ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53253

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C5 A 0, -0.010, 0.026, 0.062, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.026 std_dev=0.036
O6 A 0, -0.004, 0.039, 0.081, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.039 std_dev=0.043
N1 A 0, -0.013, 0.033, 0.079, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.033 std_dev=0.046
C4 A 0, -0.014, 0.035, 0.084, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.035 std_dev=0.049
N7 A 0, -0.013, 0.039, 0.091, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.039 std_dev=0.052
N3 A 0, -0.016, 0.041, 0.099, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.041 std_dev=0.058
N9 A 0, -0.018, 0.039, 0.097, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.039 std_dev=0.058
C2 A 0, -0.017, 0.041, 0.100, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.041 std_dev=0.058
C8 A 0, -0.016, 0.043, 0.101, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.043 std_dev=0.059
C1' A 0, -0.019, 0.049, 0.118, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.049 std_dev=0.069
N2 A 0, -0.032, 0.084, 0.200, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.084 std_dev=0.116
N1 B 0, 0.085, 0.317, 0.549, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.317 std_dev=0.232
C2 B 0, 0.100, 0.369, 0.637, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.369 std_dev=0.268
C6 B 0, 0.056, 0.349, 0.642, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.349 std_dev=0.293
N6 B 0, 0.032, 0.363, 0.694, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.363 std_dev=0.331
N3 B 0, 0.099, 0.446, 0.792, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.446 std_dev=0.346
C5 B 0, 0.038, 0.405, 0.771, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.405 std_dev=0.366
C4 B 0, 0.064, 0.442, 0.820, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.442 std_dev=0.378
O4' B 0, 0.181, 0.568, 0.956, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.568 std_dev=0.387
C4' B 0, 0.201, 0.592, 0.984, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.592 std_dev=0.392
C5' B 0, 0.251, 0.647, 1.044, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.647 std_dev=0.397
N7 B 0, -0.007, 0.471, 0.948, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.471 std_dev=0.478
N9 B 0, 0.025, 0.506, 0.987, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.506 std_dev=0.481
C8 B 0, -0.009, 0.515, 1.040, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.515 std_dev=0.524
C1' B 0, 0.015, 0.581, 1.147, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.581 std_dev=0.566
O4' A 0, -0.141, 0.603, 1.346, 1.875 max_d=1.875 avg_d=0.603 std_dev=0.743
C2' A 0, -0.143, 0.625, 1.393, 1.940 max_d=1.940 avg_d=0.625 std_dev=0.768
O2' A 0, -0.132, 0.746, 1.623, 2.241 max_d=2.241 avg_d=0.746 std_dev=0.877
C2' B 0, -0.173, 0.755, 1.682, 2.327 max_d=2.327 avg_d=0.755 std_dev=0.928
C3' B 0, -0.081, 0.883, 1.847, 2.503 max_d=2.503 avg_d=0.883 std_dev=0.964
C4' A 0, -0.197, 0.849, 1.895, 2.641 max_d=2.641 avg_d=0.849 std_dev=1.046
