ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53254

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.001, 0.016, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.018 std_dev=0.017
N3 A 0, -0.002, 0.018, 0.038, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.005, 0.031, 0.056, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.031 std_dev=0.025
C2 A 0, -0.003, 0.022, 0.047, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.022 std_dev=0.025
N9 A 0, 0.005, 0.033, 0.060, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.033 std_dev=0.027
N1 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.029 std_dev=0.029
O6 A 0, 0.003, 0.032, 0.061, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.032 std_dev=0.029
C1' A 0, -0.008, 0.027, 0.063, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.027 std_dev=0.035
N7 A 0, -0.004, 0.032, 0.068, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.032 std_dev=0.036
N2 A 0, -0.006, 0.041, 0.088, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.041 std_dev=0.047
C6 B 0, 0.154, 0.495, 0.837, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.495 std_dev=0.341
C5 B 0, 0.056, 0.431, 0.805, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.431 std_dev=0.375
N1 B 0, 0.200, 0.578, 0.957, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.578 std_dev=0.379
C4 B 0, 0.036, 0.430, 0.824, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.430 std_dev=0.394
N6 B 0, 0.199, 0.605, 1.011, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.605 std_dev=0.406
C2 B 0, 0.184, 0.596, 1.008, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.596 std_dev=0.412
N3 B 0, 0.124, 0.537, 0.950, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.537 std_dev=0.413
N7 B 0, 0.083, 0.535, 0.988, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.535 std_dev=0.453
N9 B 0, 0.047, 0.508, 0.970, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.508 std_dev=0.462
C1' B 0, 0.089, 0.581, 1.074, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.581 std_dev=0.492
C8 B 0, 0.050, 0.564, 1.078, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.564 std_dev=0.514
C2' B 0, -0.127, 0.811, 1.748, 2.402 max_d=2.402 avg_d=0.811 std_dev=0.938
O4' A 0, -0.123, 0.854, 1.831, 2.412 max_d=2.412 avg_d=0.854 std_dev=0.977
C2' A 0, -0.089, 0.932, 1.954, 2.525 max_d=2.525 avg_d=0.932 std_dev=1.021
O2' B 0, -0.061, 1.056, 2.173, 2.932 max_d=2.932 avg_d=1.056 std_dev=1.117
O4' B 0, -0.123, 1.113, 2.349, 3.091 max_d=3.091 avg_d=1.113 std_dev=1.236
C4' A 0, -0.062, 1.211, 2.483, 3.132 max_d=3.132 avg_d=1.211 std_dev=1.272
C3' A 0, -0.069, 1.323, 2.716, 3.420 max_d=3.420 avg_d=1.323 std_dev=1.393
O2' A 0, -0.126, 1.350, 2.826, 3.672 max_d=3.672 avg_d=1.350 std_dev=1.476
C4' B 0, -0.371, 1.236, 2.844, 3.965 max_d=3.965 avg_d=1.236 std_dev=1.608
O3' A 0, 0.014, 1.644, 3.274, 3.903 max_d=3.903 avg_d=1.644 std_dev=1.630
C3' B 0, -0.581, 1.080, 2.741, 3.954 max_d=3.954 avg_d=1.080 std_dev=1.661
O3' B 0, -0.521, 1.235, 2.991, 4.254 max_d=4.254 avg_d=1.235 std_dev=1.756
