ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53255

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.010, 0.023, 0.037, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.004, 0.022, 0.040, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.008, 0.028, 0.049, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.013, 0.035, 0.058, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.035 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.019, 0.046, 0.073, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.046 std_dev=0.027
C2' A 0, 0.034, 0.084, 0.134, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.084 std_dev=0.050
O4' A 0, 0.040, 0.109, 0.178, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.109 std_dev=0.069
O2' A 0, 0.037, 0.145, 0.253, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.145 std_dev=0.108
C4' A 0, 0.096, 0.228, 0.361, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.228 std_dev=0.133
C3' A 0, 0.097, 0.231, 0.366, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.231 std_dev=0.135
C5' A 0, 0.114, 0.286, 0.458, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.286 std_dev=0.172
N6 B 0, 0.100, 0.274, 0.448, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.274 std_dev=0.174
C6 B 0, 0.121, 0.300, 0.479, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.300 std_dev=0.179
N1 B 0, 0.129, 0.316, 0.503, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.316 std_dev=0.187
C5 B 0, 0.125, 0.360, 0.596, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.360 std_dev=0.236
C2 B 0, 0.168, 0.413, 0.657, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.413 std_dev=0.244
N7 B 0, 0.127, 0.388, 0.649, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.388 std_dev=0.261
O3' A 0, 0.190, 0.460, 0.729, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.460 std_dev=0.269
C4 B 0, 0.160, 0.440, 0.719, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.440 std_dev=0.280
N3 B 0, 0.195, 0.485, 0.775, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.485 std_dev=0.290
OP2 A 0, -0.031, 0.264, 0.560, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.264 std_dev=0.296
O5' A 0, 0.034, 0.348, 0.662, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.348 std_dev=0.314
C8 B 0, 0.128, 0.444, 0.759, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.444 std_dev=0.315
N9 B 0, 0.170, 0.492, 0.814, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.492 std_dev=0.322
P A 0, 0.039, 0.375, 0.711, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.375 std_dev=0.336
C1' B 0, 0.233, 0.599, 0.964, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.599 std_dev=0.365
C5' B 0, 0.258, 0.626, 0.995, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.626 std_dev=0.368
O4' B 0, 0.240, 0.611, 0.982, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.611 std_dev=0.371
C4' B 0, 0.278, 0.666, 1.055, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.666 std_dev=0.389
O5' B 0, 0.175, 0.564, 0.952, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.564 std_dev=0.389
OP1 A 0, 0.097, 0.493, 0.888, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.493 std_dev=0.395
P B 0, 0.257, 0.681, 1.105, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.681 std_dev=0.424
OP2 B 0, 0.296, 0.725, 1.154, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.725 std_dev=0.429
C2' B 0, 0.310, 0.741, 1.172, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.741 std_dev=0.431
C3' B 0, 0.318, 0.762, 1.206, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.762 std_dev=0.444
OP1 B 0, 0.252, 0.734, 1.216, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.734 std_dev=0.482