O2' B 0, -0.207, 0.938, 2.083, 2.888 max_d=2.888 avg_d=0.938 std_dev=1.145
C3' A 0, -0.223, 0.944, 2.110, 2.943 max_d=2.943 avg_d=0.944 std_dev=1.167
O5' B 0, -0.230, 1.221, 2.671, 3.697 max_d=3.697 avg_d=1.221 std_dev=1.450
O3' B 0, -0.240, 1.213, 2.667, 3.684 max_d=3.684 avg_d=1.213 std_dev=1.453
O3' A 0, -0.315, 1.280, 2.875, 4.014 max_d=4.014 avg_d=1.280 std_dev=1.595
C5' A 0, -0.377, 1.552, 3.481, 4.859 max_d=4.859 avg_d=1.552 std_dev=1.929
O5' A 0, -0.552, 1.642, 3.837, 5.420 max_d=5.420 avg_d=1.642 std_dev=2.194
OP2 B 0, 0.437, 2.804, 5.172, 6.439 max_d=6.439 avg_d=2.804 std_dev=2.368
P B 0, -0.482, 1.934, 4.351, 6.078 max_d=6.078 avg_d=1.934 std_dev=2.416
OP1 B 0, 0.431, 2.875, 5.320, 6.748 max_d=6.748 avg_d=2.875 std_dev=2.444
OP2 A 0, -1.013, 2.299, 5.611, 8.019 max_d=8.019 avg_d=2.299 std_dev=3.312
P A 0, -1.033, 2.328, 5.688, 8.132 max_d=8.132 avg_d=2.328 std_dev=3.360
OP1 A 0, -1.421, 2.866, 7.153, 10.279 max_d=10.279 avg_d=2.866 std_dev=4.287

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.05 0.05 0.10 0.16 0.12 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.03 0.16 0.25 0.19
C2 0.12 0.00 0.06 0.51 0.02 0.48 0.01 0.90 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.38 0.53 0.21 1.26 0.00 1.85 1.54 1.41
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.04 0.07 0.08 0.04 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.51 0.09 0.05
C3' 0.01 0.51 0.00 0.00 0.27 0.00 0.10 0.01 0.18 0.22 0.35 0.61 0.53 0.14 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.11 0.64 0.03 0.17
C4 0.05 0.02 0.02 0.27 0.00 0.27 0.01 0.50 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.16 0.25 0.14 0.71 0.02 0.83 0.50 0.51
C4' 0.01 0.48 0.01 0.00 0.27 0.00 0.15 0.01 0.24 0.19 0.38 0.56 0.46 0.09 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.19 0.22 0.12 0.05
C5 0.02 0.01 0.04 0.10 0.01 0.15 0.00 0.34 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.09 0.09 0.48 0.01 0.44 0.18 0.21
C5' 0.04 0.90 0.02 0.01 0.50 0.01 0.34 0.00 0.50 0.25 0.76 1.07 0.82 0.10 0.12 0.03 0.03 0.02 0.01 0.42 0.07 0.02 0.01
C6 0.05 0.00 0.06 0.18 0.02 0.24 0.01 0.50 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.20 0.17 0.12 0.72 0.00 0.80 0.62 0.56
C8 0.05 0.01 0.04 0.22 0.00 0.19 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.08 0.21 0.12 0.29 0.02 0.61 0.91 0.83
N1 0.10 0.00 0.07 0.35 0.03 0.38 0.01 0.76 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.32 0.36 0.17 1.07 0.00 1.46 1.26 1.12
N2 0.16 0.00 0.08 0.61 0.02 0.56 0.01 1.07 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.49 0.67 0.22 1.46 0.01 2.38 1.98 1.82
N3 0.12 0.01 0.04 0.53 0.01 0.46 0.00 0.82 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.34 0.52 0.20 1.14 0.02 1.61 1.20 1.17
N7 0.03 0.00 0.05 0.14 0.01 0.09 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.15 0.04 0.10 0.02 0.42 0.69 0.60
N9 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.12 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.20 0.01 0.17 0.22 0.17
O2' 0.02 0.38 0.00 0.01 0.16 0.03 0.11 0.03 0.20 0.08 0.32 0.49 0.34 0.02 0.02 0.00 0.02 0.06 0.05 0.17 0.52 0.09 0.05