C5' A 0, -0.381, 2.053, 4.487, 6.054 max_d=6.054 avg_d=2.053 std_dev=2.434
C5' B 0, -0.622, 2.036, 4.694, 6.532 max_d=6.532 avg_d=2.036 std_dev=2.658
O5' A 0, -0.879, 2.138, 5.155, 7.324 max_d=7.324 avg_d=2.138 std_dev=3.017
O5' B 0, -0.451, 2.672, 5.795, 7.783 max_d=7.783 avg_d=2.672 std_dev=3.123
P B 0, -0.595, 3.519, 7.632, 10.249 max_d=10.249 avg_d=3.519 std_dev=4.114
OP2 B 0, -0.096, 4.145, 8.385, 10.287 max_d=10.287 avg_d=4.145 std_dev=4.241
P A 0, -1.344, 2.941, 7.227, 10.335 max_d=10.335 avg_d=2.941 std_dev=4.286
OP1 A 0, -0.824, 3.617, 8.057, 11.041 max_d=11.041 avg_d=3.617 std_dev=4.441
OP2 A 0, -0.918, 3.879, 8.676, 11.916 max_d=11.916 avg_d=3.879 std_dev=4.797
OP1 B 0, -1.182, 3.953, 9.087, 12.670 max_d=12.670 avg_d=3.953 std_dev=5.135

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.10 0.04 0.02 0.06 0.07 0.05 0.04 0.01 0.01 0.14 0.01 0.28 0.05 0.19 0.34 0.18
C2 0.05 0.00 0.41 0.43 0.02 0.54 0.01 0.79 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.67 0.28 0.60 0.75 0.00 1.60 1.01 1.22
C2' 0.01 0.41 0.00 0.01 0.20 0.03 0.09 0.16 0.18 0.18 0.31 0.52 0.40 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.41 0.13 0.23 0.53 0.49
C3' 0.02 0.43 0.01 0.00 0.29 0.01 0.28 0.02 0.34 0.16 0.41 0.47 0.39 0.21 0.16 0.03 0.01 0.03 0.10 0.34 0.27 0.38 0.15
C4 0.02 0.02 0.20 0.29 0.00 0.21 0.02 0.17 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.35 0.17 0.28 0.05 0.03 0.55 0.42 0.22
C4' 0.03 0.54 0.03 0.01 0.21 0.00 0.08 0.01 0.15 0.43 0.37 0.69 0.54 0.35 0.07 0.29 0.02 0.00 0.01 0.11 0.31 0.29 0.01
C5 0.03 0.01 0.09 0.28 0.02 0.08 0.00 0.22 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.22 0.05 0.45 0.02 0.40 0.87 0.31
C5' 0.10 0.79 0.16 0.02 0.17 0.01 0.22 0.00 0.03 0.87 0.45 1.12 0.74 0.77 0.25 0.14 0.21 0.02 0.01 0.19 0.27 0.35 0.02
C6 0.04 0.01 0.18 0.34 0.03 0.15 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.34 0.29 0.18 0.20 0.00 0.43 0.76 0.06
C8 0.02 0.02 0.18 0.16 0.01 0.43 0.02 0.87 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.30 0.08 0.41 1.22 0.03 1.11 1.54 1.20
N1 0.06 0.00 0.31 0.41 0.03 0.37 0.01 0.45 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.53 0.31 0.42 0.36 0.01 1.04 0.72 0.73
N2 0.07 0.00 0.52 0.47 0.02 0.69 0.01 1.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.86 0.31 0.72 1.16 0.02 2.27 1.58 1.80
N3 0.05 0.01 0.40 0.39 0.01 0.54 0.01 0.74 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.63 0.21 0.63 0.68 0.02 1.43 0.83 1.06
N7 0.04 0.02 0.09 0.21 0.03 0.35 0.01 0.77 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.23 0.16 0.29 1.11 0.03 1.14 1.60 1.14
N9 0.01 0.03 0.01 0.16 0.01 0.07 0.02 0.25 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.00 0.13 0.07 0.02 0.47 0.04 0.27 0.66 0.34
O2' 0.01 0.67 0.00 0.03 0.35 0.29 0.24 0.14 0.34 0.30 0.53 0.86 0.63 0.23 0.13 0.00 0.01 0.17 0.24 0.29 0.09 0.42 0.38
O3' 0.14 0.28 0.01 0.01 0.17 0.02 0.22 0.21 0.29 0.08 0.31 0.31 0.21 0.16 0.07 0.01 0.00 0.12 0.29 0.31 0.64 0.34 0.13
