ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53258

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.007
O6 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N2 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C8 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C2 B 0, -0.048, 0.159, 0.367, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.159 std_dev=0.207
N3 B 0, -0.052, 0.166, 0.385, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.166 std_dev=0.218
N1 B 0, -0.074, 0.215, 0.503, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.215 std_dev=0.289
C4 B 0, -0.080, 0.236, 0.553, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.236 std_dev=0.317
O2' B 0, -0.074, 0.252, 0.577, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.252 std_dev=0.325
O3' B 0, -0.081, 0.271, 0.623, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.271 std_dev=0.352
C6 B 0, -0.098, 0.269, 0.636, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.269 std_dev=0.367
C2' B 0, -0.098, 0.279, 0.656, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.279 std_dev=0.377
C5 B 0, -0.099, 0.282, 0.663, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.282 std_dev=0.381
N9 B 0, -0.099, 0.288, 0.674, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.288 std_dev=0.386
C1' B 0, -0.103, 0.287, 0.676, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.287 std_dev=0.389
C3' B 0, -0.110, 0.323, 0.755, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.323 std_dev=0.433
N6 B 0, -0.124, 0.323, 0.769, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.323 std_dev=0.446
C8 B 0, -0.115, 0.348, 0.811, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.348 std_dev=0.463
N7 B 0, -0.118, 0.347, 0.811, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.347 std_dev=0.465
O4' B 0, -0.134, 0.360, 0.854, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.360 std_dev=0.494
C4' B 0, -0.133, 0.365, 0.862, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.365 std_dev=0.498
C5' B 0, -0.165, 0.457, 1.080, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.457 std_dev=0.622
O5' B 0, -0.241, 0.638, 1.517, 1.881 max_d=1.881 avg_d=0.638 std_dev=0.879
P B 0, -0.300, 0.785, 1.869, 2.318 max_d=2.318 avg_d=0.785 std_dev=1.085
OP2 B 0, -0.315, 0.825, 1.964, 2.436 max_d=2.436 avg_d=0.825 std_dev=1.140
OP1 B 0, -0.323, 0.833, 1.989, 2.468 max_d=2.468 avg_d=0.833 std_dev=1.156
O4' A 0, -0.349, 0.889, 2.126, 2.639 max_d=2.639 avg_d=0.889 std_dev=1.237
C2' A 0, -0.365, 0.951, 2.267, 2.812 max_d=2.812 avg_d=0.951 std_dev=1.316
C4' A 0, -0.451, 1.129, 2.710, 3.364 max_d=3.364 avg_d=1.129 std_dev=1.580
C3' A 0, -0.501, 1.240, 2.981, 3.702 max_d=3.702 avg_d=1.240 std_dev=1.741
O2' A 0, -0.535, 1.396, 3.328, 4.127 max_d=4.127 avg_d=1.396 std_dev=1.932
O3' A 0, -0.552, 1.402, 3.355, 4.164 max_d=4.164 avg_d=1.402 std_dev=1.953
C5' A 0, -0.845, 2.139, 5.123, 6.359 max_d=6.359 avg_d=2.139 std_dev=2.984
O5' A 0, -1.042, 2.585, 6.212, 7.715 max_d=7.715 avg_d=2.585 std_dev=3.627
P A 0, -1.444, 3.578, 8.601, 10.681 max_d=10.681 avg_d=3.578 std_dev=5.023
OP2 A 0, -1.486, 3.675, 8.836, 10.973 max_d=10.973 avg_d=3.675 std_dev=5.161
OP1 A 0, -1.623, 4.006, 9.636, 11.968 max_d=11.968 avg_d=4.006 std_dev=5.630

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.21 0.00 0.34 0.00 0.30 0.66 0.38
C2 0.00 0.00 0.07 0.24 0.01 0.66 0.01 1.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.15 0.65 0.45 0.01 0.31 0.11 0.52
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.10 0.02 0.05 0.05 0.09 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.05 0.00