O3' 0.01 0.53 0.01 0.00 0.25 0.01 0.09 0.03 0.17 0.21 0.36 0.67 0.52 0.15 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.09 0.90 0.15 0.33
O4' 0.01 0.21 0.01 0.02 0.14 0.00 0.09 0.02 0.12 0.12 0.17 0.22 0.20 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.10 0.14 0.35 0.33
O5' 0.10 1.26 0.06 0.03 0.71 0.02 0.48 0.01 0.72 0.29 1.07 1.46 1.14 0.10 0.20 0.05 0.03 0.05 0.00 0.59 0.03 0.01 0.01
O6 0.03 0.00 0.07 0.11 0.02 0.19 0.01 0.42 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.17 0.09 0.10 0.59 0.00 0.57 0.41 0.39
OP1 0.16 1.85 0.51 0.64 0.83 0.22 0.44 0.07 0.80 0.61 1.46 2.38 1.61 0.42 0.17 0.52 0.90 0.14 0.03 0.57 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 1.54 0.09 0.03 0.50 0.12 0.18 0.02 0.62 0.91 1.26 1.98 1.20 0.69 0.22 0.09 0.15 0.35 0.01 0.41 0.01 0.00 0.00
P 0.19 1.41 0.05 0.17 0.51 0.05 0.21 0.01 0.56 0.83 1.12 1.82 1.17 0.60 0.17 0.05 0.33 0.33 0.01 0.39 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.35 0.29 0.15 0.33 0.21 0.30 0.60 0.29 0.28 0.31 0.36 0.24 0.28 0.29 0.58 0.50 0.14 1.25 1.46 1.49 1.65
C2 0.10 0.23 0.34 0.52 0.13 0.28 0.19 0.38 0.27 0.07 0.28 0.16 0.29 0.16 0.04 0.15 0.34 0.17 0.70 0.62 0.99 0.66
C2' 0.32 0.17 0.35 0.50 0.16 0.75 0.07 1.19 0.05 0.15 0.10 0.22 0.05 0.08 0.22 0.15 0.13 0.61 1.94 2.16 2.07 2.34
C3' 0.45 0.26 0.52 0.80 0.10 1.10 0.07 1.78 0.12 0.37 0.28 0.11 0.13 0.24 0.33 0.16 0.37 0.88 2.65 3.00 3.16 3.30
C4 0.09 0.25 0.17 0.35 0.11 0.38 0.18 0.57 0.26 0.11 0.29 0.16 0.26 0.15 0.05 0.13 0.08 0.31 1.03 0.93 1.22 1.15
C4' 0.14 0.71 0.17 0.15 0.37 0.55 0.30 1.27 0.43 0.08 0.63 0.59 0.36 0.13 0.17 0.62 0.37 0.38 2.10 2.63 2.80 2.86
C5 0.21 0.13 0.29 0.43 0.07 0.40 0.06 0.50 0.12 0.23 0.18 0.05 0.16 0.17 0.20 0.12 0.17 0.37 0.83 0.82 0.99 0.88
C5' 0.09 0.92 0.09 0.33 0.35 0.75 0.26 1.55 0.48 0.20 0.81 0.70 0.39 0.14 0.10 0.61 0.24 0.56 2.37 2.93 3.37 3.22
C6 0.26 0.09 0.41 0.54 0.13 0.37 0.10 0.37 0.06 0.31 0.13 0.08 0.12 0.24 0.26 0.21 0.33 0.33 0.60 0.77 0.76 0.54
C8 0.13 0.17 0.11 0.23 0.05 0.40 0.08 0.61 0.11 0.16 0.19 0.07 0.11 0.14 0.12 0.29 0.18 0.37 1.05 1.10 1.21 1.27
N1 0.21 0.15 0.43 0.58 0.06 0.31 0.05 0.32 0.17 0.20 0.20 0.09 0.21 0.10 0.17 0.25 0.41 0.24 0.52 0.73 0.76 0.42
N2 0.08 0.25 0.36 0.56 0.18 0.20 0.23 0.27 0.29 0.11 0.29 0.20 0.30 0.22 0.09 0.22 0.44 0.10 0.52 0.54 0.94 0.42
N3 0.01 0.29 0.18 0.38 0.21 0.31 0.27 0.54 0.32 0.15 0.33 0.23 0.32 0.24 0.10 0.06 0.14 0.19 1.02 0.84 1.28 1.11
N7 0.22 0.07 0.23 0.35 0.13 0.43 0.14 0.54 0.05 0.26 0.11 0.05 0.08 0.23 0.22 0.17 0.10 0.41 0.89 0.92 1.02 1.00
N9 0.06 0.28 0.07 0.19 0.15 0.37 0.17 0.64 0.23 0.12 0.29 0.20 0.21 0.15 0.08 0.30 0.18 0.31 1.16 1.19 1.35 1.41
O2' 0.10 0.24 0.10 0.04 0.12 0.25 0.12 0.70 0.09 0.22 0.16 0.22 0.08 0.20 0.14 0.19 0.37 0.11 1.45 1.98 1.58 1.96
O3' 0.61 0.17 0.74 1.05 0.22 1.34 0.16 2.15 0.04 0.48 0.19 0.13 0.07 0.31 0.45 0.41 0.65 1.01 3.06 3.79 3.74 3.99
O4' 0.44 0.85 0.52 0.28 0.60 0.23 0.50 0.76 0.56 0.33 0.73 0.80 0.46 0.35 0.45 0.94 0.71 0.16 1.46 1.84 1.97 2.06
O5' 0.34 0.79 0.38 0.75 0.10 1.08 0.09 1.82 0.33 0.54 0.72 0.48 0.28 0.40 0.31 0.22 0.25 0.89 2.60 2.92 3.56 3.30