O4' 0.01 0.60 0.00 0.03 0.28 0.00 0.05 0.02 0.18 0.41 0.42 0.72 0.63 0.29 0.02 0.17 0.12 0.00 0.14 0.08 0.45 0.16 0.12
O5' 0.28 0.75 0.41 0.10 0.05 0.01 0.45 0.01 0.20 1.22 0.36 1.16 0.68 1.11 0.47 0.24 0.29 0.14 0.00 0.41 0.01 0.00 0.00
O6 0.05 0.00 0.13 0.34 0.03 0.11 0.02 0.19 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.29 0.31 0.08 0.41 0.00 0.46 1.03 0.28
OP1 0.19 1.60 0.23 0.27 0.55 0.31 0.40 0.27 0.43 1.11 1.04 2.27 1.43 1.14 0.27 0.09 0.64 0.45 0.01 0.46 0.00 0.01 0.00
OP2 0.34 1.01 0.53 0.38 0.42 0.29 0.87 0.35 0.76 1.54 0.72 1.58 0.83 1.60 0.66 0.42 0.34 0.16 0.00 1.03 0.01 0.00 0.00
P 0.18 1.22 0.49 0.15 0.22 0.01 0.31 0.02 0.06 1.20 0.73 1.80 1.06 1.14 0.34 0.38 0.13 0.12 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 0.37 0.21 0.39 0.36 0.92 0.41 1.37 0.44 0.32 0.40 0.38 0.53 0.44 0.33 0.76 0.15 0.92 1.83 2.26 2.38 2.30
C2 0.21 0.29 0.21 0.23 0.23 0.45 0.23 0.62 0.31 0.17 0.33 0.24 0.35 0.17 0.21 0.68 0.07 0.49 1.16 1.19 2.14 1.64
C2' 0.90 0.29 0.72 1.34 0.44 1.86 0.21 2.41 0.10 0.56 0.08 0.48 0.35 0.31 0.65 0.56 1.12 1.72 2.80 3.18 3.28 3.27
C3' 0.69 0.27 0.44 1.13 0.42 1.69 0.39 2.39 0.30 0.64 0.20 0.40 0.42 0.56 0.57 0.51 0.87 1.57 3.04 3.60 3.82 3.68
C4 0.22 0.34 0.28 0.17 0.27 0.51 0.27 0.72 0.35 0.11 0.37 0.31 0.38 0.16 0.21 0.77 0.17 0.60 1.21 1.26 1.97 1.62
C4' 0.90 0.58 0.69 0.62 0.60 1.28 0.32 1.81 0.22 0.40 0.37 0.72 0.09 0.15 0.69 1.19 0.34 1.40 2.48 3.15 3.17 3.05
C5 0.16 0.33 0.38 0.12 0.19 0.31 0.14 0.47 0.23 0.06 0.32 0.28 0.19 0.02 0.13 0.80 0.31 0.46 0.87 0.67 1.58 1.17
C5' 1.47 0.98 1.32 0.92 0.96 1.41 0.49 1.60 0.37 0.55 0.63 1.19 0.14 0.19 1.06 1.95 0.97 1.67 2.29 2.83 3.10 2.78
C6 0.15 0.27 0.36 0.16 0.17 0.25 0.16 0.47 0.21 0.15 0.30 0.21 0.18 0.15 0.14 0.73 0.29 0.36 0.78 0.51 1.58 1.07
C8 0.17 0.34 0.45 0.13 0.23 0.45 0.21 0.64 0.24 0.15 0.29 0.34 0.27 0.24 0.13 0.93 0.43 0.64 1.02 0.97 1.48 1.26
N1 0.17 0.24 0.27 0.09 0.18 0.29 0.17 0.45 0.23 0.16 0.28 0.20 0.23 0.16 0.16 0.68 0.15 0.39 0.92 0.73 1.85 1.30
N2 0.23 0.27 0.18 0.31 0.23 0.48 0.24 0.65 0.30 0.21 0.32 0.23 0.35 0.21 0.22 0.64 0.08 0.49 1.22 1.34 2.30 1.76
N3 0.24 0.33 0.21 0.29 0.28 0.58 0.29 0.83 0.38 0.18 0.38 0.30 0.45 0.21 0.24 0.71 0.09 0.61 1.36 1.53 2.27 1.87
N7 0.12 0.34 0.51 0.28 0.16 0.28 0.07 0.45 0.15 0.11 0.28 0.31 0.13 0.11 0.06 0.90 0.49 0.46 0.71 0.46 1.25 0.93
N9 0.26 0.36 0.29 0.20 0.31 0.65 0.32 0.93 0.36 0.17 0.36 0.36 0.41 0.28 0.24 0.82 0.22 0.74 1.39 1.54 1.98 1.77
O2' 0.97 0.25 0.95 1.56 0.34 2.10 0.05 2.71 0.25 0.39 0.19 0.43 0.57 0.21 0.58 0.90 1.46 1.81 2.86 3.43 3.24 3.37
O3' 1.00 0.43 0.89 1.67 0.64 2.21 0.51 3.05 0.35 0.85 0.31 0.59 0.32 0.64 0.84 0.61 1.45 1.92 3.69 4.54 4.50 4.51
O4' 1.01 0.69 0.97 0.68 0.81 0.97 0.61 1.28 0.47 0.80 0.54 0.83 0.30 0.58 0.93 1.44 0.71 1.15 1.81 2.32 2.36 2.25
O5' 1.25 0.93 1.26 0.60 0.79 0.82 0.25 0.90 0.18 0.21 0.53 1.12 0.35 0.18 0.82 2.11 0.96 1.17 1.69 2.17 2.95 2.34
O6 0.13 0.26 0.44 0.33 0.18 0.31 0.22 0.67 0.27 0.20 0.32 0.19 0.28 0.23 0.16 0.72 0.41 0.30 0.73 0.63 1.42 0.94
OP1 1.67 1.45 1.74 1.16 1.15 1.27 0.62 0.94 0.71 0.38 0.98 1.65 0.94 0.51 1.10 2.62 1.50 1.51 1.59 1.80 2.69 2.04