O3' B 0, 0.345, 0.844, 1.343, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.844 std_dev=0.499
O2' B 0, 0.393, 0.940, 1.486, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.940 std_dev=0.547

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.07 0.02
C2 0.01 0.00 0.07 0.09 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.11 0.01 0.02 0.00 0.05 0.07 0.03
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.07 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.07 0.07 0.04
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.05 0.08 0.10 0.08 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.08 0.06 0.05
C4 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.06 0.00 0.03 0.05 0.03
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.06 0.03 0.06 0.04 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.07 0.03
C5 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.11 0.01 0.05 0.03 0.07
C5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.10 0.03 0.04 0.02 0.09 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03 0.05 0.03
C6 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.09 0.00 0.04 0.04 0.06
C8 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.19 0.01 0.10 0.04 0.12
N1 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.00 0.05 0.00 0.03 0.05 0.03
N2 0.02 0.00 0.07 0.10 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.13 0.02 0.03 0.01 0.07 0.09 0.05
N3 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.09 0.01 0.02 0.00 0.06 0.08 0.03
N7 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.18 0.02 0.12 0.05 0.13
N9 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.09 0.01 0.03 0.05 0.04
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.05 0.08 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.07 0.08 0.04
O3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.06 0.02 0.06 0.02 0.08 0.05 0.10 0.13 0.09 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.09 0.08 0.09 0.06 0.06
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.09 0.04
O5' 0.04 0.02 0.03 0.06 0.06 0.02 0.11 0.02 0.09 0.19 0.05 0.03 0.02 0.18 0.09 0.03 0.09 0.03 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.10 0.00 0.07 0.04 0.08
OP1 0.04 0.05 0.07 0.08 0.03 0.05 0.05 0.03 0.04 0.10 0.03 0.07 0.06 0.12 0.03 0.07 0.09 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.07 0.07 0.06 0.05 0.07 0.03 0.05 0.04 0.04 0.05 0.09 0.08 0.05 0.05 0.08 0.06 0.09 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.07 0.03 0.06 0.12 0.03 0.05 0.03 0.13 0.04 0.04 0.06 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.15 0.10 0.11 0.13 0.12 0.07 0.09 0.04 0.06 0.09 0.18 0.10 0.05 0.11 0.10 0.13 0.14 0.05 0.06 0.04 0.02
C2 0.10 0.06 0.13 0.09 0.10 0.10 0.14 0.15 0.14 0.15 0.09 0.06 0.18 0.17 0.12 0.14 0.06 0.10 0.15 0.26 0.18 0.18
C2' 0.12 0.16 0.09 0.11 0.13 0.12 0.07 0.09 0.06 0.06 0.11 0.18 0.08 0.05 0.11 0.10 0.13 0.13 0.05 0.06 0.04 0.03
C3' 0.11 0.17 0.08 0.10 0.12 0.11 0.06 0.07 0.05 0.05 0.11 0.18 0.10 0.07 0.09 0.09 0.13 0.12 0.03 0.05 0.04 0.02
C4 0.02 0.10 0.03 0.03 0.02 0.05 0.06 0.11 0.05 0.09 0.05 0.09 0.13 0.13 0.03 0.03 0.04 0.04 0.10 0.19 0.13 0.12
C4' 0.13 0.16 0.09 0.10 0.12 0.12 0.05 0.08 0.03 0.04 0.09 0.18 0.11 0.07 0.10 0.10 0.14 0.14 0.04 0.04 0.04 0.02
C5 0.06 0.13 0.07 0.06 0.03 0.09 0.10 0.15 0.06 0.15 0.08 0.09 0.11 0.17 0.08 0.06 0.04 0.08 0.15 0.25 0.17 0.17
C5' 0.09 0.14 0.06 0.07 0.09 0.09 0.05 0.05 0.05 0.08 0.07 0.16 0.15 0.12 0.06 0.07 0.11 0.11 0.02 0.07 0.05 0.04
C6 0.15 0.04 0.16 0.12 0.13 0.15 0.17 0.20 0.13 0.21 0.05 0.05 0.14 0.22 0.17 0.16 0.09 0.16 0.21 0.32 0.21 0.23
C8 0.12 0.23 0.09 0.10 0.16 0.09 0.05 0.09 0.06 0.03 0.16 0.24 0.05 0.07 0.09 0.10 0.13 0.10 0.06 0.12 0.09 0.06
