 0.35 0.01 0.01 0.18 0.13 0.13 0.06 0.19 0.20 0.29 0.33 0.17 0.15 0.07 0.00 0.08 0.11 0.19 0.60 0.40 0.26
O3' 0.10 0.28 0.02 0.01 0.14 0.03 0.16 0.09 0.19 0.27 0.24 0.26 0.19 0.25 0.09 0.08 0.00 0.07 0.29 1.09 0.20 0.47
O4' 0.01 0.36 0.01 0.01 0.19 0.00 0.11 0.00 0.18 0.18 0.30 0.34 0.14 0.08 0.03 0.11 0.07 0.00 0.09 0.18 0.64 0.39
O5' 0.25 0.80 0.37 0.38 0.70 0.02 0.81 0.01 0.88 0.60 0.88 0.69 0.92 0.76 0.54 0.19 0.29 0.09 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.36 0.64 0.75 0.89 0.59 0.33 0.72 0.27 0.78 0.60 0.74 0.55 0.85 0.74 0.50 0.60 1.09 0.18 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.48 0.79 0.36 0.11 0.64 0.40 0.74 0.40 0.87 0.44 0.87 0.67 0.92 0.64 0.49 0.40 0.20 0.64 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.65 0.34 0.37 0.51 0.12 0.63 0.03 0.74 0.36 0.74 0.53 0.80 0.57 0.34 0.26 0.47 0.39 0.00 0.00 0.01 0.00