ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53251

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.028 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.007, 0.030, 0.054, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.030 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.016, 0.044, 0.071, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.044 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.014, 0.042, 0.070, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.042 std_dev=0.028
C4 A 0, 0.009, 0.037, 0.065, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.011, 0.041, 0.070, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.041 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.017, 0.049, 0.081, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.049 std_dev=0.032
C2 A 0, 0.004, 0.045, 0.085, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.045 std_dev=0.041
N3 A 0, 0.001, 0.046, 0.091, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.046 std_dev=0.045
C1' A 0, 0.006, 0.054, 0.101, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.054 std_dev=0.047
N2 A 0, 0.008, 0.090, 0.172, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.090 std_dev=0.082
C4 B 0, 0.044, 0.220, 0.396, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.220 std_dev=0.176
N3 B 0, 0.053, 0.239, 0.425, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.239 std_dev=0.186
O4' A 0, 0.064, 0.268, 0.472, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.268 std_dev=0.204
N9 B 0, 0.065, 0.271, 0.477, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.271 std_dev=0.206
C2' A 0, 0.078, 0.292, 0.506, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.292 std_dev=0.214
C1' B 0, 0.053, 0.293, 0.534, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.293 std_dev=0.240
C2' B 0, 0.020, 0.295, 0.570, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.295 std_dev=0.275
C2 B 0, 0.069, 0.348, 0.627, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.348 std_dev=0.279
C5' A 0, 0.178, 0.458, 0.737, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.458 std_dev=0.279
C5 B 0, 0.099, 0.386, 0.672, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.386 std_dev=0.286
C4' A 0, 0.140, 0.427, 0.714, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.427 std_dev=0.287
O5' A 0, 0.196, 0.496, 0.795, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.496 std_dev=0.299
O2' B 0, 0.084, 0.392, 0.700, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.392 std_dev=0.308
C8 B 0, 0.132, 0.441, 0.749, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.441 std_dev=0.309
C3' B 0, 0.010, 0.339, 0.667, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.339 std_dev=0.328
O4' B 0, 0.110, 0.468, 0.825, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.468 std_dev=0.357
N1 B 0, 0.078, 0.440, 0.802, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.440 std_dev=0.362
C4' B 0, 0.090, 0.458, 0.826, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.458 std_dev=0.368
N7 B 0, 0.132, 0.504, 0.876, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.504 std_dev=0.372
C6 B 0, 0.097, 0.474, 0.851, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.474 std_dev=0.377
O3' B 0, 0.014, 0.395, 0.777, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.395 std_dev=0.381
P A 0, 0.262, 0.648, 1.035, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.648 std_dev=0.387
OP2 A 0, 0.296, 0.703, 1.110, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.703 std_dev=0.407
C3' A 0, 0.157, 0.585, 1.013, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.585 std_dev=0.428
P B 0, 0.157, 0.591, 1.025, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.591 std_dev=0.434
OP1 A 0, 0.319, 0.755, 1.192, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.755 std_dev=0.436
O5' B 0, 0.174, 0.618, 1.061, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.618 std_dev=0.443
C5' B 0, 0.170, 0.633, 1.096, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.633 std_dev=0.463
OP2 B 0, 0.227, 0.692, 1.158, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.692 std_dev=0.466