C3' 0.02 0.24 0.00 0.00 0.07 0.00 0.29 0.01 0.20 0.60 0.04 0.42 0.26 0.55 0.27 0.01 0.01 0.04 0.08 0.30 0.04 0.15 0.08
C4 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.23 0.00 0.36 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.00 0.33 0.36 0.00 0.60 0.76 0.43
C4' 0.02 0.66 0.02 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.14 0.49 0.44 0.87 0.64 0.37 0.10 0.28 0.02 0.00 0.03 0.03 0.29 0.21 0.03
C5 0.00 0.01 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.29 0.18 0.15 0.87 0.00 1.33 1.33 1.04
C5' 0.02 1.13 0.10 0.01 0.36 0.00 0.02 0.00 0.25 0.80 0.76 1.55 1.05 0.63 0.15 0.16 0.14 0.01 0.00 0.06 0.32 0.28 0.02
C6 0.00 0.00 0.02 0.20 0.00 0.14 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.23 0.16 0.27 0.63 0.00 1.14 1.11 0.78
C8 0.01 0.00 0.05 0.60 0.00 0.49 0.00 0.80 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.50 0.30 0.30 1.61 0.00 2.01 1.98 1.81
N1 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.44 0.01 0.76 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.49 0.03 0.01 0.34 0.43 0.05
N2 0.01 0.00 0.09 0.42 0.00 0.87 0.01 1.55 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.26 0.26 0.77 0.97 0.01 0.99 0.73 1.17
N3 0.00 0.00 0.07 0.26 0.00 0.64 0.00 1.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.19 0.65 0.41 0.01 0.31 0.05 0.45
N7 0.01 0.01 0.03 0.55 0.00 0.37 0.00 0.63 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.48 0.34 0.16 1.55 0.00 2.18 2.03 1.83
N9 0.00 0.01 0.01 0.27 0.00 0.10 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.25 0.05 0.01 0.79 0.00 0.96 1.15 0.88
O2' 0.02 0.11 0.00 0.01 0.12 0.28 0.29 0.16 0.23 0.50 0.06 0.26 0.13 0.48 0.25 0.00 0.04 0.19 0.05 0.31 0.05 0.09 0.05
O3' 0.21 0.15 0.01 0.01 0.00 0.02 0.18 0.14 0.16 0.30 0.00 0.26 0.19 0.34 0.05 0.04 0.00 0.10 0.18 0.25 0.22 0.40 0.18
O4' 0.00 0.65 0.02 0.04 0.33 0.00 0.15 0.01 0.27 0.30 0.49 0.77 0.65 0.16 0.01 0.19 0.10 0.00 0.37 0.19 0.12 0.80 0.38
O5' 0.34 0.45 0.00 0.08 0.36 0.03 0.87 0.00 0.63 1.61 0.03 0.97 0.41 1.55 0.79 0.05 0.18 0.37 0.00 0.89 0.00 0.01 0.01
O6 0.00 0.01 0.01 0.30 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.31 0.25 0.19 0.89 0.00 1.56 1.42 1.12
OP1 0.30 0.31 0.06 0.04 0.60 0.29 1.33 0.32 1.14 2.01 0.34 0.99 0.31 2.18 0.96 0.05 0.22 0.12 0.00 1.56 0.00 0.00 0.00
OP2 0.66 0.11 0.05 0.15 0.76 0.21 1.33 0.28 1.11 1.98 0.43 0.73 0.05 2.03 1.15 0.09 0.40 0.80 0.01 1.42 0.00 0.00 0.00
P 0.38 0.52 0.00 0.08 0.43 0.03 1.04 0.02 0.78 1.81 0.05 1.17 0.45 1.83 0.88 0.05 0.18 0.38 0.01 1.12 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.02 0.15 0.16 0.10 0.17 0.07 0.18 0.02 0.13 0.01 0.08 0.00 0.09 0.14 0.11 0.12 0.19 0.26 0.28 0.19 0.26
C2 0.16 0.14 0.15 0.16 0.19 0.13 0.18 0.14 0.16 0.18 0.14 0.17 0.15 0.17 0.18 0.07 0.13 0.14 0.30 0.29 0.26 0.28
C2' 0.30 0.62 0.48 0.43 0.41 0.26 0.37 0.18 0.44 0.24 0.56 0.55 0.40 0.28 0.31 0.55 0.53 0.15 0.12 0.05 0.15 0.05
C3' 0.69 0.49 0.89 0.88 0.52 0.77 0.40 0.68 0.32 0.46 0.36 0.60 0.22 0.38 0.56 1.06 1.04 0.62 0.53 0.50 0.45 0.44
C4 0.13 0.07 0.12 0.13 0.10 0.11 0.08 0.12 0.06 0.11 0.04 0.10 0.04 0.09 0.12 0.06 0.10 0.12 0.24 0.24 0.18 0.23
C4' 0.80 0.34 0.82 0.86 0.56 0.93 0.48 0.91 0.34 0.65 0.27 0.51 0.28 0.55 0.68 0.94 0.94 0.86 0.74 0.76 0.69 0.72
C5 0.08 0.06 0.08 0.09 0.07 0.07 0.05 0.08 0.03 0.06 0.03 0.08 0.01 0.05 0.07 0.03 0.08 0.07 0.20 0.19 0.14 0.18
C5' 1.59 0.56 1.60 1.70 1.05 1.86 0.90 1.85 0.59 1.30 0.42 0.92 0.47 1.07 1.33 1.79 1.81 1.75 1.60 1.67 1.44 1.57
C6 0.05 0.10 0.06 0.08 0.08 0.04 0.07 0.05 0.08 0.05 0.09 0.10 0.06 0.05 0.06 0.01 0.07 0.03 0.19 0.17 0.14 0.17