O6 0.33 0.07 0.48 0.58 0.23 0.38 0.23 0.32 0.08 0.41 0.04 0.15 0.05 0.37 0.34 0.29 0.40 0.36 0.47 0.86 0.61 0.37
OP1 0.75 1.20 0.87 1.48 0.15 1.85 0.18 2.81 0.67 0.86 1.23 0.63 0.69 0.54 0.57 0.24 1.02 1.48 3.45 3.97 4.89 4.32
OP2 0.41 1.28 0.56 1.06 0.29 1.26 0.25 1.98 0.78 0.59 1.32 0.78 0.76 0.32 0.29 0.09 0.61 0.99 2.56 2.69 3.60 3.12
P 0.23 1.42 0.32 0.84 0.45 1.17 0.41 2.00 0.89 0.41 1.41 0.94 0.84 0.20 0.13 0.36 0.38 0.89 2.66 3.02 3.86 3.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.10 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.14 0.01 0.23 0.35 0.53 0.26
C2 0.02 0.00 0.19 0.12 0.01 0.17 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.43 0.36 0.19 0.20 0.56 0.43 0.22
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.08 0.01 0.03 0.18 0.07 0.13 0.15 0.17 0.04 0.08 0.02 0.00 0.00 0.02 0.61 0.63 1.05 0.71
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.12 0.08 0.11 0.04 0.09 0.03 0.01 0.00 0.02 0.36 0.38 0.69 0.43
C4 0.01 0.01 0.08 0.03 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.23 0.19 0.10 0.17 0.67 0.52 0.22
C4' 0.03 0.17 0.01 0.01 0.07 0.00 0.03 0.01 0.05 0.14 0.11 0.17 0.05 0.11 0.03 0.14 0.02 0.01 0.02 0.29 0.17 0.06
C5 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.11 0.05 0.34 1.02 0.66 0.47
C5' 0.10 0.13 0.18 0.02 0.08 0.01 0.21 0.00 0.14 0.45 0.06 0.13 0.20 0.41 0.21 0.03 0.17 0.01 0.01 0.36 0.28 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.02 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.17 0.09 0.23 0.95 0.58 0.32
C8 0.02 0.00 0.13 0.12 0.01 0.14 0.01 0.45 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.07 0.07 0.12 0.72 1.32 0.96 0.93
N1 0.01 0.01 0.15 0.08 0.01 0.11 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.36 0.29 0.14 0.12 0.71 0.47 0.08
N3 0.03 0.01 0.17 0.11 0.00 0.17 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.40 0.34 0.20 0.17 0.48 0.41 0.19
N6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.20 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.20 0.11 0.07 0.32 1.16 0.65 0.47
N7 0.02 0.01 0.08 0.09 0.00 0.11 0.01 0.41 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.03 0.07 0.64 1.41 0.92 0.88
N9 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.08 0.01 0.37 0.77 0.65 0.46
O2' 0.02 0.43 0.00 0.01 0.23 0.14 0.16 0.03 0.25 0.07 0.36 0.40 0.20 0.03 0.07 0.00 0.01 0.04 0.46 0.43 1.11 0.58
O3' 0.14 0.36 0.00 0.00 0.19 0.02 0.11 0.17 0.17 0.07 0.29 0.34 0.11 0.03 0.08 0.01 0.00 0.11 0.15 0.45 0.57 0.25
O4' 0.01 0.19 0.02 0.02 0.10 0.01 0.05 0.01 0.09 0.12 0.14 0.20 0.07 0.07 0.01 0.04 0.11 0.00 0.18 0.14 0.13 0.16
O5' 0.23 0.20 0.61 0.36 0.17 0.02 0.34 0.01 0.23 0.72 0.12 0.17 0.32 0.64 0.37 0.46 0.15 0.18 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.35 0.56 0.63 0.38 0.67 0.29 1.02 0.36 0.95 1.32 0.71 0.48 1.16 1.41 0.77 0.43 0.45 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.53 0.43 1.05 0.69 0.52 0.17 0.66 0.28 0.58 0.96 0.47 0.41 0.65 0.92 0.65 1.11 0.57 0.13 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.22 0.71 0.43 0.22 0.06 0.47 0.01 0.32 0.93 0.08 0.19 0.47 0.88 0.46 0.58 0.25 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00