OP1 B 0, 0.214, 0.706, 1.198, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.706 std_dev=0.492
O2' A 0, 0.355, 0.887, 1.420, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.887 std_dev=0.532
N6 B 0, 0.114, 0.653, 1.191, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.653 std_dev=0.538
O3' A 0, 0.336, 1.327, 2.319, 2.357 max_d=2.357 avg_d=1.327 std_dev=0.991

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.10 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.08 0.13 0.10 0.02 0.00 0.01 0.29 0.00 0.05 0.03 0.03 0.07 0.05
C2 0.10 0.00 0.12 0.18 0.01 0.14 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.62 0.14 0.11 0.02 0.08 0.13 0.10
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.10 0.03 0.09 0.08 0.17 0.11 0.08 0.02 0.00 0.07 0.02 0.16 0.04 0.12 0.15 0.15
C3' 0.03 0.18 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.04 0.02 0.15 0.11 0.27 0.18 0.13 0.03 0.01 0.01 0.03 0.13 0.04 0.15 0.24 0.17
C4 0.04 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.41 0.06 0.06 0.01 0.03 0.09 0.05
C4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.09 0.09 0.20 0.13 0.08 0.02 0.08 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.09 0.04
C5 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.31 0.03 0.02 0.01 0.04 0.05 0.02
C5' 0.02 0.13 0.10 0.04 0.07 0.01 0.05 0.00 0.06 0.06 0.10 0.18 0.13 0.07 0.04 0.03 0.19 0.02 0.01 0.05 0.05 0.03 0.01
C6 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.13 0.39 0.05 0.02 0.00 0.04 0.05 0.03
C8 0.04 0.01 0.09 0.15 0.01 0.09 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.11 0.09 0.06 0.02 0.07 0.05 0.04
N1 0.08 0.00 0.08 0.11 0.01 0.09 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.52 0.10 0.05 0.02 0.02 0.08 0.04
N2 0.13 0.00 0.17 0.27 0.01 0.20 0.01 0.18 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.20 0.74 0.18 0.17 0.03 0.13 0.17 0.15
N3 0.10 0.01 0.11 0.18 0.00 0.13 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.13 0.59 0.14 0.13 0.02 0.09 0.15 0.12
N7 0.02 0.01 0.08 0.13 0.01 0.08 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.16 0.07 0.08 0.02 0.09 0.06 0.07
N9 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.11 0.26 0.02 0.05 0.01 0.03 0.09 0.05
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.10 0.08 0.14 0.03 0.13 0.21 0.12 0.20 0.13 0.21 0.11 0.00 0.07 0.03 0.16 0.14 0.11 0.21 0.17
O3' 0.29 0.62 0.07 0.01 0.41 0.02 0.31 0.19 0.39 0.11 0.52 0.74 0.59 0.16 0.26 0.07 0.00 0.16 0.33 0.34 0.48 0.59 0.45
O4' 0.00 0.14 0.02 0.03 0.06 0.01 0.03 0.02 0.05 0.09 0.10 0.18 0.14 0.07 0.02 0.03 0.16 0.00 0.05 0.03 0.08 0.07 0.05
O5' 0.05 0.11 0.16 0.13 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.06 0.05 0.17 0.13 0.08 0.05 0.16 0.33 0.05 0.00 0.06 0.03 0.03 0.02
O6 0.03 0.02 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.14 0.34 0.03 0.06 0.00 0.08 0.07 0.07
OP1 0.03 0.08 0.12 0.15 0.03 0.06 0.04 0.05 0.04 0.07 0.02 0.13 0.09 0.09 0.03 0.11 0.48 0.08 0.03 0.08 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.13 0.15 0.24 0.09 0.09 0.05 0.03 0.05 0.05 0.08 0.17 0.15 0.06 0.09 0.21 0.59 0.07 0.03 0.07 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.10 0.15 0.17 0.05 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.15 0.12 0.07 0.05 0.17 0.45 0.05 0.02 0.07 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.07 0.07 0.05 0.03 0.07 0.12 0.11 0.13 0.12 0.08 0.07 0.20 0.18 0.03 0.14 0.07 0.06 0.33 0.36 0.12 0.11
C2 0.09 0.17 0.12 0.07 0.08 0.07 0.12 0.07 0.12 0.16 0.14 0.13 0.18 0.19 0.09 0.14 0.09 0.08 0.23 0.38 0.14 0.14
C2' 0.10 0.06 0.11 0.06 0.01 0.07 0.12 0.07 0.14 0.13 0.09 0.07 0.21 0.18 0.05 0.19 0.10 0.05 0.36 0.29 0.14 0.11
C3' 0.05 0.05 0.06 0.11 0.03 0.13 0.09 0.20 0.08 0.13 0.03 0.05 0.13 0.15 0.06 0.09 0.13 0.10 0.39 0.23 0.17 0.13
C4 0.07 0.08 0.09 0.05 0.02 0.06 0.08 0.08 0.09 0.08 0.05 0.09 0.15 0.13 0.03 0.15 0.07 0.06 0.25 0.40 0.10 0.10
C4' 0.07 0.04 0.06 0.07 0.05 0.09 0.12 0.14 0.12 0.15 0.07 0.04 0.18 0.18 0.08 0.09 0.08 0.07 0.39 0.28 0.15 0.12
C5 0.07 0.12 0.09 0.07 0.04 0.07 0.09 0.10 0.12 0.05 0.11 0.11 0.16 0.10 0.01 0.14 0.08 0.09 0.21 0.43 0.08 0.11
C5' 0.13 0.10 0.13 0.15 0.12 0.16 0.17 0.22 0.17 0.21 0.12 0.11 0.21 0.23 0.15 0.13 0.16 0.13 0.38 0.26 0.16 0.16