N1 0.16 0.08 0.18 0.13 0.15 0.15 0.19 0.19 0.17 0.20 0.11 0.10 0.17 0.21 0.18 0.19 0.10 0.15 0.20 0.32 0.22 0.24
N2 0.12 0.11 0.15 0.11 0.12 0.11 0.15 0.15 0.16 0.15 0.13 0.10 0.17 0.16 0.13 0.17 0.08 0.10 0.15 0.27 0.18 0.19
N3 0.04 0.03 0.07 0.04 0.04 0.06 0.09 0.11 0.10 0.10 0.04 0.03 0.17 0.13 0.06 0.08 0.02 0.05 0.10 0.20 0.13 0.13
N7 0.04 0.23 0.03 0.05 0.09 0.07 0.04 0.13 0.04 0.12 0.15 0.21 0.07 0.14 0.03 0.06 0.08 0.06 0.13 0.21 0.15 0.14
N9 0.08 0.16 0.06 0.07 0.11 0.08 0.03 0.08 0.03 0.03 0.10 0.17 0.10 0.07 0.07 0.06 0.10 0.09 0.04 0.11 0.08 0.05
O2' 0.13 0.14 0.11 0.11 0.13 0.13 0.08 0.09 0.05 0.08 0.09 0.16 0.07 0.06 0.12 0.11 0.13 0.15 0.08 0.09 0.07 0.07
O3' 0.11 0.17 0.09 0.10 0.12 0.11 0.05 0.08 0.05 0.04 0.11 0.18 0.09 0.05 0.09 0.09 0.13 0.13 0.04 0.03 0.06 0.02
O4' 0.15 0.16 0.11 0.12 0.13 0.14 0.05 0.09 0.03 0.05 0.09 0.19 0.12 0.06 0.12 0.11 0.15 0.17 0.05 0.05 0.04 0.02
O5' 0.11 0.11 0.10 0.07 0.10 0.06 0.15 0.12 0.14 0.20 0.08 0.12 0.21 0.23 0.13 0.12 0.09 0.08 0.15 0.19 0.14 0.16
O6 0.21 0.06 0.21 0.16 0.18 0.20 0.20 0.24 0.14 0.25 0.07 0.10 0.12 0.23 0.23 0.21 0.13 0.21 0.25 0.35 0.24 0.27
OP1 0.13 0.16 0.12 0.10 0.11 0.10 0.13 0.16 0.11 0.21 0.10 0.15 0.16 0.22 0.14 0.14 0.13 0.12 0.19 0.21 0.15 0.19
OP2 0.14 0.21 0.12 0.13 0.14 0.12 0.07 0.04 0.06 0.08 0.13 0.22 0.09 0.10 0.11 0.13 0.18 0.15 0.08 0.07 0.02 0.05
P 0.10 0.15 0.08 0.07 0.10 0.06 0.11 0.09 0.10 0.17 0.09 0.16 0.16 0.19 0.10 0.10 0.12 0.09 0.13 0.15 0.09 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.15 0.03 0.06
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05 0.04 0.05 0.24 0.08 0.11
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.14 0.02 0.05
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.05 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.05 0.14 0.05 0.09
C4 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01 0.05 0.22 0.07 0.10
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.06 0.06 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.08 0.05 0.04
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.08 0.22 0.11 0.11
C5' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.07 0.08 0.04 0.03 0.11 0.09 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.08 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02 0.09 0.23 0.13 0.13
C8 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.05 0.05 0.08 0.18 0.10 0.09
N1 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02 0.07 0.24 0.11 0.12
N3 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.04 0.05 0.04 0.23 0.06 0.10
N6 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.06 0.02 0.11 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.12 0.24 0.18 0.15
N7 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.04 0.04 0.09 0.19 0.13 0.10
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.19 0.06 0.08
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.06 0.01 0.04 0.04 0.05 0.02 0.06 0.09 0.04 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.14 0.03 0.03
O3' 0.02 0.05 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.00 0.03 0.05 0.15 0.06 0.09
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.12 0.03 0.06
O5' 0.03 0.05 0.03 0.05 0.05 0.02 0.08 0.00 0.09 0.08 0.07 0.04 0.12 0.09 0.05 0.03 0.05 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.15 0.24 0.14 0.14 0.22 0.08 0.22 0.01 0.23 0.18 0.24 0.23 0.24 0.19 0.19 0.14 0.15 0.12 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.08 0.02 0.05 0.07 0.05 0.11 0.08 0.13 0.10 0.11 0.06 0.18 0.13 0.06 0.03 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.11 0.05 0.09 0.10 0.04 0.11 0.01 0.13 0.09 0.12 0.10 0.15 0.10 0.08 0.03 0.09 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00