OP2 1.79 1.25 2.16 1.57 1.11 1.29 0.55 0.57 0.48 0.56 0.74 1.52 0.70 0.46 1.19 3.13 1.93 1.46 1.00 1.31 2.24 1.46
P 1.42 0.92 1.62 1.04 0.75 0.94 0.10 0.54 0.22 0.14 0.40 1.17 0.76 0.41 0.82 2.57 1.50 1.20 1.31 1.67 2.61 1.87

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.00 0.18 0.07 0.30 0.17
C2 0.05 0.00 0.27 0.32 0.02 0.60 0.01 1.19 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.30 0.33 0.47 1.10 1.41 1.24 1.14
C2' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.13 0.00 0.06 0.18 0.12 0.11 0.21 0.27 0.08 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.26 0.42 0.33 0.23
C3' 0.01 0.32 0.00 0.00 0.08 0.00 0.20 0.01 0.13 0.49 0.17 0.34 0.22 0.45 0.19 0.02 0.01 0.02 0.36 0.55 0.37 0.27
C4 0.03 0.02 0.13 0.08 0.00 0.23 0.00 0.50 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.14 0.24 0.49 0.45 0.81 0.50
C4' 0.00 0.60 0.00 0.00 0.23 0.00 0.05 0.00 0.17 0.43 0.42 0.60 0.08 0.32 0.07 0.26 0.01 0.00 0.01 0.26 0.19 0.12
C5 0.01 0.01 0.06 0.20 0.00 0.05 0.00 0.20 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.06 0.10 0.55 0.33 1.18 0.70
C5' 0.06 1.19 0.18 0.01 0.50 0.00 0.20 0.00 0.45 0.60 0.89 1.13 0.27 0.44 0.06 0.08 0.19 0.01 0.01 0.37 0.29 0.01
C6 0.02 0.01 0.12 0.13 0.00 0.17 0.01 0.45 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.26 0.11 0.20 0.61 0.47 1.25 0.71
C8 0.02 0.03 0.11 0.49 0.02 0.43 0.03 0.60 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.35 0.20 0.27 1.04 1.01 1.48 1.20
N1 0.04 0.00 0.21 0.17 0.02 0.42 0.01 0.89 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.26 0.22 0.37 0.87 1.03 1.22 0.90
N3 0.06 0.00 0.27 0.34 0.01 0.60 0.01 1.13 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.29 0.34 0.48 0.98 1.23 1.01 0.99
N6 0.01 0.01 0.08 0.22 0.00 0.08 0.01 0.27 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.31 0.12 0.14 0.67 0.45 1.51 0.88
N7 0.01 0.02 0.07 0.45 0.01 0.32 0.01 0.44 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.35 0.19 0.15 0.96 0.93 1.65 1.22
N9 0.00 0.03 0.01 0.19 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.18 0.07 0.01 0.43 0.25 0.76 0.49
O2' 0.01 0.30 0.01 0.02 0.18 0.26 0.26 0.08 0.26 0.35 0.26 0.29 0.31 0.35 0.18 0.00 0.02 0.18 0.29 0.23 0.45 0.16
O3' 0.26 0.33 0.02 0.01 0.14 0.01 0.06 0.19 0.11 0.20 0.22 0.34 0.12 0.19 0.07 0.02 0.00 0.18 0.34 0.64 0.43 0.22
O4' 0.00 0.47 0.02 0.02 0.24 0.00 0.10 0.01 0.20 0.27 0.37 0.48 0.14 0.15 0.01 0.18 0.18 0.00 0.07 0.09 0.04 0.05
O5' 0.18 1.10 0.26 0.36 0.49 0.01 0.55 0.01 0.61 1.04 0.87 0.98 0.67 0.96 0.43 0.29 0.34 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.07 1.41 0.42 0.55 0.45 0.26 0.33 0.37 0.47 1.01 1.03 1.23 0.45 0.93 0.25 0.23 0.64 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 1.24 0.33 0.37 0.81 0.19 1.18 0.29 1.25 1.48 1.22 1.01 1.51 1.65 0.76 0.45 0.43 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.17 1.14 0.23 0.27 0.50 0.12 0.70 0.01 0.71 1.20 0.90 0.99 0.88 1.22 0.49 0.16 0.22 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00