C6 0.06 0.11 0.09 0.07 0.06 0.06 0.14 0.07 0.19 0.09 0.15 0.10 0.26 0.15 0.04 0.13 0.09 0.07 0.17 0.43 0.09 0.11
C8 0.11 0.14 0.14 0.13 0.07 0.13 0.09 0.17 0.10 0.10 0.11 0.15 0.13 0.12 0.07 0.20 0.15 0.16 0.29 0.42 0.11 0.14
N1 0.06 0.12 0.11 0.07 0.07 0.05 0.14 0.05 0.16 0.14 0.05 0.11 0.24 0.19 0.07 0.14 0.09 0.05 0.19 0.40 0.11 0.12
N2 0.11 0.24 0.13 0.10 0.10 0.10 0.14 0.11 0.16 0.20 0.24 0.16 0.21 0.22 0.12 0.15 0.11 0.12 0.26 0.35 0.18 0.17
N3 0.09 0.14 0.11 0.06 0.06 0.08 0.11 0.07 0.15 0.14 0.15 0.11 0.20 0.17 0.08 0.15 0.07 0.09 0.26 0.37 0.14 0.12
N7 0.11 0.19 0.12 0.12 0.08 0.12 0.09 0.15 0.13 0.06 0.16 0.16 0.15 0.09 0.06 0.17 0.13 0.15 0.24 0.44 0.10 0.13
N9 0.08 0.08 0.10 0.08 0.02 0.09 0.10 0.12 0.11 0.09 0.06 0.10 0.16 0.14 0.02 0.18 0.10 0.09 0.30 0.40 0.10 0.11
O2' 0.09 0.11 0.11 0.04 0.05 0.05 0.16 0.15 0.19 0.16 0.12 0.11 0.29 0.24 0.05 0.22 0.08 0.03 0.37 0.40 0.26 0.24
O3' 0.17 0.37 0.13 0.05 0.32 0.11 0.36 0.21 0.39 0.29 0.39 0.33 0.42 0.36 0.25 0.12 0.09 0.08 0.40 0.19 0.23 0.13
O4' 0.06 0.05 0.06 0.04 0.05 0.07 0.12 0.11 0.12 0.14 0.07 0.05 0.16 0.17 0.07 0.10 0.06 0.05 0.34 0.36 0.10 0.09
O5' 0.06 0.06 0.07 0.12 0.08 0.14 0.15 0.24 0.13 0.20 0.08 0.05 0.18 0.21 0.12 0.08 0.12 0.13 0.34 0.23 0.12 0.13
O6 0.08 0.16 0.10 0.09 0.08 0.08 0.17 0.08 0.26 0.09 0.25 0.10 0.34 0.17 0.04 0.13 0.11 0.09 0.15 0.44 0.07 0.12
OP1 0.09 0.05 0.09 0.12 0.12 0.13 0.19 0.29 0.18 0.25 0.11 0.04 0.24 0.27 0.16 0.05 0.10 0.14 0.25 0.12 0.10 0.12
OP2 0.06 0.09 0.03 0.06 0.08 0.11 0.14 0.25 0.13 0.20 0.09 0.08 0.18 0.21 0.12 0.05 0.05 0.15 0.25 0.17 0.08 0.10
P 0.07 0.04 0.04 0.08 0.08 0.12 0.15 0.26 0.13 0.21 0.07 0.04 0.18 0.22 0.13 0.03 0.07 0.14 0.26 0.16 0.08 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.43 0.06 0.12
C2 0.02 0.00 0.08 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.15 0.08 0.03 0.06 0.51 0.11 0.20
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.07 0.08 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.45 0.02 0.16
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.05 0.11 0.04 0.05 0.07 0.10 0.04 0.01 0.01 0.01 0.22 0.41 0.04 0.18
C4 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.04 0.02 0.07 0.52 0.12 0.20
C4' 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.08 0.01 0.03 0.05 0.08 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.29 0.08 0.04
C5 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.03 0.10 0.56 0.20 0.25
C5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.08 0.11 0.05 0.03 0.10 0.12 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.21 0.08 0.00
C6 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.05 0.03 0.11 0.56 0.22 0.27
C8 0.02 0.01 0.03 0.11 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.11 0.02 0.13 0.56 0.17 0.23
N1 0.02 0.00 0.07 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.06 0.04 0.08 0.53 0.17 0.24
N3 0.02 0.00 0.08 0.05 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.14 0.08 0.03 0.06 0.49 0.08 0.17
N6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06 0.03 0.13 0.57 0.29 0.32
N7 0.01 0.00 0.02 0.10 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.03 0.14 0.58 0.24 0.28
N9 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.51 0.10 0.18
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.08 0.05 0.06 0.04 0.10 0.02 0.13 0.14 0.09 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.08 0.40 0.03 0.12
O3' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.05 0.11 0.06 0.08 0.06 0.10 0.04 0.02 0.00 0.02 0.25 0.35 0.10 0.16
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.19 0.36 0.10 0.09
O5' 0.08 0.06 0.12 0.22 0.07 0.02 0.10 0.01 0.11 0.13 0.08 0.06 0.13 0.14 0.08 0.08 0.25 0.19 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.43 0.51 0.45 0.41 0.52 0.29 0.56 0.21 0.56 0.56 0.53 0.49 0.57 0.58 0.51 0.40 0.35 0.36 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.11 0.02 0.04 0.12 0.08 0.20 0.08 0.22 0.17 0.17 0.08 0.29 0.24 0.10 0.03 0.10 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.20 0.16 0.18 0.20 0.04 0.25 0.00 0.27 0.23 0.24 0.17 0.32 0.28 0.18 0.12 0.16 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00