C8 0.09 0.01 0.08 0.09 0.05 0.09 0.02 0.10 0.02 0.06 0.03 0.05 0.05 0.03 0.07 0.04 0.08 0.10 0.19 0.19 0.12 0.17
N1 0.08 0.15 0.09 0.12 0.15 0.07 0.15 0.08 0.16 0.12 0.16 0.15 0.14 0.13 0.12 0.02 0.10 0.06 0.25 0.22 0.21 0.22
N2 0.22 0.16 0.20 0.21 0.25 0.17 0.24 0.19 0.21 0.25 0.17 0.20 0.20 0.24 0.26 0.10 0.16 0.19 0.36 0.34 0.33 0.34
N3 0.17 0.10 0.16 0.17 0.16 0.15 0.14 0.16 0.11 0.16 0.09 0.14 0.09 0.15 0.17 0.09 0.13 0.17 0.29 0.29 0.24 0.28
N7 0.06 0.02 0.06 0.08 0.03 0.06 0.01 0.06 0.02 0.03 0.02 0.05 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.06 0.17 0.16 0.10 0.15
N9 0.13 0.03 0.12 0.13 0.08 0.12 0.05 0.13 0.02 0.10 0.00 0.08 0.01 0.07 0.11 0.07 0.10 0.14 0.23 0.23 0.16 0.22
O2' 0.08 0.76 0.11 0.03 0.33 0.24 0.38 0.31 0.59 0.05 0.79 0.51 0.62 0.20 0.09 0.08 0.09 0.31 0.26 0.38 0.10 0.31
O3' 0.54 0.54 0.77 0.75 0.46 0.58 0.35 0.48 0.33 0.34 0.42 0.58 0.24 0.28 0.44 0.93 0.93 0.42 0.34 0.28 0.27 0.23
O4' 0.44 0.10 0.35 0.40 0.30 0.52 0.29 0.54 0.19 0.42 0.10 0.21 0.18 0.37 0.39 0.40 0.40 0.53 0.41 0.44 0.43 0.44
O5' 1.26 0.07 1.39 1.51 0.49 1.66 0.25 1.62 0.14 0.76 0.31 0.38 0.33 0.44 0.86 1.73 1.75 1.45 1.27 1.38 0.99 1.20
O6 0.01 0.10 0.03 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.09 0.07 0.04 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.15 0.12 0.11 0.12
OP1 1.23 0.74 1.32 1.52 0.09 1.86 0.25 1.84 0.84 0.54 1.10 0.09 1.12 0.06 0.65 1.76 1.82 1.60 1.32 1.54 0.87 1.26
OP2 1.14 0.71 1.29 1.51 0.09 1.77 0.20 1.76 0.72 0.53 0.99 0.11 0.95 0.10 0.61 1.73 1.84 1.48 1.34 1.55 0.95 1.28
P 1.54 0.28 1.66 1.86 0.51 2.13 0.21 2.11 0.32 0.93 0.58 0.32 0.56 0.49 1.01 2.07 2.15 1.86 1.67 1.85 1.28 1.60

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.01
C2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.03 0.03 0.03 0.01 0.07 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.05 0.15 0.10
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.06 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.14 0.08 0.15 0.13
C4 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.05 0.04 0.04 0.01
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.09 0.05 0.01 0.03
C5' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.08 0.05 0.02 0.02
C8 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.12 0.07 0.01 0.04
N1 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01
N3 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.02
N6 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.10 0.06 0.02 0.04
N7 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.12 0.08 0.03 0.05
N9 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.05 0.03 0.01
O2' 0.02 0.08 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.07 0.07 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.12 0.06
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.07 0.02 0.07 0.06 0.05 0.02 0.08 0.07 0.04 0.01 0.00 0.02 0.17 0.11 0.16 0.15
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03
O5' 0.02 0.03 0.09 0.14 0.05 0.02 0.09 0.00 0.08 0.12 0.05 0.02 0.10 0.12 0.06 0.06 0.17 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.03 0.01 0.05 0.08 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.07 0.03 0.01 0.06 0.08 0.05 0.01 0.11 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.07 0.15 0.15 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.07 0.02 0.03 0.03 0.12 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.01 0.02 0.10 0.13 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.06 0.15 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00